MIGALE

Adress
Unité MaIAGE
Domaine de Vilvert 78350 Jouy-en-Josas
Structure(s)
INRA
Unit:
MaIAGE, UR 1404
Regional Center
ApliBio, Ile-de-France
Scientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
  • CNOC (INRA)
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
  • PF stratégique nationale INRA
  • RIO
Infrastructure
Propriétaire
Effective storage
170.00 To
Cluster: cores number
600 cores
Data collections number
17
CPU/hours a year
2 240 000 H / an
Bioinformatic tools number
140
Users number (last year)
600

Access conditions

Gratuit sur demande de compte

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2 174 an
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51
Latest update:
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MOSAIC

Description

MOSAIC est une base de données relationnelle qui permet de comparer des génomes bactériens d'une même espèce au niveau nucléique et de définir le squelette et les boucles.

Chiapello H, Gendrault A, Caron C, Blum J, Petit MA, Karoui El M: MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level. BMC Bioinformatics 2008, 9:498.

Access conditions

Accès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/mosaic

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350 an
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Latest update:
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Insyght

Description

Insyght est un browser qui permet de naviguer entre des données d’homologie, de synténie et d’annotation des protéines de 407 génomes complets de bactéries. La ressource a été publiée en décembre 2014 : Lacroix T, Loux V, Gendrault A, Hoebeke M, Gibrat J-F: Insyght: navigating amongst abundant homologues, syntenies and gene functional annotations in bacteria, it's that symbol! Nucleic Acids Res 2014.

Access conditions

Accès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/Insyght/

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6 000 an
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71
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AGMIAL

Description

AGMIAL, plate-forme d’annotation de génomes microbiens.
Bryson K, Loux V, Bossy R, Nicolas P, Chaillou S, van de Guchte M, Penaud S, Maguin E, Hoebeke M, Bessières P, Gibrat JF: AGMIAL: implementing an annotation strategy for prokaryote genomes as a distributed system. Nucleic Acids Res 2006, 34:3533–3545.

Access conditions

Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://genome.jouy.inra.fr/agmial. Il est également possible de demander l’installation d’une instance d’AGMIAL sur les machines de la plate-forme MIGALE.

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250 an
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IGO

Description

IGO est un portail permettant de croiser des informations entre différents outils de l’unité (Insyght, Mosaic, Prose, Pareo, Subtilis Expression Browser)

Access conditions

Accès gratuit à http://migale.jouy.inra.fr/IGO

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588 722 an
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1
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Portail Galaxy de la plateforme MIGALE

Description

Mise en ligne d’outils et de workflows.

Mise à jours en janvier 2015

Access conditions

Accès gratuit avec un compte à http://migale.jouy.inra.fr/galaxy/

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1 021
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GOR IV

Description

OR IV est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines. 3 états sont pris en considération : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b) et les structures apériodiques (C). Ce programme est basé sur des considérations statistiques issues de la théorie de l'information. Il n'utilise pas d'alignement multiple. Il fournit un résultat Q3 de 65%.

Access conditions

Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Mig/Logiciels/GOR_IV.tar.gz

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84
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KAKSI

Description

KAKSI est un programme d'assignation de la structure secondaire des protéines. L'assignation des structures secondaires : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b), les tournants (T) et les structures apériodiques (C) est effectuée sur la base des distances entre les carbones alpha et des angles phi et psi de la chaîne principale. Le programme calcule aussi la courbure de la chaîne principale.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Migale/Outils/kaksi.tarba...

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9
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DOMIRE

Description

DOMIRE est un serveur utilisant le programme VAST (comparaison des structures 3D des protéines) pour définir les limites des domaines structuraux dans les protéines à partir de leurs coordonnées atomiques. Il fournit aussi pour chaque structure requête une liste de voisins structuraux.

Access conditions

Accès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/domire

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17
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GPCRAutomodel

Description

GPCRAutomodel est un serveur permettant de modéliser des couple de récepteurs de protéines G, protéines largement représentées dans la membrane cellulaire et sont des éléments clés de plusieurs mécanismes de réponse cellulaire aux signaux environnementaux.

Access conditions

Accès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/GPCRAutomodel

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1 526
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VAST

Description

VAST est un programme de comparaison des structures 3D des protéines.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Migale/Outils/vast.tarbal...

