5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Du 20-11-2016 au 25-11-2016 à Roscoff
Date limite d'inscription: 16-05-2016

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les interactions ADN-protéine (immunoprécipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise une quatrième école de bioinformatique, dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit.

Durée

La formation se tiendra du 20 novembre, 17h00 au 25 novembre, 17h00.

 

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Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Participants

Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants chercheurs, …) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.

Contenu

La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).

Modalités d'inscription

Date limite de demande d'inscription : 15 mai 2016 (Sélection des participants : mi-juin 2016 )

Remplir en ligne la fiche de demande d'inscription. Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés sur cette fiche. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

Renseignements : AVIESAN ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique, ecole-bioinfo@aviesan.fr
Site Web (matériel de cours, informations complémentaires): http://www.france-bioinformatique.fr/eba2016

Frais d’inscription pour les personnels académiques : 500 € HT soit 600 € TTC  (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par l’Inserm) ; pour les industriels : 1750 € HT soit 2100 € TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique 

Christophe Caron (INRA, Rennes), Jacques van Helden (AMU, Marseille), Matthias Zytnicki (INRA, Toulouse).

Enseignants/Encadrants 

30 formateurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IFB, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, UPMC, IRISA Rennes.
 

Plateformes 

IFB core (Gif-sur-Yvette), ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), eBIO (Univ. Paris Sud), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), Genotoul (Toulouse), I2BC (Gif-sur-Yvette), Institut Curie - U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), Institut Pasteur - C3BI & pôle Biomics (Paris), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (Toulouse), TAGC (Marseille), URGI (INRA Versailles).

Gestion 

Christine Lemaitre (AVIESAN, ITMO GGB, Paris), Katy Main (AVIESAN, Paris).


 

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Programme(s)

Les programmes suivants sont au format PDF :

Supports de cours

Dimanche 20/11
Lundi 21/11
8:45 Introduction sur le séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Thierry Grange I01_NGS_Roscoff_2016_Grange.pdf
9:20 Introduction sur le séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Claude Thermes I02_Thermes_ROSCOFF5.pdf
10:30 Les instances Galaxy pour les tutorats et cours Christophe Caron I03_Intro-galaxy-instances-eba2016.pdf
10:40 Galaxy 0: Cloud IFB présentation et lancement de l'instance Sandrine Perrin G01_EBA_presentation_cloud_ifb_v2.pdf
11:45 Galaxy I: Initation à Galaxy Maria Bernard G02_Cours_GALAXY_Initiation_Roscoff2016.pdf
14:30 Méthodes d'alignement Matthias Zytnicki G03_Algorithmes de mapping.pdf
15:15 Galaxy II: common tools, contrôle de qualité; alignement; gestion des données Gildas Le Corguillé G045_16-11-21-galaxy-tp-initiation-II-0.3.pdf
16:45 Galaxy II: common tools, contrôle de qualité; alignement; gestion des données Gildas Le Corguillé cf session précédente
18:0 Galaxy III: Visualisation Elodie Girard G06_TP_IGV_2016.pdf
Mardi 22/11
8:30 ChIP-seq: qualité, normalisation, peak-calling Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance C01_ChIP_SEQ_EBA_2016-11-22.pdf
8:30 Variants: alignement et pré-traitement; GATK Elodie Girard V01_ITMO_2016_EG_from_fastq_to_mapping.pdf

V02_Variant_Calling_GATK_TP.pdf

10:45 ChIP-seq: qualité, normalisation, peak-calling Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance cf session ChIP-seq précédente
10:45 Variants: alignement et pré-traitement; GATK Elodie Girard cf session Variants précédente
14:30 ChIP-seq: annotation des pics Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance cf session ChIP-seq précédente
14:30 Détection de variants Yannick Boursin V03a_Variant-Calling_Yannick-Boursin.pdf

V03b_Variant-Calling_Yannick-Boursin_TP.pdf

16:45 ChIP-seq: analyse des motifs Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance / Jacques van Helden cf session ChIP-seqprécédente
16:45 Filtrage Nicolas Lapalu V04_FiltrageVariantNLapaluRoscoff2016.pdf

V04b_FiltrageVariantNLapaluRoscoff2016TP.pdf

18:00 RNA-seq: expression différentielle niveau gène Rachel Legendre R01_EBA206_RNAseq_ref.pdf

