ISfinder

Adress
118 Route de Narbonne 31062 Toulouse
Structure(s)
Not documented
Unit:
UMR5100
Regional Center
IFB South West
Website
IS BIOTOUL
Scientific leader
Chandler Michael
Technical leader
Siguier Patricia
Certificat(s)
Not documented
Infrastructure
Propriétaire
Effective storage
1.20 To
Users number (last year)
14 878
Servers description
  • 2 serveurs physiques
  • 3 serveurs virtuels de type LAMP (linux, apache, Mysql, php) Stockage de type iSCSI.

Access conditions

1 serveur en accès libre 1 serveur avec accès par login / password

Annual visits:
33 670 an
Unique visits:
14 229 an
Quotes:
648
Latest update:
31-01-2017

ISfinder

Description

ISfinder est le centre de référencement international des séquences d’insertion bactériennes. Mise à disposition de fiches concernant les séquences.

Janvier 2017 : 5000 séquences d'insertion disponibles sur le site.

Mise à disposition d'informations générales sur les IS et sur les familles d'IS.

Access conditions

Gratuit

Annual visits:
Not documented
Unique visits:
368 an
Quotes:
71
Downloads:
23 846

ISsaga

Description

Plateforme d’annotation semi-automatique des génomes bactériens.

2016 : nouvelle version, qui permet de soumettre pour annotation des contigs et des données métagénomiques.

Access conditions

Les utilisateurs demandent un compte puis peuvent charger de façon illimitée, des projets d’annotation de génomes.

Gratuit.

NB : Le nombre de nouveaux comptes ouverts par an est comptabilisé dans "visites uniques" mais chaque utilisateur a un accès illimité à son compte et à ses génomes chargés.

Domains of activity
  • Biology
Description of expertise domains

ISfinder est le Centre International de Référence des Séquences d'Insertion (IS) Procaryotes, en co-tutelle entre le LMGM et l’Unité de Microbiologie Appliquée (Université Catholique de Louvain, Belgique). Les IS sont des éléments génétiques mobiles (EGM) de petite taille qui codent essentiellement pour les fonctions nécessaires à leur transposition. Les transposases (enzymes qui assurent la transposition des IS) sont de loin les protéines les plus représentées dans les génomes. ISfinder est une plateforme d’annotation des IS bactériennes, développée dans un souhait de contribuer à la compréhension de la diversité des éléments génétiques mobiles et de leur impact sur leurs génomes hôtes. ISfinder joue de nombreux rôles parmi lesquels : répertorier les IS dans les banques de données publiques (et dans certains cas, privées) ; analyser les génomes bactériens pour leur contenu en IS ; maintenir une nomenclature cohérente et distribuer les noms officiels pour la communauté ; établir une phylogénie au fur et au mesure de l’identification de nouvelles séquences ; et, fournir des informations sur les IS. La base assure aussi une classification des différents IS en famille en fonction de la nature de leur transposase, de leur organisation génétique, de leurs extrémités et de leur spécificité d’insertion. En fournissant une vue globale et détaillée des différents types d’IS, ISfinder alimente également les études de nouveaux groupes d’EGM. Outre une base de données (www-is.biotoul.fr), le site met à disposition de la communauté scientifique deux outils spécifiques : ISbrowser, qui permet de visualiser la distribution des IS complets et partiels dans des génomes procaryotes annotés de façon experte par nos soins et ISsaga, qui est un outil d’annotation semi-automatique des IS dans les génomes procaryotes. Nous sommes parmi les experts mondiaux reconnus dans le domaine des éléments transposables procaryotes. Nous possédons une double spécificité : une compréhension de la diversité de structure et d’organisation des TE (y compris les IS) ainsi qu’une connaissance de la mécanistique des différents processus de la transposition. Nous avons apporté des contributions capitales dans les deux domaines. Ces deux spécificités sont très complémentaires et s’avèrent essentielles pour la maintenance et le développement du site ISfinder.

Keywords:
  • Sequence analysis
  • (multiple) Sequence Alignment
  • Sequence annotation
  • Sequence motif discovery
  • Structural bioinformatics
  • Structure analysis, homologous and structural motifs discovery
  • Data curation
  • Information and communication technology developments
  • Tools
  • Interfaces, web portals
  • Data
  • Data integration
  • Data management and transfer
  • Databases and information systems
  • Genome comparison

Formation professionnelle

No website documented
Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Formation de chercheurs

Description
  1.  lors de Workshop (organisation de séances de travaux pratiques)
  2.  pour des formations individuelles
Access conditions

Gratuit

No website documented
Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Formation des post-doctorants

Description

Pour la recherche et l’annotation des IS.

