Expertises des plateformes IFB

Avec ses 36 plateformes à travers la France, l'IFB a pour mission de mettre en relation les experts et les utilisateurs de la bioinformatique et ainsi faciliter les échanges de connaissances. Pour consulter nos expertises, selectionnez un mot-clé dans le champs texte ci-dessous. Vous pouvez également utilisez le filtre des domaines d'activité afin d'affiner votre recherche.

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Termes de classification

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Analyse de données de séquençage NGS
Assemblage de génomes et transcriptomes
Alignements de lectures sur des génomes
Analyse de génomes
Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
Analyse différentielle de l’expression des gènes
Analyses de transcrits et transcrits variants
Exomes
Génomes complets
Panels (amplicons, captures)
Chip-seq
Petits et longs ARN non-codants
Profils de méthylation
Accessibilité de la chromatine
Analyse de séquences
Apprentissage automatique
Bioimagerie
Microscopie photonique
Microscopie électronique
Microscopie à super-résolution optique
IRM
Échographie standard
TEP et imagerie moléculaire
TDM
Extraction d’informations
Quantification
Visualisation
Bioinformatique structurale
Criblage basé sur la structure
Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
Criblage basé sur le ligand (QSAR)
Biologie des systèmes
Biostatistiques
Cartographie
Curation de collections de données
Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Intégration d'outils
Interopérabilité
Interfaces, portails web
Développement de workflows
Intégration de données
Gestion et transfert de données
Bases de données et systèmes d’informations
Cluster
Cloud
GPU
Parallélisation
E-learning
Ecologie
Evolution et phylogénie
Gènes et génomes
Datation des spéciations
Arbre de la vie
Super-arbres et réconciliations
Génomique : Puces
Phylogénétiques
Génotypage
CGH
Fonctionelles
Expression
Tiling
Génomique comparative
Immunogénétique
Métabolomique et fluxomique
Protéomique

Liste des plateformes

(
Roscoff
)

ABiMS works with research team within the framework of scientific collaboration formalised as project. ABiMS provide differents services : A scientific computing environment (Infrastructure As A Service - IAAS) Advice and expertise in 'omic data analysis Software engineering (information system, databases, ...) User support and training
Domaine(s) d'activité
  • Environment
  • Biology
  • Agri-food
(
Montpellier
)

Algorithmique du texte et des arbres, combinatoire, optimisation, modélisation probabiliste et statistique, classification, phylogénie, séquençage haut débit, génomes, transcriptomes, protéomes, cancer, paludisme, VIH.
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Biology
  • Agri-food
  • Environment
(
Saint-Genes-Champanelle
)

La plateforme fait apparaître une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Les modèles biologiques sont variés (micro-organismes, plantes, animaux) donnant un caractère généraliste à de nombreux outils. Cette plate-forme fait suite à une structuration des laboratoires de l'Université Clermont Auvergne faisant de la recherche dans ce domaine : MEDIS (http://www.u-clermont1.fr/cidam.html) UMR 454 INRA, Université Clermont Auvergne ;   GReD (https://www.gred-...
Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Computer Science
(
Lille
)

Aucune information n'est disponible pour cette plateforme. Pour plus d'informations, veuillez contacter le responsable de la plateforme
Domaine(s) d'activité
  • Computer Science
  • Biology
  • Biomedical
  • Environment
(
Paris
)

BIMEPS regroupe deux entités bio-informatiques rattachées à l’Université Pierre et Marie Curie et localisées sur le site hospitalier de la Pitié-Salpêtrière : UMR_S 1166, Équipe « Génomique et Physiopathologie des Maladies Cardiovasculaires » affiliée  à l’Institut Hospitalo-Universitaire de Cardiométabolisme et Nutrition (IHU-ICAN) Plate-forme iCONICS de l’Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris (IHU-A-ICM), affilié à l’Institut du Cerveau et de la...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biotechnology
  • Biology
(
Nantes
)

