EBIO

Adress
15 rue George Clémenceau 91000 Orsay
Structure(s)
Université Paris-Sud
Unit:
I2BC, UMR9198
Regional Center
ApliBio, Ile-de-France
Website
EBIO
Scientific leader
Gautheret Daniel
Technical leader
Toffano Nioche Claire
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Infrastructure
Propriétaire
Effective storage
87.00 To
Cluster: cores number
176 cores
Data collections number
7
CPU/hours a year
260 400 H / an
Bioinformatic tools number
9
Users number (last year)
71
Servers description
  • Technologie ZFS, NFS.
  • Samba 2 hôtes de virtualisation KVM.
  • DB : PosgreSQL, MySQL, ZODB Galaxy.
  • Autres : LDAP, Salt, subvesion, trac, dhcp, FAI, tftp, ftp, zenoss, varnish.

Access conditions

Demande de compte auprès de la plate-forme, nécessité d'appartenir à une unité mixte avec l’université Paris-Sud

Annual visits:
64 441 an
Unique visits:
30 019 an
Quotes:
485
Latest update:
04-11-2016

CRISPRdb

Description

Resources for clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) found in prokaryote genomes. EN

Access conditions

Web server

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
404
Latest update:
23-01-2015

tandemRepeat

Description

Database of tandem repeats from publicly available baterial genomes.

Access conditions

Web server

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
210
Latest update:
01-01-2014

Podospora

Description

Podospora anserina Genome Project.

Access conditions

Web server

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
97
Latest update:
23-01-2015

Bacterial Genotyping

Description

Resources for bacterial micro-evolution studies using MLVA or CRISPR typing.

Access conditions

Web server

 

Annual visits:
415 an
Unique visits:
288 an
Quotes:
8
Latest update:
Not documented

Napp

Description

Prediction of functional non-coding RNA in Bacteria and Archaea

Access conditions

Web server

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
30
Latest update:
16-04-2014

ORENZA

Description

List of Enzyme Activities for which no sequences are available in the main sequence protein databases

Access conditions

Web server

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
10
Latest update:
30-09-2015

ppRNome Browser

Description

Genome Browser to display experimental data of a whole-genome mapping of 5' RNA ends in Enterococcus faecalis

Access conditions

Web server

Annual visits:
940 an
Unique visits:
373 an
Quotes:
24
Downloads:
Not documented

Absynte

Description

Web service designed to display local syntenies in completely sequenced prokaryotic chromosomes. EN

Access conditions

web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud.

Annual visits:
8 011 an
Unique visits:
5 792 an
Quotes:
64
Downloads:
Not documented

ARNold

Description

Easy identification of Rho–independent transcription terminators.

Access conditions

web server

Annual visits:
415 an
Unique visits:
350 an
Quotes:
216
Downloads:
Not documented

ERPIN

Description

Easy RNA Profile IdentificatioN tool, an RNA motif search program.

Access conditions

http://rna.igmors.u-psud.fr/Software/erpin.php Gratuit pour u-psud

Annual visits:
2 273 an
Unique visits:
480 an
Quotes:
648
Downloads:
Not documented

CRISPRFinder

Description

Easy detection of CRISPRs (Clustered Regulary Interspacing Short Palindromic Repeats) in user-submitted sequence data (allows sequences up to 67,000,000 bp)

Access conditions

web sever

Annual visits:
364 an
Unique visits:
299 an
Quotes:
22
Downloads:
Not documented

FITBAR

Description

FITBAR permits a fast, accurate and statistically significant prediction of specific protein DNA binding sites on completely sequenced prokaryotic genomes.

Access conditions

Web server

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
65
Downloads:
Not documented

GenRGenS

Description

Software tool dedicated to randomly generating genomic sequences and structures (supports several classes of models, including Markov chains, HMM, context-free grammars, PROSITE patterns and more).

Access conditions

Jar + tar.gz download

Annual visits:
3 829 an
Unique visits:
1 707 an
Quotes:
37
Downloads:
Not documented

SyntTax

Description

Web server linking synteny to prokaryotic taxonomy.

Access conditions

Web server

Annual visits:
684 an
Unique visits:
396 an
Quotes:
10
Downloads:
Not documented

SynteView

Description

synteny of 600 completely sequenced genomes and compared between them.

