Type de formation: 
Formation professionnelle
Description: 
Objectifs

Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq.

Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article

du domaine.

Comprendre les particularités liées à la nature des données.

 

 

Programme

Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables).

Normalisation et analyse différentielle : recherche de "régions d'intérêt" différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé).

Prise en compte de la multiplicité des tests.

Le cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données sera traité à l'aide du package R SARTools (basé sur les packages R DESeq2 et edgeR) dans les environnements Galaxy et RStudio.

Nombre de personnes formées: 
9/ an
Temps de formation: 
2 jours / an
Conditions d'accès à la formation: 

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

Nombre de sessions: 
1
Reccurance: 
Oui
Date de la prochaine session: 
Jeudi, mars 16, 2017 (All day)
Lieu de la formation: 
jouy en josas
Cours résumé: 
Analyse statistique de données RNA-Seq -Recherche des régions d'intérêt différentiellement exprimées (R, RStudio et Galaxy) -
Thème (formations professionnelles uniquement): 
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