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GRISBI - Groupe de Réflexion sur les InfraStructures BioInformatiques

Le Groupe de Réflexion sur les InfraStructures BioInformatiques de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB-GRISBI) a vocation d'échange et de discussion sur les aspects technologiques liés à la bioinformatique et aux sciences du vivant. Est concernée en premier lieu la coordination des actions entre les infrastructures des plateformes régionales et celle nationale avec IFB-core. L'objectif est la création à terme d’une infrastructure bioinformatique fédérée, en liaison avec les autres infrastructures scientifiques nationales (génomique, protéomique, imagerie, biomédical, etc.) et internationales (ELIXIR, etc.).

Les aspects traités sont autant matériels (serveur, stockage, réseau) que logiciels (données, outils, calcul, visualisation) et organisationnels. Au travers de réunions régulières et d'actions d'animation, le groupe vise à tenir informer les membres de l’IFB et la communauté bioinformatique des avancements de chacun, faire de la veille technologique et partager les expériences en cours.

L’objectif à long terme est le déploiement d’une fédération de clouds académiques pour les sciences du vivant sur les ressources nationales IFB-core et en région, afin de répondre aux besoins dépassant les capacités informatiques actuellement disponibles dans les plateformes régionales.

Forum

Il existe une liste de diffusion pour les activités du groupe de travail, liste qui sera privilégiée pour diffuser les informations.

Donc n'hésitez pas à vous inscrire si ce n'est déjà fait.

Liste ifb-grisbi : https://groupes.france-bioinformatique.fr/sympa/info/ifb-grisbi

Réunions

  • ifb-grisbi-30, 7 octobre 2016, INSERM-Biopark, Paris
  • ifb-grisbi-29, 28-29 avril 2016, PRABI-LBBE, Lyon
  • ifb-grisbi-28, 8-9 octobre 2015, Bioinfo GenoToul, Castanet-Tolosan
  • ifb-grisbi-27, 10-11 mars 2015, IFB-core, Gif-sur-Yvette
  • ifb-grisbi-26, 27-28 novembre 2014, GenOuest, Rennes
  • ifb-grisbi-25, 26-27 juin 2014, IBCP, Lyon
  • ifb-grisbi-24, 26 novembre 2013, IFB-core, Gif-sur-Yvette
  • ifb-grisbi-23, 3-4 décembre 2012, GenOuest, Rennes
  • ifb-grisbi-22, 7 juin 2012, IBCP, Lyon

    (...)

Les réunions précédentes ont eu lieu de 2007 à 2011 sous l'égide du groupe de travail RENABI GRISBI regroupant six plateformes bioinformatiques régionales du réseau RENABI. Cette initiative avait obtenu plusieurs soutiens dont celui du GIS IBISA (coordination nationale des Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie) qui a labellisé la plateforme GRISBI en 2008 et fourni un soutien financier.

Réunion GRISBI 30

30e réunion GRISBI

Dates

7 octobre 2016, 9h30 - 16h30

 

Lieu

Inserm-Biopark, Salle Paris (2e étage)
8, rue de la Croix Jarry
75013 Paris

Plan

Inscriptions:

Les inscriptions sont closes

 

Ordre du Jour

Matin

  • Point sur IFB et ELIXIR (J.F. Gibrat, IFB-core)
  • Avancement e-Infrastructure IFB
    •     Avancement IFB-core (C. Blanchet, IFB-core)
    •     Avancement des plateformes - Tour de table (Tous).
  • Nouvelles des partenaires (IDRIS, PSMN, IDGC/FG, parmi ceux présents)
    • Inserm-DSI (I. Perseil, I. Ghorbel)
    • PSMN (H. Gilquin)

Après-midi

  • Point sur ELIXIR/EXCELERATE
    • WP1 - Tools Interoperability and Service Registry (H. Ménager, Institut Pasteur)
    • WP4 - Technical Services (O. Collin, Genouest)
  • Infrastructure et Cloud
    • Préparation de la machine nationale (C. Blanchet, IFB-core)
    • Organisation de la fédération de cloud (C. Blanchet, IFB-core)
    • Retour d'expérience sur le stockage (A Sepou Ngaïlo, IFB-core)
  • Intégration des données et des outils
    • WAVES: Web Application for Versatile & Easy bioinformatics Services (M. Chakiachvili, ATGC)
    • Exécution de conteneurs sur le cloud, à l'unité ou en lot (S. Perrin, IFB-core)
    • Cluster de calcul de machines virtuelles (J. Lorenzo, IFB-core) 
    • Exemple de déploiment d'application complexe sur le cloud : le projet Cyclone (B. Brancotte, IFB-core)
  • Questions diverses
    • Formations
    • Prochaine réunion
Réunion GRISBI 29

