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CoBRAS - Communauté de Bioinformaticiens Rassemblés Autour de Snakemake

Le Groupe de Travail sur les workflows bioinformatiques mis en oeuvre à l'aide de l'outil SnakeMake a vocation d'échange et de discussion sur les aspects d'uniformisation des implémentations technique mis en oeuvre au sein des différentes plateformes proposant des analyses bioinformatique.

Snakemake est de plus en plus utilisé comme gestionnaire de workflow en bioinformatique. En effet, il facilite le développement de workflows lisibles, portables et modulaires. Nous souhaitons fédérer une communauté afin d'établir de bonnes pratiques de développement et d'échange de règles.

Forum

Il existe une liste de diffusion pour les activités du groupe de travail, liste qui sera privilégiée pour diffuser les informations.

N'hésitez pas à vous inscrire, si vous désirez participer aux échanges autour de l'utilisation de Snakemake pour la gestion de workflows d'analyses bioinformatiques.

Liste cobras : https://groupes.france-bioinformatique.fr/sympa/info/cobras

Il existe une deuxième liste de diffusion plus restreinte, SnaTaf, regroupant la communauté de spécialistes et initiatrice du groupe de travail.

Liste snataf :

Réunions

  • Hackathon Snakemake, 21-23 septembre 2016, TAGC, Marseille (lancement de la création du groupe de travail)
  • COBRAS - 1 :

Journée Snakemake

  • Journée Snakemake - 1 : 12 décembre 2016, Pasteur, Paris

 

CoBRAS - 0

Hackathon Snakemake à Marseille au TAGC

Suite aux échanges entre Thomas Cokelaer, Jacques Van Helden et Adrien Josso au cours du  Workshop, Technical Hackathon : Tools, Workflows and Workbenches organisé à Pasteur, les 18-20 mai 2016, avec l'aide de l'IFB et du noeud ELIXIR danois (http://elixir-node.cbs.dtu.dk/), il a été décidé d'organisé un hackathon autour de l'outil Snakemake afin d'échanger nos pratiques et expériences.

Au cours de ce hackathon, il est apparu beaucoup de similitudes dans les choix techniques d'utilisation de Snakemake. De plus, chacun a pu présenter les particularités et spécificités mises en place dans son laoratoire ou sa plateforme.

Il est clairement apparu qu'il serait bénéfique pour la communauté de se structurer autour d'un groupe de travail à l'IFB et d'organiser des journées thématiques d'échanges afin d'uniformiser l'utilisation de Snakemake en bioinformatique.

Un premier exemple de mise en commun de ces savoir-faire a été produit par ce hackathon : SnaTaf

 

Journée Snakemake - 1

Journée Snakemake - 1

Lieu : Institut Pasteur (Paris)

Date : 12/12/2016

Organisateurs : Institut Pasteur, Institut Curie, TAGC - Marseille, Genoscope - CEA avec le soutien de l’action ReproVirtuFlow du GDR MADICS.

L’Institut Pasteur, l’Institut Curie, le TAGC de Marseille et le CEA organisent avec le soutien de l’action ReproVirtuFlow du GDR MADICS une journée de rencontre autour de l’outil de gestion de workflows Snakemake.

Snakemake est de plus en plus utilisé comme gestionnaire de workflows en bioinformatique. En effet, il facilite le développement de pipelines lisibles, portables et modulaires.

Nous souhaitons fédérer une communauté afin d’établir de bonnes pratiques de développement et d’échange de règles.

Dans ce cadre, le 12 décembre prochain, nous organisons une journée de rencontre autour de Snakemake, qui se déroulera à l’Institut Pasteur. Les objectifs de cette journée sont:

– Le matin: Introduire Snakemake et vous permettre de présenter vos projets et retours d’expériences,

– L’après-midi:  Travailler et discuter de manière plus informelle dans le cadre d’un hackathon.

programme de la journée

Les présentations et les retours du hackathon sont disponibles sur le github des snakemake-days-fr

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