ATGC

Adress
CC 477
161 Rue Ada 34090 Montpellier
Structure(s)
CNRS
Unit:
LIRMM UMR 5506
Regional Center
IFB South
Scientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Annual visits:
80 000 an
Unique visits:
10 000 an
Quotes:
10 000
Downloads:
4 300

PhyML

Description

Inférence d'arbres phylogénétiques en maximum de vraisemblance.

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
40 000 an
Unique visits:
Not documented
Quotes:
1 500
Downloads:
Not documented

phylogeny.fr

Description

Pipeline d'analyse phylogénétique.

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
300 an
Quotes:
300
Downloads:
230

FastME

Description

Méthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques.

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
900
Downloads:
Not documented

BioNJ

Description

Méthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques.

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
150 an
Quotes:
20
Downloads:
Not documented

PhySIC_IST

Description

Méthode de super-arbre

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
1
Downloads:
Not documented

CompPhy

Description

Serveur collaboratif de comparaison de phylogénies.

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
20
Downloads:
Not documented

LoRDEC

Description

Logiciel de correction des longs reads.

Access conditions

Gratuit depuis le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
100 an
Quotes:
8
Downloads:
110

MPscan

Description

Méthode de mapping de reads sur un génome sans index.

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
18
Downloads:
100

CRAC

Description

Méthode d'analyse de données RNA-seq.

Access conditions

Gratuit via le site de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
1
Downloads:
2 000

QOD

Description

Comparaison multiple de génomes.

Access conditions

Gratuit via le site de la plateforme.

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
3
Downloads:
Not documented

LSD

Description

LEAST-SQUARES METHODS TO ESTIMATE RATES AND DATES FROM SERIAL PHYLOGENIES

Access conditions

Gratuit via le site web de la plateforme.

Domains of activity
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Biology
  • Agri-food
  • Environment
Description of expertise domains

Text and trees algorithmics, combinatorial optimization, statistical and probabilistic modeling, classification, phylogeny, high throughput sequencing, genomes, transcriptomes, proteomes, cancer, malaria, HIV.

Keywords:
  • NGS data analysis
  • Methodology
  • Genome and transcriptome assembly
  • Read mapping
  • Transcriptomics (RNA-seq)
  • Differential gene expression analysis
  • Transcripts and transcript variants analysis
  • Metagenomics, metatranscriptomics
  • Sequence analysis
  • Sequence algorithmics
  • Sequence motif discovery
  • Machine learning
  • Knowledge extraction
  • Information and communication technology developments
  • Tools
  • Tool integration
  • Interoperability
  • Interfaces, web portals
  • Computing environments
  • Cluster
  • Evolution and phylogeny
  • Molecular evolution
  • Genes and genomes
  • Speciation dating
  • Phylogenomics
  • Tree of life
  • Supertrees et reconciliations

Formation professionnelle

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
5 day(s) / year
Upcoming session :
09-10-2017

Phylogénie moléculaire

Description
Les objectifs sont :
1. Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire.
2. Être autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique.
3. Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie.

https://cnrsformation.cnrs.fr/

Access conditions

S'acquitter des frais d'inscription, être familiarisé avec les banques de données de séquences, avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique, connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres), avoir des notions de programmation.

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
4 day(s) / year
Upcoming session :
27-03-2017

Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

Description
Les objectifs sont :

- Savoir choisir les outils d'analyse
- Etre autonome pour effectuer un pipeline d'analyse
- Comprendre les principes des méthodes d'analyse
- Savoir manipuler les fichiers de séquences : préparation et filtration
- Etre capable d'évaluer la qualité des données
- Savoir analyser avec ou sans génome de référence

https://cnrsformation.cnrs.fr/

Access conditions

S'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoire..., notions du système linux et des lignes de commandes, niveau master

Trainees:
12 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
03-05-2017

Linux et script pour la bioinformatique

Description

Pour la plupart des tâches communes, le système Linux (libre et gratuit) peut avantageusement remplacer les systèmes d'exploitation propriétaires tels que Windows ou MacOS. Les énormes avantages de Linux sont sa gratuité, son évolution constante et l'inexistence des virus. Ce stage est une initiation à l'utilisation du système d'exploitation Linux et des lignes de commande pour les non informaticiens, ainsi qu'une initiation à l'écriture et l'emploi de scripts (petits programmes) pour faciliter l'analyse de données. Il s'agit pour des débutants ou quasi débutants Linux d'utiliser le système et d'acquérir l'autonomie nécessaire pour résoudre les besoins communs simples d'analyse par la combinaison des méthodes à travers des scripts.

