CBiB

Adresse postale
146 Rue Léo Saignat 33076 Bordeaux
Structure(s) :
Non renseignée
Unité :
Université de Bordeaux
Pôle regional :
IFB Sud Ouest
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • CNOC (INRA)
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
60.00 To
Ferme de calcul
96 cores
Heure de CPU
87 600 H / an
Outils bioinformatiques
174
Nombre d'utilisateurs
38
Description des serveurs

Infrastructure de virtualisation:

  • Cluster VMware
  • 2 serveurs DELL PowerEdge R905 (16 coeurs, 64 Go RAM)

Infrastructure de stockage:

  • 1 baie de production basé sur ZFS ~50To répliquée sur un site distant
  • 1 baie de production NetApp ~15To
  • 1 baie de sauvegarde NetApp ~20To sur site distant

Infrastructure de calcul:

  • 1 serveur de calcul DELL PowerEdge R815 (32 coeurs, 256 Go RAM, 2.5 To d'espace disque)
  • 1 serveur de calcul DELL PowerEdge R820 (32 coeurs, 512 Go RAM, 5 To d'espace disque)
  • Portail Galaxy, 1 serveur DELL PowerEdge R910 (32 coeurs/64 threads, 128Go RAM, 800 Go d'espace disque)

Infrastructure réseau:

  • Accès Internet à 1 Gbits/s (partagé)
  • LAN à 10 Gbits/s
  • SAN FiberChannel 4 Gbits/s

Condition d'accès

Ouverture gratuite d'un compte sur demande (formulaire à remplir).

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
1 742 an
Citations :
85
Dernière mise à jour :
01-12-2015

Molligen

Description

Base de données de génomique comparées des mollicutes.

Conditions d'accès

Accès web libre, possibilité d'avoir un espace privé.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
1 457 an
Visites uniques :
564 an
Citations :
23
Dernière mise à jour :
01-10-2014

MeryB

Description

Base de données de profils de Résonance.

Conditions d'accès

Accès web libre, possibilité d'avoir un espace privé.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
150 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy@CBiB

Description

Portail d'analyse de données Galaxy. Des outils bioinformatiques sont mis à disposition sur le Toolshed: 400 briques testées.

Conditions d'accès

Libre sur le web, sur demande pour avoir un espace de travail plus conséquent.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
24
Téléchargements :
Non renseigné

XEML-Lab

Description

Gestion de métadonnées d'expériences.

Conditions d'accès

Public

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
9
Téléchargements :
Non renseigné

Tango

Description

Outil pour l'assignation taxonomique (métagénomique).

Conditions d'accès

Public

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
14
Téléchargements :
Non renseigné

MIX

Description

Outil pour le finishing des assemblages de génomes.

Conditions d'accès

Public

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
4
Téléchargements :
Non renseigné

xHeinz

Description

xHeinz est un outil qui trouve des modules optimaux conservés entre deux espèces.

Conditions d'accès

Software website: https://software.cwi.nl/software/xheinz 

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

PepTeam

Description

PepTeam est un outil de découverte de biomarqueurs à partir de l'analyse in vivo des banques de phages display qui ont été séquencées par NGS.

Conditions d'accès

Public.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

MICADo

Description

Logiciel pour la détection de mutation dans des données de séquençage PacBio issues du cancer.

Conditions d'accès

Public.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biologie
Description des expertises
L'objectif du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est de concevoir, mettre en œuvre et fournir l’accès aux services d’analyse de données biologiques adaptés à une production à haut débit (ex., génomique, protéomique, métabolomique, etc.). Cette exigence d’analyser les données de grande volumétrie de façon rapide et fiable, amène le CBiB à développer les méthodes de type « Big Data ». Pour ce faire, le CBiB réunit les compétences nécessaires en bioinformatique et en informatique ; le centre est équipé de moyens de calculs et stockage adaptés, en cohérence avec les équipements régionaux (le Mésocentre de Calcul Aquitain - MCIA) et l’infrastructure nationale de Bioinformatique (Investissement d’Avenir, Institut Français de Bioinformatique - IFB).

 

Le CBiB structure ses activités autour de trois axes stratégiques:

 

1. NGS : Activité de service pour le traitement de données issues des Nouvelles Technologies de Séquençage. Cet axe est réalisé en collaboration avec la Plate-forme Génome-Transcriptome de Bordeaux, productrice des données et avec GenoToul Bioinformatique à Toulouse dans le cadre du rapprochement initié ReNaBi/IBiSA (échanges de compétences techniques, mutualisation des formations aux biologistes, missions de service et thématique R&D).

