PRABI-Gerland

Adress
7 Passage du Vercors 69367 Lyon
Structure(s)
CNRS
Unit:
PRABI-Gerland, UMR 5305
Regional Center
Prabi, Rhône-Alpes
Scientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
  • Label IBiSA
  • RIO
Annual visits:
54 750 an
Unique visits:
Not documented
Quotes:
97
Latest update:
28-12-2016

euHCVdb

Description

Base de données européenne du virus de l’Hépatite C

Access conditions

https://euhcvdb.ibcp.fr

(depuis mars 2005, 96445 entrées)

Annual visits:
743 an
Unique visits:
3 681 an
Quotes:
14
Latest update:
28-12-2016

BYKdb

Description

Base de données des tyrosine kinases bactériennes.

Access conditions

https://bykdb.ibcp.fr (depuis juillet 2011)

Annual visits:
16 292 an
Unique visits:
1 561 an
Quotes:
18
Latest update:
28-12-2016

HBVdb

Description

Base de connaissances du virus de l’Hépatite B.

Access conditions

https://hbvdb.ibcp.fr (depuis juillet 2012)

Annual visits:
1 116 an
Unique visits:
1 237 an
Quotes:
Not documented
Latest update:
28-12-2016

BLC2db

Description

Base de données des protéines de la famille BCL-2 et des protéines BH3-only.

Access conditions

https://bcl2db.ibcp.fr (depuis juillet 2013)

Annual visits:
200 000 an
Unique visits:
40 000 an
Quotes:
2 892
Downloads:
Not documented

ESPript/ENDscript

Description
Access conditions

http://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr

Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique.

Annual visits:
16 419 an
Unique visits:
5 837 an
Quotes:
304
Downloads:
Not documented

Geno3D@

Description

Modélisation par homologie automatisée de la structure tridimensionnelle des protéines.

Access conditions

https://geno3d-prabi.ibcp.fr (depuis février 2001).

Annual visits:
480 414 an
Unique visits:
Not documented
Quotes:
1 079
Downloads:
Not documented

NPS@

Description

Serveur intégré d’analyse de séquences des protéines.

Access conditions

https://npsa-prabi.ibcp.fr (depuis avril 1998).

Annual visits:
7 728 an
Unique visits:
Not documented
Quotes:
97
Downloads:
Not documented

SuMO

Description

Comparaisons par objets de surface et site de protéines.

Access conditions

http://sumo-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/sumo-welcome

Domains of activity
  • Biomedical
  • Biotechnology
  • Biology
Description of expertise domains
Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce domaine, l’activité proposée par le PRABI-Gerland s’appuie sur les expertises suivantes:
 Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]
 Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]
 Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]
 Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]
 Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)

 

Mots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.

 

Principaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)
https://geno3d-prabi.ibcp.fr/
https://npsa-prabi.ibcp.fr/
http://sumo-pbil.ibcp.fr
http://espript.ibcp.fr
http://endscript.ibcp.fr

Méthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.
Plusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une "sous-base" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine
étudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette "sous-base", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.
 [SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)
 [SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)
 [DPM] Double prediction Method (1987)
 [MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)
 [AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)

 

Intégration de methodes- Webiciels
Serveur NPS@
Le PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.

 

Serveur Web ESPript/ENDscript
A partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :
1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.
2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues. 

3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.
Le serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.

 

Modélisation moléculaire
Un serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence "query" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).

 

Docking et sites 3D- chemo-informatique
Une méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.
Dans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.

Keywords:
  • Sequence analysis
  • Sequence algorithmics
  • (multiple) Sequence Alignment
  • Sequence annotation
  • Sequence motif discovery
  • Homology/Orthology prediction
  • Structural bioinformatics
  • Structure analysis, homologous and structural motifs discovery
  • Structural property prediction
  • Structure comparative and de novo modelling
  • Post-translational modifications

Formation professionnelle

Trainees:
36 trainees / year
Training time:
2 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Fc3-Bio

Description

1 à 4 séances de deux jours par an

Access conditions
Not documented

Formation universitaire

No website documented
Trainees:
230 trainees / year
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

TP de Modélisation moléculaire (QSAR, DOCKING)

Description

Faculté de pharmacie, L2

Access conditions
Not documented
No website documented
Trainees:
340 trainees / year
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

TP de bio-informatique

Description
Alignement multiple de séquence, utilisation de BLAST, FASTA, et Geno3D.

