INCa-SLC

Adresse postale
Fondation Synergie Lyon Cancer, Bât. Cheney C
28 rue Laënnec 69008 Lyon
Structure(s) :
Non renseignée
Unité :
Non renseignée
Pôle regional :
Prabi, Rhône-Alpes
Responsable Scientifique
Viari Alain
Responsable opérationnel
Non renseigné
Certificat(s)
Non renseigné
Type d'infrastructure
Hébergée
Capacité de stockage
400.00 To
Ferme de calcul
536 cores
Heure de CPU
20 000 H / an
Outils bioinformatiques
10
Nombre d'utilisateurs
15
Description des serveurs

1 serveur Tomcat/MySQL (SampleTracker)


Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
500 an
Citations :
30
Dernière mise à jour :
Non renseignée

SampleTracker

Description

Base de données (+ Interfaces Web) de gestion des échantillons tumoraux (et normaux) récoltés dans le cadre des programmes ICGC Sein et Prostate (cf. § Appui).

Conditions d'accès

Accès restreint aux membre de l'ICGC/INCa pour des raisons de confidentialité des données.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
Description des expertises

Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'"International  Cancer Genome Consortium" (ICGC).

 

Elle a trois missions :
1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...)  qui   seront   examinés   avec   les   techniques   de  la  génomique:   puce   de  génotypage,   puce d'expression, RNA-­seq, DNA-­‐eq en génomes complets et en éxomes),
2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques  ou privés) réalisant le séquençage haut-­‐débit,
3 effectuer l'analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l'information  (variants  somatiques  et  structuraux,  nombre  de  copie,  niveaux  d'expression  en RNA-­‐seq) utile aux équipes biomédicales.

 

Pour  remplir  sa  mission,  la  plateforme  a  développé  une  application  Internet  permettant  d'assurer  la gestion  de grands  projets  multicentriques  en toute  transparence  pour  les collaborateurs.  Elle  a mis en place  des  procédures  de  contrôle  qualité  des  échantillons  à  analyser.  Elle  dessine  et  automatise  des pipelines d'analyse pour les données de génomique qu'elle reçoit.

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Méthodologie
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Génomique (DNA-seq)
  • Analyse de génomes
  • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
  • Profils de méthylation
  • Biostatistiques
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • Génotypage
  • CGH
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Formation via FC3-­‐BIO (PRABI)

Description

Dispensée à l'extérieur de la plateforme,
Portant sur l'analyse des séquences nucléiques. Cette formation est une introduction généraliste destinée à des biologistes voulant se former à l'analyse bioinformatique des séquences nucléiques. Effectuée à l'INRA Avignon et CIRAD Montpellier, une fois par an depuis 2010.

Conditions d'accès

Inscription auprès de la société FC3-­‐Bio, aucun prérequis

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Analyse des séquences nucléiques : introduction généraliste

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Publications internes
Publications externes
ZEB1 expression prevents DNA replication stress in cancer stem cells and delays chromosomal instability. Morel AP, Ruiz E, Devouassoux-­‐Shisheboran M, Combaret V, Chassot C, Pinatel C, Fauvet F, Thomas E, Moyret-­‐Lalle C, Lachuer J, Despras E, Charafe-­‐ Jauffret E, Ginestier C, Wierinckx A, Wang Q, Radosevic-­‐Robin N, Penault-­‐Llorca F, Caramel J, Ansieau S, Vigneron A, Tissier A & Puisieux A. En préparation

Is Saliva a Good Alternative to Blood for High Density Genotyping Studies: SNP and CNV Comparisons? Fabre A, Thomas E, Baulande S, Sohier E, Hoang L, et al. J Biotechnol Biomaterial. 2011 1:119.

The life history of 21 breast cancers. Nik-­‐Zainal s, Van Loo P, Wedge DC, Alexandrov LB, Greenman CD, Lau KW, Raine K, JonesD, Marshall J, Ramakrishna M, Shlien A, Cooke SL, Hinton J, Menzies A, Stebbings LA, LeroyC, Jia M, Rance R, Mudle U, Gambie SJ, Stephens PJ, McLaren S, Tarpey PS, Papaemmanuil E,Davies HR, Varela l, McBride DJ, Bignell GR, Leung K, Butler AP, Teague JW, Martin S,Jansson G, Mariani 0, Boyault S, Miron P, Fatima A, Langenild A, Aparicio SA, Tutt A,Sieuwerts AM, Borg Â, Thomas G, Salomon AV, Richardson AL, Borresen-­‐Dale AL, Futreal PA,Stratton MR, Campbell PJ; Breast Cancer Working Group of the International Cancer GenomeConsortium. Cell. 2012 May 25;149(5):994-­1007.

The landscape of cancer genes and mutational processes in breast cancer Stephens PJ, Tarpey PS, Davies H, Van Loo P, Greenman C, Wedge DC, Nik-­‐Zainal S, MartinS, Varela l, Bignell GR, Yates LR, Papaemmanuil E, Beare D, Butler A, Cheverton A, Gambie J,Hinton J, Jia M, Jayakumar A, Jones D, Latimer C, Lau KW, McLaren S, McBride DJ, Menzies A,Mudie L, Raine K, Rad R, Chapman MS, Teague J, Easton D, Langerod A; Oslo Breast CancerConsortium (OSBREAC), Lee MT, Shen CV, Tee BT, Huimin BW, Broeks A, Vargas AC,Turashvili G, Martens J, Fatima A, Miron P, Chin SF, Thomas G, Boyault S, Mariani 0, LakhaniSR, van de Vijver M, van 't Veer L, Foekens J, Desmedt C, Sotiriou C, Tutt A, Ca Id as C,Reis-­‐Filho JS, Aparicio SA, Salomon AV, Borresen-­‐Dale AL, Richardson AL, Campbell PJ,Futreal PA, Stratton MR.. Nature. 2012 May 16;486(7403):400-­4