2. Génomique Comparative : activité de recherche et de service pour le stockage, l'analyse et la comparaison à grande échelle de génomes bactériens au travers de la plateforme MolliGen.

3. Métabolomique : En collaboration avec la Plate-forme Métabolomique de Bordeaux, (PMB) productrice des données, le CBiB est impliqué dans des projets de gestion de données en métabolomique avec l’extension récente de ces travaux aux données éco-physiologique. Par ailleurs, le CBiB est très fortement impliqué dans les activités de standardisation de données métabolomiques au niveau Européen (projet Européen COSMOS).

 

Le Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) fournit un accès à des ressources de calcul de haute performance, assure l'analyse des données et dispose d'une expertise en programmation. Ces ressources sont au service des scientifiques académiques et des entreprises privées pour leur permettre de répondre à leurs besoins en bioinformatique de manière efficace et rentable.

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Apprentissage automatique
  • Biologie des systèmes
  • Curation de collections de données
  • Ecologie
  • Génomique comparative
  • Immunogénétique
  • Métabolomique et fluxomique
  • Protéomique

Formation professionnelle

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
6 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Data mining and analysis of NGS data with R

Description
Non renseigné
Conditions d'accès

Formation payante au catalogue CNRS.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
6 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Advanced sequence analysis

Description
Non renseigné
Conditions d'accès

Formation payante au catalogue CNRS.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
6 jour(s) / an
Prochaine session :
06-06-2017

Python for biology

Description
Non renseigné
Conditions d'accès

Formation payante dans le catalogue CNRS.

Répartition des utilisateurs
Internationaux
15 %
Nationaux
5 %
Régionaux
12 %
Locaux
68%
Description de la répartition :

Les chiffres donnés ci-dessus correspondent aux personnes accedant à l'environnement offert par la plate-forme. La repartition est comme suit: l'INRA (18%), l'INSERM (9%), Université de Bordeaux (39%), industrie (9%), CNRS (9%), international/autres (16%).

Projets propres de la plateforme
(3)
  • MIX - Finishing assemblages de génomes
  • Tango - Assignation taxonomique (métagénomique)
  • MICADo - Détection de mutations à partir de données PacBio
Collaborations
Projets d'ANR
(0)
Non renseigné
Projets européens et internationaux
(2)
  • COBRA - Identification des facteurs de plantes nécessaires pour le cycle d'infection des virus
  • Beacon ELIXIR - Services d'extraction de données pour la génomique, soucieux du partage efficace et la protection des données.
Projets avec des industriels
(1)

BioDataCloud (partenaire Biogemma)  -  Mise en œuvre d’un système de type cloud computing adapté à une production efficace de données à haute valeur ajoutée dans le domaine de la biotechnologie végétale

 

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
(14)
  • 16S  Metagenomics analysis (Service de rhumatologie CHU Bordeaux)
  • Bioinformatics methods for analyzing resistance to antihormonal treatments for breast cancer (Unité INSERM ACTION Equipe cancer du sein, Institut Bergonié Bordeaux)

  • New methods of acquisition and classification for high content screening of membrane receptor organization and dynamics using super-resolution microscopy (Institut interdisciplinaire de Neurosciences CNRS UMR 5297)
  • Development of a database and an interface for the migration, the perpetuation and use of the Metabolic database PLATO (UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie, Centre INRA Bordeaux Aquitaine)
  • Diversity of viral sequences in HIV-infected patients (Laboratoire de Virologie UMR 5234, Université Bordeaux)

  • Vitis Riparia genome assembly (UMR 1287 Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne, ISVV Bordeaux)
  • Analysis of NGS data of variable chains of human immunoglobulin genes selected by phage display in vivo for targeting atheroma plaque (Résonance Magnétique des Systèmes Biologiques, UMR 5536 CNRS / Université de Bordeaux)
  • Implementation of bioinformatics tools for strawberries: Investigation of the number of mutations in two EMS mutants, Assembly of de novo sequences in the polyploid strawberry (UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie)
  • Analysis of 40 exomes from apocrine molecular tumors (ACTION U1218, Equipe cancer du sein – Institut Bergonié)
  • Transcriptome analysis for 594 sarcomas (ACTION U1218, Equipe Sarcome - Institut Bergonié)
  • Studies of the mechanisms involved in the resistance of NB4 and NB4R1 cells to ATRA (Institut Bergonié)
  • DypFISH: analysis of co-localization of RNA and proteins at sub-cellular resolution (Faculty of Health Sciences, Department of Integrative Biomedical Sciences, University of Cape Town)