29ème réunion GRISBI

Dates

28 avril 2016 13h30 -  29 avril 13h00

 

Lieu

Salle de réunion, bâtiment Herbier
PRABI-LBBE - UMR CNRS 5558, "Biométrie et Biologie Évolutive"
Université Lyon 1, 43 bd du 11 novembre, 69622 Villeurbanne Cédex

 

Inscriptions:

https://groupes.renater.fr/reunion/foodle/IFB-GRISBI-29-Inscription-56dc7

 

Ordre du Jour

28 avril

  • Point sur IFB et ELIXIR
  • Avancement e-Infrastructure IFB
    •     Avancement IFB-core
    •     Avancement des plateformes - Tour de table (Tous).
  • Nouvelles des partenaires (IDRIS, PSMN, IDGC/FG, parmi ceux présents)
    • Retour d'expérience sur les services gridFTP et iRODS déployés a l'IDRIS dans le cadre du projet PRACE. A. Ansari (IDRIS)
    • SIDUS, une autre approche de la machine "à discrétion". De son exploitation comme machine virtuelle de visualisation à son utilisation de noeud de portail Galaxy. E. Quemener (PSMN)
    • Les services Cloud et iRODS de la fédération France Grille. J. Pansanel (IPHC) 
  • Retour d'expériences des applications
    • Appliance INCA-NGS CLB, diagnostic tumoral sur le cloud. C. Baudet (Centre Léon Bérard)
    • EnginesOn: de GenOuest à CeSGO, de la bioinformatique à la e-Science, itinéraire d'une création de start-up. Y. Le Bras (GenOuest)

29 avril

  • Point sur ELIXIR/EXCELERATE
    • WP1 - Tools Interoperability and Service Registry
    • WP4 - Technical Services
  • Infrastructure et Cloud
    • Quelques pistes pour choisir un serveur de calcul (proc, mémoire, …). H. Gilquin (PSMN)
    • Paraload : un programme de répartition de charge à large échelle pour les calculs en bioinformatique. D Guyot (PRABI)
    • Première rencontre avec Openstack. S. Delmotte (LBBE)
    • Préparation de la machine nationale
    • Organisation de la fédération de cloud
    • Propositions de cas d’usage
  • Intégration des données et des outils
    • Environnement virtuel de Recherche.
    • Point sur les technologies (Docker, Puppet…)
    • Métriques
  • Questions diverses
    • Formations
    • Prochaine réunion
Réunion GRISBI 28
Dates

8 octobre 14h00 -  9 octobre 2015 12h30

 

Lieu

Plateforme Bioinfo GenoToul (plan d'accès)
INRA - Unité de MIAT

http://bioinfo.genotoul.fr/

24 Chemin de Borde-Rouge - AUZEVILLE
CS 52627 - 31326 Castanet-Tolosan cedex

 

Ordre du Jour

8 octobre 14:00-17:30

Avancement e-Infrastructure IFB

  • Avancement IFB-core (C. Blanchet)
  • Avancement des plateformes - Tour de table (Tous). Rappels brefs et faits marquants depuis la dernière réunion sur les données biologiques et logiciels bioinformatiques disponibles, les technologies matérielles utilisées et envisagées, les métriques d’utilisation.

 

Nouvelles des partenaires :

(parmi ceux présents)

  • Mésocentre PSMN (H. Gilquin)

 

Gestion des données biologiques, quels outils pour les données massives et leur distribution multi-sites.

