• Description :

    Le groupe de travail Galaxy de l'Institut Français de Bioinformatique organise un hackathon le 18 novembre 2015.

    L'évènement aura lieu à l'Institut Pasteur, la veille du Galaxy Day.

    Dévelopeurs, bioinformaticiens ou administrateurs système, tous les profils...

  • Description :

    Le Galaxy Day est une journée annuelle constitué de retours d'expérience des utilisateurs sous la forme de courtes présentations. Deux sessions ont été organisées en 2013 et 2014 avec près d'une centaine de personnes à chaque fois.

    La...

  • Description :

    Ce projet a pour premier objectif de former des ingénieurs bio-informaticiens à ce nouvel environnement qu’est Galaxy. Il a pour deuxième objectif de favoriser la fédération des communautés, et d’apporter une pierre à la...

Accueil

Présentation

Le Groupe de Travail Galaxy IFB (IFB Galaxy Working Group) a pour objectif de fédérer la communauté française autour de l'environnement Galaxy dédié aux workflows et d'établir des passerelles entre les différents projets/infrastructures.

Le GT Galaxy anime les communautés autour de trois thèmes principaux :

1. Architecture et optimisation avec un abord des problématiques d’exploitation en environnement de production, les possibilités d'automatisation des tâches de déploiement et les solutions de monitoring d’instances de serveurs Galaxy

2. Développement et intégration des outils en proposant des outils et des processus facilitant l’interfaçage des outils dans une instance Galaxy.

3. Formation à destination des bio-informaticiens (séminaires, ateliers, etc.) et biologistes en portant des actions de formations et d'animation au niveau national

 

Le GT Galaxy propose plusieurs guides sur les bonnes pratiques d'intégration d'outils. Ces guides ont été rédigés par un collectif dont le Groupe de travail, mais pas seulement !

Quick start

Advanced guide

Tool Shed guide

Si vous souhaitez contribuer, n'hésitez pas à nous contacter !

 

Membres

Listes des membres du groupe de travail

 

Ce  groupe de travail est constitué de plusieurs plateformes de l'IFB  et d’une plateforme de l’infrastructure nationale MetaboHUB (PFEM / Clermont ).

Les réflexions et actions du GT permettent d'établir des passerelles avec d'autres infrastructures nationales de recherche (MetaboHub,  France Génomique, etc.) et avec l'UMS IFB Core.

La participation à ce groupe de l’infrastructure MetaboHub (PFEM) contribue à un des objectifs de l’IFB qui a notamment pour mission d’aider à fédérer les Infrastructures de Recherche Nationales pour toutes les questions autour du traitement des données.

 

Plateforme Membres
ABiMS Gildas Le Corguillé, Loraine Guéguen, Misharl Monsoor, Gwendoline Andres
Genouest Olivier Collin, Anthony Bretaudeau
IFB Christophe Caron
IGBMC Stéphanie Legras, Julien Seiler
Institut Curie Alban Lermine, Jocelyn Brayet
Institut Pasteur Olivier Doppelt, Fabien Mareuil
MIGALE Valentin Loux, Sandra Derozier
PFEM / MetaboHUB Franck Giacomoni
SouthGreen Jean-François Dufayard, Alexexis Derreeper, Maryline Summo
URGI Olivier Inizan, Valentin Marcon
SIGENAE/GenoToul Sarah Maman
Animations

Nationales

GALAXY DAY

Les éditions 2013 & 2014 ont regoupé plus de 200 participants.

 

CONGRES

 

JOBIM 2013 : poster présentant les actions du groupe après sa création début 2013.

 

Internationales

Conférences de la communauté galaxy
  • Oslo 2013
    • Poster GT
    • Institut Curie(Galaxy integration into an external information system), URGI (DevOps) , ABiMS(Workflow4Metabolomics)
  • Baltimore 2014
    • Institut Curie (GalaxyDx : A Web-server dedicated to cancerdiagnostic data analysis), URGI(Puppet), ABiMS (Tools Integration)

 

Rencontre avec la Galaxy Team

Rencontre régulière
Extension du ToolShed, etc.

G4B Toulouse

Le Groupe de Travail a élaboré une formation qui a pour objectif de former des ingénieurs bio-informaticiens aux bonnes pratiques d'intégration d'outils sous Galaxy.

Cette formation est proposée à la communauté sous la forme d'une école sur plusieurs journées.

Toulouse - 2 au 5 novembre 2015 - soutien INRA/IFB/Labex NUMEV

 

Le programme prévisionnel est en ligne.