Faculté de pharmacie, L3

Access conditions
Not documented
Users distribution
International
77 %
National
20 %
Regional
2 %
Local
1%
Explanation about this distribution:

Cette répartition a été calculée à partir de l’usage des services offerts sur le Web.

Platform's own projects

Not Documented

Collaborations
National projets
Not documented
International and European projects
Not documented
Projects with industry
Not documented
Collaboration projects not founded through an external organism
Not documented
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )

La plateforme est étroitement associée à la recherche du laboratoire d’accueil car elle ne dispose pas de personnel affecté en propre.

Internal publications
Robert, X. and Gouet, P. Deciphering key features in protein structures with the new ENDscript server, 2014, Nucl. Acids Res., doi: 10.1093/nar/gku316

Rech de Laval V, Deléage G, Aouacheria A, Combet C. BCL2DB: database of BCL-2 family members and BH3- only proteins. Database (Oxford), 2014, bau013.

Hayer J., Jadeau F., Deléage G., Kay A., Zoulim F., Combet C. HBVdb: a knowledge database for Hepatitis B Virus. Nucleic Acids Res., 2013, 41:D566-570.

Jadeau F., Grangeasse C., Shi L., Mijakovic I., Deléage G., Combet C. BYKdb: the Bacterial protein tYrosine Kinase database. Nucleic Acids Res., 2012, 40:D321-324.

G. Deléage An Interactive 3d Viewer Of Molecules Compatible With The Suite Of Antheprot Programs, Journal Of Biophysical Chemistry 2012 3 : 35-38

Combet C.*, Bettler E.*, Terreux R.*, Garnier N., Deléage G. The euHCVdb Suite of In Silico Tools for Investigating the Structural Impact of Mutations in Hepatitis C Virus Proteins. Infectious Disorders - Drug Targets, 2009, 9:272-278.
External publications
Bouard C, Terreux R, Hope J, Chemelle JA, Puisieux A, Ansieau S, Payen L Interhelical loops within the bHLH domain are determinant in maintaining TWIST1-DNA complexes. J Biomol Struct Dyn, 2014,32 : 226-41

Hayer J., Rodriguez C., Germanidis G., Deléage G., Zoulim F., Pawlotsky J.M., Combet C. Ultra-deep pyrosequencing and molecular modeling identify key structural features of hepatitis B virus RNase H, a putative target for antiviral intervention. J Virol., 2014, 88:574-582

Dacheux E., Vincent A., Nazaret N., Combet C., Wierinckx A., Mazoyer S., Diaz J.J., Lachuer J., Venezia N.D. BRCA1-Dependent Translational Regulation in Breast Cancer Cells. PLoS One, 2013, 8:e67313.

Aouacheria A., Rech de Laval V., Combet C., Hardwick J.M., Evolution of Bcl-2 homology motifs: homology versus homoplasy. Trends Cell Biol., 2013

Dibenedetto S, Cluet D, Stebe PN, Baumle V, Leault J, Terreux R, Bickle M, De Chassey B, Mikaelian I, Colas P, Spichty M, Zoli M, Rudkin BB. Calcineurin A vs NS5A-TP2/HDDC2: a case study of site-directed low-frequency random mutagenesis for dissecting target specificity of peptide aptamers. Mol Cell Proteomics, 2013

Antoniu G., Bigot J., C. Blanchet, Bougé L., Briant F., Cappello F.,Costan A.,Desprez F.,Fedak G.,Gault S.,Keahey K.,Nicolae B.,Pérez C.,Simonet A.,Suter F.,Tang B.,Terreux R. Article: Scalable Data Management for Map-Reduce-based Data-Intensive Applications: A View for Cloud and Hybrid InfrastructuresInternational Journal of Cloud Computing. 01/2013; 2(2):150-170

Blanchet X., Péré A., Duprat N., Pinault E., Delourme D., Ouali A., Combet C., Maftah A., Pélissier P., Brémaud L. Mutagenesis of the bovSERPINA3-3 demonstrates the requirement of aspartate-371 for inter-molecular interaction and formation of dimers. Protein Sci., 2012, 21:977-986.

