IGR

Adresse postale
UMS INSERM 23/CNRS 3655 AMMICA
114 rue Edouard Vaillant 94800 Villejuif
Structure(s) :
INSERM, CNRS
Unité :
AMMICA, UMS 23 / CNRS 3655
Pôle regional :
ApliBio, Ile-de-France
Responsable Scientifique
Gautheret Daniel
Responsable opérationnel
Meurice Guillaume
Certificat(s)
Non renseigné
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
420.00 To
Ferme de calcul
450 cores
Collection de données
15
Outils bioinformatiques
90
Nombre d'utilisateurs
25
Description des serveurs
- Cluster de calcul dédié à l’analyse de données de séquencage
- Serveur Galaxy
- Serveur d’applications

      - Shiny
      - Redmine
- Serveur dédié à l’analyse de données microarray


Condition d'accès

- Serveur Galaxy : Demande de compte auprès de la plate-forme. Ouvert à toute équipe exterieure à Gustave Roussy sur demande (adresse IP).
- Cluster de calcul : accessible exclusivement aux bioinformaticiens du site GR.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

DEVA

Description

Detection of variants from NGS data. Pipeline for variant detection adapted to exon capture from clinical DNA samples. Special options for germline or somatic variants are provided. Interface is available in command line or Galaxy system. Output from mutliple samples can be visualized and filtered using web-based interface.

Conditions d'accès

Accès : web server, https://galaxy.gustaveroussy.fr/galaxyprod

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

VCF2HTML

Description

A visualization and filtering tool for multiple VCF (variant) datasets.

Conditions d'accès

Script documenté sur demande.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

SCA

Description

SCA (Similarity Core Analysis) is a computational framework for extracting the core molecular features, such as mRNA or miRNA signatures, common to tumors and corresponding cell lines.

Conditions d'accès

Programme fourni sur demande.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
Description des expertises
● Bioanalyses
Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS)
- Microarray :
- Gene Expression (Agilent, Affymetrix)
- CGH array
- microRNA array
- NGS (DNA-seq):
- Détection de SNP (WES, WGS, TS)
- Détection de variants structuraux (LOH, CNV)
- ChipSeq
- NGS (RNA-seq) :
- Analyse différentielle
- recherche de transcrit de fusion
- recherche de splicing alternatif
- detection de SNP par RNA-seq

 

● Conseil / Support
Elaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante "bioinformatique" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plateforme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service.

 

● Formations
Organisation de formations généraliste en interne. Organisation de formations spécifiques, sur demande, dans les locaux des demandeurs (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques)

 

● R&D
Développement /Maintenance de pipelines d’analyse.
Développement à facon d’outils d’annotation / de visualisation de données NGS Développement de DB de données génomiques
Participation au developpement de DB en médecine personnalisée

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
  • Chip-seq
  • Profils de méthylation
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • CGH
  • Fonctionelles
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
120 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Bioinformatique, NGS et Cancer

Description

Co-organisation Atelier Cancéropole Ile de France « Bioinformatique, NGS et Cancer» (avril 2014 et Nov 2014)

Conditions d'accès

http://www.canceropole-idf.fr/fr/ngs

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Ecole NGS Aviesan Roscoff

Description

(nov 2013, oct 2014): responsabilité de l’atelier RNA-seq (Marc Deloger), intervention atelier CNV (Bastien Job).

Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Formation interne pipeline DEVA detection de variants par NGS

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Formation interne pipeline RNASeq

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

IFSBM

Description
UFR médecine Paris-Sud (mai 2015). Big data en médecine. Acquisition et analyse des données de haut débit dans le but de détecter des variants génomiques (CGH, exome, génome), étudier les profils d’expression ou le statut épigénétique des cellules (expression array, RNA-seq, ChiP-seq, medip-seq).

 

UFR médecine Paris-Sud (janvier 2015) Méthodologie en biologie moléculaire et cellulaire et analyse d’article

Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
5 %
Régionaux
0 %
Locaux
95%
Description de la répartition :

La plateforme est soutenue financièrement par des crédits Gustave Roussy

Projets propres de la plateforme

Aucun (ou non renseigné)

Collaborations
Projets d'ANR
- INCA PAIR Mélanome. Partenaires: R. Ballotti (U. Nice), A. de la Fouchardière (Unicancer Lyon), B. Bressac (Gustave Roussy) + PF Bioinformatique (2014-17).

 

- INSERM Plan Cancer. “Molecular signature of radiation-induced thyroid cancers” . Partenaires: S. Chevillard (CEA Fontenay), L. Lacroix (Gustave Roussy), M Schlumberger (Gustave Roussy) + PF Bioinformatique. (2014-2016)

 

- INCA SIRIC MMO “Molecular Medicine in Oncology”. (2012-2017). Projet Gustave Roussy impliquant la plateforme de Bioinformatique et les laboratoires de recherche.

Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels

- 17e FUI (Fond Unique Interministériel): Projet ICE “Interpretation of Clinical Exome”. Partenaires: Sté Integragen, Sté Sogeti High Tech, INSERM, Gustave Roussy. (2014-2017).

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Groupe de travail :
AAP INCA NGS : Volet 1 et volet 2. Participation à l’animation d’un groupe de travail dédié à la mise en place des technologie NGS dans un contexte clinique (en partenariat avec Institut Curie)

Publications internes
Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
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