Type de poste: 
CDI
Durée: 
CDI
Ville: 
Antony
Nom du contact: 
Theodore Bouchez
Mail du contact: 
theodore.bouchez@irstea.fr
Plateforme: 
IRSTEA
Missions: 

RSTEA, institut de recherche en sciences et technologies pour l’environnement et l’agriculture est focalisé sur 3 défis sociétaux : la gestion durable des eaux et des territoires, les risques naturels et la qualité environnementale. Bien inséré dans le paysage de la recherche française et européenne, il mène ses recherches en appui aux politiques publiques et en  partenariat avec les industriels. Il comprend 1600 personnes sur 9 sites en France. Sa recherche est organisée en 12 thèmes de recherche (TR). Le TR "Technologies et procédés pour l'Eau et les Déchets" (TR TED) a pour objectif de faire progresser les connaissances pour élaborer des préconisations pertinentes et innovantes en termes de conception, de dimensionnement, d’exploitation et d’optimisation des installations de valorisation et de traitement biologique des effluents liquides et des déchets solides. Ces installations reposent sur l'activité d'écosystèmes microbiens complexes, dont les équipes du TR TED (équipe BIOMIC et EPURE à Antony, PANDOR et SAFIR à Rennes) cherchent à comprendre et à  optimiser le fonctionnement.
Rattaché à l'équipe BIOMIC de l’UR HBAN (Antony), vous serez chargé de déployer des outils bioinformatiques, ainsi que d'organiser et de prendre en charge le traitement et le stockage de données haut-débit d'écologie microbienne pour les équipes du TR TED d'Irstea. Pour cela, vous serez intégré à la plate-forme MIGALE de l'INRA de Jouy-en-Josas où vous  serez localisé à temps partiel pour développer des solutions bioinformatiques sous environnement Galaxy. Votre temps de travail se répartira entre Irstea-Antony et l'INRA de Jouy en Josas à environ 60% et 40%, respectivement.
En interaction étroite avec vos responsables, vous développerez, organiserez, assurerez la maintenance et l'évolution des pipelines informatiques et des bases de données permettant de répondre aux besoins de recherche des quatre équipes du TR TED d'Irstea travaillant dans le domaine de l'écologie microbienne. Dans un premier temps, vous serez chargé de déployer et de fiabiliser des outils permettant le traitement de lots de séquences de ribotags (ADNr), de séquences d'acides nucléiques issues de métagénomes et de métatranscriptomes. Dans un second temps, des solutions dédiées au traitement de données de spectrométrie de masse issues de métaprotéomes et de métabolomes seront également étudiées. A  terme, le développement de pipelines pour des analyses multiomiques pourra également devenir un de vos objectifs. Vous contribuerez à des sessions de formation en interne sur les outils développés, en vous insérant dans l'organisation existante de la plate-forme MIGALE.
Vous devrez maintenir une veille technologique continue afin de faire évoluer au mieux les outils mis en œuvre pour répondre aux attentes des équipes. Vous serez également impliqué dans la diffusion et la valorisation des résultats et prendrez en charge l'écriture de rapports d'étude à destination de vos interlocuteurs scientifiques.
Vous serez particulièrement attentif au respect des règles de propriété des données et de déontologie scientifique. Vous serez également chargé d'inscrire votre activité dans le cadre de la démarche d'assurance qualité engagée par Irstea.

Connaissances: 

Titulaire d’un diplôme de niveau Bac + 3 minimum avec une spécialisation en bioinformatique, vous avez une solide formation théorique et pratique à la bioinformatique appliquée au traitement de données haut débit de type NGS (Next Generation Sequencing) et des connaissances de base en biologie moléculaire, cellulaire et en écologie microbienne. Vous avez
la pratique d'un environnement bioinformatique type Galaxy ou équivalent, ainsi qu'une connaissance de l’environnement R. Une première expérience du traitement de données de spectrométrie de masse serait un plus. Vous appréciez le travail en équipe et êtes curieux de nouvelles applications et de nouvelles méthodes. Rigoureux et organisé, vous devrez être en mesure de garantir la traçabilité de votre travail et le respect des procédures qualité. Vous maîtrisez l’informatique (aspects matériels et logiciels), connaissez l’environnement LINUX ainsi qu’un langage de programmation, de préférence PYTHON. Vous avez de bonnes capacités en anglais (écrit/oral). Vous êtes capable de dialoguer efficacement aussi bien avec des  biologistes, que des informaticiens ou des statisticiens et possédez de bonnes aptitudes à rendre compte et à restituer clairement les différents aspects de votre travail.

Spécificités: 

Merci de retirer un dossier de candidature :
- sur www.irstea.fr rubrique "Nous rejoindre" puis "concours externe"
- ou auprès du pôle recrutement: concours@irstea.fr / 01 40 96 60 37 ou 60 91

Le dossier est à renvoyer au plus tard le 03 novembre 2016 à :  Irstea Direction des Ressources Humaines et des relations sociales Pôle recrutement, mobilité et développement des compétences 1 rue Pierre-Gilles de Gennes CS 10030 F-92761 ANTONY Cedex

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