6ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Du 12-11-2017 au 17-11-2017 à Roscoff
Date limite d'inscription: 19-05-2017

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies lectures longues, qui transforment les approches en matière d’assemblage de génomes et l’identification de transcrits pleine longueur, ainsi que trois ateliers optionnels (lectures courtes : RNA-seq, ChIP-seq, variants), et une introduction à l’intégration des données.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques qui permettront aux participants d’analyser ensuite leurs propres données de séquençage. Elle sera basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme. Attention : cette formation n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

Durée

La formation se tiendra du 12 novembre, 18h00 au 17 novembre, 14h00.

 

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Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Participants

Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs,…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.

Environnement de travail

Nouveau : L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.

Prérequis

Aucune connaissance préalable de l’environnement Linux ou R n’est requise: la formation débutera par une introduction aux commandes en ligne qui sera progressivement approfondie au fil des sessions thématiques.

Contenu

La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en trois groupes thématiques principaux: RNA-Seq, ChIP-Seq, et variations génomiques. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule. Une journée sera de plus consacrée à l'étude des lectures longues.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement Linux en ligne de commande.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).

Modalités d'inscription

Date limite de demande d'inscription : 19 mai 2017 (Sélection des participants : mi-juin 2017).

Pour demander l'inscription, vueillez remplir le formulaire en ligne. Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés sur cette fiche. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

Renseignements : AVIESAN ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique, ecole-bioinfo@aviesan.fr
Site Web (matériel de cours, informations complémentaires): http://www.france-bioinformatique.fr/eba2017

Frais d’inscription pour les personnels académiques : 500 € HT soit 600 € TTC  (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par l’Inserm) ; pour les industriels : 1750 € HT soit 2100 € TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique 

Christophe Caron (INRA, Rennes), Jacques van Helden (AMU, Marseille), Matthias Zytnicki (INRA, Toulouse).

Enseignants/Encadrants 

30 formateurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IFB, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, UPMC, IRISA Rennes.
 

Plateformes 

ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), BIOGER (INRA Grignon), C3BI (Institut Pasteur, Paris), eBIO (Univ. Paris Sud), IFB core (Gif-sur-Yvette), IGBMC (Strasbourg), Institut Curie-U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), I2BC (Gif-sur-Yvette), Genotoul (Toulouse), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (INRA Toulouse), TAGC (Marseille).

Gestion 

Christine Lemaitre (AVIESAN, ITMO GGB, Paris).


 

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Supports généraux :

  • SOS debug à utiliser en cas de problème.
  • formats récapitulatif des formats rencontrés.

 

Dimanche 12/11

20:30 22:00 Présentation des participants et intervenants

Lundi 13/11

8:45 9:20 Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Thierry Grange NGS_Roscoff_2017_Grange.pdf
9:20 10:00 Claude Thermes NGS_Roscoff_2017_Thermes.pdf
10:30 12:45 Arborescence Linux Denis Puthier Presentation_linux_quick_2017.pdf

Diaporama ouvert à vos commentaires

unix-cmd-ref-092.pdf

14:30 16:00 Qualité des lectures Denis Puthier & Gildas Le Corguillé pre_processessing_and_mapping.pdf

Diaporama R ouvert à vos commentaires

 

16:45 18:00 Read mapping
18:00 19:15 Visualisation Elodie Girard IGV_documentation.pdf

IGV_Practical.pdf

Mardi 14/11

8:30 10:15 Introduction à R Hugo Varet slides_intro_R_roscoff_2017.pdf

 

Tuto verbeux (pdf) 

Tuto verbeux (html) (source Rmd)

Script du tuto (R)

Solution de l'exercice fichier GTF (R) 

Tutos complémentaires

10:45 12:45 MinION Delphine Naquin MinION_slides_Delphine_v5_rac.pdf

 MinION_TP_v7.pdf

14:30 15:30
15:30 16:00 PacBio : théorie Marc Deloger PacBio_20171112.pdf

Diapos format Gsheet

Script bash pour tout reproduire

16:45 18:00 PacBio : TP Iso-Seq
18:00 19:15

Mercredi 15/11

8:30 10:15 ChIP-Seq Design expérimental, qualité, mapping Stephanie Legras 2013_Myers_PLoS Genet

Intro

Atelier

Conclusion

8:30 10:15 RNA-Seq: de novo, mapping avec STAR Erwann Corre, Rachel Legendre Denovo