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29
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OSS-HMM

Description

OSS-HMM (Optimal Secondary Structure prediction Hidden Markov Model) est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines selon 3 états : hélice alpha (H), brin bêta (b), et structure apériodique (C) qui utilise le formalisme des modèles de Markov cachés. Quand il est utilisé avec une seule séquence il fournit un Q3 de 68.8%. Avec un alignement multiple il fournit un Q3 de 75.5%. Cet outil peut aussi être utilisé pour générer des séquences de protéines ayant une suite de structures secondaires particulières.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=oss-hmm

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ESAP

Description

ESAP est un programme de prédiction de la conformation de boucles dans les protéines. Il est basé sur une technique de Monte-Carlo dans l'espace des angles dièdres.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Mig/Logiciels/ESAP.versio...

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59
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FROST

Description

FROST (Fold Recognition Oriented Search Tool) est un outil de reconnaissance de repliements.

Access conditions

Accès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/frost/

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AnovArray

Description

AnovArray est un ensemble de macros SAS pour l'analyse de données expressionnelles de type microarray et macroarray. Il permet la quantification des variations biologiques et technologiques et la détection de gènes différentiels entre plusieurs conditions. Les méthodes statistiques utilisées sont l'analyse de variance (ANOVA) et la méthode FDR (False Discovery Rate) pour le calcul de probabilités ajustées dans le cadre de test d'hypothèses multiples.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=anovarray

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Class2g

Description

Class2g fournit une ségrégation des gènes en deux groupes selon leur expression et donne la probabilité d'appartenir à chaque groupe. Les données peuvent être le ratio de l'expression des gènes dans les deux conditions dans des expériences de microarray, l'intensité du signal de l'expression des gènes dans des expériences de macroarray, ou l'intensité du signal de l'hybridation des gènes dans un contexte de génomique comparative.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=class2g

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ISLAND

Description

ISLAND est un programme qui permet de simuler le progrès d'un projet de cartographie physique de génomes par la méthode d'ancrage. Il fournit en particulier le nombre moyen de contigs obtenus, leur longueur moyenne et la proportion moyenne de génome recouverte par les contigs, en fonction de la longueur du génome, des nombres de clones et ancres utilisés et des longueurs de clones.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/ssb/software/island/

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MuGeN

Description

MuGeN (Multi-Genome Navigator) est un outil interactif permettant une exploration dans plusieurs génomes annotés complétés par des résultats d'analyse in silico. Il dispose également d'un mode d'exécution en mode batch lui permettant de servir de générateur d'images à divers formats. Ce mode de fonctionnement le prédispose à être intégré à des sites Web pour l'affichage de cartes physiques annotées.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/MuGeN

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R'HOM

Description

R'HOM (Recherche de régions HOMogènes dans les séquences d'ADN) est un logiciel dédié à l'utilisation de modèles de chaînes de Markov cachées pour la segmentation de séquences d'ADN en régions homogènes. R'HOM permet d'estimer un modèle de la composition des séquences d'ADN plus réaliste qu'un modèle de chaîne de Markov homogène et ensuite de segmenter les séquences sous ce modèle. Il a été utilisé notamment pour la recherche de transferts horizontaux chez B. subtilis et pour l'estimation de modèles destinés au calcul de la significativité de comptages de mots. R'HOM a été développé en coopération avec le Laboratoire Statistique et Génome d'Evry.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/ssb/rhom

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R'MES

Description

R'MES (Recherche de Mots Exceptionnels dans les Séquences d'ADN) est un ensemble de programmes C++ dédié à la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une fréquence exceptionnelle dans une séquence donnée (ADN, protéine ou autre). Une visualisation des résultats générés par R'MES peut être obtenue grâce à l'interface graphique RMESPlot disponible sur http://mulcyber.toulouse.inra.fr/projects/rmesplot.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé librement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=rmes

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SHOW

Description

SHOW (Structured HOmogeneities Watcher) est un "R'HOM" amélioré qui permet de définir souplement un modèle de chaîne de Markov cachée complexe puis d'utiliser ce modèle de diverses manières grâce à l'implémentation d'algorithmes de segmentation (forward-backward, Viterbi), d'estimation (EM) et de simulation. SHOW a essentiellement servi pour prédire les gènes bactériens mais il a aussi été utilisé avec d'autres objectifs comme la détection des sites d'épissage chez l'Homme. SHOW a été développé en collaboration avec le Laboratoire Statistique et Génome d'Evry.

