bilille

Adress
Batiment M3, Université de Lille Sciences et Technologies
Pôle recherche de la faculté de médecine, Université de Lille Droit et Santé 59000 Lille
Structure(s)
CNRS
Unit:
CRIStAL, UMR 9189 (Université de Lille et CNRS)
Regional Center
IFB North East
Website
Bilille
Scientific leader
Marot Guillemette
Technical leader
Not documented
Certificat(s)
  • France-Génomique
No website documented
Annual visits:
36 000 an
Unique visits:
3 600 an
Quotes:
150
Latest update:
03-01-2015

Norine

Description

Norine is a public computational resource with a web interface and REST access to a knowledge-base of
nonribosomal peptides. It also contains dedicated tools : 2D graph viewer and editor, comparison of NRPs,
MyNorine, a tool allowing anybody to easly submit new nonribosomal peptides, Smiles2monomers (s2m), a
tool that deciphers the monomeric structure of polymers from their chemical structure.

Access conditions

Freely access to Norine.

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Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
21
Downloads:
100

CRAC

Description

CRAC proposes a novel way of analyzing reads that integrates genomic locations and local coverage, and delivers all above mentioned predictions in a single step. CRAC uses a double k-mer profiling approach to detect candidate mutations, indels, splice or fusion junctions in each single read.

Access conditions

CRAC is released under a CECiLL licence (a GPL-compliant licence). You can download it and install it on your server.

No website documented
Annual visits:
4 848 an
Unique visits:
11 633 an
Quotes:
4
Downloads:
Not documented

RNAspace

Description

RNAspace is a platform which aims at providing an integrated environment for non-coding RNA annotation.
The increasing number of ncRNA discovered since 2000 and the lack of user friendly tools for finding and annotating them, have made necessary to propose to biologists an in silico environment allowing structural and functional annotations of these molecules with regard to available protein genes annotation environments.
RNAspace makes available a variety of ncRNA gene finders and ncRNA databases as well as user-friendly tools to explore computed results including comparison, visualization and edition of putative RNAs. RNAspace also allows to export putative RNAs in various formats.

 

Access conditions

RNAspace is an open source project. It is developed in Python. It is copyrighted with the GNU General Public License, and is free (in the GNU sense) for all to use, and is in constant development. RNAspace is hosted at Sourceforge. It is also available as a web server at rnaspace.org.

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Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
10
Downloads:
Not documented

Vidjil

Description

Vidjil is an open-source platform for the analysis of high-throughput sequencing data from lymphocytes. V(D)J recombinations in lymphocytes are essential for immunological diversity. They are also useful markers of pathologies, and in leukemia, are used to quantify the minimal residual disease during patient follow-up. High-throughput sequencing (NGS/HTS) now enables the deep sequencing of a lymphoid population with dedicated Rep-Seq methods and software.

Vidjil contains a high-throughput algorithm extracting V(D)J junctions and gather them into clones. This analysis is based on a seed heuristics and is fast and scalable, as, in the first phase, no alignment is performed with database germline sequences. Vidjil also contains a dynamic browser and a patient database for visualization and analysis of clones and their tracking along the time in a MRD setup or in a immunological study.

Access conditions

Vidjil is open-source, released under GNU GPLv3 license. You are welcome to redistribute it under certain conditions. This software is for research use only and comes with no warranty.

The browser can be accessed at rbx.vidjil.org/browser. The development code of Vidjil is available on GitHub, and the command-line version of Vidjil can also be downloaded below.

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Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
53
Downloads:
Not documented

SortMeRNA

Description

SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.

Access conditions

SortMeRNA is implemented in C++ and freely distributed under the GNU lesser general public license (LGPL).
 

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Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
Not documented
Downloads:
Not documented

miRkwood

Description

miRkwood is a web application that allows for the fast and easy identification of microRNAs. It is specifically designed for plant microRNAs.

Access conditions

miRkwood offers an user-friendly interface to navigate in the data, as well as many export options to allow the user to conduct further analyses on a local computer.

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Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
90
Downloads:
Not documented

Carnac

Description

Carnac is a software tool for analysing the hypothetical secondary structure of a family of homologous RNA. It aims at predicting if the sequences actually share a common secondary structure. When this structure exists, Carnac is then able to correctly recover a large amount of the folded stems. The input is a set of single-stranded RNA sequences that need not to be aligned. The folding strategy relies on a thermodynamic model with energy minimization. It combines information coming from locally conserved elements of the primary structure and mutual information between sequences with covariations too.

