TAGC-BCF

Adress
Parc Scientifique de Luminy case 928
163 avenue de Luminy 13288 Marseille
Structure(s)
INSERM
Unit:
TAGC, UMR1090
Regional Center
IFB South
Website
TAGC
Scientific leader
Nguyen Catherine
Technical leader
Habermann Bianca
Certificat(s)
  • ISO 9001
  • NF X50-900
Infrastructure
Propriétaire

No website documented
Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
Not documented
Latest update:
Not documented

MoonDB

Description

"MoonDB" est une base de données publique hébergée par le TAGC. Cette base de données donne accès à un ensemble de protéines humaines dites "Moonlighting". Ces protéines ont été soit extraites de la litterature soit prédites par les analyses au sein du TAGC (décrite dans Chapple et al., en révision à Nature Communication).

"MoonDB" rassemble toutes les informations extraites de base de données externes (Uniprot, Gene Ontology, OMIM, HPO) ou des analyses sys-mentionnées.

Access conditions

Accès web libre sans identification sur http://tagc.univ-mrs.fr/MoonDB

Annual visits:
17 570 an
Unique visits:
5 246 an
Quotes:
25
Latest update:
Not documented

ReMap

Description

ReMap est une analyse intégrative de toutes les données ChIP-seq de facteur de transcription, données publiques (GEO, ArrayExpress) et non-ENCODE. A cela, et pour complémenter notre catalogue, nous avons ajouté les données d'ENCODE.

Nous obtenons un catalogue d'environ 9 millions de sites de fixation au travers de 234 facteurs de transcription. Toutes ces données sont disponibles sur le site ReMap.

Access conditions

Libre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap

Annual visits:
180 000 an
Unique visits:
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Quotes:
2 819
Downloads:
Not documented

Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT)

Description

Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT), a software suite dedicated to the detection of cis-regulatory elements in genomic sequences.

Access conditions

Accès libre sous cinq modalités:

  • Interface Web RSAT (http://www.rsat.eu) et NeAt (htpp://neat.rsat.eu)
  • En ligne de commandes (suite téléchargeable localement)
  • Services Web (SOAP/WSDL)
  • Machines virtuelles accessibles à partir du cloud IFB (Web + ligne de commande + web service)
  • En développement interface Galaxy pour certains outils spécialisés dans l'analyse des données ChIP-Seq
Annual visits:
Not documented
Unique visits:
Not documented
Quotes:
79
Downloads:
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OCG

Description

OCG est un algorithme d'analyse de grapghe qui identifie des classes chevauchantes de sommlets par optimisation de la modularité de l'ensemble des classes.

Access conditions

Téléchargement du code source à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/research/network-bioinformatics/c...

Annual visits:
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Unique visits:
Not documented
Quotes:
28
Downloads:
1 284

Clust&See

Description

Clust&See est un plug-in Cytoscape dans lequel plusieurs algorithmes de partitionnement de graphes et OCG sont implémentés. Il permet d'identifier, de visualier et d'analyser les classes de sommets obtenus. La partition obtenue est visualisée sour la forme d'un graphe quotient. Cet outil permet d'étudier en détail les liens entre sommlets, arêtes, classes et partitions.

Access conditions

Libre sur http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/clustnsee et sur l'App store.

Annual visits:
17 570 an
Unique visits:
5 246 an
Quotes:
25
Downloads:
Not documented

ReMap

Description

ReMap est une analyse intégrative de toutes les données ChIP-Seq de facteur de transcription, données publiques (CEO, ArrayExpress) et non-ENCODE. A cela, et pour complémenter notre catalogue et le comparer à ENCODE, nous avons ajouté les données d'ENCODE.

Nous obtenons un catalogue d'environ 9 millions de sites de fixation au travers de 234 facteurs de transcription. Toutes ces données sont disponibles sur le site ReMap.

Access conditions

Libre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap

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Annual visits:
10 an
Unique visits:
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Quotes:
Not documented
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GeVarA (Genome Variant Analyser)

Description

Ce logiciel, écrit en Java, est un outil graphique dédié à la visualisation et à l'analyse des résultats produits par le pipeline de recherche de variants mis en oeuvre sur la PF. GeVarA est basé sur la notion de projet regroupant un ensemble d'échantillons. Au sein d'un projet, l'utilisateur peut sélectionner les variants sur la base de leur absence ou de leur présence dans les échantillons, à l'état homo ou hétérozygote. Les variants obtenus sont ensuite filtrés en fonction de divers critères tels que la couverture, l'hétérozygosité, la présence dans dbSNP ou le déséquilibre de brin. Les alignements correspondant aux variants sélectionnés peuvent ensuite être visualisés, grâce à l'intégration du logiciel IGV dans GeVarA, afin de juger de leur qualité. Enfin, des liens vers dbSNP, Ensembl et UCSC Génome Browser sont proposés pour documenter les variants et les gènes impactés.