Access conditions

Le logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/ssb/SHOW

Domains of activity
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
Description of expertise domains
La plate-forme MIGALE a une interaction privilégiée avec l’équipe StatInfOmics de l ‘unité MaIAGE à qui elle fournit un support logistique important. Les compétences de cette équipe sont les statistiques appliquées à l’analyse des données « omiques », et la bioinformatique au sens large, concernant en particulier :

 

la structure des génomes :

  • traitement et analyse des données NGS
  • l’annotation structurale et fonctionnelle de génomes complets,
  • la recherche de motifs dans les séquences ou les réseaux

la transcriptomique :

  • l’annotation structurale des ANR messagers
  • l’analyse des régulations

la structure et fonction des protéines :

classification et analyse des structures 3D des protéines
modélisation de la structure 3D des protéines

  • analyse des relations structure 3D – fonction des protéines

la génomique évolutive

  • comparaison de génomes microbiens
  • étude des processus évolutifs
  • Les autres équipes de l’unité ont des compétences :
  • en biologie des systèmes
  • biologie des systèmes pour les procaryotes (B. subtilis)
  • modélisation et analyse de réseaux de régulation biologique

en extraction de connaissances à partir de textes scientifiques appliquée

  • à la modélisation des réseaux de régulation génique et du métabolisme,
  • à la relation génotype-phénotype,
  • aux phénotypes multi-espèce et à l’adaptation à l’environnement.
Keywords:
  • NGS data analysis
  • Genome and transcriptome assembly
  • Read mapping
  • Genome analysis
  • Structural and functional genome annotation
  • Differential gene expression analysis
  • Metagenomics, metatranscriptomics
  • Sequence analysis
  • Sequence algorithmics
  • (multiple) Sequence Alignment
  • Sequence annotation
  • Sequence motif discovery
  • Homology/Orthology prediction
  • Tool integration
  • Interfaces, web portals
  • Workflows developments
  • Data integration
  • Data management and transfer
  • Databases and information systems
  • Cluster
  • Comparative genomics
  • Proteomics
  • Downstream analysis

Formation professionnelle

Trainees:
6 trainees / year
Training time:
1 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Linux

Description

Formation Linux

Access conditions
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Trainees:
10 trainees / year
Training time:
1 day(s) / year
Upcoming session :
14-03-2017

Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy

Description
Objectifs

Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de NGS. Application aux outils de mapping et d’assemblage.

Programme

Théorie

•Présentation des différents types de séquenceurs

•Les grandes familles d’algorithmes de mapping de lectures courtes d’assemblage et les outils associés

Pratique

Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien

•Contrôle qualité

•Assemblage de-novo

oNettoyage des données

oAssemblage

oVisualisation et statistiques sur l’assemblage

•Comparaison à un génome de référence :

oMapping des lectures sur un génome proche

oVisualisation du mapping 

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

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Trainees:
20 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Traitement des données NGS sous Galaxy

Description

http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations

Access conditions

http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations

Trainees:
7 trainees / year
Training time:
3 day(s) / year
Upcoming session :
15-05-2017

Annotation de génomes microbiens

Description

Modules en prépartion....

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

No website documented
Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Comparaisons de séquences protéiques

Description

http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations

Access conditions

http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations

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Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled
No website documented
Trainees:
5 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Initiation à la phylogénie

Description

http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations

Access conditions
Not documented
Trainees:
7 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
23-03-2017

Modélisation 3D des protéines

Description
Objectifs

Connaître les bases de la modélisation moléculaire : modélisation par homologie, arrimage (docking) de ligands, mutations in silico. Une demi-journée dédiée à la modélisation de vos protéines d'intérêts.

Programme

- Visualiser : Connaître les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PYmol.

- Comprendre : Analyse des structures 3D de protéines (RX ou RMN). Recherche d'homologues avec HHpred, I-Tasser, etc... Modélisation par homologie avec Modeller, Phyre2. Principes et applications.

- Prédire : Docking de ligands avec Autodock. Prédiction des mutations in silico. Principes et applications.

