Curie

Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
2 000.00 To
Ferme de calcul
2 000 cores
Heure de CPU
1 000 000 H / an
Outils bioinformatiques
80
Nombre d'utilisateurs
1 656
Description des serveurs
  • 3 web servers
  • 3 database servers
  • 60 computation servers

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
2 815 653 an
Visites uniques :
7 384 an
Citations :
7
Téléchargements :
Non renseigné

Nebula

Description

Serveur Galaxy dédié aux analyses de ChIP-seq

Conditions d'accès

Académiques

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
208 752 an
Visites uniques :
136 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy-public

Description

Serveur Galaxy général

Conditions d'accès

Académiques

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
  • Biotechnologie
Description des expertises

The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics.
Many data types are treated:

  • Microarrays: expression, copy number, SNP, ChIP
  • NanoString
  • NGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq …
  • RPPA,
  • Mass spectometry, classical and SILAC, SWATH
  • low-throughput biological data.

The expertise covers fundamental, translational and clinical research, including clinical trials.
In all these domain, the platform also develop appropriate methods, implement tools and automatic pipelines, and package and release them publicly or grant on-line access to the community.
Software optimisation for high-performance computing is also part of our know-how.
Finally the platform has developed an experience in training biologists, clinicians and bioinformaticians in all above-mentionned fields

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Biostatistiques
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Génomique : Puces

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
25 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

R Biostats Network

Description

The program provides an introduction to biostatistical approaches. The principles, methodologies, uses, and applications of statistical methods in biological and clinical research will be presented. Practical trainings on computer with the R software are planned. The bases of the R programming language will be introduced and statistical approaches presented in the theoretical session will be applied.

Conditions d'accès

Aucun

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Introduction to data analysis with R

Description

The program includes an introduction:

  • Approaches in biostatistics and research, explaining to participants the principles, methodologies, use of statistical methods and applications in biology and clinical research.
  • Courses on software R will be delivered in the form of additional exercises. The basis of the programming language R will be discussed and statistical approaches presented in the theoretical part will be implemented.
  • Application of skills acquired over a personal dataset
Conditions d'accès

Aucune

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
15 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Partek Workshop

Description

Introduction to Partek® software and the principles of RNA-seq data analysis DNA-Seq analysis and annotations with Partek® Genomics Suite® Hands on analysis in Partek® Flow® including: Data import and sample annotation, Pre and post alignment quality control, Gene and transcript quantification, Detection of differential expression using powerful gene specific modeling

Conditions d'accès

Aucune

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
30 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Ingenuiy Pathways Analysis Workshop

Description

The User Group Meeting will consist of talks, customer case studies and interactive feedback sessions where new and existing users of QIAGEN’s Ingenuity products can learn about product updates, usability tips & tricks and best practices. Take advantage of this opportunity to engage with other users from the scientific community.

Conditions d'accès

Aucune

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

InSilicoDb Analysis Training

Description

Interrogating public and private gene expression datasets for bio-medical researchers. This workshop will you  teach about two subjects: 1- Genomics data management for the lab (efficiently store and make accessible microarray and NGS data), 2- Interrogation of your expression data and comparison and combination of your data with public data.

Conditions d'accès

Aucune

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
300 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

DU "séquençage haut débit et maladies génétiques"

Description

Acquérir une formation en séquençage nouvelle génération appliqué aux maladies génétiques mendéliennes,des technologies de séquençage et approches expérimentales possibles aux outils bio-informatiques utilisés pour le traitement des données brutes, l'identification de variations génétiques et l'interprétation des résultats. Se familiariser avec le système Unix/Linux, la ligne de commande et la gestion et l'analyse de données sur un serveur à distance. Connaître et savoir utiliser les principaux logiciels dédiés à l'analyse de données de séquençage nouvelle génération, de l'alignement des séquences brutes à l'annotation de variations génétiques. Maîtriser les principaux navigateurs, bases de données et outils de prédiction couramment utilisés en génétique humaine et médicale. Connaître les différentes applications possibles du séquençage nouvelle génération pour le diagnostic de maladies génétiques, les principales règles à suivre et paramètres à considérer pour assurer la qualité des données produites dans un contexte de laboratoire médical, et les considérations éthiques que soulève le séquençage nouvelle génération pour l'interprétation et le rendu des résultats.