Access conditions

Tout client de la PF, dans le cadre d'une prestation de recherche de variants, peut utiliser GeVarA. Le logiciel est fourni, avec les données de séquençage, sur un support externe (clef ou disque dur USB).

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Annual visits:
1 600 an
Unique visits:
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Quotes:
42
Downloads:
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TBrower (TranscriptomeBrowser)

Description

Ce logiciel, écrit en Java, est un outil graphique dédié à la fouille de données biopuces. Il permet de rechercher les contextes biologiques dans lesquels un ensemble de gène est co-régulé. La recherche s'appuie sur une base de données contenant des signatures transcriptionnelles (environ 31000) isolées par l'algorithme DBF-MCL dans environ 3000 jeux de données de biopuces. TBrowser dispose d'un moteur de recherche évolué permettant d'effectuer des recherches booléennes complexes avec en entrée un ensemble d'identifiants de gènes (symbole, Entrez ID, sondes affymetrix, ...) ou de termes d'annotation (GO, KEGG, ...).

TBrowser est un outil extensible via une architecture de plugins. L'un des pluings, InteractomeBrowser, permet de contextualiser un ensemble de gènes en générant une treemap reflétant l'arborescence de l'ontologie GO 'cellular components'. Il permet par ailleurs de recherche des intéractions prédites ou validées expérimentalement dans une base de données contenant plus de 1,5*106 intéractions.
 

Access conditions

Logiciel libre d'accès sur http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser

Domains of activity
  • Biomedical
  • Biology
Description of expertise domains

Les domaines d'expertise du TAGC et du TGML s'articulent autour de la génomique et la bioinformatique appliquées à l'étude des pathologies. Notre approche est multidisciplinaire et s'appuie sur la biologie des systèmes.

Nos domaines d'expertise sont notamment:

  • l'analyse de données de séquencage haut débit:
    • recherche et analyse de régions régulatrices
    • recherche de variants génétiques et régulateurs
    • analyse du transcriptome
    • épigénétique
  • analyse et modélisation de réseaux d'intéractions
  • analyse statistique de données génomiques
  • intégration de données publiques
  • fouille de données
  • génétique humaine
  • génétique des organismes modèles eucaryotes
Keywords:
  • NGS data analysis
  • Methodology
  • Genome and transcriptome assembly
  • Read mapping
  • Genomics (DNA-seq)
  • Genome analysis
  • Structural and functional genome annotation
  • Transcriptomics (RNA-seq)
  • Differential gene expression analysis
  • Transcripts and transcript variants analysis
  • Variant calling
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Whole genomes
  • Analysis of gene expression regulation
  • Chip-seq
  • Small and long non-coding RNAs
  • Methylation profiles
  • Chromatin accessibility
  • Sequence analysis
  • Sequence algorithmics
  • (multiple) Sequence Alignment
  • Sequence annotation
  • Sequence motif discovery
  • Machine learning
  • Integration of heterogeneous data
  • Ontologies
  • Structural bioinformatics
  • Structure analysis, homologous and structural motifs discovery
  • Structural property prediction
  • Structure comparative and de novo modelling
  • Post-translational modifications
  • Modelling of proteins/proteins, proteins/peptides and proteines/nucleic acids interactions
  • System biology
  • Complex biological systems functions
  • Multi-layer analysis and modelling
  • Metabolic network modelling
  • Regulatory network modelling
  • Dynamic systems
  • Biostatistics
  • Descriptive statistics
  • Statistical tests
  • Regression
  • Multivariate analysis
  • Dimension reduction
  • Inferences and biological network analysis
  • Genetic statistics
  • Cartography
  • Positional cloning
  • Gene expression QTL analysis
  • Data curation
  • Information and communication technology developments
  • Tools
  • Tool integration
  • Interoperability
  • Interfaces, web portals
  • Workflows developments
  • Data
  • Data integration
  • Data management and transfer
  • Databases and information systems
  • Computing environments
  • Cluster
  • Cloud
  • GPU
  • Parallelisation
  • Ecology
  • Population genetics
  • E-learning
  • Molecular evolution
  • Genes and genomes
  • Speciation dating
  • Selection detection
  • Comparative genomics
  • Genome comparison
  • Comparison of functional and regulatory pathways
  • Genomics: Chips
  • DNA chips
  • Genotyping
  • RNA chips
  • Expression
  • Metabolomics and fluxomics
  • Metabolic network analysis
  • Proteomics
  • Data identity and mapping (database search engine, spectral library search, de novo sequencing)
  • Statistical Differential Analysis
  • Downstream analysis

