EBIO

Adresse postale
15 rue George Clémenceau 91000 Orsay
Structure(s) :
Université Paris-Sud
Unité :
I2BC, UMR9198
Pôle regional :
ApliBio, Ile-de-France
Website
EBIO
Responsable Scientifique
Gautheret Daniel
Responsable opérationnel
Toffano Nioche Claire
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
87.00 To
Ferme de calcul
176 cores
Collection de données
7
Heure de CPU
260 400 H / an
Outils bioinformatiques
9
Nombre d'utilisateurs
71
Description des serveurs
  • Technologie ZFS, NFS.
  • Samba 2 hôtes de virtualisation KVM.
  • DB : PosgreSQL, MySQL, ZODB Galaxy.
  • Autres : LDAP, Salt, subvesion, trac, dhcp, FAI, tftp, ftp, zenoss, varnish.

Condition d'accès

Demande de compte auprès de la plate-forme, nécessité d'appartenir à une unité mixte avec l’université Paris-Sud

Visites annuelles :
64 441 an
Visites uniques :
30 019 an
Citations :
485
Dernière mise à jour :
04-11-2016

CRISPRdb

Description

Resources for clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) found in prokaryote genomes. FR

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
404
Dernière mise à jour :
23-01-2015

tandemRepeat

Description

Database of tandem repeats from publicly available baterial genomes.

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
210
Dernière mise à jour :
01-01-2014

Podospora

Description

Podospora anserina Genome Project.

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
97
Dernière mise à jour :
23-01-2015

Bacterial Genotyping

Description

Resources for bacterial micro-evolution studies using MLVA or CRISPR typing.

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
415 an
Visites uniques :
288 an
Citations :
8
Dernière mise à jour :
Non renseignée

Napp

Description

Prediction of functional non-coding RNA in Bacteria and Archaea

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
30
Dernière mise à jour :
16-04-2014

ORENZA

Description

List of Enzyme Activities for which no sequences are available in the main sequence protein databases

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
10
Dernière mise à jour :
30-09-2015

ppRNome Browser

Description

Genome Browser to display experimental data of a whole-genome mapping of 5' RNA ends in Enterococcus faecalis

Conditions d'accès

Web server

Visites annuelles :
940 an
Visites uniques :
373 an
Citations :
24
Téléchargements :
Non renseigné

Absynte

Description

Web service designed to display local syntenies in completely sequenced prokaryotic chromosomes. FR

Conditions d'accès

web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud.

Visites annuelles :
8 011 an
Visites uniques :
5 792 an
Citations :
64
Téléchargements :
Non renseigné

ARNold

Description

Easy identification of Rho–independent transcription terminators.

Conditions d'accès

web server, http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/ Gratuit pour u-psud.

Visites annuelles :
415 an
Visites uniques :
350 an
Citations :
216
Téléchargements :
Non renseigné

ERPIN

Description

Easy RNA Profile IdentificatioN tool, an RNA motif search program.

Conditions d'accès

http://rna.igmors.u-psud.fr/Software/erpin.php Gratuit pour u-psud

Visites annuelles :
2 273 an
Visites uniques :
480 an
Citations :
648
Téléchargements :
Non renseigné

CRISPRFinder

Description

Easy detection of CRISPRs (Clustered Regulary Interspacing Short Palindromic Repeats) in user-submitted sequence data (allows sequences up to 67,000,000 bp)

Conditions d'accès

web sever, http://crispr.u-psud.fr/Server/CRISPRfinder.php/ Gratuit pour u-psud

Visites annuelles :
364 an
Visites uniques :
299 an
Citations :
22
Téléchargements :
Non renseigné

FITBAR

Description

Web server linking synteny to prokaryotic taxonomy.