La plate-forme BiRD a d'abord construit son expertise dans le domaine de l'analyse de données de transcriptome issues des puces à ADN. Depuis 2012, elle complète son expertise avec le développement et la mise à disposition de méthodes et de solutions adaptées pour l'analyse et l'exploitation de données issues des séquenceurs Haut Débit (NGS). Plusieurs applications sont prises en charge par la plate-forme comme l’analyse du transcriptome (RNASeq) ou des données de séquençage d’ADN (génome...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
  • Computer Science
(
Illkirch
)

• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …) • Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …) • Génomique structurale, fonctionnelle, comparative • Protéomique haut-débit et Protéomique structurale • Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques • ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Bordeaux
)

L'objectif du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est de concevoir, mettre en œuvre et fournir l’accès aux services d’analyse de données biologiques adaptés à une production à haut débit (ex., génomique, protéomique, métabolomique, etc.). Cette exigence d’analyser les données de grande volumétrie de façon rapide et fiable, amène le CBiB à développer les méthodes de type « Big Data ». Pour ce faire, le CBiB réunit les compétences nécessaires en bioinformatique et en informatique...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
(
Paris
)

The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics. Many data types are treated: Microarrays: expression, copy number, SNP, ChIP NanoString NGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq … RPPA, Mass spectometry, classical and SILAC, SWATH low-throughput biological data. The expertise covers fundamental,...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
  • Biotechnology
(
Orsay
)

La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO).  Le site principal de eBio est localisé au bat...
Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
(
Castanet Tolosan
)

Les domaines d’expertise de la plateforme GenoToul bioinfo sont : le traitement des données issues du séquençage haut débit : assemblage, annotation, analyse d’expression (RNAseq, RNAseq de novo, sRNAseq), métagénomique, analyse de variants, méthylSeq. l’analyse bioinformatique des ARNnc : annotation, prédiction, recherche de cibles, chez les archae, les bactéries, les plantes et les animaux.
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Rennes
)

La plate-forme GenOuest plusieurs catégories de prestations : 1) une infrastructure bio-informatique : il s’agit de proposer un environnement bio-informatique complet au sein duquel les utilisateurs pourront évoluer en autonomie complète ou bien en recourant au support proposé par les personnels de la plate-forme. 2) le développement d’applications bioinformatiques : pour certains projets le nécessitant, des environnements spécifiques, des interfaces ou des bases de données sont développés par...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Marseille
)

Expertise dans le domaine des maladies rares de la recherche au traitement : Design et analyse des expériences de séquençage (WES, WGS, RNAseq, CHIPseq) Recherche de nouveaux gènes par analyses familiales Analyse des données Création et hébergement de bases de données de patients et de mutations Expertise dans le domaine des biotechnologies Toutes les technologies principales de biologie moléculaire Développement d'outils spécifiques : validation d'hypothèses...
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Biology
(
Villejuif
)

● Bioanalyses Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS) - Microarray : - Gene Expression (Agilent, Affymetrix) - CGH array - microRNA array - NGS (DNA-seq): - Détection de SNP (WES, WGS, TS) - Détection de variants structuraux (LOH, CNV) - ChipSeq - NGS (RNA-seq) : - Analyse différentielle - recherche de transcrit de fusion - recherche de splicing alternatif - detection de SNP par RNA-...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Lyon
)

Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'"International  Cancer Genome Consortium" (ICGC).   Elle a trois missions : 1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...)  qui   seront   examinés   avec   les   techniques   de  la  génomique:   puce   de  génotypage, ...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Toulouse
)

ISfinder est le Centre International de Référence des Séquences d'Insertion (IS) Procaryotes, en co-tutelle entre le LMGM et l’Unité de Microbiologie Appliquée (Université Catholique de Louvain, Belgique). Les IS sont des éléments génétiques mobiles (EGM) de petite taille qui codent essentiellement pour les fonctions nécessaires à leur transposition. Les transposases (enzymes qui assurent la transposition des IS) sont de loin les protéines les plus représentées dans les génomes. ISfinder est...
Domaine(s) d'activité
  • Biology
(
Villers-lès-Nancy
)