Conditions d'accès

Aucune

Répartition des utilisateurs
Internationaux
15 %
Nationaux
10 %
Régionaux
75 %
Locaux
5%
Description de la répartition :
Non renseigné
Projets propres de la plateforme

Aucun (ou non renseigné)

Collaborations
Projets d'ANR
  • France Génomique, 2012-2016
  • Investissement dAvenir, ABS4NGS (Solutions Algorithmiques, Bioinformatiques et Logicielles pour le Séquençage Haut Débit), 2012-2016
  • + projects funded by INSERM, InCA, FRM …
Projets européens et internationaux

MAARS (EC FP7)
RAIDS (EC FP7)

Projets avec des industriels

Servier, SANOFI, Roche

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Coordination WP NGS variants France Génomique
Coordination Groupe de Travail Galaxy IFB:
  • Organisation des Galaxy days 2013 et 2014
  • Organisation des écoles G4B (Galaxy for bioinformatics) 2013 et 2014

Participation au Groupe de Travail VRE IFB

Publications internes

Ultrahigh dose-rate FLASH irradiation increases the differential response between normal and tumor tissue in mice.
Favaudon V, Caplier L, Monceau V, Pouzoulet F, Sayarath M, Fouillade C, Poupon MF, Brito I, Hupé P, Bourhis J, Hall J, Fontaine JJ, Vozenin MC.
Sci Transl Med. 2014 Jul 16;6(245):245ra93.


Multi-factor data normalization enables the detection of copy number aberrations in amplicon sequencing data.
Boeva V, Popova T, Lienard M, Toffoli S, Kamal M, Le Tourneau C, Gentien D, Servant N, Gestraud P, Rio Frio T, Hupé P, Barillot E, Laes JF.
Bioinformatics. 2014 Dec 15;30(24):3443-50.


Biological network modelling and precision medicine in oncology
Calzone L, Kuperstein I, Cohen D, Grieco L, Bonnet E, Servant N, Hupé P, Zinovyev A, Barillot E.
Bull Cancer. 2014 Jun;101 Suppl 1:S18-21.


Bioinformatics for precision medicine in oncology: principles and application to the SHIVA clinical trial.
Servant N, Roméjon J, Gestraud P, La Rosa P, Lucotte G, Lair S, Bernard V, Zeitouni B, Coffin F, Jules-Clément G, Yvon F, Lermine A, Poullet P, Liva S, Pook S, Popova T, Barette C, Prud'homme F, Dick JG, Kamal M, Le Tourneau C, Barillot E, Hupé P.
Front Genet. 2014 May 30;5:152.


Proteomic screening identifies a YAP-driven signaling network linked to tumor cell proliferation in human schwannomas.
Boin A, Couvelard A, Couderc C, Brito I, Filipescu D, Kalamarides M, Bedossa P, De Koning L, Danelsky C, Dubois T, Hupé P, Louvard D, Lallemand D.
Neuro Oncol. 2014 Sep;16(9):1196-209.


Acquired resistance to endocrine treatments is associated with tumor-specific molecular changes in patient-derived luminal breast cancer xenografts.
Cottu P, Bièche I, Assayag F, El Botty R, Chateau-Joubert S, Thuleau A, Bagarre T, Albaud B, Rapinat A, Gentien D, de la Grange P, Sibut V, Vacher S, Hatem R, Servely JL, Fontaine JJ, Decaudin D, Pierga JY, Roman-Roman S, Marangoni E. Clin Cancer Res. 2014 Aug 15;20(16):4314-25.


Challenges for the implementation of high-throughput testing and liquid biopsies in personalized medicine cancer trials.
Verlingue L., Alt M., Kamal M., Sablin MP., Zoubir M., Bousetta N., Pierga JY, Servant N., Paoletti X., Le Tourneau C. et al. Personalized Medicine 2014;11(5), 545-558


Epigenomic alterations in breast carcinoma from primary tumor to locoregional recurrences.
Moarii M., Pinheiro A., Sigal-Zafrani B., Fourquet A., Caly M., Servant N, Stoven V. Vert JP., Reyal F. PLoS One 2014;9:e103986


Combinatorial flexibility of cytokine function during human T helper cell differentiation.
Touzot M., Grandclaudon M., Cappuccio A., Satoh T., Martinez-Cingolani C., Servant N., Manel N., Soumelis V.
Nat Commun 2014;5:3987.