  • biomaj (O. Sallou)
  • irods (S. Delmotte)

 

Virtual Research Environment - aspects techniques :

  • GenOuest HubZero/ISAtools/Galaxy (O. Collin)
  • Développements à l’Institut Curie (A. Lermine)
  • Retour du GT-Galaxy (C. Caron)

 

9 octobre 9:00-12:30

Point sur IFB et ELIXIR (J.F. Gibrat)

 

ELXIR-Excelerate - Aspect techniques C. Blanchet, O. Collin)

  • WP1 - Tools Interoperability and Service Registry
  • WP4 - Technical Services

 

Infrastructure et Cloud

  • Avancement des clouds déployés dans les PFs IFB (C. Blanchet, O. Collin)
  • Actualités de France Grilles et aspects techniques pour l'intégration d'un cloud au cloud fédéré européen (J. Pansanel)
  • Outils d’installation système (Puppet, Chef, Ansible, Salt) (IFB-core, B. Neron, O. Sallou)
  • Deploiement d'une application multi-VMs avec SlipStream (M. Bedri)
  • Deploiement d'applications bioinformatiques avec Docker (O. Sallou, A. Lermine)

 

Questions diverses :

  • Bilan de l'école Cumulo Numbio 2015
  • Prochaines réunions
 

Participation

Merci de nous indiquer dès que possible votre participation à la réunion GRISBI-28 en général, et en particulier au diner du 8 octobre que nous partagerons (pour ceux qui le souhaitent) :

 

https://groupes.renater.fr/reunion/foodle/IFB-GRSIBI-28-presence-55d1f

Réunion GRISBI 27
Dates
10 mars 14h00 -  11 mars 12h30 2015

Lieu

IFB - Institut Français de Bioinformatique

Salle Bleue

CNRS – UMS 3601 IFB-Core
Avenue de la Terrasse, Bât 21
91198 Gif-sur-Yvette
Tél. + 33 (0)1 69 82 46 71

 

Ordre du Jour

10 mars 14h-17h30 - Avancement e-Infrastructure IFB

 

Point sur IFB et ELIXIR (J.F. Gibrat)

 

Avancement IFB-core
- Cellule e-Infrastructure (C. Blanchet)
- Intégration des données et des outils (M. Grosjean)
- Cloud et test de solution de stockage (M. Bedri)

 

Avancement des plateformes - Tour de table
(5 minutes - max 2 slides par plateforme)
Rappels brefs et faits marquants depuis la dernière réunion sur:
- données biologiques et logiciels bioinformatiques disponible sur la PFs
- technologies matérielles utilisées et envisagées
- métriques d’utilisation CPU, stockage et IOPS

 

Nouvelles des partenaires (parmi ceux présents) : IDRIS, mésocentre PSMN

 

Questions diverses
- Préparation de la future machine IFB-core (C. Blanchet)
- Propositions de cas d’usage (Tous)
- Harmonisation des indicateurs remontés par les plateformes (O. Collin)
- Déploiement de cloud dans les plateformes
- Outils de gestion de nos infrastructures
- Animation: école Cumulo Numbio 2015, JDEV 2015

 

N.B. : Les présentations sont disponibles sur la page des documents partagés de la liste de diffusion IFB-GRIBI

 

11 mars 2015 9h00-12h30 - Tutoriel cloud

"Former les formateurs"

Introduction au Cloud IFB : Pratique des fonctionnalités de base du cloud IFB: le tableau de bord, créer une machine virtuelle, créer un disque virtuel, leur gestion, les différents types de connexion aux VMs (SSH, Web et bureau à distance).

Utilisation avancée du Cloud IFB : Pratique de déploiement impliquant plusieurs machines virtuelles comme le mode cluster, le partage NFS, les appliances utilitaires de gestion des données.

Réunion GRISBI 26
Dates

27-28 novembre 2014, 14h00..12h30

 

Lieu

IFB-GO GenOuest
IRISA Rennes
Campus universitaire de Beaulieu
263 Avenue du Général Leclerc 35000 RENNES - France

 

Ordre du Jour

Jour1 14h-17h30 - Avancement e-Infrastructure IFB

Point sur IFB et ELIXIR (J.F. Gibrat)

Avancement IFB-core

  • Web IFB (Q. Barbier)
  • e-Infrastructure (C. Blanchet)
  • Intégration des données et des outils (M. Grosjean)

 

Tour de table - Avancement des plateformes (5 minutes - max 2 slides par plateforme)

  • données biologiques et logiciels bioinformatiques disponible sur la PFs
  • technologies matérielles utilisées et envisagées
  • métriques d’utilisation CPU, stockage et IOPS

 

Préparation de la future machine IFB-core
Définition des besoins basée sur les retours d’expériences des PFs en termes de CPU, stockage et IOPS, des besoins en architectures spécifiques: SMP, bigmem, co-processeurs multicoeurs (GP-GPU, MIC), définition de benchmarks représentatifs pour l’appel d’offre (outils, données, pipelines).

