Type de formation: 
Formation professionnelle
Description: 
Objectifs

Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type "métagénomique amplicon" issues des technolo-gies de séquençage 454 et Illumina. La formation couvre les grandes étapes d'un pipeline d'analyse bioinformatique sous Galaxy (FROGS) pour transformer les séquences en tables d'abondances puis présente des outils statistiques sous R (phyloseq) qui permettent de décrire et comparer les échantillons à partir de ces tables.

 

Programme

Jours 1 et 2 : Analyses Bioinformatiques sous Galaxy

  • Introduction générale
  • Brefs rappels sur l'environnement Galaxy
  • Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage
  • Prétraitement des données
  • Clustering des séquences, construction des OTUs
  • Détection de chimères
  • Annotation taxonomique
  • Filtrage des données de comptages
  • Outils de visualisation
  • Construction de workflow et configuration de FROGS
  • Limite des données et des méthodes 

Jour 3 et 4 :  Analyses Statistiques sous Rstudio

  • Introduction générale
  • Import, manipulation et visualisation des données
  • Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.
  • Ordination et réduction de dimension : MDS
  • Clustering et Heatmap
  • Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis

▫ Introduction générale
▫ Brefs rappels sur l'environnement Galaxy
▫ Présentation des données issues des différentes technologies de séquençage ▫ Prétraitement des données
▫ Clustering des séquences, construction des OTUs
▫ Détection de chimères
▫ Annotation taxonomique
▫ Filtrage des données de comptages
▫ Outils de visualisation
▫ Construction de workflow et configuration de FROGS
▫ Limite des données et des méthodes

page1image9968page1image10128

Jour 3 : Analyses Statistiques sous Rstudio
  • ▫  Introduction générale
  • ▫  Import et manipulation des données
  • ▫  Mesure de diversités : Unifrac, Bray-Curtis, etc.
  • ▫  Ordination et réduction de dimension : MDS
  • ▫  Clustering et Heatmap
  • ▫  Comparaison d'échantillons : PERMANOVA, adonis 
Nombre de personnes formées: 
22/ an
Temps de formation: 
3 jours / an
Conditions d'accès à la formation: 

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Nombre de sessions: 
1
Reccurance: 
Oui
Date de la prochaine session: 
Lundi, mars 27, 2017 (All day)
Cours résumé: 
Analyse de données métagénomiques 16S
Thème (formations professionnelles uniquement): 
cea
cnrs
inra
inria
inserm
logo_elixir
logo-investissements