Fofana I., Fafi-Kremer S., Carolla P., Fauvelle C., Zahid M.N., Turek M., Heydmann L., Cury K., Hayer J., Combet C., Cosset F.L., Pietschmann T., Hiet M.S., Bartenschlager R., Habersetzer F., Doffoёl M., Keck Z.Y., Foung S.K., Zeisel M.B., Stoll-Keller F., Baumert T.F. Mutations that Alter Use of Hepatitis C Virus Cell Entry Factors Mediate Escape from Neutralizing Antibodies. Gastroenterology, 2012, 143:223-233

Baeck M, Chemelle JA, Rasse C, Terreux R, Goossens A ‘Labile’ are much more allergenic than ‘stable’ ester corticosteroids Contact Dermatitis, 2011, 64, 305-312

Baeck M, Chemelle JA, Goossens A, Nicolas JF, Terreux R Corticosteroid cross-reactivity: clinical and molecular modelling tools Allergy, 2011, 66, 1367-74

Pellet J., Tafforeau L., Lucas-Hourani M., Navratil V., Meyniel L., Achaz G., Guironnet-Paquet A., Aublin-Gex A., Caignard G., Cassonnet P., Chaboud A., Chantier T., Deloire A., Demeret C., Le Breton M., Neveu G., Jacotot L., Vaglio P., Delmotte S., Gautier C., Combet C., Deleage G., Favre M., Tangy F., Jacob Y., Andre P., Lotteau V., Rabourdin-Combe C., Vidalain P.O. ViralORFeome: an integrated database to generate a versatile collection of viral ORFs. Nucleic Acids Res., 2010, 38:D371-378.

Friedrich A, Garnier N, Gagniere N, Nguyen H, Albou LP, Biancalana V, Bettler E, Deleage G, Lecompte O, Muller J, Moras D, Mandel JL, Toursel T, Moulinier L, Poch O. Sm2ph-db: An Interactive System For The Integrated Analysis Of Phenotypic Consequences Of Missense Mutations In Proteins Involved In Human Genetic Diseases. Hum Mutat 2010, 31 : 127-35

Joosten RP., Salzemann J., Bloch V., Stockinger H., Berglund AC., Blanchet C., Bongcam-Rudloff E., Combet C., Da Costa AL., Deléage G., Diarena M, Fabbretti R., Fettahi G., Flegel V., Gisel A., Kasam V., Kervinen T., Korpelainen E., Mattila K., Pagni M., Reichstadt M., Breton V., Ticklei IJ., Vriend G. PDB_REDO: automated rerefinement of X-ray structure models in the PDB. J. Appl. Cryst., 2009, 42:376–384.

Sulka B, Lortat-Jacob H, Terreux R, Letourneur F, Rousselle P Tyrosine phosphorylation of syndecan-1 PDZ binding domain regulates syntenin recruitment The journal of Biological Chemistry, Apr 2009, 284: 10659 – 10671.

Baeck M, Chemelle JA, Terreux R, Drieghe J, Goossens A Delayed Hypersensitivity to Corticosteroids in a series of 315 patients: clinical data and patch test results Contact Dermatitis, 2009, 61(3), 163-75

Marminon C., Fenet B., Mignosi V., Terreux R., Nebois P. Diels Alder reactions between acrolein NN dimethyhydrazone and N benzylated benzotriazole indazole or indole 4,7 diones Heterocyles, 2009, 78(11), 2799 – 2809

-Mutation In The Melanocortin 1 Receptor Is Associated With Amber Colour In The Norwegian Forest Cat. Peterschmitt M, Grain F, Arnaud B, Deleage G, Lambert V Anim Genet 2009, 40 : 547-52
Publications with the hosting laboratory
Honorat M, Terreux R, Falson P, Di Pietro A, Dumontet C, Payen L. Localization of putative binding sites for cyclic guanosine monophosphate and the anti-cancer drug 5-fluoro-2'-deoxyuridine-5'-monophosphate on ABCC11 in silico models. BMC Struct Biol, 2013, 13 : 7-7