Mapping STAR

run_star.sh_.zip

8:30 10:15 Variants: introduction, qualité et alignement, R Stat/Graph 1 Maria Bernard, Manuel Lebeurrier, Elodie Girard Introduction

Atelier version pdf, html, zip

Quality and alignment

10:45 12:45 ChIP-Seq normalisation, peak-calling Stephanie Legras  
10:45 12:45 RNA-Seq: Statistiques : plans d'expériences, graphiques de diagnostics, exploration,... Hugo Varet Stats
10:45 12:45 Variants : GATK preprocessing, GATK calling, R Stat/Graph 2 Guillaume Robert, Elodie Girard presentation SNP calling
14:30 16:00 ChIP-Seq Annotation des pics Violaine Saint-André, Stephanie Legras  
14:30 16:00 RNA-Seq: Salmon, pratique statistiques générales Claire Toffano-Nioche, Hugo Varet Quantification

Script R

14:30 16:00 Variants: filtre et annotation de variants Kenza Bazi-Kabbaj Filtration Variants

Annotation Variants

16:45 18:00 ChIP-Seq Annotation des pics Violaine Saint-André, Stephanie Legras  
16:45 18:00 RNA-Seq : pratique statistique gène : DESeq2 Hugo Varet Stats gene
16:45 18:00 Variants : R Stat / Graph 3, variations structurales Elodie Girard, Maria Bernard Structural variant detection
18:00 19:15 ChIP-Seq Analyse des motifs Morgane Thomas-Chollier workflow
18:00 19:15 RNA-Seq : pratique statistique isoforme : sleuth Thibault Dayris Differential Transcript Expression Analysis
18:00 19:15 Variants : R Stat / Graph 3, workflow et bilan Maria Conclusion

Jeudi 16/11

8:30 10:15 Intégration de données Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez mixOmics

scripts_R

10:45 12:45 Intégration de données Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez  

Vendredi 17/11

 


Les demandes d'inscription pour 2017 sont maintenant closes.


Informations pratiques 

 

Adresses

Cours

Les cours auront lieu à l’Hôtel de France :

Hôtels

Plans


Foire aux questions

Comment transférer ses données sur les plateforme partenaires avant l'école?

Afin d'assurer un déroulement le plus optimal possible pour l'analyse des données tutorées, nous demandons aux tuteurs de suivre ce protocole pour l'insertion des données des stagiaires sur les 3 plateformes de référence (Roscoff-RNA-seq / Strasbourg-ChIP-seq / Toulouse-Variant).

 Tout d'abord, chaque tuteur prend en charge le suivi du chargement des données avant l'école.

Le tuteur : 

  1. doit demander un compte sur la plateforme de référence (cf. informations ci-dessous)
  2. récupère directement les données auprès de son stagiaire par les moyens les plus adaptés
  3. pre-traite éventuellement par les moyens qui lui semblent les plus adaptés (e.g. RNA-seq)
  4. charge par lui-même les données pré-traitée dans son compte galaxy personnel sur sa plate-forme de référence :
  5. exporte cet historique afin d'en faire une copie sous la forme d'un .tar.gz (nous sommes en train d'évaluer la faisabilité d'un dépôt central pour ces exports)
  6. partagera ensuite cet historique le premier jour du tutorat (mardià avec son stagiaire qui dispose aussi d’un compte sur la plate-forme de référence.

Le tuteur peut bien sûr bénéficier du support de la plateforme de référence si nécessaire.

Demande comptes et support :

 Strasbourg :
    eba@galaxeast.fr
 Roscoff :
    support.abims@sb-roscoff.fr
    http://abims.sb-roscoff.fr/account
 Toulouse :
    sigenae-support@listes.inra.fr
    http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=141

 

 

Comment trouver l'adresse réseau physique d'un portable ?

Sous Windows XP

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Cliquez sur Exécuter;
  3. Dans la console taper "cmd" ensuite cliquez sur "ok";
  4. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  5. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous Windows 7

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Dans le champ "Rechercher les programmes et fichiers" entrez "cmd" ensuite appuyer sur la touche "Entrée" (raccourcit Windows + R);
  3. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  4. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous MAC OS X

  1. Cliquer sur Spotlight (loupe en haut à droite)
  2. Taper "terminal" et ouvrir l'application
  3. Dans l'application, taper "ifconfig" et donner le résultat de la ligne en0 > éther

 

 

 

 


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