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6ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Du 12-11-2017 au 17-11-2017 à Roscoff
Date limite d'inscription: 19-05-2017

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette éditi|b de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies lectures longues, qui transforment les approches en matière d’assemblage de génomes et l’identification de transcrits pleine longueur, ainsi que trois ateliers optionnels (lectures courtes : RNA-seq, ChIP-seq, variants), et une introduction à l’intégration des données.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques qui permettront aux participants d’analyser ensuite leurs propres données de séquençage. Elle sera basée sur une alternance de courtes sesvi|bi théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat pers|bnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme. Attention : cette formation n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

Durée

La formation se tiendra du 12 novembre, 18h00 au 17 novembre, 14h00.

 

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Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Participants

Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs,…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.

Environnement de travail

Nouveau : L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.

Prérequis

Aucune connaissance préalable de l’environnement Linux ou R n’est requise: la formation débutera par une introduction aux commandes en ligne qui sera progressivement approfondie au fil des sesvi|bi thématiques.

Contenu

La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en trois groupes thématiques principaux: RNA-Seq, ChIP-Seq, et variations génomiques. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule. Une journée sera de plus consacrée à l'étude des lectures longues.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement Linux en ligne de commande.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat pers|bnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).

Modalités d'inscription

Date limite de demande d'inscription : 19 mai 2017 (Sélection des participants: 1mi-juin qu17 )

Pur dimander ulinscription vaeill formalaire-en ligne /a>< Le bomibrede pluacs étapt lemite d b40,le cloite d’arganistion selectionnra bls participants: ’anré les arnseignaments paorés dur dette foiheu Le bdegr de meaurete duprojetssciencificue dmpliqupt leanalyse de données Ne séquençage.sera bu des coeteres décaluetion

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Cehrstene lLmanire l(VIESAN-, ITMO GGB aartis,. /p>

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    8:45p/t> 9:20p/t> ="2>Infroduction auxséquençage.:technologies lisposnble" ,iape= de leibriset. ,ipplications p/t> Thierry Grangep/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pNGS_oscoff<2017_0Grangepdf" target="_blank">tape="bpplications/df"; ength="872152" >NGS_oscoff<2017_0Grangepdf"/a> 9:20p/t> 10:00p/t> Clade dThemes a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pNGS_oscoff<2017_0Themestape="bpplications/df"; ength="11758228 >NGS_oscoff<2017_0Themes 10:30p/t> 12:45p/t> ArordescncesLinux p/t> Deis Puthierp/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pPesentation/_lnux _uickt2017.jdf" tape="bpplications/df"; ength="1867404"Prsentation/_lnux _uickt2017.jdf"/a>

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     < ap> 16:45p/t> 18:00p/t> Read mpplnglddt> 18:00p/t> 19:15p/t> Visulisation Eloie aGirardp/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pIGV_dcumentationtape="bpplications/df"; ength="1059557>InGV_dcumentation

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    8:30p/t> 10:15p/t> Itroduction à lRp/t> Hugo Vret"p/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/psldesu_ntrod_R_rscoff<2017_00jdf" tape="bpplications/df"; ength="434288>Isldesu_ntrod_R_rscoff<2017_pdf"/a>

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    8:30p/t> 10:15p/t> hIP-Seq, Design exprieentsil quilités, mpplnglddt> Stephani lLmgrasp/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/p0173_Myers_PLoS%20enertjdf" tape="bpplications/df"; ength="4284360">0173_Myers_PLoSGenert/a>

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    a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/prun_tart.sh_.zip target="_blank">tape="bpplications/zip; ength="2039>Irun_tart.sh_.zip/a> < ap> 8:30p/t> 10:15p/t> Vriants):introduction quilitéset aclgnaments 1R Sati/Gaphi 1p/t> Mrian Brnanrd, MrnuldlLmbuxriqer, Eloie aGirardp/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pItroduction _teliers_ariantsjdf" tape="bpplications/df"; ength="477092>Infroduction /a>

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    F s href="mttps//wtinyurl.compes eq2rscoff<>TSriptidR/a> < ap> 14:30p/t> 16:00p/t> Vriants):iilete et lanotamion/desvariants)p/t> Kenzn Bazi-Kabbajp/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pFletetion _Vriants)2017.jdf" tape="bpplications/df"; ength="116715">RFletetion Vriants)p/>

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    8:30p/t> 10:15p/t> Itrgration desdonnées Sébasiend Déjea<, Ignacio Gonznlezp/t> a href="/ttp://www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/psldes_mixOmqc,_oscoffmixOmqc,p/>

    F s href="mttps//www.france-bioinformatique.fr/sites/default/files/pcritpt,_ojzip tape="bpplications/zip; ength="358"> critpt,_o/a> < ap> 10:45p/t> 12:45p/t> Itrgration desdonnées Sébasiend Déjea<, Ignacio Gonznlezp/t> =""> dh2SVndraeit 17/11/p2>

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    Las cours sauont bieruà l’uHôtl de fFance- :/p>

    Hôtl
  • <400, rue Mrruise:de fKeganriou, oscoff<, 29680/li>
  • TGoogle Mrp
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  • <49 rue Edounrd Corbères, oscoff<, 29680/li>
  • TGoogle Mrp
  • Tttp://www.fhotl -auxtabmrtis.comp/a>
  • <7 (luacs Lacaze Duthiers, oscoff<, 29680/li>
  • TGoogle Mrp
  • tape="bpplications/df"; ength="2784770>Plan d'e oscoff
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     Tou re'sorde,qstrong>Cchaue trtoerspremndln lcargerle puividupcargerent des données /atrong> :avpt le'cole

    L trtoersp:

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