Conditions d'accès

Web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
65
Téléchargements :
Non renseigné

GenRGenS

Description

Software tool dedicated to randomly generating genomic sequences and structures

Conditions d'accès

Jar + tar.gz download, http://www.lri.fr/~genrgens/ Gratuit pour u-psud

Visites annuelles :
3 829 an
Visites uniques :
1 707 an
Citations :
37
Téléchargements :
Non renseigné

SyntTax

Description

Web server linking synteny to prokaryotic taxonomy.

Conditions d'accès

Web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud.

Visites annuelles :
684 an
Visites uniques :
396 an
Citations :
10
Téléchargements :
Non renseigné

SynteView

Description

synteny of 600 completely sequenced genomes and compared between them.

Conditions d'accès

Java web start, http://www.synteview.u-psud.fr/ Gratuit pour u-psud.

Visites annuelles :
1 422 an
Visites uniques :
9 219 an
Citations :
432
Téléchargements :
1 392

VARNA

Description

Dessin interactif

Conditions d'accès

Fichier .jar a télécharger sur Java applet, http://varna.lri.fr/ Gratuit pour u-psud

Domaines d'activité
  • Biologie
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
Description des expertises

La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO).  Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intègre l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).

Les missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010, (dont 25 sur la période 2012-13).

Les principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :

-    L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling
-    L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)
-    L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy
-    L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants
-    La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique
-    L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)
-    Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)

Mots clés:
  • Méthodologie
  • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Petits et longs ARN non-codants
  • Intégration d'outils
  • Développement de workflows
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Cluster
  • Cloud

Formation universitaire

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
4 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Ateliers NGS, Master BIBS U-Psud

Description

Aucune

Conditions d'accès

Inscription Université Paris-Sud

Formation professionnelle

Personnes formées :
30 personnes / an
Temps de formation :
5 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Participation à l'atelier de Bioinformatique de Roscoff

Description

Session RNAseq de la formation

Tutorat de 3 participants

Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
0 %
Régionaux
0 %
Locaux
100%
Description de la répartition :

Nous développons des outils open source, services web et bases de données à destination de l'ensemble de la communauté. Notre activité de soutien aux projets de recherche est ouverte nationalement, sous forme de collaboration et sous condition d'obtention de financements spécifiques.

Projets propres de la plateforme
(5)
  • Configuration d'un cluster de calcul (2012-2014)
  • Mise en place d'une instance Galaxy liée au cluster de calcul (2012-2014)
  • Site web CRISPR : maintien du site (2012-2014)
  • Développement et benchmarking d’outils pour l'analyse de données RNA-seq :
    • outil RNAprof : identification of differential processing events between two RNA-seq experiments(2012)
    • expression différentielle des ARN et la détection de transcrits non-codants (2012-)
    • benchmark de méthodes de détection d'expression différentielle d'isoformes (2015-)
Collaborations
Projets d'ANR
(1)

Financement ANR:

  • smallRhose, L. Bossi, D. Gautheret (2014-2017)

 

Financement Projet France Génomique :

  • workpakage 2.5 : co-responsabilité du WP, benchmark de méthodes et développement d'un pipeline pour la détection d'expression différentielle d'isoformes (2013-2016)
  • microbiologie : pérénisation du site CRISPR, collaboration avec la plate-forme Bilille (2014-2015)

Finacement IFB :

  • refonte du site CRISPR pour évolution (CRISPR-cas++) en collaboration avec la plate-forme Bilille et E. Rocha de l'institut Pasteur, et C.Pourcel et G.Refregier de l'I2BC (2016-2017)

Financement Labex BIG :

  • soutien aux analyses bioinofrmatiques des équipes de l'I2BC : serveur Galaxy, développement d'outils ou de pipelines dédiés (2014-2016)
Projets européens et internationaux

Aucun

Projets avec des industriels

Aucun

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
(40)

Quelques projets en collaboration avec le laboratoire hôte (I2BC) :