  • UmLiLo - Search for conserved patterns and variations in non-coding RNAs (Faculty of Health Sciences, Department of Integrative Biomedical Sciences, University of Cape Town)
  • Storage of NGS data from highly similar genomes (LaBRI Université de Bordeaux et UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie - INRA / Université de Bordeaux)
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
(3)
Compost metagenomics analysis IFPEN (Institut Français du Pétrole et des Énergies Nouvelles); Gliom RNA-Seq data analysis (INSERM U1029 LAMC, Université de Bordeaux); Development of an analysis pipeline for proteomics data meant to identify novel protein markers for hepatocellular adenoma (Bariton INSERM U1053 Cytoskeleton and Cancer, Université de Bordeaux);
Animations

En collaboration avec le département SVS de l’Université de Bordeaux, l’IFB et France Génomique, le CBiB a organisé 4 « Ateliers « 2 en 1 » : Production et Analyses de données NGS » : (80 participants en moyenne à chaque atelier)

  • RNA-Seq, 22 avril 2016.
  • Génome complet, 3 mai 2016
  • Exomes et panels de gènes, 20 septembre 2016
  • Métagénomique, 7 novembre 2016 :
Publications internes

Justine Rudewicz, Hayssam Soueidan, Raluca Uricaru, Hervé Bonnefoi, Richard Iggo, et al.. MICADo - Looking for mutations in targeted PacBio cancer data: an alignment-free method. Frontiers in Genetics, Frontiers, 2016


Mohammed El-Kebir, Hayssam Soueidan, Thomas Hume, Daniela Beisser, Marcus Dittrich, Tobias Muller, Guillaume Blin, Jaap Heringa, Macha Nikolski, Lodewyk F. A. Wessels, and Gunnar W. Klau. xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model. Bioinformatics, 31(19), 2015. doi: 10.1093/bioinformatics/btv316.


Thomas Hume, Hayssam Soueidan, Macha Nikolski, and Guillaume Blin. Approximation Hardness of the Cross-Species Conserved Active Modules Detection Problem. In Giuseppe F. Italiano, editor, 41st International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM’15), volume 8939, pages pp. 242–253, Pecpod Snezkou, Czech Republic, January 2015. LNCS.


Hayssam Soueidan, Louise-Amelie Schmitt, Thierry Candresse, and Macha Nikolski. Finding and identifying the viral needle in the metagenomic haystack: Trends and Challenges. Frontiers in Microbiology, page 5:739, December 2014. doi: 10.3389/fmicb.2014.00739


Hayssam Soueidan, Florence Maurier, Alexis Groppi, Pascal Sirand-Pugnet, Florence Tardy, Christine Citti, Virginie Dupuy, and Macha Nikolski. Finishing bacterial genome assemblies with Mix. BMC Bioinformatics, October 2013. doi:10.1186/1471–2105–14–S15–S16


Thomas Hume, Hayssam Soueidan, V. Fabienne Wong Jun Tai, Antoine Vekris, Klaus Petry, and Macha Nikolski. Efficient mapping of short peptides on whole proteome database for biomarker discovery. In JOBIM 2013, France, July 2013.

Publications externes

Senta Heiss-Blanquet, Françoise Fayolle-Guichard, Vincent Lombard, Agnès A. Hebert, Pedro Coutinho, Alexis Groppi, Aurélien Barré, and Bernard Henrissat. Composting-Like Conditions Are More Efficient for Enrichment and Diversity of Organisms Containing Cellulase-Encoding Genes than Submerged Cultures. PLoS ONE, December 2016. doi: 10.1371/journal.pone.0167216.


Géraldine Gourgues, Aurélien Barré, Emmanuel Beaudoing, Johann Weber, Ghislaine Magdelenat, Val´erie Barbe, Elise Schieck, Joerg Jores, Sanjay Vashee, Alain Blanchard, Carole Lartigue, and Pascal Sirand-Pugnet. Complete Genome Sequence of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides T1/44, a Vaccine Strain against Contagious Bovine Pleuropneumonia. Genome Announcements, 4(2), April 2016. doi: 10.1128/genomeA.00263-16. 