  • L'accent sera mis sur les points forts et les limites des différents outils et la pratique avec de nombreux "hand- on tutorials"
  • Plus une session dédiée : «bring your own protein».
Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
Upcoming session :
09-05-2017

Initiation à Perl

Description
Objectifs

Initiation à la programmation.

Identifier les possibilités offertes par l’écriture de quelques lignes de code.

Réalisation de tâches simples d’extraction et de reformatage d’informations issues de fichiers texte.

 

 

Programme

- Présentation de PERL

- Variables PERL

- Structures de contrôle

- Gestion de fichiers

- Réalisation de programmes simples

 

Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences et de fichiers de résultats d’outils bioinformatiques. 

 

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
Upcoming session :
11-05-2017

Perl avancé

Description
Objectifs

Aller plus loin avec Perl afin d’être autonome pour des manipulations complexes visant à extraire et reformater des données issues de fichiers texte.

 

 

 

 

Programme

- Expressions régulières

- Fonctions

- Prise en main de Bioperl

 

 

Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences et de fichiers de résultats d’outils bionformatiques.

 

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
6 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
07-03-2017

Initiation à R

Description
Objectifs

- Présenter le langage de programmation R et ses principes.

- Utiliser les principales fonctionnalités de ce langage pour effectuer des calculs mathématiques, statistiques ou des représentations graphiques.

- Attention : ce module n'est ni un module de statistique, ni un module d'analyse statistique des données.

Programme

- Structures et manipulation de données.

- Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…).

- Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot).

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
8 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
08-03-2017

Initiation à Python

Description
Objectifs

Initiation à la programmation.

Réalisation de tâches simples d'extractions d'informations.

Identifier les possibilités offertes par l'écriture de quelques lignes de codes.

 

 

 

 

 

Programme

• Présentation de Python

• Variables Python

• Structures de contrôle

• Réalisation de programmes simples

• Gestion de fichiers

• Fonctions

Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
8 trainees / year
Training time:
1 day(s) / year
Upcoming session :
10-03-2017

Python avancé

Description
Objectifs

Etre autonome pour des manipulations simples visant à extraire, reformater des données issues de fichiers texte.

 

 

 

 

 

Programme

- Expressions régulières

- Gestion des erreurs

- Biopython

- Réalisation de programmes simples

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

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Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled
Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
Upcoming session :
03-05-2017

Traitements bioinfo RNA-seq

Description
Objectifs

Connaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote.

 

Programme

Théorie

  • Bases biologiques des études d’expression
  • Séquençage NGS et RNA-Seq, présentation des différents types de séquenceurs
  • Méthodes d’alignements spécifiques au RNA-Seq
  • Reconstruction de transcrits
  • Assemblage de novo de transcriptomes
  • Quantification

 

Pratique

  • TP sur des données de type euraryote
  • Contrôle qualité
  • Nettoyage des données
  • Alignement sur un génome de référence et épissage
  • Visualisation de l’alignement
  • Découverte de nouveaux transcrits
  • Obtention d’un tableau de comptage

 

Lien avec d'autres modules

L'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq.

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
9 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
Upcoming session :
16-03-2017

Analyse statistique RNA-seq sous Galaxy

Description
Objectifs

Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.

Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article

du domaine.

Comprendre les particularités liées à la nature des données.

 

 

Programme

Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).

Normalisation et analyse différentielle : recherche de "régions d'intérêt" différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).

Prise en compte de la multiplicité des tests.

Le cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données sera traité à l'aide du package R SARTools (basé sur les packages R DESeq2 et edgeR) dans les environnements Galaxy et RStudio.

Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Trainees:
22 trainees / year
Training time:
3 day(s) / year
Upcoming session :
27-03-2017

Analyse de données métagénomiques 16S

Description
Objectifs

Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type "métagénomique amplicon" issues des technolo-gies de séquençage 454 et Illumina. La formation couvre les grandes étapes d'un pipeline d'analyse bioinformatique sous Galaxy (FROGS) pour transformer les séquences en tables d'abondances puis présente des outils statistiques sous R (phyloseq) qui permettent de décrire et comparer les échantillons à partir de ces tables.