R01b_EBA2016_TP_RNA-seq.pdf

18:0 Workflow-visualisation Maria Bernard  
Mercredi 23/11
8:30 RNA-seq: fin expression différentielle niveau gène + début statistiques Rachel Legendre + Hugo Varet R02-R03_slidesRoscoff_stats_HVaret.pdf
8:30 Annotation de variants Vivien Deshaies V06_variants_annotation.pdf
10:45 RNA-seq: fin statistiques + début isoformes Hugo Varet / Thibault Dayris + Claire Toffano-Nioche  
10:45 Detection CNV Elodie Girard V07_ITMO_2016_EG_CNV.pdf
14:30 RNA-seq: fin isoformes Thibault Dayris + Claire Toffano-Nioche R04_EBA2016_RNAseq_Isoforms.pdf
14:30 Introduction au RAD-Seq Yvan Le Bras V08_Yvan Le Bras - Training RADSeq.pdf
16:45 Ligne de commande Denis Puthier x2go_to_IFB-VM.pdf

presentation_linux_dputhier_eba_2016_latest.pdf

16:45 RNA-Seq de novo Erwan Corre, Xi Liu A01_Galaxy_RNASeq_denovo_ITMO2016.pdf

A01b_Galaxy_RNASeq_denovo_ITMO2016_TP_v2red.pdf

18:00 Introduction aux stats avec R Jacques van Helden http://jvanheld.github.io/stats_avec_RStudio_EBA/
18:00 Petits ARN Matthias Zytnicki sRNA-Seq.pdf
Jeudi 24/11
8:30 Introduction aux stats avec R Jacques van Helden  
8:30 Petits ARN Matthias Zytnicki  
10:45 Ligne de commande Denis Puthier  
10:45 RNA-Seq de novo Erwan Corre, Xi Liu  
Vendredi 25/11

Autres ressources


Participants

 

Prénom Nom Labo Ville
Racha BAHRI CRIBL Limoges
Denis Becquet CRN2M Marseille
Christophe Beloin Génétique des Biofilms, Institut Pasteur Paris
Louise Benaroch U1148/AP-HP Paris
Frederique Bidard Dpt Biotechnology Rueil Malmaison
Giacomo Cavalli IGH Montpellier
Vincent Coustham INRA UR83 Recherches Avicoles Nouzilly
Jean-Pierre de Villartay UMR 1163 Paris
Mehdi Derhourhi UMR8199 Lille
Christian Diot INRA UMR PEGASE Saint-Gilles (Rennes)
Sandra Duharcourt Institut Jacques Monod Paris
Nathalie Duval réseaux transcriptionels et différenciation neurale Paris
Marie-Thérèse El-Daher U1163 Institut Imagine, laboratoire Geneviève De Saint Basile Paris
sylvie elsen BCI, CEA-Grenoble Grenoble
Beatrice Eymin INSERM U1209 Grenoble
Yoan Férandin USR3579 Banyuls sur mer
Baptiste Fouquet INSERMU1193 Le Kremlin Bicêtre
Cécile Hérate Inserm U1170 Villejuif
Frédéric Hérault UMR PEGASE Saint Gilles
Stéphan Lacour LIPHY, UGA Grenoble
Chann Lagadec INSERM U908 Lille
Christelle Le Dantec Immunologie Brest
Nicolas Le May IGBMC Illkirch
Cécile Lecampion Laboratoire de Génétique et Biophysique des Plantes Marseille
Charlotte Lécureuil IRBI Tours
Suzanne Lesage INSERM U1127 Paris
Agathe Malbec CPTP Toulouse
Jean-Philippe Mévy IMBE-Equipe DFME Marseille
Fanny Morice INSERM U1035 Bordeaux
Marine Perrier Laboratoire de Virologie-Hôpital Bichat Paris
Odil Porrua Fuerte IJM UMR7592 Paris
Nathalie PRINCE UMRs-1144 Paris
Sylvaine Renault EA 6306 IGC Tours
Anne Roig UR629 Avignon
Aurélie Sadoux Pharmacologie biologique PARIS
Myriam Siegwart INRA - Unité PSH Avignon
Alexandre Storto laboratoire de virologie de l'hopital Bichat - équipe STAR unité INSERM UMR 1137 (IAME) Paris 18eme
Quentin Szabo IGH UPR1142 Montpellier
Laure Teysset IBPS laboratoire de Biologie du Développement Paris 75005
Violaine Walewski Inserm 1137 Paris

 

 

Intervenants (formateurs, tuteurs, support technique)

 

Prénom Nom
Maria Bernard
Christophe Blanchet
Yannick Boursin
Christophe Caron
Chunlong Chen
Erwan Corre
Thibault Dayris
Matthieu Defrance
Marc Deloger
Vivien Deshaies
Jean-François Gibrat
Elodie Girard
Thierry Grange
Céline Hernantez
Nicolas Lapalu
Yvan Le Bras
Gildas Le Corguille
Stéphanie Le Gras
Annie Lebreton
Rachel Legendre
Christine Lemaitre
Xi Liu
Damien Mornico
Delphine Naquin
Adrien Pain
Sandrine Perrin
Denis Puthier
Claire Rioualen
Claude Thermes
Claire Toffano-Nioche
Jacques van Helden
Hugo Varet
Tao Ye
Matthias Zytnicki

Les demandes d'inscription pour 2017 sont maintenant closes.


