Ecole thématique CNRS 2018
Transcriptomique et épigénomique en cellule unique: théorie et pratique (sincellTE)
Du 17-06-2018 au 22-06-2018 à Station Biologique Roscoff
Date limite d'inscription: 28-02-2018

   

Durée

L'école se tiendra du 17 au 22 juin 2018 à la Station Biologique de Roscoff

Objectifs

Cette école porte sur l’étude des populations de cellules hétérogènes du point de vue génomique, transcriptomique et épigénomique. Les technologies capables de caractériser des cellules uniques évoluent rapidement et aboutissent à la génération de nouveaux types de données associés à de nouveaux enjeux méthodologiques. Afin de suivre ces évolutions technologiques, des méthodes bioinformatiques et biostatistiques dédiées sont développées permettant de prendre en compte la spécificité de ces données et proposer des méthodes d’analyse adaptées.

L’école vise à expliquer et diffuser ces méthodes au sein de la communauté des ingenieurs et chercheurs, bio-informaticiens et statisticiens directement impliqués dans des projets de génomique fonctionnelle en cellule unique. Ce cours offre une formation complète incluant le choix de la technologie la mieux adaptée à la question biologique posée, la conception de l’expérience, le contrôle qualité et, notament les analyses bioinformatiques et statistiques associées. L’école sera basée sur une alternance de sessions théoriques et d’ateliers pratiques.

Participants

Cette formation est destinée à une trentaine d'ingénieurs et cadres de recherche impliqués dans l’analyse régulière de données single-cell dans les plateformes, ainsi que les doctorants et post-doctorants en biologie computationnelle et bioinformatique intéréssés dans le developpment et l'application des méthodologies d'analyse "single-cell" à haute dimension.

Environnement de travail

L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.

Prérequis

Connaissance des outils et pipelines pour analyser les données de séquençage à haut-débit (RNA-seq ou Hi-C ou ATAC-seq bulk). Les participants doivent déjà pratiquer l’analyse de données de séquençage haut débit avec le langage R, l’environnement Rstudio et la ligne de commande Unix.

Modalités d’inscription

Date limite de pré-inscription : 28 février 2018 (sélection des participants : mars 2018). Le nombre de places étant limité (30 participants), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés lors de cette pré-inscription.

Frais d’inscription pour les personnels académiques

500€HT=600€TTC (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par le CNRS) ; pour les industriels : 1.750€HT=2.100€TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique :​ ​ Marc Deloger (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech), Marie-Agnès Dillies, C3BI (USR 3756 IP CNRS), Agnès Paquet, UCAGenomiX (IPMC CNRS), Antonio Rausell (Institut Imagine, INSERM UMR-1163), Nicolas Servant (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech), Morgane Thomas-Chollier, IBENS (CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024).

Coordination technique :​ ​ Erwan Corre (ABIMS FR2424 CNRS-UPMC, Station Biologique de Roscoff)

Gestion administrative​ :​ ​ C3BI (Institut Pasteur)






Les demandes d'inscription pour 2018 ouvriront fin janvier et se termineront le 28 février.

Applications for 2018 will open in end of January and the deadline will be in february 28th.

La formation commencera le dimanche 17 juin à 18h et finira le vendredi 22 à 14h / The workshop will start Sunday, June 17 at 6pm and will end Friday, June 22 at 2pm
Les travaux pratiques seront réalisés sur ordinateur portable pour lequel vous devez avoir les droits administrateur / Hands-on computer sessions will be held on a laptop on which you need to have administrator rights
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Erwan Corre (ABIMS FR2424 CNRS-UPMC, Station Biologique de Roscoff)

 

Marc Deloger (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech)

Dr Marc Deloger is project leader and trainings manager in the "Bioinformatics and biostatistics data analysis" team of the Institut Curie's bioinformatics platform. He has expertise in analysis of many different type of NGS data but mainly in RNA-seq, WES and ChIP-seq. He is also part of the Bio-Informatics French Society (SFBI) council.

Marie-Agnès Dillies (C3BI USR 3756 IP CNRS)

Dr Marie-Agnès Dillies is co-head of the Bioinformatics and Biostatistics Hub of the Institut Pasteur. She has expertise in statistical analysis of gene expression data (Dillies et al, Briefings in Bioinformatics 2013). She is co-animating the StatOmique group. Recently she joined the Pasteur Single Cell Initiative.