  • 1 - M. Crespi, CNRS-Gif : analyse de plusieurs jeux de données RNAseq (time series, différents mutants, différentes conditions de culture) concernant la plante modèle Arabidopsis thaliana et avec l'objectif de découverte de nouvelles régions exprimées et d'identification de variants structuraux d'expression (2012)
  • 2 - D. Rocha, INRA-Jouy : détection de polymorphimes, de longs ARN non codant à partir de données RNAseq et DNA-seq réalisés à des fin de caractérisation du transcriptome musculaire bovin dans 13 espèces (2013) N. Figueroa-Bossi, CNRS-Gif : analyse DNA-seq à des fins d'identification de ré-arrangement structuraux entre deux souches de Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 (2014)
  • 3 - S. Merlot, I2BC : Création d'un site web pour l'ANR Evometonicks, collaboration avec SICS (2015)
  • 4 - JF. Eléouët, I2BC : RNA-seq pour la détermination de séquences ARN entourant des protéines recombinantes (2015-2016)
  • 5 - E. Espagne, I2BC : assemblage d'une souche de Sordaria macrospora (données SoliD et Illumina), et guidé par les contigs d'une souche proche (2015)
  • 6 - B.Ciapa, I2BC : Prédictions d'ARNcirculaire à partir de données RNAseq chez l'homme (2016)
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
(1)
J-M. Elalouf, CEA-Saclay : identification de polymorphismes dans des DNAseq obtenus à partir d'ADN ancien (coprolithe de lupus canus issu de la grotte Chauvet) à des fins de comparaison avec les SNP identifiés entre les génomes du le loup actuel et du chien (2013)
Animations

Organisation :
•    première journée des utilisateurs des Moyen de Recherche Mutualisés (MRM) "Genomique-Haut-Débit" de l’Université Paris-Sud, 18 nov. 2011, Orsay

Groupe de travail :
•    RNAseq APLIBIO

Publications internes

Wery M, Descrimes M, Vogt N, Dallongeville AS, Gautheret D, Morillon A.: Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure. Mol Cell. 2016 Feb 4;61(3):379-92.


Tran Vdu T, Souiai O, Romero-Barrios N, Crespi M, Gautheret D.: Detection of generic differential RNA processing events from RNA-seq data. RNA Biol. 2016 Jan 2;13(1):59-67

Publications externes

Descrimes M, Ben Zouari Y, Wery M, Legendre R, Gautheret D, Morillon A.: VING: a software for visualization of deep sequencing signals. BMC Res Notes. 2015 Sep 7;8:419


Billerey C, Boussaha M, Esquerré D, Rebours E, Djari A, Meersseman C, Klopp C, Gautheret D, Rocha D. Identification of large intergenic non-coding RNAs in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing. BMC Genomics. 2014 Jun 19;15(1):499


Grognet P, Bidard F, Kuchly C, Chan Ho Tong L, Coppin E, Ait Benkhali J, Couloux A, Wincker P, Debuchy R, Silar P. Maintaining Two Mating Types: Structure of the Mating Type Locus and Its Role in Heterokaryosis in Podospora anserina. Genetics. 2014 Feb 20


Rocha D, Billerey C, Samson F, Boichard D, Boussaha M. Identification of the putative ancestral allele of bovine single-nucleotide polymorphisms. J Anim Breed Genet. 2014


Toffano-Nioche C, Luo Y, Kuchly C, Wallon C, Steinbach D, Zytnicki M, Jacq A, Gautheret D. Detection of non-coding RNA in bacteria and archaea using the DETR'PROK Galaxy pipeline. Methods. 2013. 63:60-5.


Wery M, Descrimes M, Thermes C, Gautheret D, Morillon A. Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq. Methods. 2013 Sep 1;63(1):25-31


Bessoltane N, Toffano-Nioche C, Solignac M, Mougel F. Fine scale analysis of crossover and non-crossover and detection of recombination sequence motifs in the honeybee (Apis mellifera). PLoS One. 2012;7:e36229.