  • Architecture envisagée
  • Retour d’expérience d’un supercalculateur à mémoire partagée (D. Laborie)

 

Présentation de l’activité Cloud de France Grille (J. Pansanel)

 

Evénements futurs

  • IFB AG 2015 et grisbi-27
  • Ecole Thématique 2015 - Cumulo NumBio

 

dîner

Jour2 9h-12h30 - Groupes de Travail

Avancement de ELIXIR Technical Core Group

  • les différentes Task Forces: Cloud, Services registry, Storage, AAI,…
  • ELIXIR Tools and Data Services Registry
  • la participation à ELIXIR-EXCELERATE (WP-2 et WP-3)

 

Gestion des données biologiques
Discussion autour des systèmes de gestion automatisée banques de données (biomaj), de gestion des données massives et hétérogène (noSQL) et des outils d’indexation (ElasticSearch, Lucène, SOLR, etc.

  • Recensement des dépôts des PFs et leurs banques de données disponibles, publication sur le Web de l'IFB
  • Biomaj: perspectives (O. Collin)

 

Gestion des logiciels bioinfo
Discussion sur les outils de recensement/installation des logiciels bioinfo

  • Système d'inventaire et d'annotations d'applications de calcul (S. Delmotte)
  • Utilisation de l'ontologie EDAM pour classer les logiciels (C. Heriveau)
  • Projet Tool Info Warehouse (H. Ménager)
  • Déploiement automatique de Galaxy avec Puppet (O. Inizan)
  • BioShaDock : A Bioinformatics Shared Docker registry (F. Moreews)

 

Cloud
Discussion et retour d’expériences sur l’utilisation et le déploiement de systèmes de cloud (StratusLab, OpenNebula, CloudStack, …)

  • IFB-core - StratusLab
  • autres technos ?

 

Divers

  • Présentation du prototype IFB-RENATER de gestion des identités et autorisation
  • ?

 

Fin de réunion

 

N.B. : Les présentations sont disponibles sur la page des documents partagés de la liste de diffusion IFB-GRIBI

Réunion GRISBI 25
Dates
26-27 juin 2014, 9h30-17h30

Lieu
Institut de Biologie et Chimie des Protéines
PRABI-IBCP, 7 passage du Vercors,
69007 Lyon

 

Ordre du Jour

Jour1 9h30-12h30 - Présentations par les constructeurs

Dans la perspective de l'achat de la future machine IFB

 

déjeuner

 

Jour1 14h-17h30 - Avancement IFB et actions

  • Avancement des plateformes et achats prévus avec le budget IFB : matériels, données et logiciels (5 minutes - max 2 slides par plateforme)
  • Point sur IFB et ELIXIR (JF Gibrat)
  • Avancement de l’e-infrastructure cloud IFB-core
  • Bilan du tutoriel Cloud pour la Biologie du 19 juin 2014
  • Ecole Thématique 2015 - Cumulo NumBio
  • Journée IFB-GRISBI 2014
  • divers

 

dîner

 

Jour2 9h-12h30 - Feuille de route et groupes de travail

à portée nationale, IFB, et lien avec les actions ELIXIR

Avancement de ELIXIR Technical Core Group

Proposition de feuille de route et de groupes de travail

  • calcul/outils et cloud
  • stockage/données
  • catalogue des services
  • monitoring des resources: remontée des indicateurs des plateformes vers IFB-core
  • gestion des identités et accès

Divers

 

déjeuner

Jour2 14h00-17h00 - Présentations par les constructeurs
Dans la perspective de l'achat de la future machine IFB

 

17h30 fin de réunion

 

N.B. : Les présentations sont disponibles sur la page des documents partagés de la liste de diffusion IFB-GRIBI

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