Yves Gleize, Fanny Mendisco, Marie-Hélène Pemonge, Christophe Hubert, Alexis Groppi, Bertrand Houix, Marie-France Deguilloux, and Jean-Yves Breuil. Early Medieval Muslim Graves in France: First Archaeological, Anthropological and Palaeogenomic Evidence. PLoS ONE, February 2016. doi: 10.1371/journal.pone.0148583. 


Eric Dausse, Aurélien Barré, Aimé Ahissan, Alexis Groppi, Alain Rico, Ainali Chrysanthi, Gilmar Sal- gado, William Palau, Emilie Daguerre, Macha Nikolski, Jean-Jacques Toulmé, and Carmelo Di Primo. Aptamer selection by direct microfluidic recovery and surface plasmon resonance evaluation. Biosen- sors and Bioelectronics, February 2016.


Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril MONJEAUD, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves-Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, and Pierre Peterlongo. Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads. Gi- gaScience, 5(1), February 2016. doi: 10.1186/s13742-015-0105-2. 


A-F Adam-Blondon, M Alaux, C Pommier, D Cantu, Z-M Cheng, GR Cramer, C Davies, S Delrot, L Deluc, G Di Gaspero, J Grimplet, A Fennell, JP Londo, P Kersey, F Mattivi, S Naithani, P Neveu, M Nikolski, M Pezzotti, BI Reisch, R Töpfer, MA Vivier, D Ware, and H Quesneville. Towards an open grapevine information system. Horticulture research, 2016. doi: 10.1038/hortres.2016.56.


Gaetan Benoit, Claire Lemaitre, Dominique Lavenier, Erwan Drezen, Thibault Dayris, Raluca Uricaru, and Guillaume Rizk. Reference-free compression of high throughput sequencing data with a probabilistic de Bruijn graph. BMC Bioinformatics, 16(1), September 2015. doi: 10.1186/s12859- 015-0709-7.


Stephanie Mariette, V. Fabienne Wong Jun Tai, Guillaume Roch, Barre Aurelien, Chague Aurelie, Decroocq Stephane, Groppi Alexis, Laizet Yec’han, Lambert Patrick, Tricon David, Nikolski Macha, Audergon Jean-Marc, Abbott Albert G., and Decroocq Veronique. Genome-wide association links candidate genes to resistance to Plum Pox Virus in apricot (Prunus armeniaca). New Phytol- ogist,  page  DOI:  10.1111/nph.13627,  September  2015. doi: 10.1111/nph.13627


Nathalie Quenel-Tueux, Marc Debled, Justine Rudewicz, Gaetan Macgrogan, Marina Pulido, Louis Mauriac, Florence Dalenc, Thomas Bachelot, Lortal Barbara, Christelle Breton-Callu, Nicolas Madranges, Christine Tunon De Lara, Marion Fournier, Herve Bonnefoi, Hayssam Soueidan, Macha Nikolski, Audrey Gros, Daly Catherine, Wood Henry, Rabbitts Pamela, and Richard Iggo. Clinical and genomic analysis of a randomised phase II study evaluating anastrozole and fulvestrant in post- menopausal patients treated for large operable or locally advanced hormone-receptor-positive breast cancer. British Journal of Cancer, page bjc.2015.247, July 2015. doi: 10.1038/bjc.2015.247. 


Reza M. Salek, Steffen Neumann, Daniel Schober, Jan Hummel, Kenny Billiau, Joachim Kopka, Elon Correa, Theo Reijmers, Antonio Rosato, Leonardo Tenori, Paola Turano, Silvia Marin, Catherine Deborde, Daniel Jacob, Dominique Rolin, Benjamin Dartigues, Pablo Conesa, Kenneth Haug, Philippe Rocca-Serra, Steve O’Hagan, Jie J. Hao, Michael van Vliet, Marko Sysi-Aho, Christian Ludwig, Jildau Bouwman, Marta Cascante, Timothy Ebbels, Julian L. Griffin, Annick Moing, Macha Nikolski, Matej Oresic, Susanna-Assunta Sansone, Mark R. Viant, Royston Goodacre, Ulrich L. Gunther, Thomas Hankemeier, Claudio Luchinat, Dirk Walther, and Christoph Steinbeck. CO- ordination of Standards in MetabOlomicS (COSMOS): facilitating integrated metabolomics data access. Metabolomics, page Journal no. 11306, May 2015. doi: 10.1007/s11306-015-0810-y. 


Raluca Uricaru, Celia Michotey, Helène Chiapello, and Eric Rivals. YOC, A new strategy for pairwise alignment of collinear genomes. BMC Bioinformatics, 16:16:111, April 2015. doi: 10.1186/s12859- 015-0530-3. 