Formation universitaire

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Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Licence en siences de la vie, Aix-Marseille (AMU)

Description

Licence 2 bioinformatique appliquée (Van Helden J)

Access conditions
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Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique

Description

Analyse statistique des données génomiques.

Méthodes bioinformatiques pour la cis-régulation.

Méthodes bioinformatiques pour la génomique et la protéomique.

Projet informatique lié à la biologie

Ecole doctorale des sciences de la vie et de la santé, AMU

Access conditions
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Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Ecole d'ingénieurs polytech, filière génie biologique-biotechnologique, AMU

Description

Bioinformatique: bases de données et programmation

Access conditions
Not documented
Users distribution
International
0 %
National
43 %
Regional
0 %
Local
57%
Explanation about this distribution:

Le transfert des données en réseau est un facteur limitant pour des collaborations lointaines. Les porjets étant accompagnés, il est nécessaire de rencontrer les clients au moins en début et en fin de projet, ce qui explique l'importance des projets locaux et nationaux.

Platform's own projects

Not Documented

Collaborations
National projets
  1. Plan Cancer Hsp27BioSys (2012-2015): TAGC et Institut de Mathématiques de Marseille ainsi que le centre de recherche en cancérologie de Marseille.
  2. FRM: "male gem cell epigenetics". TAGC + Institut Labert Bonniot
  3. AND ORICHOICE (2014-2018) "Replication of origins in the control of genomics stability and cell identify" TAGC + IGMM + IGH
  4. A*MIDEX "Identification and functional characterization of LincRNAs expressed during T-cell differentiation and leukemia".
International and European projects
  1. SEQAHEAD (2011-2014). COST action funded bu EU FP7: Next Generation Sequencing Data Analysis Network
  2. A*MIDEX RAINET (2015-2017). TAGC + Centre de Régulation Génomique de Barcelone
Projects with industry

Partenariat avec Illumina en ce qui concerne le NextSeq tm Sequencing System.

Ce partenariat consiste à:

  1. être référant local pour cet équipement et son utilisation
  2. nous engager pour deux formations par an avec un nombre de personnes inférieur ou égal a 6 par formation
  3. présenter les tavaux réalisés avec l'équipement et cette technologie dans des meetings nationaux et internationaux, au moins une fois par an
  4. être positionné comme service provider d'Illumina pour des travaux qui peuvent être effectués sur cet équipement.
Collaboration projects not founded through an external organism
Not documented
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
Not documented
Internal publications
External publications

Bond J, bergon A, Durand A, Tigaud I, Thomas X, Asnafi V, Spicuglia S, Macintyre E

"Cryptic XPO1-MLLT10 translocation is associated with HOXA locus deregulation in T-cells"

(2014) ALL. Blood 124(19):3023-5

PMID: 25377562


Katsogiannou M, Andrieu C, Baylot V, Baudot A, Dusetti NJ, Gayet O, Finetti P, Garrido C, Birnbaum D, Bertucci F, Brun C, Rocchi P

"The functional landscape of Hsp27 reveals new cellular processes such as DNA repair and alternative splicing and proposes novel anticancer targets"

(2014) Mol Cell Proteomics

PMID: 25277244


Ballester B, Medina-Rivera A, Schmidt D, Gonzàlez-Porta M, Carlucci M, Chen X, Chessman K, Faure AJ, Funnell AP, Goncalves A, Kutter C, Lukk M, Menon S, McLaren WM, Stefflova K, Watt S, Weirauch MT, Crossley M, marioni KC, Odom DT, Flicek P, Wilson MD

"Multi-species, multi-transcription factor binding highlights conserved control of tissue-specific biological pathways"