 

ATELIERS

Elle s’articule autour de plusieurs ateliers :

  • Présentation de l'architecture de Galaxy ;
  • Bonnes pratiques de développements et d’intégration d'outils ;
  • Concept et présentation du "Toolshed" (entrepôt d'outils Galaxy) ;
  • API, avec notamment le package Bioblend

 

 

Lieu : Montauban

Intervenants :

South Green : JF Dufayard, A. Dereeper, Marilyne Summo

ABiMS : C. Caron, G. Andres, G. Lecorguillé, M. Monsoor

URGI : O. Inizan

Institut Curie : A. Lermine, Jocelyn Brayet

Insitut Pasteur : F. Mareuil

Strasbourg : Julien Seiler

Toulouse : S. Maman, S. Rodriguez

 

Cette formation est organisée par le Groupe de Travail Galaxy avec le soutien financier de plusieurs structures :

    L'Institut Français de Bio-informatique
    INRA : Formation Permanente Nationale et la Délégation à la Transition Numérique
    La plateforme Genotoul (Toulouse)
    Le Labex NUMEV (Montpellier)

 

Comité d'organisation :

Le GT Galaxy

Philippe BARDOU
Cédric CABAU
Géraldine CABAU
Patrice DEHAIS
Monique FALIERES
Christine GASPIN
Céline NOIROT
Sabrina RODRIGUEZ

 

 

 

 

Sessions précédentes

Plusieurs sessions ont déjà été organisée avec le soutien de l'IFB et des tutelles :

  •    Roscoff - 3 au 5 Novembre 2014 - soutien CNRS  / IFB / 20 participants
  •    La Chapelle sur Erdre - 3 au 5 mars 2015 - soutien Formation Permanente Nationale/PEPI IBIS INRA /IFB /  20 participants

 

 

Support de cours
SUJET SUPPORT
Architecture Galaxy g4b2014-architecture.pdf
Tool Integration (part 1) galaxy4bioinformatics-integration-partI.pdf
Tool Integration (part 2) galaxy4bioinformatics-integration-partII.pdf
Toolshed cours g4b2014_toolshed.pdf
Toolshed TP g4b2014_toolshed_tp.pdf
API Galaxy cours G4B-API_Galaxy.pdf
Bioblend l’API de Galaxy G4B_TP_API_BIOBLEND.pdf
Ecole G4BV3 2015 ecole-g4bv3-2015-programme-0.5_0.pdf

 

R et D

L’environnement Galaxy dédié notamment à l'activité de bio-analyse connaît un succès croissant au sein des communautés bio-informatiques et biologistes. La mutualisation des outils et workflows Galaxy passe par la création d'un dépôt commun (Toolshed). L'IFB se propose donc de mettre à disposition un dépôt de référence labellisé IFB pour centraliser les outils de bio-analyse de la communauté française, avec un effort particulier porté sur la qualité des outils proposés. Cette action est initiée dans le cadre d'un projet de 18 mois (2014-2016) en collaboration avec l'infrastructure France Génomique.

Archives
Programme ecole G4BV3-2015  ecole-g4bv3-2015-programme-0.6.pdf
Programme prévisionnel du Galaxy Day 2015
GD2015 Hans-Rudolf Hotz - Using Galaxy for NGS analysis in a collaborative environment
GD2015 Jean-Claude BOULET - Chemoocs: chemometry for all, theory and tools
GD2015 Amandine VELT - Development and integration into Galaxy of a suite of workflows dedicated to RNAseq  galaxyday2015_avelt.pdf
GD2015 Maria BERNARD - FROGS : Find Rapidly OTU with Galaxy Solution frogs_2015_galaxy_day.pdf
GD 2015 Yvan LE BRAS - Colib'read on Galaxy: A tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads 
GD2015 Cyril MONJEAUD - GO-Docker on Galaxy, a secure way to create new tools on demand!
GD2015 Loraine GUEGUEN - Planemo: No more crap!
GD2015 Marius VAN DEN BEEK - A github organization to improve galaxy tool quality galaxy_days_-_github_organization.pdf
GD2015 Jocelyn BRAYET - Galaxy on demand one click deployment
GD2015 François Moreews - A Shared Docker registry for efficient components dependencies management and dissemination.
GD2015 Sandra DEROZIER - Updating a production Galaxy platform : success and gotchas
GD2015 Olivier INIZAN - If you have any weekend plans don't install galaxy on friday or use continuous deployement/integration. prez-galaxy-day2015-loaec-pasteur.pdf
GD2015 Christophe Antoniewski - The ARTbio bioinformatics platform at the Institut de Biologie Paris Seine: roadmap and settings  galaxy_day_2015_-_artbio_presentation.pdf
GD2015 Fabien MAREUIL - ReGaTE, Registration of Galaxy Tools in Elixir regate_galaxyday.pdf
GD2015 - Hackathon feedback !  galaxy_hackathon_20
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