Type de formation: 
Formation professionnelle
Description: 

Objectifs

1. Acquérir des connaissances sur les éléments transposables
2. Réaliser l’annotation des éléments transposables dans un génome en utilisant le pipeline REPET
3. Pouvoir être autonome sur ces propres données.

Cette formation est composée de 2 modules 

21-22/11/2016 : module 1

23/11/2016 : module 2 (optionnel)

24/11/2016 : nous proposons aux participants qui le souhaitent d’analyser leurs propres données. Nous les accueillerons à l'URGI où ils pourront travailler de façon autonome sur leur machine, avec un support en cas de problème.

Module 1 : "REPET-lite"

- Introduction générale aux éléments transposables
- Présentation du pipeline REPET et des différentes stratégies d’annotation
- Présentation et utilisation de l’environnement Galaxy
- TP: lancement de REPET-lite sous Galaxy : paramètrage, analyse des résultats, masquage des répétitions dans un génome, ...

Module 2 "curation manuelle des éléments transposables"

- Présentation des différentes démarches possibles pour la curation
- Présentation des outils de visualisation et d'analyse des données
- TP "curation manuelle" : lancement des outils, analyse et traitement d’exemples, "parsing" de fichiers

 

Cette formation est ouverte à la fois aux biologistes et aux bioinformaticiens. Le module 1 ne nécessite pas de pré-requis et est destiné aux personnes dont l’objectif est d’obtenir un génome masqué. Le module 2 vise un public intéressé par l’analyse des éléments transposables dans le génome annoté et nécessite d’avoir des notions de ligne de commande.

 

Nombre de personnes formées: 
10/ an
Temps de formation: 
3 jours / an
Conditions d'accès à la formation: 

La formation est gratuite, mais le nombre de place est limité (10 max)

Les inscriptions se font directement par mail auprès de :
nathalie.choisne@versailles.inra.fr "ET" olivier.inizan@versailles.inra.fr

Lors de votre inscription, veuillez préciser si vous êtes intéressés par la journée du 24 novembre. Dans ce cas, vous recevrez un questionnaire qui nous permettra d’évaluer la faisabilité de vos analyses.

Nombre de sessions: 
1
Reccurance: 
Non
Date de la prochaine session: 
Lundi, novembre 21, 2016 (All day) to Mercredi, novembre 23, 2016 (All day)
Lieu de la formation: 
INRA-URGI, Centre de Versailles
Cours résumé: 
L’URGI (Unité de Recherche en Génomique-Info) organise une formation sur la détection et l'annotation des éléments transposables
Thème (formations professionnelles uniquement): 
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