Informations pratiques 

 

Adresses

Cours

Les cours auront lieu à l’Hôtel de France :

Hôtels

Plans


Foire aux questions

Comment transférer ses données sur les plateforme partenaires avant l'école?

Afin d'assurer un déroulement le plus optimal possible pour l'analyse des données tutorées, nous demandons aux tuteurs de suivre ce protocole pour l'insertion des données des stagiaires sur les 3 plateformes de référence (Roscoff-RNA-seq / Strasbourg-ChIP-seq / Toulouse-Variant).

 Tout d'abord, chaque tuteur prend en charge le suivi du chargement des données avant l'école.

Le tuteur : 

  1. doit demander un compte sur la plateforme de référence (cf. informations ci-dessous)
  2. récupère directement les données auprès de son stagiaire par les moyens les plus adaptés
  3. pre-traite éventuellement par les moyens qui lui semblent les plus adaptés (e.g. RNA-seq)
  4. charge par lui-même les données pré-traitée dans son compte galaxy personnel sur sa plate-forme de référence :
  5. exporte cet historique afin d'en faire une copie sous la forme d'un .tar.gz (nous sommes en train d'évaluer la faisabilité d'un dépôt central pour ces exports)
  6. partagera ensuite cet historique le premier jour du tutorat (mardià avec son stagiaire qui dispose aussi d’un compte sur la plate-forme de référence.

Le tuteur peut bien sûr bénéficier du support de la plateforme de référence si nécessaire.

Demande comptes et support :

 Strasbourg :
    eba@galaxeast.fr
 Roscoff :
    support.abims@sb-roscoff.fr
    http://abims.sb-roscoff.fr/account
 Toulouse :
    sigenae-support@listes.inra.fr
    http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=141

 

 

Comment trouver l'adresse réseau physique d'un portable ?

Sous Windows XP

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Cliquez sur Exécuter;
  3. Dans la console taper "cmd" ensuite cliquez sur "ok";
  4. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  5. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous Windows 7

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Dans le champ "Rechercher les programmes et fichiers" entrez "cmd" ensuite appuyer sur la touche "Entrée" (raccourcit Windows + R);
  3. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  4. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous MAC OS X

  1. Cliquer sur Spotlight (loupe en haut à droite)
  2. Taper "terminal" et ouvrir l'application
  3. Dans l'application, taper "ifconfig" et donner le résultat de la ligne en0 > éther

 

 
 


Archives des versions précédentes de l'école AVIESAN-IFB

 

Vous pouvez consulter l'ensemble des archives des versions précédentes de l'école AVISAN:


Veuillez remplir les champs suivants

pouces
Pour cela, veuillez suivre les étapes décrites ici : http://fr.wikihow.com/trouver-l'adresse-MAC-de-votre-ordinateur
CyberDuck est disponible ici : https://cyberduck.io/?l=en. Note : si vous avez déjà FileZilla, il n'est pas nécessaire d'installer CyberDuck, qui remplit les même fonctionnalités.
Vous pourrez suivre ce cours même si vous l’avez pas choisi lors de l’inscription.
xQuartz, disponible sur https://www.xquartz.org/.
x2go, disponible sur http://wiki.x2go.org/doku.php.
Rstudio est disponible ici: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/. Vous pourrez suivre ce cours même si vous l’avez pas choisi lors de l’inscription.
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Enquête de satisfaction de la 5ème école de bioinformatique AVIESAN

Veuillez remplir les champs suivants.

Chaque question fermée est suivie d'un commentaire. Nous vous invitons à nous faire part de vos remarques.

 

Il y a 56 questions dans ce questionnaire.

Général




ExcellenteBonnePassableInsuffisanteTrès insuffisante
les salles de cours *
l'hôtel *
les repas *
l'accueil *


Cours introductif
très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *
Ateliers
très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

Ateliers optionnels
très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
pertinence *
clarté *
durée *

Tutorat
très bienbienpassablemauvaistrès mauvais
durée *
préparation des données *
accompagnement *
Galaxy
ouiplutôtmoyennementpas tropnon
de façon autonome *
avec un bio-informaticien *
ouiplutôtmoyennementpas tropnon
intuitif *
convivial *
adapté à vos besoins *
Perpectives
OuiNon
avec votre tuteur *
avec d'autres encadrants *
avec des apprenants *



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