 

Access conditions

S'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc.

Formation universitaire

No website documented
Trainees:
13 trainees / year
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Master Sciences & Numérique pour la Santé

Description

La spécialité BCD a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du vivant (agronomie, biologie moléculaire, cellulaire, physiologie animale et végétale, biochimie), des sciences médicales, de l'informatique ou des mathématiques aux besoins spécifiques de la bioinformatique, des systèmes d'informations, de l'extraction de connaissances et de la modélisation du vivant tout en renforçant les compétences de leur profil initial.

Access conditions

M1 : licence math, info, physique, EEA, biologie, STAPS + équiv. L3 de la formation pharma/médecine (ou tout équiv. 180 ECTS acquis) - M2 : master 1 ou équiv. (formation continue, VAE, ...)

No website documented
Trainees:
10 trainees / year
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Master Biostatistiques

Description

Deux objectifs sont visés par la formation. Le premier est de former des chercheurs ou enseignants-chercheurs dans le domaine de la statistique théorique ou appliquée. Le deuxième objectif est de former des statisticiens de haut niveau pour des organismes de recherche ou des entreprises.

Access conditions
Not documented
Users distribution
International
94 %
National
4 %
Regional
1 %
Local
1%
Explanation about this distribution:

Tous nos outils sont en accès libre sur le site web de la plate-forme. Ils sont mondialement utilisés. Les utilisateurs locaux représentent une très faible part des utilisateurs de la plate-forme.

Platform's own projects

Not Documented

Collaborations
National projets
(9)

Participation depuis 2010 à 6 projets ANR, 1 projet MASTODONS et 2 PIA (Institut de Biologie Computationelle, Ancestrome).

International and European projects
(2)
  • Participation en tant que MC member au European COST Action 2011-2015 Next Generation Sequencing Data Analysis Network or SeqAhead.
  • Participation au projet européen VIROGENESIS.
Projects with industry

Participation à des projets avec des industriels : des contrats-collaboration avec SkuldTech, Microsoft Research, Bioversity.

Collaboration projects not founded through an external organism
Not documented
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
Nous organisons une vingtaine de séminaires de bioinformatique par an avec un invité et une vingtaine de participants à chaque édition. Ces séminaires sont complétés par le séminaire mensuel de l'IBC, avec un invité prestigieux et environ 50 participants à chaque édition.

Depuis 2012, nous organisons MCEB (Mathematical and Computational Evolutionary Biology) chaque année, avec 10 invités de renommée internationale et 70 participants sur 4-5 jours :

Depuis 2013, nous organisons SeqBio : workshop sur les méthodes d'analyse de texte pour la bioinformatique des séquences

Depuis 2014, nous animons le réseau des ingénieurs en bioinformatique de Montpellier (http://ifb-gs.cnrs.fr/mbi) qui se réunit une fois par mois autour d'une thématique prédéfinie (par exemple Galaxy, CHADO,...).

Internal publications

To T.-H., Jung M., Lycett S. and Gascuel O.

Fast dating using least-squares criteria and algorithms
Syst Biol. 2016 Jan;65(1):82-97.


Lefort V., Desper R., Gascuel O.
FastME 2.0: a comprehensive, accurate and fast distance-based phylogeny inference program.
Molecular Biology and Evolution 32(10), 2798-800, 2015.


Chang JM, Di Tommaso P, Lefort V, Gascuel O, Notredame C.

TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction.

Nucleic Acids Res. 2015 Apr 8.


L. Salmela and E. Rivals.
LoRDEC: accurate and efficient long read error correction
Bioinformatics 30(24):3506-3514, 2014.


Fiorini N, Lefort V, Chevenet F, Berry V, Arigon Chifolleau A-M.

CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies

BMC Evol Biol. 2014 Dec 14;14(1):253


Chevenet F, Jung M, Peeters M, de Oliveira T, Gascuel O.

Searching for Virus Phylotypes

Bioinformatics (2013) Volume 29, Issue 5Pp. 561-570.


Philippe N, Salson M, Commes T, Rivals E.

CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads

Genome Biol. 2013 Mar 28;14(3):R30.


Nguyen TH, Ranwez V, Pointet S, Chifolleau AM, Doyon JP, Berry V.

Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit

Algorithms Mol Biol. 2013 Apr 8;8(1):12.


Le SQ, Dang CC, Gascuel O.

