Journée thématique scientifique PF AuBi
C. Gaspin, annotation des ARNnc: méthodes et outils d'aujourd'hui et de demain. Projets & Besoins Bioinfos - Mésocentre
Du 30-03-2017 au 30-03-2017 à Plateau des Cézeaux, Aubière
Date limite d'inscription: Aucune information

Programmes (pdf)

9h00 – 9h15          Pierre PEYRET - MEDIS - pierre.peyret@uca.fr
                            Ouverture de la journée - présentation de la PF AuBi

 

Organisation & expression des génomes

9h15 – 9h30          Guillaume JUNION - GReD - guillaume.junion1@uca.fr
                            Analyses génomiques cellule-spécifiques de la diversification cardiaque
                            et musculaire

 

Méta-omiques & génomique environnementale

9h30 – 09h45        Cyrielle GASC - MEDIS - cyrielle.gasc@uca.fr
                            Outils bioinformatiques pour l'exploration des microbiotes

 

Méthodologies pour l'analyse des séquences et des données -omiques

9h45 – 10h00        Catherine BARRIERE - GReD - catherine.barriere@uca.fr
                           CLIFinder: un outil pour l'identification pangénomique de transcrits chimères

10h00 – 10h15      Engelbert MEPHU NGUIFO - LIMOS - mephu@isima.fr
                           Classification multi-instances des données biologiques : Application aux
                           bactéries radio-résistantes

10h15 – 10h30      Alexandre BAZIN - LIMOS/LMGE - alexandre.bazin@isima.fr

                           A De Novo Robust Clustering Approach for Amplicon-Based Sequence Data

10h30 – 10h45      Jocelyn de GOER - LIMOS - jgoer@clermont.inra.fr

                           Développement d’une fonction de hachage perceptuel, pour l’identification de
                           séquences ADN, au travers d’une base de données de références

10h45 – 11h00      Kevin GRAVOUIL - LIMOS/LMGE/MEDIS - kevin.gravouil@uca.fr
                           Reconstruction de génomes microbiens à partir de données métagénomiques

11h00 – 11h15      Gabriel CARVALHO - LMGE/IRSTEA - gabriel.carvalho@irstea.fr
                           Modélisation individu-centrée de biofilms bactériens

11h15 – 11h30      Matthieu REICHSTADT - INRA UMRH - matthieu.reichstadt@inra.fr
                           Proteinside: un outil d'ontologie et d'enrichissement des données de protéomique

11h30 – 11h45      Christelle REYNES - STATS’UP - s.reynes@stats-up.fr
                           Méthode statistique pour la recherche de biomarqueur pour les données omiques

11h45 – 12h00      Robert SABATIER - STATS’UP - s.reynes@stats-up.fr
                           Présentation de nos modules de formation continue en biostats

12h00 – 14h00     Repas Libre à la discrétion de chaque participant(e)s

14h00 – 15h00     Scientifique invitée - Christine GASPIN, INRA Toulouse, MIA - christine.gaspin@inra.fr
                           Annotation des ARNnc: méthodes et outils d'aujourd'hui et de demain

 

Epigénétique & Epigénomique

15h00 – 15h15      Emilie BRASSET - GReD - emilie.brasset@uca.fr
                           Analyse du contrôle des Eléments Transposables par des petits ARN dans la lignée germinale

 

Imagerie & Traitement de l’image

15h15 – 15h30      Pierre POUCHIN - GReD - Pierre.Pouchin@uca.fr
                           Imagerie confocale : du plateau technique au stockage et traitement des images

 

Services, Ressources & Infrastructures pour la Bioinformatique

15h30 – 15h45      David GRIMBICHLER - Mésocentre, UCA - david.grimbichler@clermont-universite.fr
                           Mésocentre Clermont Auvergne : ressources, usages, et projets

15h45 – 16h00      Véronique GAUTIER - PF Gentyane INRA, GDEC - veronique.gautier@inra.fr
                           Présentation de la plateforme Gentyane, génotypage et séquençage à haut débit

16h00 – 16h15      Yannick BIDET & Manon SOURDEIX - CHU/CJP - msourdeix@chu-clermontferrand.fr - yannick.bidet@uca.fr
                           Diagnostique et Recherche sur la plateforme de génétique moléculaire CHU/CJP

16h15 – 16h30      Philippe LEROY - INRA, GDEC - philippe.leroy.2@inra.fr
                           Pipeline d’annotation structurale et fonctionnelle des génomes de plantes - TriAnnot

16h30 – 16h45      Hélène RIMBERT & Philippe LEROY - INRA, GDEC - helene.rimbert@inra.fr
                           Service Informatique Bio Informatique – SIBI à l’UMR 1095 GDEC

16h45 – 17h00      Christophe DUPERIER - UNH/PFEM - christophe.duperier@inra.fr
                           PFEM : Métabolomique et bioinformatique

17h00 – 17h15      Richard BONNET - M2iSH - rbonnet@chu-clermontferrand.fr
                           Microbes, microbiote, biologie cellulaire et bioinformatique :  un aperçu de nos embrouilles numériques

 

Formations

17h15 – 17h30      Valérie POLONAIS - LMGE, Responsable DUT  Bio-Informatique, Université Clermont Auvergne - valerie.polonais@uca.fr
                            Le DUT bioinformatique : une formation en bioinformatique à Bac+2

17h30 – 17h45      Gisèle BRONNER - LMGE, Responsable  Master Bio-Informatique Université Clermont Auvergne - gisele.bronner@uca.fr
                           Master Bio-Informatique : Analyse et Modélisation des Données

 

PF-AuBi – Site WEB & Budget

17h45 – 18h00      Philippe LEROY – INRA, UCA GDEC - philippe.leroy.2@inra.fr
                          PF AuBi: site web, liste de diffusion, budget

 

Clôture de la Journée – prochaine réunion

18h00                  Pierre PEYRET - MEDIS - pierre.peyret@uca.fr


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