5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB

5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les interactions ADN-protéine (immunoprécipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise une quatrième école de bioinformatique, dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit.

Durée

La formation se tiendra du 20 novembre, 17h00 au 25 novembre, 17h00.

 

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Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Participants

Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants chercheurs, …) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.

Contenu

La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).

Modalités d'inscription

Date limite de demande d'inscription : 15 mai 2016 (Sélection des participants : mi-juin 2016 )

Remplir en ligne la fiche de demande d'inscription. Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés sur cette fiche. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

Renseignements : AVIESAN ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique, ecole-bioinfo@aviesan.fr
Site Web (matériel de cours, informations complémentaires): http://www.france-bioinformatique.fr/eba2016

Frais d’inscription pour les personnels académiques : 500 € (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par l’Inserm); pour les industriels : 1750 €. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique 

Christophe Caron (INRA, Rennes), Jacques van Helden (AMU, Marseille), Matthias Zytnicki (INRA, Toulouse).

Enseignants/Encadrants 

30 formateurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IFB, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, UPMC, IRISA Rennes.
 

Plateformes 

IFB core (Gif-sur-Yvette), ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), eBIO ( Univ. Paris Sud), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), Genotoul (Toulouse), Institut Gustave Roussy (Villejuif), I2BC (Gif-sur-Yvette), Institut Curie - U900 (Paris), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (Toulouse), TAGC (Marseille), URGI (INRA Versailles).
 

Gestion 

Christine Lemaitre (AVIESAN, ITMO GGB, Paris), Katy Main (AVIESAN, Paris).


 

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Programme détaillé (à venir)

Les demandes d'inscription sont closes.

Le comité scientifique étudie les candidatures et reviendra prochainement vers chacun.


Informations pratiques 

 

Adresses

Cours

Les cours auront lieu à l’Hôtel de France :

Hôtels

Chaque participant a reçu un courriel indiquant son lieu d'hébergement et le code d'accès.

Plans


Foire aux questions

 

Comment trouver l'adresse réseau physique d'un portable ?

Sous Windows XP

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Cliquez sur Exécuter;
  3. Dans la console taper "cmd" ensuite cliquez sur "ok";
  4. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  5. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous Windows 7

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Dans le champ "Rechercher les programmes et fichiers" entrez "cmd" ensuite appuyer sur la touche "Entrée" (raccourcit Windows + R);
  3. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  4. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous MAC OS X

  1. Cliquer sur Spotlight (loupe en haut à droite)
  2. Taper "terminal" et ouvrir l'application
  3. Dans l'application, taper "ifconfig" et donner le résultat de la ligne en0 > éther

 

Comment transférer ses données sur la plateforme ABiMS ?
  1. Transfert des données dans un dossier temporaire (via le protocole S/FTP ou SCP) sur le serveur bioinfo.sb-roscoff.fr sous le dossier /projet/sbr/ggb/eba2015/participants/<login>

Pour ce faire, vous pouvez utiliser un outil tel que WinSCP, FileZilla, etc.

Vous trouverez un exemple d'utilisation de WinSCP à l'adresse suivante :

 http://abims.sb-roscoff.fr/resources/cluster/howto

=> Onglet "Upload your data"

  1. Les tuteurs font le nécessaire pour réduire, nettoyer...les données
  2. L'insertion finale des données dans Galaxy se fera durant le premier cours d’initiation.

Programme EBA 2015 du 27 septembre au 02 octobre 2015

 

Slides 

 
Sujet Intervenant(s) PDF
NGS: the basics  T. Grange Download
INTRODUCTION TO NEXT-GENERATION SEQUENCING C. Thermes Download
Le cloud IFB et son instance Galaxy C. Blanchet Download
Vos traitements bioinformatiques avec GALAXY S. Maman, M. Bernard Download
GALAXY INITIATION A. Lermine Download
Visualization of Next Generation Sequencing Data using the Integrative Genomics Viewer (IGV) A. Lermine Download
Algorithmes de mapping M. Zytnicki Download
Statistiques NGS avec R, un premier contact intuitif NGS statistics with R: an intuitive primer J. van Helden Link
Assemblage de-novo de transcriptome - Trinity E. Corre Download
RNA‐seq de novo ABiMS E. Corre Download
Eukaryotic small RNA - Small RNAseq data analysis for miRNA identification P. Bardou, C. Gaspin, J. Mariette, O. Rué, M. Zytnicki Download
Commandes Unix: pour les débutants D. Puthier, M. Defrance, S. Le gras, C. Blanchet Download
Link

 

ChIP-seq

Sujet Intervenant(s) PDF
Tutorials: ChIP-seq data analysis D. Puthier Link
ChIP-seq analysis M. Defrance, C. Herrmann, S. Le Gras, D. Puthier, M. Thomas.Chollier Download
ChIP-seq Annotation and Visualization - How to add biological meaning to peaks M. Defrance, C. Herrmann, D. Puthier, M. Thomas-Chollier,S. Le Gras, J. van Helden Download
Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) J. van Helden Link
ChIP-seq: Discovering motifs in peak sequences J. van Helden Download

 

Variants

Sujet Intervenant(s) PDF
DNA-seq analysis : From raw reads to processed alignments E. Girard Download
Variant Filtering N. Lapalu Download
TP - Filtrage de Variants N. Lapalu Download
Variant Calling GATK S. Marthey Download
Pipeline d'annotation des variants M. Bernard, R. Legendre, S. Rodriguez Download
TP - Pipeline d'annotation des variants M. Bernard, R. Legendre, S. Rodriguez Download
Genomic Copy-Number Analysis B. Job Download
Copy Number Variations Detection - TD B. Job Download

 

RNA-seq

Sujet Intervenant(s) PDF
Analyse différentielle de données RNA-Seq : planification, description, exploration et modélisation H. Varet Download
TP RNA-seq : Differential expression analysis C. Billerey Download
Isoform detection and quantification from RNA-Seq data T. Dayris, C. Toffano-Nioche Download