ATGC

Adresse postale
CC 477
161 Rue Ada 34090 Montpellier
Structure(s) :
CNRS
Unité :
LIRMM UMR 5506
Pôle regional :
IFB Grand Sud
Responsable Scientifique
Rivals Eric
Responsable opérationnel
Lefort Vincent
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Visites annuelles :
80 000 an
Visites uniques :
10 000 an
Citations :
10 000
Téléchargements :
4 300

PhyML

Description

Inférence d'arbres phylogénétiques en maximum de vraisemblance.

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
40 000 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1 500
Téléchargements :
Non renseigné

phylogeny.fr

Description

Pipeline d'analyse phylogénétique.

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
300 an
Citations :
300
Téléchargements :
230

FastME

Description

Méthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques.

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
900
Téléchargements :
Non renseigné

BioNJ

Description

Méthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques.

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
150 an
Citations :
20
Téléchargements :
Non renseigné

PhySIC_IST

Description

Méthode de super-arbre

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1
Téléchargements :
Non renseigné

CompPhy

Description

A web-based collaborative platform for comparing phylogenies

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
20
Téléchargements :
Non renseigné

LoRDEC

Description

Accurate and efficient long read error correction

Conditions d'accès

Gratuit depuis le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
100 an
Citations :
8
Téléchargements :
110

MPscan

Description

Méthode de mapping de reads sur un génome sans index.

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
18
Téléchargements :
100

CRAC

Description

Méthode d'analyse de données RNA-seq.

Conditions d'accès

Gratuit via le site de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1
Téléchargements :
2 000

QOD

Description

Comparaison multiple de génomes.

Conditions d'accès

Gratuit via le site de la plateforme.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
3
Téléchargements :
Non renseigné

LSD

Description

LEAST-SQUARES METHODS TO ESTIMATE RATES AND DATES FROM SERIAL PHYLOGENIES

Conditions d'accès

Gratuit via le site web de la plateforme.

Domaines d'activité
  • Biotechnologie
  • Biomédical
  • Biologie
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
Description des expertises

Algorithmique du texte et des arbres, combinatoire, optimisation, modélisation probabiliste et statistique, classification, phylogénie, séquençage haut débit, génomes, transcriptomes, protéomes, cancer, paludisme, VIH.

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Méthodologie
  • Assemblage de génomes et transcriptomes
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Analyse de séquences
  • Algorithmique des séquences
  • Recherche de motifs
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Interfaces, portails web
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Evolution et phylogénie
  • Evolution moléculaire
  • Gènes et génomes
  • Datation des spéciations
  • Phylogénomique
  • Arbre de la vie
  • Super-arbres et réconciliations

Formation professionnelle

Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
5 jour(s) / an
Prochaine session :
09-10-2017

Phylogénie moléculaire

Description
Les objectifs sont :
1. Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire.
2. Être autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique.
3. Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie.

Les inscriptions se font sur le site web de la formation ou aupres de CNRS Formation. Lors de votre inscription, vous recevrez un questionnaire qui nous permettra d'evaluer votre niveau. Merci de nous le retourner directement (lefort@lirmm.fr).

Pour toute information complementaire (public vise, niveau, cout, ...), merci de contacter Vincent Lefort (lefort@lirmm.fr).

Conditions d'accès

S'acquitter des frais d'inscription, être familiarisé avec les banques de données de séquences, avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique, connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres), avoir des notions de programmation.

Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
4 jour(s) / an
Prochaine session :
27-03-2017

Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)

Description
Les objectifs sont :

- Comprendre les principes des méthodes d'analyse de données de séquençage à haut débit
- Comprendre les résultats obtenus, les paramètres et leur impact sur les analyses
- Savoir choisir et utiliser les principaux outils d'analyse
- Etre autonome pour utiliser un pipeline d'analyse
- Savoir manipuler les fichiers de séquences : préparation et filtration
- Savoir évaluer la qualité des données
- Savoir analyser les résultats avec ou sans génome de référence

Conditions d'accès

S'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoire..., notions du système linux et des lignes de commandes, niveau master

Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Prochaine session :
03-05-2017

Linux et script pour la bioinformatique

Description

Pour la plupart des tâches communes, le système Linux (libre et gratuit) peut avantageusement remplacer les systèmes d'exploitation propriétaires tels que Windows ou MacOS. Les énormes avantages de Linux sont sa gratuité, son évolution constante et l'inexistence des virus. Ce stage est une initiation à l'utilisation du système d'exploitation Linux et des lignes de commande pour les non informaticiens, ainsi qu'une initiation à l'écriture et l'emploi de scripts (petits programmes) pour faciliter l'analyse de données. Il s'agit pour des débutants ou quasi débutants Linux d'utiliser le système et d'acquérir l'autonomie nécessaire pour résoudre les besoins communs simples d'analyse par la combinaison des méthodes à travers des scripts.