Access conditions

Java web start + tar.gz

Annual visits:
1 422 an
Unique visits:
9 219 an
Quotes:
432
Downloads:
1 392

VARNA

Description

VARNA : Visualization Applet for RNA

A Java lightweight component and applet for drawing the RNA secondary structure

Access conditions

.jar

Domains of activity
  • Biology
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
Description of expertise domains

La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO).  Le site principal de eBio est localisé à l’IGM (UMR 8621 CNRS-Université Paris–Sud), bat 400. A partir de 2015, la plateforme intégrera le futur institut I2BC en cours de création à Gif sur Yvette.

Les missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010, (dont 25 sur la période 2012-13).

Les principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :

-    L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling
-    L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)
-    L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy
-    L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants
-    La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique
-    L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)
-    Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)

Keywords:
  • Methodology
  • Structural and functional genome annotation
  • Transcriptomics (RNA-seq)
  • Differential gene expression analysis
  • Transcripts and transcript variants analysis
  • Small and long non-coding RNAs
  • Tool integration
  • Workflows developments
  • Databases and information systems
  • Cluster
  • Cloud

Formation universitaire

Trainees:
15 trainees / year
Training time:
4 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Ateliers NGS, Master BIBS U-Psud

Description

NA

Access conditions

BIBS

Formation professionnelle

Trainees:
30 trainees / year
Training time:
5 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Participation à l'atelier de Bioinformatique de Roscoff

Description

RNA-seq isoformes session ( http://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/R04_EBA2016_RNA... )

Tutoring for 1 person

Access conditions
Not documented
Users distribution
International
0 %
National
0 %
Regional
0 %
Local
100%
Explanation about this distribution:

La plate-forme est soutenue financièrement par des crédits en provenance de l'Université Paris-Sud XI, financements MRM (Moyen de Recherche Mutualisés), IDEX Paris-Saclay et laboratoire d’accueil, l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule. Nous avons donc une forte incitation à servir en priorité les demandes locales. Toutefois depuis fin 2013 nous avons un ingénieur financé par le projet France Génomique, qui pourra se charger de missions nationales.

Platform's own projects
(5)

- Configuration d'un cluster de calcul dont les nœuds de calcul sont hétérogènes en nombre de processeurs et mémoire vive (2012-2014)

- Mise en place d'une instance Galaxy liée au cluster de calcul (2012-2014)

- Développement et benchmarking d’outils de prédiction de transcrits variants par analyse RNA-seq (outil RNAprof : http://rna.igmors.u-psud.fr/Software/rnaprof.php ) (2012-2013)

- Développement de pipelines Galaxy pour expression différentielle des ARN et détection de transcrits non-codants (2012-2015)

- Maintien (2012-2015) et pérénisation du site CRISPR en collaboration avec la plate-forme Bilille (2014-2015)

- Analyses de RNASeq bacteriens avec Rokchopper sur cloud et technologie Docker (2016)

Collaborations
National projets
(1)

ANR smallRhose (Bossi, Gautheret 2014-17)

International and European projects

Aucun

Projects with industry

Aucun

Collaboration projects not founded through an external organism
(40)

Quelques projets en collaboration avec le laboratoire hôte (I2BC) :

  • 1 - M. Crespi, CNRS-Gif : analyse de plusieurs jeux de données RNAseq (time series, différents mutants, différentes conditions de culture) concernant la plante modèle Arabidopsis thaliana et avec l'objectif de découverte de nouvelles régions exprimées et d'identification de variants structuraux d'expression (2012)
  • 2 - D. Rocha, INRA-Jouy : détection de polymorphimes, de longs ARN non codant à partir de données RNAseq et DNA-seq réalisés à des fin de caractérisation du transcriptome musculaire bovin dans 13 espèces (2013) N. Figueroa-Bossi, CNRS-Gif : analyse DNA-seq à des fins d'identification de ré-arrangement structuraux entre deux souches de Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 (2014)
  • 3 - S. Merlot, I2BC : Création d'un site web pour l'ANR Evometonicks, collaboration avec SICS (2015)
  • 4 - JF. Eléouët, I2BC : RNA-seq pour la détermination de séquences ARN entourant des protéines recombinantes (2015-2016)
  • 5 - E. Espagne, I2BC : assemblage d'une souche de Sordaria macrospora (données SoliD et Illumina), et guidé par les contigs d'une souche proche (2015)
  • 6 - B.Ciapa, I2BC : Prédictions d'ARNcirculaire à partir de données RNAseq chez l'homme (2016)
Provision of services not founded through an external organism
(1)
J-M. Elalouf, CEA-Saclay : identification de polymorphismes dans des DNAseq obtenus à partir d'ADN ancien (coprolithe de lupus canus issu de la grotte Chauvet) à des fins de comparaison avec les SNP identifiés entre les génomes du le loup actuel et du chien (2013)
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )

Organisation :
•    première journée des utilisateurs des Moyen de Recherche Mutualisés (MRM) "Genomique-Haut-Débit" de l’Université Paris-Sud, 18 nov. 2011, Orsay

 

Groupe de travail :
•    Daric V. Building a reliable and robust Galaxy service. Galaxy Day, journée d’animation du GT Galaxy-IFB, 4 décembre 2013, Institut Curie, Paris
•    Toffano-Nioche C. User of feedback of a Galaxy workflow conception. Galaxy Day, journée d’animation du GT Galaxy-IFB, 4 décembre 2013, Institut Curie, Paris

Conférence :
•    Daric V, Wallon C. A server you can count on. Galaxy Comunity Conference, juin-juillet 2013, Oslo
•    Gautheret D, Tran VD. Detecting unexpected RNA processing events. A window on the pervasive alternative transcriptome. SFB meeting "RNA regulation of the transcriptome”. IMB Vienna Oct 13-15, 2013.
•    Gautheret D, Tran VD. Detecting unexpected RNA processing events A window on the pervasive alternative transcriptome. Conference on RNA Metabolism, Cancer, Development and Diseases. Nice, France. Dec 3-5 2013.
•    Baudin-Baillieu A, Legendre R, Hatin I, Kuchly C, Gautheret D and Namy O. How does [PSI+] affect yeast physiology? High-Throughput Sequencing and New Concepts. 25 et 26 avril 2013, Paris.
•    Correia D, Vogliolo F, Debat H, Nadal M, Daric V, Kuchly C, Landes-Devauchelle C. A new insight in DNA topoisomerases classification. Journées ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2012, Rennes, France.
•    Saguy M, Kuchly C, D Gautheret, Poncet D. 2012. Identification, par RNASeq, des ARNm cellulaires traduits pendant l'infection par le rotavirus. XIVeme Journées francophones de Virologie 29-30 mars 2012.

Internal publications

Wery M, Descrimes M, Vogt N, Dallongeville AS, Gautheret D, Morillon A.: Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure. Mol Cell. 2016 Feb 4;61(3):379-92.


Tran Vdu T, Souiai O, Romero-Barrios N, Crespi M, Gautheret D.: Detection of generic differential RNA processing events from RNA-seq data. RNA Biol. 2016 Jan 2;13(1):59-67

External publications

Descrimes M, Ben Zouari Y, Wery M, Legendre R, Gautheret D, Morillon A.: VING: a software for visualization of deep sequencing signals. BMC Res Notes. 2015 Sep 7;8:419


Billerey C, Boussaha M, Esquerré D, Rebours E, Djari A, Meersseman C, Klopp C, Gautheret D, Rocha D. Identification of large intergenic non-coding RNAs in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing. BMC Genomics. 2014 Jun 19;15(1):499


Grognet P, Bidard F, Kuchly C, Chan Ho Tong L, Coppin E, Ait Benkhali J, Couloux A, Wincker P, Debuchy R, Silar P. Maintaining Two Mating Types: Structure of the Mating Type Locus and Its Role in Heterokaryosis in Podospora anserina. Genetics. 2014 Feb 20


Rocha D, Billerey C, Samson F, Boichard D, Boussaha M. Identification of the putative ancestral allele of bovine single-nucleotide polymorphisms. J Anim Breed Genet. 2014


Toffano-Nioche C, Luo Y, Kuchly C, Wallon C, Steinbach D, Zytnicki M, Jacq A, Gautheret D. Detection of non-coding RNA in bacteria and archaea using the DETR'PROK Galaxy pipeline. Methods. 2013. 63:60-5.