Thiollier C, Lopez CK, Gerby B, Ignacimouttou C, Poglio S, Duffourd Y, Guégan J, Rivera-Munoz P, Bluteau O, Mabialah V, Diop M, Wen Q, Petit A, Bauchet AL, Reinhardt D, Bornhauser B, Gautheret D, Lecluse Y, Landman-Parker J, Radford I, Vainchenker W, Dastugue N, de Botton S, Dessen P, Bourquin JP, Crispino JD, Ballerini P, Bernard OA, Pflumio F, Mercher T. Characterization of novel genomic alterations and therapeutic approaches using acute megakaryoblastic leukemia xenograft models. J Exp Med. 2012, 209:2017-31.


Allali J, Saule C, Chauve C, d'Aubenton-Carafa Y, Denise A, Drevet C, Ferraro P, Gautheret D, Herrbach C, Leclerc F, de Monte A, Ouangraoua A, Sagot MF, Termier M, Thermes C, Touzet H. BRASERO: A Resource for Benchmarking RNA Secondary Structure Comparison Algorithms. Adv Bioinformatics. 2012;2012:893048.

Publications avec le laboratoire d'hébergement

Pruvost O, Magne M, Vital K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Virginie Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V and Vernière C. A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen/Xanthomonas citri /pv. /citri/ suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One. 2014 Jun 4;9(6):e98129


Baudin-Baillieu A, Legendre R, Kuchly C, Hatin I, Demais S, Mestdagh C, Gautheret D, Namy O. Genome-wide translational changes induced by the prion [PSI+]. Cell Rep. 2014 Jul 24;8(2):439-48


Pourcel C and Drevet C. Occurrence, diversity of CRISPR-Cas systems and genotyping implications, chapter in CRISPR-Cas systems : RNA-mediated adaptive immunity in bacteria and archaea, Barrangou R. and Oost J. editors, Heidelberg, Springer, 2013


Toffano-Nioche C, Ott A, Crozat E, Nguyen AN, Zytnicki M, Leclerc F, Forterre P, Bouloc P, Gautheret D. RNA at 92°C: The non-coding transcriptome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi. RNA Biol. 2013 Jul 2;10(7).


Toffano-Nioche C, Nguyen AN, Kuchly C, Ott A, Gautheret D, Bouloc P, Jacq A. Transcriptomic profiling of the oyster pathogen, Vibrio splendidus, opens a window on the evolutionary dynamics of the small RNA repertoire in the Vibrio genus. RNA. 2012 Dec;18(12):2201-19.


Drevet C, and Pourcel C. How to identify CRISPRs in sequencing data. Methods Mol Biol. 2012;905:15-27

Remerciements
  • Legendre R, Baudin-Baillieu A, Hatin I, Namy O. RiboTools: a Galaxy toolbox for qualitative ribosome profiling analysis. Bioinformatics. 2015 Mar 25
  • Innocenti N, Golumbeanu M, D'HérouëL AF, Lacoux C, Bonnin RA, Kennedy SP, Wessner F, Serror P, Bouloc P, Repoila F, Aurell E. Whole-genome mapping of 5' RNA ends in bacteria by tagged sequencing: a comprehensive view in Enterococcus faecalis. RNA. 2015 Mar 3
  • Rey J, Deschavanne P, Tuffery P. BactPepDB: a database of predicted peptides from a exhaustive survey of complete prokaryote genomes. Database (Oxford). 2014 Nov 6;2014.
  • Porrua O, Hobor F, Boulay J, Kubicek K, D'Aubenton-Carafa Y, Gudipati RK, Stefl R, Libri D. In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1-dependent transcription termination. EMBO J. 2012 31:3935-48.
Développement

Logiciels et workflows déposés sur le toolshed Galaxy ( http://toolshed.g2.bx.psu.edu/):

- detrprok_wf, a workflow for ncRNA detection in prokaryote oriented RNAseq

- detrprok_scripts, scripts associated to the detrprok_wf

- ebio_deseq, A Galaxy wrapper for DESeq

cea
cnrs
inra
inria
inserm
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