Randomised proof-of-concept phase II trial comparing targeted therapy based on tumour molecular profiling vs conventional therapy in patients with refractory cancer: results of the feasibility part of the SHIVA trial.
Le Tourneau C, Paoletti X, Servant N, Bièche I, Gentien D, Rio Frio T, Vincent-Salomon A., Servois V., Romejon J., Mariani O., Bernard V., Hupé P., Pierron G., Mulot F., Callens C., Wong J., Mauborgne C., Rouleau E., Reyes C., Henry E., Leroy Q., Gestraud P., La Rosa P., Escalup L., Mitry E. Trédan O., Delord JP., Campone M., Goncalves A., Isambert N., Gavoille C., Kamal M.
Br J Cancer 2014;111:17-24.


Developmental dynamics and disease potential of random monoallelic gene expression.
Gendrel AV, Attia M, Chen CJ, Diabangouaya P, Servant N, Barillot E, Heard E.
Dev Cell 2014;28:366-80.


Mutational analysis of primary central nervous system lymphoma.
Bruno A, Labrèche K, Boisselier B, Marie Y, Houillier C, Aidaoui B, Daveau R, Hoang Xuan K. Oncotarget. 2014 Jul 15;5(13):5065-75.


Activated Alk triggers prolonged neurogenesis and Ret upregulation providing a therapeutic target in ALK-mutated neuroblastoma. Cazes A, Lopez-Delisle L, Tsarovina K, Pierre-Eugène C, De Preter K, Peuchmaur M, Nicolas A, Provost C, Louis-Brennetot C, Daveau R, Kumps C, Cascone I, Schleiermacher G, Prignon A, Speleman F, Rohrer H, Delattre O, Janoueix-Lerosey I.
Oncotarget. 2014 May 15;5(9):2688-702.


Independent Component Analysis Uncovers the Landscape of the Bladder Tumor Transcriptome and Reveals Insights into Luminal and Basal Subtypes
Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, Yinjun Lou, Clémentine Krucker, Elodie Chapeaublanc, Carlota Rubio-Pérez, Nuria López-Bigas, Aurélie Kamoun, Yann Neuzilletn, Pierre Gestraud, Luca Grieco, Sandra Rebouissou, Aurélien de Reyniès, Simone Benhamou, Thierry Lebret, Jennifer Southgate, Emmanuel Barillot, Yves Allory, Andrei Zinovyev, François Radvanyi
Cell Reports, Volume 9, Issue 4, p1235–1245, 20 November 2014


Cdc42 controls the dilation of the exocytotic fusion pore by regulating membrane tension.
Bretou M, Jouannot O, Fanget I, Pierobon P, Larochette N, Gestraud P, Guillon M, Emiliani V, Gasman S, Desnos C, Lennon-Duménil AM, Darchen F.
Mol Biol Cell. 2014 Oct 15;25(20):3195-209.


Human blood BDCA-1 dendritic cells differentiate into Langerhans-like cells with thymic stromal lymphopoietin and TGF-B.
Martínez-Cingolani C, Grandclaudon M, Jeanmougin M, Jouve M, Zollinger R, Soumelis V.
Blood Vol. 124(5).


Circulating tumor DNA and circulating tumor cells in metastatic triple negative breast cancer patients.
Madic J, Kiialainen A, Bidard FC, Birzele F, Ramey G, Leroy Q, Frio TR, Vaucher I, Raynal V, Bernard V, Lermine A, Clausen I, Giroud N, Schmucki R, Milder M, Horn C, Spleiss O, Lantz O, Stern MH, Pierga JY, Weisser M, Lebofsky R.
Int J Cancer. 2014 Oct 10.


Network Inference in Breast Cancer with Gaussian Graphical Models and extensions, in Probabilistic graphical models for genetics, Oxford University Press (book chapter)
Jeanmougin M, Charbonnier C, Guedj M, Chiquet J.

Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Développement

Logiciels libres (Bioconductor, GPL…)

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