(2014) Elife 3

PMID: 25279814


Amrani A, Bergon A, Holota H, Tamburini C, Garel M, Ollivier B, Imbert J, Dolla A, Pradel N

"Transcriptiomics reveal several gene expression patterns in the piezophile desulfovibrio hydrothermalis in response to hydrostatic pressure"

(2014) PLoS One 9(9):e106831

PMID: 25215865


Alpern D, Langer D, Ballester B, Le Gras S, Romier C, Mengus G, Davidson I

"TAF4, a subunit of transcription factor II D, directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differenciation"

(2014) Elife

PMID: 25209997


Erkosa Combe B, Defaye A, Bozonnet N, Pythier D, Royet J, Leulier F

"Drosophilia microbiota modulates host metabolic gene expression via IMD/NFK-B signaling"

(2014) PLoS One 9(4):e94729

PMID: 24733183


Souiai O, Guerfali F, Ben Miled S, Brun C, Benkahla A

"In silico prediction of proetein-protein interactions in human macrophage"

(2014) BMC Res Notes 7(1):157

PMID: 24636261


Collares CV, Evangelista AF, Xavier DJ, Rassi DM, Arns T, Foss-Freitas MC, Foss MC, Puthier D, Sakamoto-Hojo ET, Passos GA, Donadi EA

"Identifying common and specific microRNAs expressed in peripheral blodd mononuclear cell of type 1, type 2 and gestational diabetes mellitus patients"

(2013) BMC Res Notes 6:491

PMID: 24279768


Montellier E, Broussouar F, Rousseaux S, Zhang K, Buchou T, Fenaille F, Shiota H, Debernardi A, Hery P, Curtet S, Jamshidikia M, Barral S, Holota H, Bergon A, Lopez F, Guardiola P, Pernet K, Imbert J, Petocsa C, Tan M, Zhao Y, Gerard M, Khochbins S

"Chromatin-to-nucleoprotamine transition is controlled by the histone H2B bariant TH2B"

(2013) Genes Dev

PMID: 23884607


Spicuglia S, Maqbool MA, Puthier D, Andrau JC

"An update on recent methods applied for deciphering the diversity of the noncoding RNA genome structure and function"

(2013) Methods

DOI: S1046-2023(13)00107-2.10.1016/j.ymeth.2013.04.003

PMID: 23597756


Funnell AP, Wilson MD, Ballester B, Mak KS, Burdach J, Magnan N, Pearson RC, Lemaigre FP, Stowell KM, Odom DT, Flicek P, Crossley M

"A CpG mutational hotspot in a ONECUT binding site accounts for the prevalent variant of hemophilia B Leyden"

(2013) AM J Hum Genet 92(3):460-7

PMID: 23472758


Sawan C, Hernandez-Vargas H, Murr R, Lopez F, Vaissiere F, Ghantous AY, Cuenin C, Imbert J, Want ZQ, Ren B, Herceg Z

"HAT cofactor Trrap maintains self-renewal and restricts differenciation of embryonic stem cells"

(2013) Stem Cells

PMID: 23362228

Publications with the hosting laboratory

Via A, Uyar B, Crun C, Zanzoni A

"How pathogens use linear lotifs to perturb host cell networks"

(2014) Trends Biochem Sci

PMID: 24575989


Griffon A, Barbier Q, Dalino J, Van Helden J, Spicuglia S, Ballester B

"Integrative analysis of public ChIP-Seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape"

(2014) Nucleic Acid Res

PMID: 25477382


Lepoivre C, Belhocine M, bergon A, Griffon A, Tammine M, Vanhille L, Zacarias-Cabeza J, Caribal MA, Koch F, maqbool MA, Fenouil R, Loriod B, Holota H, Gut M, Gut I, Imbert J, Andrau JC, Puthier D, Spicuglia S

"Divergent transciption is associated with promoters of transcriptional regulators"

(2013) BMC Genomics 14(1):914

PMID: 24365181


Spinelli L, Gambette P, Chapple CE, Robisson B, Baudot A, Garrete H, Tichit L, Guénocher A, Brun C

"Clust&see: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network cluster"

(2013) Biosystems 113(2):91-95

PMID: 23743336


Darbo E, Herrmann C, Lecuit T, Thieffry D, Van Helden J

"Transcriptional and epigenetic signatures of zygotic genome activation during early drosophilia embryogenesis"

(2013) BMC Genomics 14(1):226

PMID: 23560912

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