 

Conditions d'accès

S'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc.

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
13 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Master Sciences & Numérique pour la Santé

Description

La spécialité BCD a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du vivant (agronomie, biologie moléculaire, cellulaire, physiologie animale et végétale, biochimie), des sciences médicales, de l'informatique ou des mathématiques aux besoins spécifiques de la bioinformatique, des systèmes d'informations, de l'extraction de connaissances et de la modélisation du vivant tout en renforçant les compétences de leur profil initial.

Conditions d'accès

M1 : licence math, info, physique, EEA, biologie, STAPS + équiv. L3 de la formation pharma/médecine (ou tout équiv. 180 ECTS acquis) - M2 : master 1 ou équiv. (formation continue, VAE, ...)

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Master Biostatistiques

Description

Deux objectifs sont visés par la formation. Le premier est de former des chercheurs ou enseignants-chercheurs dans le domaine de la statistique théorique ou appliquée. Le deuxième objectif est de former des statisticiens de haut niveau pour des organismes de recherche ou des entreprises.

Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
94 %
Nationaux
4 %
Régionaux
1 %
Locaux
1%
Description de la répartition :

Tous nos outils sont en accès libre sur le site web de la plate-forme. Ils sont mondialement utilisés. Les utilisateurs locaux représentent une très faible part des utilisateurs de la plate-forme.

Projets propres de la plateforme

Aucun (ou non renseigné)

Collaborations
Projets d'ANR
(9)

Participation depuis 2010 à 6 projets ANR, 1 projet MASTODONS et 2 PIA (Institut de Biologie Computationelle, Ancestrome).

Projets européens et internationaux
(2)
  • Participation en tant que MC member au European COST Action 2011-2015 Next Generation Sequencing Data Analysis Network or SeqAhead.
  • Participation au projet européen VIROGENESIS.
Projets avec des industriels

Participation à des projets avec des industriels : des contrats-collaboration avec SkuldTech, Microsoft Research, Bioversity.

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Nous organisons une vingtaine de séminaires de bioinformatique par an avec un invité et une vingtaine de participants à chaque édition. Ces séminaires sont complétés par le séminaire mensuel de l'IBC, avec un invité prestigieux et environ 50 participants à chaque édition.

Depuis 2012, nous organisons MCEB (Mathematical and Computational Evolutionary Biology) chaque année, avec 10 invités de renommée internationale et 70 participants sur 4-5 jours :

Depuis 2013, nous organisons SeqBio : workshop sur les méthodes d'analyse de texte pour la bioinformatique des séquences

Depuis 2014, nous animons le réseau des ingénieurs en bioinformatique de Montpellier (http://ifb-gs.cnrs.fr/mbi) qui se réunit une fois par mois autour d'une thématique prédéfinie (par exemple Galaxy, CHADO,...).

Publications internes

To T.-H., Jung M., Lycett S. and Gascuel O.

Fast dating using least-squares criteria and algorithms
Syst Biol. 2016 Jan;65(1):82-97.


Lefort V., Desper R., Gascuel O.
FastME 2.0: a comprehensive, accurate and fast distance-based phylogeny inference program.
Molecular Biology and Evolution 32(10), 2798-800, 2015.


Chang JM, Di Tommaso P, Lefort V, Gascuel O, Notredame C.

TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction.

Nucleic Acids Res. 2015 Apr 8.


L. Salmela and E. Rivals.
LoRDEC: accurate and efficient long read error correction
Bioinformatics 30(24):3506-3514, 2014.


Fiorini N, Lefort V, Chevenet F, Berry V, Arigon Chifolleau A-M.

CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies

BMC Evol Biol. 2014 Dec 14;14(1):253


Chevenet F, Jung M, Peeters M, de Oliveira T, Gascuel O.

Searching for Virus Phylotypes

Bioinformatics (2013) Volume 29, Issue 5Pp. 561-570.


Philippe N, Salson M, Commes T, Rivals E.

CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads

Genome Biol. 2013 Mar 28;14(3):R30.


Nguyen TH, Ranwez V, Pointet S, Chifolleau AM, Doyon JP, Berry V.

Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit

Algorithms Mol Biol. 2013 Apr 8;8(1):12.


