6ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Du 12-11-2017 au 17-11-2017 à Roscoff
Date limite d'inscription: 19-05-2017

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies lectures longues, qui transforment les approches en matière d’assemblage de génomes et l’identification de transcrits pleine longueur, ainsi que trois ateliers optionnels (lectures courtes : RNA-seq, ChIP-seq, variants), et une introduction à l’intégration des données.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques qui permettront aux participants d’analyser ensuite leurs propres données de séquençage. Elle sera basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme. Attention : cette formation n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

Durée

La formation se tiendra du 12 novembre, 18h00 au 17 novembre, 14h00.

 

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Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Participants

Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs,…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.

Environnement de travail

Nouveau : L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.

Prérequis

Aucune connaissance préalable de l’environnement Linux ou R n’est requise: la formation débutera par une introduction aux commandes en ligne qui sera progressivement approfondie au fil des sessions thématiques.

Contenu

La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en trois groupes thématiques principaux: RNA-Seq, ChIP-Seq, et variations génomiques. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule. Une journée sera de plus consacrée à l'étude des lectures longues.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement Linux en ligne de commande.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).

Modalités d'inscription

Date limite de demande d'inscription : 19 mai 2017 (Sélection des participants : mi-juin 2017).

Pour demander l'inscription, vueillez remplir le formulaire en ligne. Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés sur cette fiche. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

Renseignements : AVIESAN ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique, ecole-bioinfo@aviesan.fr
Site Web (matériel de cours, informations complémentaires): http://www.france-bioinformatique.fr/eba2017

Frais d’inscription pour les personnels académiques : 500 € HT soit 600 € TTC  (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par l’Inserm) ; pour les industriels : 1750 € HT soit 2100 € TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique 

Christophe Caron (INRA, Rennes), Jacques van Helden (AMU, Marseille), Matthias Zytnicki (INRA, Toulouse).

Enseignants/Encadrants 

30 formateurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IFB, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, UPMC, IRISA Rennes.
 

Plateformes 

ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), BIOGER (INRA Grignon), C3BI (Institut Pasteur, Paris), eBIO (Univ. Paris Sud), IFB core (Gif-sur-Yvette), IGBMC (Strasbourg), Institut Curie-U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), I2BC (Gif-sur-Yvette), Genotoul (Toulouse), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (INRA Toulouse), TAGC (Marseille).

Gestion 

Christine Lemaitre (AVIESAN, ITMO GGB, Paris).


 

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Les programmes suivants sont au format PDF :

 

 


Les demandes d'inscription pour 2017 sont maintenant ouvertes.

Identité
(ex : UMS3601)
- services sur une plate-forme / labo de recherche - analyse les données / manips - etc.
Formation

La formation commencera le dimanche 12 novembre à 18h, et finira le vendredi 17 à 14h.

 

 

Les travaux pratiques seront réalisés sur ordinateur portable pour lequel vous devez avoir les droits administrateur. 

 

 

L'atelier est destiné aux personnes disposant de données à analyser, soit dans le cadre de leur propre projet de recherche, soit pour leur laboratoire ou plateforme (ingénieurs).
En particulier, la dernière journée sera consacrée à l'analyse de données apportées par les participants.

Cochez la ou les réponses
Précisez le génome de référence et sa version si vous en avez un.
(nombre de conditions, nombre d'échantillons par condition, nombre de reads par échantillon, etc.)
thèmes de recherche, analyses menées en lien avec les données de séquençage, etc.

Le mardi sera consacré à l'analyse de données "long reads" (comme PacBio et NanoPore).

Le mercredi, les participants seront divisés en trois groupes :

  • au traitement de données de RNA-seq,
  • au traitement des données ChIP-seq,
  • au traitement de données de reséquençage (SNP, CNV).

Il convient de mentionner qu’à la suite cette journée, les participants ne repartiront pas avec leurs données analysées, mais avec de premiers éléments de traitement et avec une vision plus précise de ce qu’il conviendrait de faire pour les analyser.

Si oui, précisez :
CAPTCHA
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2 + 14 =
Solve this simple math problem and enter the result. E.g. for 1+3, enter 4.

Informations pratiques 

 

Adresses

Cours

Les cours auront lieu à l’Hôtel de France :

Hôtels

Plans


Foire aux questions

Comment transférer ses données sur les plateforme partenaires avant l'école?

Afin d'assurer un déroulement le plus optimal possible pour l'analyse des données tutorées, nous demandons aux tuteurs de suivre ce protocole pour l'insertion des données des stagiaires sur les 3 plateformes de référence (Roscoff-RNA-seq / Strasbourg-ChIP-seq / Toulouse-Variant).

 Tout d'abord, chaque tuteur prend en charge le suivi du chargement des données avant l'école.

Le tuteur : 

  1. doit demander un compte sur la plateforme de référence (cf. informations ci-dessous)
  2. récupère directement les données auprès de son stagiaire par les moyens les plus adaptés
  3. pre-traite éventuellement par les moyens qui lui semblent les plus adaptés (e.g. RNA-seq)
  4. charge par lui-même les données pré-traitée dans son compte galaxy personnel sur sa plate-forme de référence :
  5. exporte cet historique afin d'en faire une copie sous la forme d'un .tar.gz (nous sommes en train d'évaluer la faisabilité d'un dépôt central pour ces exports)
  6. partagera ensuite cet historique le premier jour du tutorat (mardià avec son stagiaire qui dispose aussi d’un compte sur la plate-forme de référence.

Le tuteur peut bien sûr bénéficier du support de la plateforme de référence si nécessaire.

Demande comptes et support :

 Strasbourg :
    eba@galaxeast.fr
 Roscoff :
    support.abims@sb-roscoff.fr
    http://abims.sb-roscoff.fr/account
 Toulouse :
    sigenae-support@listes.inra.fr
    http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=141

 

 

Comment trouver l'adresse réseau physique d'un portable ?

Sous Windows XP

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Cliquez sur Exécuter;
  3. Dans la console taper "cmd" ensuite cliquez sur "ok";
  4. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  5. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous Windows 7

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Dans le champ "Rechercher les programmes et fichiers" entrez "cmd" ensuite appuyer sur la touche "Entrée" (raccourcit Windows + R);
  3. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  4. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous MAC OS X

  1. Cliquer sur Spotlight (loupe en haut à droite)
  2. Taper "terminal" et ouvrir l'application
  3. Dans l'application, taper "ifconfig" et donner le résultat de la ligne en0 > éther

 

 

 

 


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