Wery M, Descrimes M, Thermes C, Gautheret D, Morillon A. Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq. Methods. 2013 Sep 1;63(1):25-31


Bessoltane N, Toffano-Nioche C, Solignac M, Mougel F. Fine scale analysis of crossover and non-crossover and detection of recombination sequence motifs in the honeybee (Apis mellifera). PLoS One. 2012;7:e36229.


Thiollier C, Lopez CK, Gerby B, Ignacimouttou C, Poglio S, Duffourd Y, Guégan J, Rivera-Munoz P, Bluteau O, Mabialah V, Diop M, Wen Q, Petit A, Bauchet AL, Reinhardt D, Bornhauser B, Gautheret D, Lecluse Y, Landman-Parker J, Radford I, Vainchenker W, Dastugue N, de Botton S, Dessen P, Bourquin JP, Crispino JD, Ballerini P, Bernard OA, Pflumio F, Mercher T. Characterization of novel genomic alterations and therapeutic approaches using acute megakaryoblastic leukemia xenograft models. J Exp Med. 2012, 209:2017-31.


Allali J, Saule C, Chauve C, d'Aubenton-Carafa Y, Denise A, Drevet C, Ferraro P, Gautheret D, Herrbach C, Leclerc F, de Monte A, Ouangraoua A, Sagot MF, Termier M, Thermes C, Touzet H. BRASERO: A Resource for Benchmarking RNA Secondary Structure Comparison Algorithms. Adv Bioinformatics. 2012;2012:893048.

Publications with the hosting laboratory

Pruvost O, Magne M, Vital K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Virginie Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V and Vernière C. A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen/Xanthomonas citri /pv. /citri/ suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One. 2014 Jun 4;9(6):e98129


Baudin-Baillieu A, Legendre R, Kuchly C, Hatin I, Demais S, Mestdagh C, Gautheret D, Namy O. Genome-wide translational changes induced by the prion [PSI+]. Cell Rep. 2014 Jul 24;8(2):439-48


Pourcel C and Drevet C. Occurrence, diversity of CRISPR-Cas systems and genotyping implications, chapter in CRISPR-Cas systems : RNA-mediated adaptive immunity in bacteria and archaea, Barrangou R. and Oost J. editors, Heidelberg, Springer, 2013


Toffano-Nioche C, Ott A, Crozat E, Nguyen AN, Zytnicki M, Leclerc F, Forterre P, Bouloc P, Gautheret D. RNA at 92°C: The non-coding transcriptome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi. RNA Biol. 2013 Jul 2;10(7).


Toffano-Nioche C, Nguyen AN, Kuchly C, Ott A, Gautheret D, Bouloc P, Jacq A. Transcriptomic profiling of the oyster pathogen, Vibrio splendidus, opens a window on the evolutionary dynamics of the small RNA repertoire in the Vibrio genus. RNA. 2012 Dec;18(12):2201-19.


Drevet C, and Pourcel C. How to identify CRISPRs in sequencing data. Methods Mol Biol. 2012;905:15-27

Acknowledgement
  • Legendre R, Baudin-Baillieu A, Hatin I, Namy O. RiboTools: a Galaxy toolbox for qualitative ribosome profiling analysis. Bioinformatics. 2015 Mar 25
  • Innocenti N, Golumbeanu M, D'HérouëL AF, Lacoux C, Bonnin RA, Kennedy SP, Wessner F, Serror P, Bouloc P, Repoila F, Aurell E. Whole-genome mapping of 5' RNA ends in bacteria by tagged sequencing: a comprehensive view in Enterococcus faecalis. RNA. 2015 Mar 3
  • Rey J, Deschavanne P, Tuffery P. BactPepDB: a database of predicted peptides from a exhaustive survey of complete prokaryote genomes. Database (Oxford). 2014 Nov 6;2014.
  • Porrua O, Hobor F, Boulay J, Kubicek K, D'Aubenton-Carafa Y, Gudipati RK, Stefl R, Libri D. In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1-dependent transcription termination. EMBO J. 2012 31:3935-48.
Development

Logiciels et workflows déposés sur le toolshed Galaxy ( http://toolshed.g2.bx.psu.edu/):

- detrprok_wf, a workflow for ncRNA detection in prokaryote oriented RNAseq

- detrprok_scripts, scripts associated to the detrprok_wf

- ebio_deseq, A Galaxy wrapper for DESeq

cea
cnrs
inra
inria
inserm
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