G4I
Galaxy4Imaging : Formation à l'intégration d'outils sous Galaxy dans le domaine de l'imagerie
Du 16-05-2017 au 17-05-2017 à Nantes
Date limite d'inscription: 07-04-2017

L’INRA (unité Ingenum), le PEPI MACS (Mathématiques Appliquées - Calcul Scientifique) et le Groupe de Travail Galaxy de l'Institut Français de Bio-informatique proposent une formation pour l'intégration d'outils sous Galaxy. Cette formation s’adresse principalement aux ingénieurs travaillant dans les domaines autour de l’imagerie : traitement d’images, phénotypage, reconnaissance de formes, histologie quantitative, etc.

Une première journée de cours présentera les bonnes pratiques d’intégration. La seconde journée sera consacrée à l’intégration de ses outils sous Galaxy. A partir des outils à intégrer chaque participant sera en mesure de construire un/des workflows sous Galaxy.

Lieu : Nantes (Hôtel Westotel)

 
Date : 16 au 17 mai 2017 (Accueil possible dès le lundi 15 mai 19H00)
Pré-requis : connaissance du langage XML, bonne pratique de la ligne de commande sous Linux, connaissance d'un langage de scripting

 
Frais d'inscription (ces frais couvrent l'hébergement, la restauration et les frais pédagogiques) :

  • INRA : 150 € HT
  • Académiques : 250 € HT
  • Industriels : 500 € HT

Logistique : Les participants utiliseront leur PC portable. Configuration conseillée : processeur supportant la virtualisation, 8 Go RAM, 30 Go d'espace disque

 
Nombre de participants : 12 max.

Intervenants :

Eric Biot, Anthony Bretaudeau, Christophe Caron, Olivier Inizan, Valentin Marcon

Comité d'organisation :

Eric Biot, Christophe Caron, Olivier Inizan, David Legland, Nicolas Parisey

 


Programme prévisionnel

Mardi 16 mai : bonnes pratiques d’intégration et un premier atelier d'intégration (Wrap session)

Mercredi 17 mai : suite des ateliers d’intégration.


Les inscriptions sont ouvertes jusqu'au 7 avril 2017

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  • L'accueil peut faire dès le lundi soir à partir de 19H00
  • Les 2 nuitées du lundi au mercredi sont incluses
  • Les cours se dérouleront sur vos portables.
  • Nous vous fournirons une machine virtuelle à installer sous VirtualBox. Vous pourrez ainsi repartir avec l'ensemble de vos développements.

 


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