Access conditions

You can use Carnac via the web interface. It is also possible to download and install it locally (carnac.tar.gz and read_me). You need a C compiler.
A Windows executable is also available in this zip archive .

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Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
Not documented
Downloads:
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Galaxy - MPAgenomics

Description

Intégration du package MPAgenomics à Galaxy.
Création et déploiement d'une instance d'une instance publique de Galaxy

Access conditions

Galaxy MPAgenomics est accessible via le cloud de l'IFB Core

Domains of activity
  • Computer Science
  • Biology
  • Biomedical
  • Environment
Keywords:
  • NGS data analysis
  • Methodology
  • Genome and transcriptome assembly
  • Read mapping
  • Genomics (DNA-seq)
  • Genome analysis
  • Structural and functional genome annotation
  • Transcriptomics (RNA-seq)
  • Differential gene expression analysis
  • Transcripts and transcript variants analysis
  • Variant calling
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Analysis of gene expression regulation
  • Chip-seq
  • Small and long non-coding RNAs
  • Metagenomics, metatranscriptomics
  • Sequence analysis
  • Sequence algorithmics
  • (multiple) Sequence Alignment
  • Sequence annotation
  • Sequence motif discovery
  • Structural bioinformatics
  • Biostatistics
  • Descriptive statistics
  • Statistical tests
  • Regression
  • Multivariate analysis
  • Dimension reduction
  • Information and communication technology developments
  • Tools
  • Tool integration
  • Interoperability
  • Interfaces, web portals
  • Workflows developments
  • Data
  • Data integration
  • Data management and transfer
  • Databases and information systems
  • Evolution and phylogeny
  • Molecular evolution
  • Genes and genomes
  • Comparative genomics
  • Genome comparison
  • Genomics: Chips
  • DNA chips
  • CGH
  • RNA chips
  • Expression
  • Immunogenetics
  • Immune repository analysis
  • Immunoinformatics
  • Proteomics
  • Statistical Differential Analysis

Formation professionnelle

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
06-02-2017

Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/5 : Analyses ADN

Description
bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.
  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017

Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module 1 sont :

- Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN
- Présenter les méthodes et outils d'alignement et d'assemblage
- Réaliser des contrôles de qualité et des alignements sur une référence
- Utiliser la plateforme Galaxy pour ces analyses

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
3 day(s) / year
Upcoming session :
05-04-2017

Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/5 : Analyses RNA-seq

Description

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017

Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module 2 sont :

- Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy
- Avoir un regard critique sur la qualité des lectures obtenues par le séquenceur
- Connaître et savoir paramétrer les outils nécessaires à l’analyse
- Connaître les méthodes de normalisation des données et d’analyse différentielle

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)

Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement.

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
12-06-2017

Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/5 : Analyses ChIP-seq

Description

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017

Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module 3 sont :

Savoir analyser des données de ChIP-seq, du peak-calling à la découverte de motifs :
- Savoir détecter les pics et obtenir un signal
- Comprendre les différentes structures de données
- Savoir effectuer les contrôles qualité
- Savoir effectuer une analyse d'enrichissement de motifs
- Etre capable de préparer ses résultats pour leur annotation
- Comprendre comment croiser plusieurs résultats de ChIP-seq

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)
- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Savoir aligner les séquences pour obtenir un fichier bam à partir d'un fichier fastq.

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
3 day(s) / year
Upcoming session :
02-10-2017

Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses de variants

Description

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017

Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module 4 sont :

- Comprendre les grands principes de la détection de variants
- Réaliser les différentes étapes du post-traitement des données d’alignement à la détection de variants
- Adapter l’analyse en fonction du type de données NGS générées
- Comprendre la structure des données de variants
- Savoir annoter des variants
- Etre capable d’interpréter une liste de variants grâce aux outils libres disponibles

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)
- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
3 day(s) / year
Upcoming session :
06-12-2017

Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/5 : Métagénomique

Description

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017

Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy.