Plateforme expérimentale de recherche dépendant de Inria Nancy Grand-Est, la plateforme MBI s’est constituée autour de deux domaines principaux d’expertise. 1. La modélisation 3D des protéines et de leurs interactions, avec en particulier la simulation de dynamiques moléculaires (logiciel NAMD), et la mise à disposition de programmes ultra-rapides de docking rigide et de comparaison de formes, exécutés sur des clusters mixtes (CPU et GPU). 2. L’extraction de connaissances à partir...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Evry
)

Développement de méthodes et d’outils destinés à l’annotation, à la génomique et au métabolisme comparatifs de génomes bactériens. Organisation et gestion de données génomiques et métaboliques dans des structures de bases de données. Prédiction et analyse de réseaux et modèles métaboliques de génomes bactériens. Analyse de données NGS : projets d’évolution (polymorphismes) et de transcriptomique (RNA-seq). Développement d’interfaces Web conviviales pour l’utilisation des outils d’...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
(
Jouy-en-Josas
)

La plate-forme MIGALE a une interaction privilégiée avec l’équipe StatInfOmics de l ‘unité MaIAGE à qui elle fournit un support logistique important. Les compétences de cette équipe sont les statistiques appliquées à l’analyse des données « omiques », et la bioinformatique au sens large, concernant en particulier :   la structure des génomes : traitement et analyse des données NGS l’annotation structurale et fonctionnelle de génomes complets, la recherche...
Domaine(s) d'activité
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
(
Paris
)

Le domaine d’expertise d’Orphanet est celui des maladies rares dans leurs aspects médicaux (histoire naturelle, diagnostic et prise en charge), épidémiologiques (prévalence, incidence, prévalence à la naissance, distribution géographique et par âge d’apparition et de décès), génétiques (déterminants génétiques de causalité, de susceptibilité), phénotypiques (fréquence d’occurrence des présentations phénotypiques des maladies), nosologiques (classification multi-...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
(
Paris
)

Aucune information n'est disponible pour cette plateforme. Pour plus d'informations, veuillez contacter le responsable de la plateforme
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Villeurbanne
)

Les domaines de compétences du PRABI-AMSB comprennent la phylogénie moléculaire, les statistiques, l’écologie, la virologie et la microbiologie ainsi que l’analyse de données biomédicales. Par ailleurs les méthodologies utilisées sont celles de la génomique, la transcriptomique, la métagénomique/métatranscriptomique, ainsi que la biologie des systèmes.
Domaine(s) d'activité
  • Environment
  • Biology
(
Villeurbanne
)

Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
(
GRENOBLE Cedex 9
)

Computational biology for MS-based proteomics (basic science and biomedical research) and metagenomics (environment, ecology and evolution)
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Lyon
)

Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biotechnology
  • Biology
(
Paris
)

Bioinformatique Structurale : analyse et modélisation de la structure et de la fonction des protéines, des peptides. Complexes protéiques, peptide-protéine. Criblage in silico. Modélisation comparative de la structure des protéines Recherche de similitudes structurales Modélisation de la structure de complexes protéiques Modélisation de novo de la structure des peptides Criblage in silico (structure-based) Impact structural de mutations ponctuelles
Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Computer Science
  • Biomedical
(
Marseille
)

Les domaines d'expertise du TAGC et du TGML s'articulent autour de la génomique et la bioinformatique appliquées à l'étude des pathologies. Notre approche est multidisciplinaire et s'appuie sur la biologie des systèmes. Nos domaines d'expertise sont notamment: l'analyse de données de séquencage haut débit: recherche et analyse de régions régulatrices recherche de variants génétiques et régulateurs analyse du transcriptome épigénétique analyse et modélisation de...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Versailles
)

L’activité de recherche de l’URGI (intégration de données, annotation des répétitions, structure et dynamique des génomes) est étroitement liée aux 2 composantes de la plateforme (Système d’Information et analyse des génomes). D’une part, la plateforme bénéficie de l’expertise acquise coté recherche (analyse et développement d’outils), d’autre part elle offre un support solide à notre activité de recherche grâce aux ressources et aux compétences de son personnel (principalement des Ingénieurs...
Domaine(s) d'activité
  • Environment
  • Biology
  • Agri-food
  • Computer Science
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