Le SQ, Dang CC, Gascuel O.

Modeling protein evolution with several amino acid replacement matrices depending on site rates.

Mol Biol Evol. 2012 Oct;29(10):2921-36


Lajoie M, Gascuel O, Lefort V and Bréhélin L.

Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space

Genome Biology, 13(11):R109, 2012.

Publications externes

Sèverine Bérard, Annie Chateau, Nicolas Pompidor, Paul Guertin, Anne Bergeron, and Krister M. Swenson. Aligning the unalignable: bacteriophage whole genome alignments. BMC Bioinformatics, 17(1):1--13, 2016.


Mourad R., Chevennet F., Dunn D.T., Fearnhill E., Delpech V., Asboe D., Gascuel O., Hue S. A phylotype-based analysis highlights the role of drug-naive HIV-positive individuals in the transmission of antiretroviral resistance in the UK. AIDS 29 (15), 1917-1925, 2015.


Gascuel O., Steel M. A ‘stochastic safety radius’ for distance-based tree reconstruction. Algorithmica, 1-18, 2015.


R. Uricaru, C. Michotey, H. Chiapello, E. Rivals. YOC, a new strategy for pairwise alignment of collinear genomes. BMC Bioinformatics 16:111, 2015.


K.M. Swenson and M. Blanchette. Models and algorithms for genome rearrangement with positional constraints. In Proc. 15th Int'l Workshop Algs. in Bioinformatics (WABI'15), pages 243--256. Springer Verlag, Berlin, 2015.


Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, and Sèverine Bérard. Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding. BMC genomics, 16(Suppl 10) :S11, 2015.


C. Keyser, C. Hollard, A. Gonzalez, L. Fausser, E. Rivals, A. Alexeev, A. Riberon, E. Crubézy, B. Ludes. The ancient Yakuts: a population genetic enigma. Philosophical Transactions of the Royal Society series B Jan 19;370(1660), 2015.


B. Cazaux, T. Lecroq, E. Rivals. Construction of a de Bruijn Graph for Assembly from a Truncated Suffix Tree. 9th International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA), A.-H. Dediu et al. (Eds.), Springer Verlag, LNCS 8977, pp. 109-120, 2015.


B. Cazaux, T. Lecroq, E. Rivals. From Indexing Data Structures to de Bruijn Graphs. 25th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2014), Moscow, LNCS 8486, pp. 89-99, Springer Verlag, 2014.


Dang C.C., Le V.S., Gascuel O., Hazes B., Le Q.S. FastMG: a simple, fast, and accurate maximum likelihood procedure to estimate amino acid replacement rate matrices from large data sets. BMC Bioinformatics, 15(1), 341, 2014.


Ghouila A, Florent I, Guerfali FZ, Terrapon N, Laouini D, Yahia SB, Gascuel O, Bréhélin L. Identification of Divergent Protein Domains by Combining HMM-HMM Comparisons and Co-Occurrence Detection. PLoS One 9(6):e95275, 2014


Schaper E, Gascuel O, Anisimova M. Deep conservation of human protein tandem repeats within the eukaryotes. Molecular Biology and Evolution 31(5):1132-48, 2014


Nicolas Briot, Annie Chateau, Rémi Coletta, Simon de Givry, Philippe Leleux, and Thomas Schiex. An Integer Linear Programming Approach for Genome Scaffolding. In Workshop in Constraints in Bioinformatics, WCP 2014 (satellite de CP2014), 2014.


R. Dondi, N. El-Mabrouk, and K.M. Swenson. Gene tree correction for reconciliation and species tree inference: complexity and algorithms. J. Discrete Algorithms, 2014.


Gascuel O, Steel M. Predicting the ancestral character changes in a tree is typically easier than predicting the root state. Systematic Biology 63(3):421-35, 2014


J. Buard, E. Rivals, D. Dunoyer de Segonzac, C. Garres, P. Caminade, B. de Massy, P. Boursot. Diversity of Prdm9 Zinc finger array in wild mice unravels new facets of the evolutionary turnover of this coding minisatellite. PLoS One 2014.


Romain Blanc-Mathieu, Bram Verhelst, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, François-Yves Bouget, Isabelle Carré, Annie Chateau, Adam C Eyre-Walker, Nigel Grimsley, Herve Moreau, Benoit Piegu, Eric Rivals, Yves van de Peer, Wendy Schackwitz and Gwenael Piganeau. An improved genome of the model marine alga Ostreococcus tauri unfolds by assessing Illumina de novo assemblies. BMC Genomics, 15:1103 2014.