Modeling protein evolution with several amino acid replacement matrices depending on site rates.

Mol Biol Evol. 2012 Oct;29(10):2921-36


Lajoie M, Gascuel O, Lefort V and Bréhélin L.

Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space

Genome Biology, 13(11):R109, 2012.

External publications

Sèverine Bérard, Annie Chateau, Nicolas Pompidor, Paul Guertin, Anne Bergeron, and Krister M. Swenson. Aligning the unalignable: bacteriophage whole genome alignments. BMC Bioinformatics, 17(1):1--13, 2016.


Mourad R., Chevennet F., Dunn D.T., Fearnhill E., Delpech V., Asboe D., Gascuel O., Hue S. A phylotype-based analysis highlights the role of drug-naive HIV-positive individuals in the transmission of antiretroviral resistance in the UK. AIDS 29 (15), 1917-1925, 2015.


Gascuel O., Steel M. A ‘stochastic safety radius’ for distance-based tree reconstruction. Algorithmica, 1-18, 2015.


R. Uricaru, C. Michotey, H. Chiapello, E. Rivals. YOC, a new strategy for pairwise alignment of collinear genomes. BMC Bioinformatics 16:111, 2015.


K.M. Swenson and M. Blanchette. Models and algorithms for genome rearrangement with positional constraints. In Proc. 15th Int'l Workshop Algs. in Bioinformatics (WABI'15), pages 243--256. Springer Verlag, Berlin, 2015.


Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, and Sèverine Bérard. Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding. BMC genomics, 16(Suppl 10) :S11, 2015.


C. Keyser, C. Hollard, A. Gonzalez, L. Fausser, E. Rivals, A. Alexeev, A. Riberon, E. Crubézy, B. Ludes. The ancient Yakuts: a population genetic enigma. Philosophical Transactions of the Royal Society series B Jan 19;370(1660), 2015.


B. Cazaux, T. Lecroq, E. Rivals. Construction of a de Bruijn Graph for Assembly from a Truncated Suffix Tree. 9th International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA), A.-H. Dediu et al. (Eds.), Springer Verlag, LNCS 8977, pp. 109-120, 2015.


B. Cazaux, T. Lecroq, E. Rivals. From Indexing Data Structures to de Bruijn Graphs. 25th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2014), Moscow, LNCS 8486, pp. 89-99, Springer Verlag, 2014.


Dang C.C., Le V.S., Gascuel O., Hazes B., Le Q.S. FastMG: a simple, fast, and accurate maximum likelihood procedure to estimate amino acid replacement rate matrices from large data sets. BMC Bioinformatics, 15(1), 341, 2014.


Ghouila A, Florent I, Guerfali FZ, Terrapon N, Laouini D, Yahia SB, Gascuel O, Bréhélin L. Identification of Divergent Protein Domains by Combining HMM-HMM Comparisons and Co-Occurrence Detection. PLoS One 9(6):e95275, 2014


Schaper E, Gascuel O, Anisimova M. Deep conservation of human protein tandem repeats within the eukaryotes. Molecular Biology and Evolution 31(5):1132-48, 2014


Nicolas Briot, Annie Chateau, Rémi Coletta, Simon de Givry, Philippe Leleux, and Thomas Schiex. An Integer Linear Programming Approach for Genome Scaffolding. In Workshop in Constraints in Bioinformatics, WCP 2014 (satellite de CP2014), 2014.


R. Dondi, N. El-Mabrouk, and K.M. Swenson. Gene tree correction for reconciliation and species tree inference: complexity and algorithms. J. Discrete Algorithms, 2014.


Gascuel O, Steel M. Predicting the ancestral character changes in a tree is typically easier than predicting the root state. Systematic Biology 63(3):421-35, 2014


J. Buard, E. Rivals, D. Dunoyer de Segonzac, C. Garres, P. Caminade, B. de Massy, P. Boursot. Diversity of Prdm9 Zinc finger array in wild mice unravels new facets of the evolutionary turnover of this coding minisatellite. PLoS One 2014.


Romain Blanc-Mathieu, Bram Verhelst, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, François-Yves Bouget, Isabelle Carré, Annie Chateau, Adam C Eyre-Walker, Nigel Grimsley, Herve Moreau, Benoit Piegu, Eric Rivals, Yves van de Peer, Wendy Schackwitz and Gwenael Piganeau. An improved genome of the model marine alga Ostreococcus tauri unfolds by assessing Illumina de novo assemblies. BMC Genomics, 15:1103 2014.