Access conditions

Gratuit

Users distribution
International
85 %
National
15 %
Regional
0 %
Local
0%
Explanation about this distribution:

La majorité des utilisateurs de la base sont des équipes, centres de séquençages internationaux ce qui explique cette répartition. Au niveau local, nous collaborons avec l’équipe « Biologie des systèmes intégrés » (Pr G. Fichant). Au niveau national, nous collaborons avec des équipes de l’Institut Pasteur. La provenance des utilisateurs de la base est fluctuante au cours du temps (2014 : Singapour, USA, Chine, Espagne et Italie  ; 2015 : USA, Chine, France, Australie, Allemagne et Brésil ; 2016 : USA, Chine, France, Allemagne, Australie et Brésil ; arrivent en tête de la liste des utilisateurs).

Platform's own projects

Développement d'un outil d'annotation semi-automatique des IS dans les Génomes : ISsaga. - Développement d'ISfinder (SGBDR) et d'une nouvelle interface graphique. Possibilité de gestion de nouveaux éléments transposables (MITEs, MIC, Transposons) depuis Mars 2016.

Collaborations
National projets

ANR : Impact des Recombinases et Transposases à simple brin sur la Dynamique des Génomes . Dr Bao Ton-Hoang. (Equipe Eléments Génétiques Mobiles, Toulouse, France)

Collaboration : The diversity of prokaryotic DDE transposases of the mutator superfamily, insertion specificity, and association with conjugation machineries. Dr Glaser Ph. (Institut Pasteur, Paris, France)

International and European projects

Collaborations : - Tn3-like transposons in Xanthomonas citri. Dr Varani A. M. (Brésil). -

Annotation, caractérisation et diversité des Tn3 dans les génomes bactériens. Dr Hallet B. (Belgique) et Dr Varani A. M. (Brésil) -

Activation of antibiotic resistance by IS insertion in a clinical environment: A Klebsiella pneumoniae model. Dr Dyda F. NIH Bethesda (USA). -

40 Xanthomonas genomes of agricultural importance. Dr Varani A. M. (Brésil).

Projects with industry
Not documented
Collaboration projects not founded through an external organism
Not documented
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
* Organisation de séances de travaux pratiques : ISfinder training .
- Workshop arthrobacter. INRA Jouy en Josas. 27 Juin 2008.
- Journée De^codage. INRA Versailles. 30 Mars 2012

* Cours du Dr M. Chandler à l’Université de Sao Paolo en 2011, 2013 et 2015. « Transposons et séquences d’insertion ». (12 heures de cours – étudiants en thèse)

Internal publications
P. Siguier, A. Varani, J. Perochon, and M. Chandler. Exploring Bacterial Insertion Sequences with ISfinder : Objectives, Uses, and Future Developments. Methods in Molecular Biology Chapter 5. (2012) 859:91-103.

Siguier P, Gourbeyre E, Chandler M. Bacterial insertion sequences: their genomic impact and diversity. FEMS Microbiol Rev. (2014). DOI: 10.1111/1574-6976.12067.

Patricia Siguier, Edith Gourbeyre, Alessandro M. Varani, Bao Ton-Hoang and Michael Chandler. Everyman’s Guide to Bacterial Insertion Sequences. (2015) Microbiol Spectrum 3(2):MDNA3-0030-2014. doi:10.1128/microbiolspec.MDNA3-0030-2014. (Mobile DNA III)
External publications
Pasternak C, Dulermo R, Ton-Hoang B, Debuchy R, Siguier P, Coste G, Chandler M, Sommer S. ISDra2 transposition in Deinococcus radiodurans is downregulated by TnpB. Mol Microbiol. (2013) 88(2):443-55.

Guérillot R, Siguier P, Gourbeyre E, Chandler M, Glaser P. The diversity of prokaryotic DDE transposases of the mutator superfamily, insertion specificity, and association with conjugation machineries. Genome Biol Evol. (2014) 6(2):260-72.

Ferreira RM, de Oliveira AC, Moreira LM, Belasque J Jr, Gourbeyre E, Siguier P, Ferro MI, Ferro JA, Chandler M, Varani AM. A TALE of transposition: Tn3-like transposons play a major role in the spread of pathogenicity determinants of Xanthomonas citri and other xanthomonads. MBio. 2015 Feb 17;6(1):e02505-14


S He, AB Hickman, AM Varani, P Siguier, M Chandler, JP Dekker, F Dyda. Insertion sequence IS26 reorganizes plasmids in clinically isolated multidrug-resistant bacteria by replicative transposition. 2015 MBio 6 (3), e00762-15

Publications with the hosting laboratory
He S, Guynet C, Siguier P, Hickman AB, Dyda F, Chandler M, Ton-Hoang B. IS200/IS605 family single-strand transposition: mechanism of IS608 strand transfer. (2013) Nucleic Acids Res.

S. He, A. Corneloup, C. Guynet L. Lavatine, A. Caumont-Sarcos, P. Siguier, B. Marty, F. Dyda, M. Chandler and B. Ton Hoang. The IS200/IS605 family and “Peel and Paste” single strand transposition mechanism. Mobile DNA III (2015)

Development
ISfinder et ses modules ISbrowser et ISsaga ont été déposés à l’APP en 2013. Contrat d’exploitation d’une licence ISfinder en cours de négociation par l’intermédiaire de Toulouse Tech Transfert (TTT).
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