Rangel L.P, Winter E, Gauthier C, Terreux R, Chiaradia-Delatorre LD, Mascarello A, Nunes RJ, Yunes R, Creczynski-Pasa TB, Macalou S, Lorendeau D, Baubichon-cortay H, Ferreira-Pereira A, Di Pietro A. New structure–activity relationships of chalcone inhibitors of breast cancer resistance protein: polyspecificity toward inhibition and critical substitutions against cytotoxicity Drug Design, Development and Therapy, 2013:7 1043– 1052

Valdameri G, Genoux-Bastide E, Peres B, Gauthier C, Guitton J, Terreux R, Winnischofer SM, Rocha ME, Boumendjel A, Di Pietro A Substituted Chromones As Highly-potent Nontoxic Inhibitors, Specific For The Breast Cancer Resistance Protein. J Med Chem, 2012 , 55 : 966-70

Valdameri G, Gauthier C, Terreux R, Kachadourian R, Day BJ, Winnischofer SM, Rocha ME, Frachet V, Ronot X, Di Pietro A, Boumendjel A Investigation of chalcones as selective inhibitors of the breast cancer resistant protein: critical role of methoxylation in both inhibition potency and cytotoxicity. J Med Chem, 2012, 55 : 3193-200

Valdameri G, Genoux-Bastide E, Gauthier C, Peres B, Terreux R, Winnischofer SM, Rocha ME, Di Pietro A, Boumendjel A 6-halogenochromones bearing tryptamine: one-step access to potent and highly selective inhibitors of breast cancer resistance protein. Chem Med Chem, 2012, 7, 1177-80

Boumendjel A, Macalou S, Valdameri G, Pozza A, Gauthier C, Arnaud O, Nicolle E, Magnard S, Falson P, Terreux R, Carrupt PA, Payen L, Di Pietro. A Targeting the multidrug ABCG2 transporter with flavonoidic inhibitors: in vitro optimization and in vivo validation. Current Medicinal Chemistry, 2011, 18, 3387-401

Honorat M, Falson P, Terreux R, Di Pietro A, Dumontet C, Payen L Multidrug Resistance ABC Transporter Structure Predictions by Homology Modeling Approaches Current Drug Metabolism, 2011, 12, 268-277

Grangeasse C, Terreux R, Nessler S Bacterial tyrosine-kinases: Structure–function analysis and therapeutic potential BBA - Proteins and Proteomics, 1804 (3), 628-634, Mar 2010

Bechet E, Gruszczyk J, Terreux R, Gueguen-Chaignon V, Vigouroux A, Obadia B, Cozzone AJ, Nessler S, Grangeasse C Identification of structural and molecular determinants of the tyrosine-kinase Wzc and implications in capsular polysaccharide export Molecular Microbiology 2010, 77(5), 1315–1325

Arnaud O, Koubeissi A, Ettouati L, Terreux R, Alame G, Grenot C, Dumontet C, Di Pietro A, Paris J, Falson P Potent and fully non-competitive peptidomimetic inhibitor of multidrug resistance P-glycoprotein J. Med. Chem., 2010, 53 (18), pp 6720–6729
Development
R. Terreux, J. Phipps. Inhibitors of Protein Kinases and Uses Thereof. WO 2006 / 108270
R. Terreux, J. Phipps. Peptides Targeted To Protein Kinase C-Alpha and uses thereof. WO 2007 / 016763
R. Terreux, J. Phipps. Inhibitors of protein kinase C-alpha and uses thereof. WO 2007 / 016777
C. Grangeasse, S. Nessler, S. Morera, P. Meyer, AJ. Cozzone and R. Terreux. Inhibitors of bacterial tyrosine kinases and uses thereof. WO 2009 / 133209
Licence commerciale CNRS DV62804 pour le logiciel ESPript (Courcelle E. & Gouet P.)
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