Type de poste: 
CDI
Date de début: 
Durée: 
Indéterminée
Ville: 
LYON
Nom du contact: 
DUMONTET Julie
Mail du contact: 
job@bioaster.org
Plateforme: 
Missions: 

Le poste est rattaché à l’unité technologique de « management et analyse avancée des données ». L’équipe a pour missions de développer les technologies et solutions capables de collecter, suivre, organiser, analyser, visualiser et exploiter les données générées par les dispositifs expérimentaux des autres unités de BIOASTER : génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, cytométrie, imagerie, ainsi que les études précliniques et cliniques ou des bases de données publiques.
Dans ce contexte, les missions confiées au candidat retenu consisteront à :

  • Proposer un saut méthodologique pour l’analyse statistique de données à haute dimensionnalité — d’origine omique, préclinique, clinique — afin de fournir des réponses novatrices aux projets de l’Institut de Recherche Technologique. Par exemple, il peut s’agir d’identifier des biomarqueurs ou de caractériser des mécanismes d’action.
  • Développer les processus d’intégration et d’analyse des données issues de différentes sources (publiques, internes, issues de projets collaboratifs).
  • Contribuer à l’automatisation et l’implémentation de ces processus dans le système d’information scientifique de BIOASTER, et notamment sa plateforme d’analyse intensive.
     

Évaluer les technologies de structuration et d’analyse des données volumineuses ou complexes, et réaliser la veille technologique dans ce domaine,
En collaboration avec toute la communauté de BIOASTER :

  • Contribuer à l’évaluation des méthodes statistiques pour la transformation, la standardisation et l’analyse intégrative des données omiques, phénotypiques, précliniques et cliniques,
  • Identifier les sources pertinentes d’information pour chaque projet, et mettre en place leur collecte, leur curation et leur livraison aux pipelines d’analyse bio-informatique,
  • Contribuer à l’évolution de la plateforme bio-informatique, notamment des processus de stockage des données, de cloud computing et de visualisation.
Connaissances: 

Compétences

  • PhD, Master, école d’ingénieur ou équivalent en statistique, traitement du signal ou bio-informatique, avec 3 à 5 ans d’expérience dans une fonction similaire en milieu industriel, académique ou dans une PME du secteur des sciences de la vie.
  • Expertise des méthodes statistiques multivariées : PLS (régression et analyse discriminante) et PLS multi bloc, analyse longitudinale, analyse canonique généralisée, méthode de sélection des variables (lasso, réseau élastique, importance de la variable en projection).
  • Bonne connaissance des méthodes de clustering : PCA, K-moyennes, clustering basé sur la distribution ou la densité.
  • Bonne connaissance des méthodes d’apprentissage automatique : SVM, forêt d’arbres décisionnels, classificateur bayésien, chaînes de Markov cachées…
  • Connaissances générales en traitement des données et bio-informatique,
  • Connaissances générales en biologie moléculaire,
  • Connaissances générales en programmation (Bash, R, Python),
  • Maîtrise de l’anglais technique et scientifique.

Qualités personnelles

  • Autonomie, Esprit d’initiative, réactivité.
  • Capacité de travail sur des objectifs à long terme.
  • Sens du travail en équipe en mode projet.
  • Capacité de communication et facilité dans les relation interpersonnelles,
  • Respect de la confidentialité, des contraintes réglementaires et des bonnes pratiques.
     
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