Mutational processes molding the genomes of 21 breast cancers. Nik-­‐Zainal S, Alexandrov LB, Wedge DC, Van Loo P, Greenman CD, Raine K, Jones D, Hinton J, Marshall J, Stebbings LA, Menzies A, Martin S, Leung K, Chen L, Leroy C, Ramakrishna M, Rance R, Lau KW, Mudie LJ, Varela I, McBride DJ, Bignell GR, Cooke SL, Shlien A, Gamble J, Whitmore I, Maddison M, Tarpey PS, Davies HR, Papaemmanuil E, Stephens PJ, McLaren S, Butler AP, Teague JW, Jönsson G, Garber JE, Silver D, Miron P, Fatima A, Boyault S, Langerød A, Tutt A, Martens JW, Aparicio SA, Borg Å, Salomon AV, Thomas G, Børresen-­‐Dale AL, Richardson AL, Neuberger MS, Futreal PA, Campbell PJ, Stratton MR; Breast Cancer Working Group of the International Cancer Genome Consortium. Cell. 2012 May 25;149(5):979-­‐93. Epub 2012 May 17.

Common variants near TARDBP and EGR2 are associated withsusceptibility to Ewing sarcoma Postel-­‐Vinay S, Véron AS, Tirode F, Pierron G, Reynaud S, Kovar H, Oberlin 0, Lapouble E,Ballet S, Lucchesi C, Kontny U, Gonzalez-­‐Neira A, Picci P, Alonso J, Patino-­‐Garcia A, dePaillerets BB, Laud K, Dina C, Froguel P, Clavel-­‐Chapelon F, Doz F, Michon J, Chanock SJ,Thomas G, Cox DG, Delattre O. Nat Genet. 2012 Feb 12;44(3):323-­‐7.

Application of a novel score test for genetic association incorporating gene-­gene interaction suggests functionality for prostate cancer susceptibility regions. Ciampa J, Yeager M, Jacobs K, Thun MJ, Gapstur S, Albanes D, Virtamo J, Weinstein SJ, Giovannucci E, Willett WC, Cancel-­‐Tassin G, Cussenot O, Valeri A, Hunter D, Hoover R, Thomas G, Chanock S, Holmes C, Chatterjee N. Hum Hered. 2011;72(3):182-­‐93. Epub 2011 Nov 11.

International network of cancer genome projects. International Cancer Genome Consortium, Hudson TJ, Anderson W, Artez A, Barker AD, Bell C, Bernabé RR, Bhan MK, Calvo F, Eerola I, Gerhard DS, Guttmacher A, Guyer M, Hemsley FM, Jennings JL, Kerr D, Klatt P, Kolar P, Kusada J, Lane DP, Laplace F, Youyong L, Nettekoven G, Ozenberger B, Peterson J, Rao TS, Remacle J, Schafer AJ, Shibata T, Stratton MR, Vockley JG, Watanabe K, Yang H, Yuen MM, Knoppers BM, Bobrow M, Cambon-­‐Thomsen A, Dressler LG, Dyke SO, Joly Y, Kato K, Kennedy KL, Nicolás P, Parker MJ, Rial-­‐ Sebbag E, Romeo-­‐Casabona CM, Shaw KM, Wallace S, Wiesner GL, Zeps N, Lichter P, Biankin AV, Chabannon C, Chin L, Clément B, de Alava E, Degos F, Ferguson ML, Geary P, Hayes DN, Johns AL, Kasprzyk A, Nakagawa H, Penny R, Piris MA, Sarin R, Scarpa A, Shibata T, van de Vijver M, Futreal PA, Aburatani H, Bayés M, Botwell DD, Campbell PJ, Estivill X, Gerhard DS, Grimmond SM, Gut I, Hirst M, López-­‐Otín C, Majumder P, Marra M, McPherson JD, Nakagawa H, Ning Z, Puente XS, Ruan Y, Shibata T, Stratton MR, Stunnenberg HG, Swerdlow H, Velculescu VE, Wilson RK, Xue HH, Yang L, Spellman PT, Bader GD, Boutros PC, Campbell PJ, Flicek P, Getz G, Guigó R, Guo G, Haussler D, Heath S, Hubbard TJ, Jiang T, Jones SM, Li Q, López-­‐Bigas N, Luo R, Muthuswamy L, Ouellette BF, Pearson JV, Puente XS, Quesada V, Raphael BJ, Sander C, Shibata T, Speed TP, Stein LD, Stuart JM, Teague JW, Totoki Y, Tsunoda T, Valencia A, Wheeler DA, Wu H, Zhao S, Zhou G, Stein LD, Guigó R, Hubbard TJ, Joly Y, Jones SM, Kasprzyk A, Lathrop M, López-­‐Bigas N, Ouellette BF, Spellman PT, Teague JW, Thomas G, et al. Nature. 2010 Apr 15;464(7291):993-­‐8. Erratum in: Nature. 2010 Jun 17;465(7300):966. Himmelbaue, Heinz [corrected to Himmelbauer, Heinz]; Gardiner, Brooke A [corrected to Gardiner, Brooke B]; Cross, Anthony [corrected to Cros, Anthony].
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Remerciements

8

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