El Baidouri F., Brisse S., Berry V., Chevenet F., Diancourt L., Pratlong F., Marty P., Ravel C. Genetic structure and evolution of the Leishmania genus in Africa and Eurasia: what does MLSA tell us PLoS Neglected Tropical Diseases, pp. 001-030, 2013

Scornavacca C., Paprotny W., Berry V., Ranwez V. Representing a set of reconciliations in a compact way Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 11(2), 1250025, 2013

Berry V., Bininda-Emonds O., Semple C. Amalgamating Source Trees with Different Taxonomic Levels Systematic Biology, Vol. 62(2), pp. 231-249, 2013

Guindon S. From Trajectories to Averages: An Improved Description of the Heterogeneity of Substitution Rates Along Lineages Systematic Biology, pp. 22-34, 2013

Guindon S., Cheng Y., Rodrigo A., Wee L. W., Masafumi I., Thompson A., Locarnini S., Lim S. Cumulative viral evolutionary changes in chronic hepatitis B virus infection precedes hepatitis B e antigen seroconversion Gut, Vol. 62(9), pp. 1347-1355, 2012

Mooers A., Gascuel O., Stadler T., Li H., Steel M. Branch Lengths on Birth-Death Trees and the Expected Loss of Phylogenetic Diversity Systematic Biology, Vol. 61(2), pp. 195-203, 2012

Boudière L., Botté C. Y., Saidani N., Lajoie M., Marion J., Brehelin L., Yamaryo-Botté Y., Satiat- Jeunemaître B., Breton C., Girard-Egrot A., Bastien O., Jouhet J., Falconet D., Block M. A., Maréchal E. Galvestine-1, a novel chemical probe for the study of the glycerolipid homeostasis system in plant cells. Molecular BioSystems, Vol. 8(8), pp. 2023-35, 2012

Cornillot E., Hadj-Kaddour K., Dassouli A., Noel B., Ranwez V., Vacherie B., Augagneur Y., Brès V., Duclos A., Randazzo S., Carcy B., Debierre-Grockiego F., Delbecq S., Moubri-Ménage K., Shams-Eldin H., Usmani- Brown S., Bringaud F., Wincker P., Vivarès C.P., Schwarz R. T., Schetters T. P., Krause P. J., Gorenflot A., Berry V., Barbe V., Ben Mamoun C. Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti Nucleic Acids Research, Vol. 40(18), pp. 9102-9114, 2012

Julien S., Steel M., Lee M., Sarkissian C., Guindon S., Ho S., Cooper A. The Influence of Rate Heterogeneity among Sites on the Time Dependence of Molecular Rates Molecular Biology and Evolution, pp. 3345-3358, 2012

Rivals E., Philippe N., Salson M., Léonard M., Commes T., Lecroq T. A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections ERCIM News, Vol. 2012(89), pp. 20-21, 2012

Jung M., Leye N., Vidal N., Fargette D., Diop H., Toure Kane C., Gascuel O., Peeters M. The Origin and Evolutionary History of HIV-1 Subtype C in Senegal PLoS ONE, Vol. 7(3), e33579, 2012

Guindon S., Lanfear R., Calcott B., Yw Ho S. PartitionFinder: Combined Selection of Partitioning Schemes and Substitution Models for Phylogenetic Analyses Molecular Biology and Evolution, 2012

Pardi F., Gascuel O. Combinatorics of Distance-Based Tree Inference. Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 109, pp. 16443-16448, 2012
Publications avec le laboratoire d'hébergement

Mathias Weller, Annie Chateau, and Rodolphe Giroudeau.

Exact approaches for scaffolding.

BMC bioinformatics, 16(Suppl 14) :S2, 2015.


Annie Chateau and Rodolphe Giroudeau.

A complexity and approximation framework for themaximization scaffolding problem.

Theoretical Computer Science, 595 :92–106, 2015.


Guillemot S., Havet F., Paul C., Perez A.

On the (non-)existence of polynomial kernels for Pl-free edge modification problems

Algorithmica, Vol. 65(4), pp. 900-926, 2013


Gambette P., Berry V., Paul C.

Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 10(4), 1250004, 2012


Annie Chateau and Rodolphe Giroudeau.

Complexity and Polynomial-Time Approximation Algorithms around the Scaffolding Problem.

In First International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2014), pages 48–60, 2014.

Développement
Un brevet en 2010 : Purification process of nascent DNA. • Deux dépôt APP en cours.
cea
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inria
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