El Baidouri F., Brisse S., Berry V., Chevenet F., Diancourt L., Pratlong F., Marty P., Ravel C. Genetic structure and evolution of the Leishmania genus in Africa and Eurasia: what does MLSA tell us PLoS Neglected Tropical Diseases, pp. 001-030, 2013

Scornavacca C., Paprotny W., Berry V., Ranwez V. Representing a set of reconciliations in a compact way Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 11(2), 1250025, 2013

Berry V., Bininda-Emonds O., Semple C. Amalgamating Source Trees with Different Taxonomic Levels Systematic Biology, Vol. 62(2), pp. 231-249, 2013

Guindon S. From Trajectories to Averages: An Improved Description of the Heterogeneity of Substitution Rates Along Lineages Systematic Biology, pp. 22-34, 2013

Guindon S., Cheng Y., Rodrigo A., Wee L. W., Masafumi I., Thompson A., Locarnini S., Lim S. Cumulative viral evolutionary changes in chronic hepatitis B virus infection precedes hepatitis B e antigen seroconversion Gut, Vol. 62(9), pp. 1347-1355, 2012

Mooers A., Gascuel O., Stadler T., Li H., Steel M. Branch Lengths on Birth-Death Trees and the Expected Loss of Phylogenetic Diversity Systematic Biology, Vol. 61(2), pp. 195-203, 2012

Boudière L., Botté C. Y., Saidani N., Lajoie M., Marion J., Brehelin L., Yamaryo-Botté Y., Satiat- Jeunemaître B., Breton C., Girard-Egrot A., Bastien O., Jouhet J., Falconet D., Block M. A., Maréchal E. Galvestine-1, a novel chemical probe for the study of the glycerolipid homeostasis system in plant cells. Molecular BioSystems, Vol. 8(8), pp. 2023-35, 2012

Cornillot E., Hadj-Kaddour K., Dassouli A., Noel B., Ranwez V., Vacherie B., Augagneur Y., Brès V., Duclos A., Randazzo S., Carcy B., Debierre-Grockiego F., Delbecq S., Moubri-Ménage K., Shams-Eldin H., Usmani- Brown S., Bringaud F., Wincker P., Vivarès C.P., Schwarz R. T., Schetters T. P., Krause P. J., Gorenflot A., Berry V., Barbe V., Ben Mamoun C. Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti Nucleic Acids Research, Vol. 40(18), pp. 9102-9114, 2012

Julien S., Steel M., Lee M., Sarkissian C., Guindon S., Ho S., Cooper A. The Influence of Rate Heterogeneity among Sites on the Time Dependence of Molecular Rates Molecular Biology and Evolution, pp. 3345-3358, 2012

Rivals E., Philippe N., Salson M., Léonard M., Commes T., Lecroq T. A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections ERCIM News, Vol. 2012(89), pp. 20-21, 2012

Jung M., Leye N., Vidal N., Fargette D., Diop H., Toure Kane C., Gascuel O., Peeters M. The Origin and Evolutionary History of HIV-1 Subtype C in Senegal PLoS ONE, Vol. 7(3), e33579, 2012

Guindon S., Lanfear R., Calcott B., Yw Ho S. PartitionFinder: Combined Selection of Partitioning Schemes and Substitution Models for Phylogenetic Analyses Molecular Biology and Evolution, 2012

Pardi F., Gascuel O. Combinatorics of Distance-Based Tree Inference. Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 109, pp. 16443-16448, 2012
Publications with the hosting laboratory

Mathias Weller, Annie Chateau, and Rodolphe Giroudeau.

Exact approaches for scaffolding.

BMC bioinformatics, 16(Suppl 14) :S2, 2015.


Annie Chateau and Rodolphe Giroudeau.

A complexity and approximation framework for themaximization scaffolding problem.

Theoretical Computer Science, 595 :92–106, 2015.


Guillemot S., Havet F., Paul C., Perez A.

On the (non-)existence of polynomial kernels for Pl-free edge modification problems

Algorithmica, Vol. 65(4), pp. 900-926, 2013


Gambette P., Berry V., Paul C.

Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 10(4), 1250004, 2012


Annie Chateau and Rodolphe Giroudeau.

Complexity and Polynomial-Time Approximation Algorithms around the Scaffolding Problem.

In First International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2014), pages 48–60, 2014.

Development
Un brevet en 2010 : Purification process of nascent DNA. • Deux dépôt APP en cours.
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