 

Programme

Jours 1 et 2 : Analyses Bioinformatiques sous Galaxy

  • Introduction générale
  • Brefs rappels sur l'environnement Galaxy
  • Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage
  • Prétraitement des données
  • Clustering des séquences, construction des OTUs
  • Détection de chimères
  • Annotation taxonomique
  • Filtrage des données de comptages
  • Outils de visualisation
  • Construction de workflow et configuration de FROGS
  • Limite des données et des méthodes 

Jour 3 et 4 :  Analyses Statistiques sous Rstudio

  • Introduction générale
  • Import, manipulation et visualisation des données
  • Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.
  • Ordination et réduction de dimension : MDS
  • Clustering et Heatmap
  • Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis

▫ Introduction générale
▫ Brefs rappels sur l'environnement Galaxy
▫ Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage ▫ Prétraitement des données
▫ Clustering des séquences, construction des OTUs
▫ Détection de chimères
▫ Annotation taxonomique
▫ Filtrage des données de comptages
▫ Outils de visualisation
▫ Construction de workflow et configuration de FROGS
▫ Limite des données et des méthodes

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Jour 3 : Analyses Statistiques sous Rstudio
  • ▫  Introduction générale
  • ▫  Import et manipulation des données
  • ▫  Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.
  • ▫  Ordination et réduction de dimension : MDS
  • ▫  Clustering et Heatmap
  • ▫  Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis 
Access conditions

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Users distribution
International
1 %
National
37 %
Regional
15 %
Local
47%
Explanation about this distribution:
Not documented
Platform's own projects
(1)

MOBYLENET (2009-2011), Réseau de portails Web

Collaborations
National projets
Projet PIA France Génomique (2012-20120) WP2.2 : évaluation des algorithmes d ‘alignement de lectures.

EXECO (2010-2013), Etude méta-transcriptomique et biochimique de l’écosystème fromager: pour un contrôle accru de l’EXpression d’un ECOsystème alimentaire complexe.


GEMO (2010-2013), Génomique Evolutive de Magnaporthe Oryzae


BIOWIC (2009-2012), Bioinformatics Workflows for Intensive Computation

CBME (2009-2012), Computational Biology for Metagenomics Experiments

MEETAC (2009-2013), Valorisation des données transcriptomiques bovines à l'interface mère-embryon pour une compréhension intégrée de l'implantation



SURFING (2010-2013), Starter surface against inflammation of the gut


ECOSTAB (2012-2014), stability and functional redundancy of a microbial ecosystem


METASOIL (2009-2012), Description et exploitation de la communauté microbienne du sol par une approche métagénomique


International and European projects

BOND, FP7, Bioelectronic Olfactory Neuron Device, (2009-2012)

Projects with industry

Projet PIA (BPI) Biodatacloud (2013-2016) développement d’un outil de visualisation multigénotype pour des génomes de plante Coordinateur Biogemma.

Collaboration projects not founded through an external organism
Not documented
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
Internal publications
F. Samson, R. Shrager, C.-H. Tai, V. Sam, B.-K. Lee, P. Munson, J.-F. Gibrat, and J. Garnier. DOMIRE: a web server for identifying structural domains and their neighbors in proteins. Bioinformatics , 28(7):1040–1041, 2012

Schbath S., Martin V., M. Zytnicki, Fayolle J., Loux V., and Gibrat J.-F. Mapping reads on a genomic sequence: an algorithmic overview and a practical comparative analysis. J. Computational Biology , 19(6):796–813, 2012.
External publications
S. Weiss, F. Samson, D. Navarro, and S. Casaregola. YeastIP: a database for identification and phylogeny of Saccharomycotina yeasts. FEMS Yeast Research , 13(1):117–125, 2012.

M. Amari, S. Laguerre, M. Vuillemin, H. Robert, V. Loux, C. Klopp, S. Morel, B. Gabriel, M. Remaud-Siméon, V. Gabriel, C. Moulis, and C. Fontagné-Faucher. Genome Sequence of Weissella confusa LBAE C39-2, Isolated from a Wheat Sourdough. J. Bacteriology , 194(6):1608–1609, 2012.

P. Barbier, A. Houel, V. Loux, J. Poulain, J.-F. Bernardet, M. Touchon, and E. Duchaud. Complete genome sequence of Flavobacterium indicum GPSTA100-9T , isolated from warm spring water. J. Bacteriology, 194(11):3024–3025, 2012.

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