Philippe Rocca-Serra, Reza M. Salek, Masanori Arita, Elon Correa, Saravanan Dayalan, Alejandra Gonzalez-Beltran, Tim Ebbels, Royston Goodacre, Janna Hastings, Kenneth Haug, Albert Koulman, Macha Nikolski, Matej Oresic, Susanna-Assunta Sansone, Daniel Schober, James Smith, Christoph Steinbeck, Mark R. Viant, and Steffen Neumann. Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way. Metabolomics, 2015. doi: 10.1007/s11306-015-0879-3. 


Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, and Pierre Peterlongo. Reference-free detection of isolated SNPs. Nucleic Acids Research, pages 1 – 12, November 2014. doi: 10.1093/nar/gku1187.


Richard Iggo, Justine Rudewicz, Elodie Monceau, Nicolas Sevenet, Jonas Bergh, Tobias Sjoblom, and Herve Bonnefoi. Validation of a yeast functional assay for p53 mutations using clonal sequencing. Journal of Pathology, 231(4):441–8, December 2013. doi: 10.1002/path.4243.


David Benaben, Catherine Biscarat, Yonny Cardenas, Helene Cordier, Pierre Gay, Benoit Hiroux, Gilles Mathieu, Jean Yves Nief, and Jerome Pansanel. Mise en place d’un gestionnaire de donnees leger, pluridisciplinaire et national pour les données scientifiques. In Journees SUCCES 2013, Paris, France, November 2013.


Macha Nikolski, Daniel Alonso-Alemany, Aurélien Barré, Stefano Beretta, Paola Bonizzoni, and Gabriel Valiente. Further Steps in TANGO: improved taxonomic assignment in metagenomics. Bioinformatics, August 2013. doi: 10.1093/bioinformatics/btt256.


Emilie Dordet-Frisoni, Eric Baranowski, Aurelien Barre, Alain Blanchard, Marc Breton, Carole Cou- ture, Virginie Dupuy, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Lucıa Manso-Silvan, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, Francois Poumarat, Pascal Sirand-Pugnet, Patricia Thebault, Sébastien Theil, Francois Thiaucourt, Christine Citti, and Florence Tardy. Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of the Ear Canal of Caprinae. Genome Announcements, 1(3):epub ahead of print, 2013. doi: 10.1128/genomeA.00280-13.


Virginie Dupuy, Pascal Sirand-Pugnet, Eric Baranowski, Aurelien Barre, Marc Breton, Carole Couture, Emilie Dordet-Frisoni, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Lucıa Manso-Silvan, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, Fran ̧cois Poumarat, Florence Tardy, Patricia Thebault, Sebastien Theil, Christine Citti, Alain Blanchard, and Francois Thiaucourt. Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents of Contagious Agalactia in Goats. Genome Announcements, 1(3):e00354–13, 2013. doi: 10.1128/genomeA.00354-13.


Lucıa Manso-Silvan, Florence Tardy, Eric Baranowski, Aurelien Barre, Alain Blanchard, Marc Breton, Carole Couture, Christine Citti, Emilie Dordet-Frisoni, Virginie Dupuy, Patrice Gaurivaud, Daniel Jacob, Claire Lemaitre, Macha Nikolski, Laurent-Xavier Nouvel, Francois Poumarat, Patricia Thebault, Sebastien Theil, Francois Thiaucourt, and Pascal Sirand-Pugnet. Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle. Genome Announcements, 1(3):e00348–13, 2013. doi: 10.1128/genomeA.00348-13

Publications avec le laboratoire d'hébergement

Jonathan Dubois, Amine Ghozlane, Patricia Thebault, Isabelle Dutour, and Romain Bourqui. Genome-wide detection of sRNA targets with rNAV. In Symposium on Biological Data Visualization, United States, October 2013.


Jonathan Dubois, Ludovic Cottret, Amine Ghozlane, David Auber, Frederic Bringaud, Patricia Thebault, Fabien Jourdan, and Romain Bourqui. Visualization of time-series data in the context of metabolic networks with Systrip Software. In Journees Ouvertes Biologie Informatique Mathematiques (JOBIM 2013), France, July 2013.

Développement
Le CBiB a déposé auprès de l’Agence pour la Protection des Programmes (APP) une application de gestion de données métabolomiques (MetaboP) N° IDDN.FR.001.160001.000.S.P.2008.000.10300.
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