Agnès Paquet (UCAGenomiX IPMC CNRS)

Agnes Paquet is an expert in statistical analysis and mining of large datasets from high-throughput assays (microarrays, NGS data such as RNAseq and single cell RNAseq). She is specialized in biomarkers discovery and in development of assays for diagnostic and resistance assessment in HIV, HCV, breast and lung cancers. She is currently the head of biostatistics for the Functional Genomics Plateforme of the Institut de Pharmacologie Moleculaire et Cellulaire (Sophia Antipolis, France).

Antonio Rausell (Institut Imagine, INSERM UMR-1163)

Dr. Antonio Rausell is the Director of the Clinical Bioinformatics Lab of the Institut Imagine. He has an extensive expertise in bioinformatics and high-dimensional single-cell data analysis. He led the development of an R/Bioconductor package for the statistical assessment of cell hierarchies from single-cell RNA-seq data (http://bioconductor.org/packages/sincell, Julia et al Bioinformatics 2015). He then analyzed CD4+ T cells heterogeneity through single-cell RNA-seq data of from individuals with extreme phenotypes of HIV infection and uncovered cell surface markers of the HIV-permissive cell (Rato*, Rausell* et al, Plos Pathogens 2017). Ongoing research at his lab includes the development of a new methodology to predict cell types at single-cell resolution with a main focus in hematopoietic stem and progenitors cells (MCXpress software, https://github.com/cbl-imagine/MCXpress).

Nicolas Servant (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech)

Morgane Thomas-Chollier (IBENS CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024)

Dr. Morgane Thomas-Chollier is Associate Professor in Bioinformatics at Ecole Normale Supérieure Paris, in the team Computational Systems Biology at IBENS. She has expertise in epigenomics (ChIP-seq, ChIP-exo) and motif analysis in genomic sequences. She is part of the Bio-Informatics French Society (SFBI) council.


Luca Albergante (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech)

Akira Cortal (Institut Imagine, INSERM UMR-1163)

Akira Cortal is a Phd student at Imagine Institute of Genetic Disease in the Clinical Bioinformatics Lab.
He is currently working on the development of R package for single cell RNA-Seq analysis.

Hervé Isambert (Institut Curie, UMR168)

Kevin Lebrigand (UCAGenomiX IPMC CNRS)

Nathalie Lehmann (IBENS CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024)

Nathalie Lehmann is an engineer in bioinformatics at the Institute of
Biology of Ecole normale supérieure (IBENS) in the team Computational
Systems Biology. She is working on single-cell RNA seq data in both
analysis and pipeline development.

Heather Marlow (Institut Pasteur, UMR3738)

François Spitz (Institut Pasteur, UMR3738)

 


Q. Le matériel (slides, etc) sera-t-il disponible en ligne après l'évènement pour celles et ceux qui ne peuvent pas participer ?

R. Généralement pour ce genre d'école nous demandons aux intervenants de faire une version publiable sur le site web (c'est à dire avec toutes les sourcesclairement indiquées, en retirant les résultats confidentiels ou non encore publiés etc...). Toutefois c'est à la discrétion de l'intervenant.

Q. Comment savoir si je peux bénéficier du tarif "académique" ou pas ?

R. Tout dépend de votre "employeur" officiel et non du laboratoire/institut auquel vous êtes rattaché. Le tarif académique s'applique aux personnels financés par établissement public c'est à dire ayant une fiche de paye provenant d'un EPST (CNRS, IFSTTAR, INED, INRA, INRIA, INSERM, IRD, IRSTEA) ou d'une Université. De plus cette école étant une école CNRS, cela est gratuit pour les agents CNRS.

Q. Est-il possible d'effectuer plusieurs candidatures par laboratoire ?

R. Il faut "prioritiser" en interne vos candidatures car vue la demande attendue, le nombre de places restreint et la volonté de diffusion la plus large possible au niveau national, il y a quasiment aucune chance que 2 candidatures d'un même laboratoire soient sélectionnées.

Q. La formation est-elle en anglais ou en français ?

R. La formation sera dispensée en anglais

Q. Est-il possible de régler une inscription par bon de commande ?

R. 


Si vous avez une question ou que vous souhaitez plus d'information au sujet de l'école thématique CNRS 2018, utilisez le formulaire ci-dessous. Nous vous recontacterons dès que possible.

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