Les objectifs du module 5 sont :

- Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique
- Comprendre les différentes étapes analytiques du traitement bioinformatique des données et savoir les mettre en œuvre
- Savoir conduire une analyse statistique pour l’estimation de la richesse de la biodiversité
- Aller jusqu’aux conclusions biologiques

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy »)
- Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. Etre familier avec le vocabulaire et les étapes de base de l’analyse de données de séquençage : nettoyage, assemblage, mapping

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
07-09-2016

Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 1/4 : Banques de données et Blast

Description

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.

  • 7-8 septembre 2016: Banques de données et BLAST
  • 24-25 novembre 2016: Alignements de séquences
  • 16-17 février 2017: Prédiction de gènes et annotation de protéines
  • 11-12 mai 2017: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire

Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille.

Les objectifs du module 1 sont :

- Découvrir différentes banques de données de séquences généralistes
- Savoir interroger les banques de données et réaliser des requêtes pertinentes
- Comprendre la structure des données
- Savoir utiliser de manière optimale le logiciel Blast en fonction de l'application visée (ex : recherche d’homologie, prédiction de gènes…)
- Etre capable d'analyser un résultat avec un regard critique

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
24-11-2016

Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 2/4 : Alignement de séquences

Description

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.

  • 7-8 septembre 2016: Banques de données et BLAST
  • 24-25 novembre 2016: Alignements de séquences
  • 16-17 février 2017: Prédiction de gènes et annotation de protéines
  • 11-12 mai 2017: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire

Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille.

Les objectifs du module 2 sont :

- Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques
- Savoir choisir le logiciel et les paramètres adaptés à une problématique (alignement local, global, multiple...)
- Comprendre les méthodes algorithmiques pour l'alignement de séquences
- Comprendre les paramètres des logiciels
- Etre capable d'analyser un résultat d'alignement avec un regard critique

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

- Savoir utiliser un ordinateur (Windows…) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).
- Etre familier avec les banques de données, Blast et formats de séquences (idéalement avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » du cycle d'initiation à la bioinformatique).

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
16-02-2017

Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 3/4 : Prédiction de gènes et annotation de protéines

Description

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.

  • 7-8 septembre 2016: Banques de données et BLAST
  • 24-25 novembre 2016: Alignements de séquences
  • 16-17 février 2017: Prédiction de gènes et annotation de protéines
  • 11-12 mai 2017: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire

Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille.

Les objectifs du module 3 sont :

- découvrir les logiciels liés à la prédiction de gènes et à l'annotation de protéines
- acquérir la méthodologie pour prédire les gènes présents sur un génome qu'il soit bactérien ou eucaryote
- acquérir la méthodologie pour analyser la séquence protéique prédite et en déduire la fonction possible de la protéine, avoir une idée de sa localisation cellulaire et de sa structure
- être capable d'analyser les résultats obtenus par les logiciels avec un regard critique

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

- Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice).
- Être familié avec les banques de données, Blast, formats de séquences et alignements de séquences (idéalement avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » et le module 2/4 « Alignements de séquences » du cycle d'initiation à la bioinformatique).

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
11-05-2017

Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 4/4 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire

Description

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.

  • 7-8 septembre 2016: Banques de données et BLAST
  • 24-25 novembre 2016: Alignements de séquences
  • 16-17 février 2017: Prédiction de gènes et annotation de protéines
  • 11-12 mai 2017: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire

Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille.

Les objectifs du module 4 sont :

- Comprendre les grands principes de l’évolution moléculaire et de la reconstruction phylogénétique
- Savoir construire des alignements informatifs pour une analyse phylogénétique
- Comprendre les modèles phylogénétiques probabilistes, les méthodes d'inférence et savoir les appliquer
- Savoir reconstruire des arbres phylogénétiques en Maximum de vraisemblance (ML) et par Inférence Bayésienne (BI)
- Etre capable d’analyser avec un regard critique les résultats obtenus

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)

Access conditions

- Il est conseillé mais non nécessaire d’avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » et le module 2/4 « Alignements de séquences » du cycle d'initiation à la bioinformatique.

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
1 day(s) / year
Upcoming session :
08-11-2016

Initiation à Galaxy

Description

bilille organise une formation d'initiation à Galaxy, destinée aux biologistes ou médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale. Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Cette initiation à Galaxy est une formation interne à bilille.
 

Access conditions
Not documented
Internal publications
"Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing", Nucleic Acids Research, vol. 44, no. D1, pp. D1113-D1118, 2016.
External publications
Publications with the hosting laboratory
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