BIstrO

Adresse postale
300 boulevard Sébastien Brant 67412 Illkirch
Structure(s) :
CNRS
Unité :
UMR7357
Pôle regional :
IFB Nord Est
Website
BIstrO
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • ISO 9001
Visites annuelles :
10 200 an
Visites uniques :
1 800 an
Citations :
1
Dernière mise à jour :
Non renseignée

PlantRNA

Description

Base de données de séquences annotées de tRNA de plantes Cognat et al, Nucleic Acids Res. 2013 41: D273-D279.

Conditions d'accès

Accès libre web.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
7
Dernière mise à jour :
01-07-2006

CYPedia

Description

Base de données sur les cytochromes P450 de plantes Ehlting J, et al. BMC Plant Biol. 2008 8:47; Ehlting J, et al. Biochem Soc Trans 2006, 34:1192-1198

Conditions d'accès

Accès libre web.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
22
Dernière mise à jour :
01-02-2014

Orthoinspector

Description

Base de données décrivant les relations de orthologie/inparalogie et une suite d'outils pour exploiter ces données Linard et al. BMC Bioinformatics. 2011 12:11 .

Conditions d'accès

Accès libre Web ou téléchargement.

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Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1
Dernière mise à jour :
01-02-2012

EvoluCode

Description

Codes- barres évolutionnaires, représentant des histoires évolutives pour le protéome humain complet à l'échelle de vertébrés Linard et al. Evol Bioinform Online. 2012 8:61-77 .

Conditions d'accès

Accès libre web

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
78
Dernière mise à jour :
01-12-2011

BAliBASE

Description

Base de données d’alignement multiple de séquences, utilisé comme jeu de références pour l’évaluation comparative des algorithmes Prosdocimi et al. PLoS One. 2011 6(3):e18093. (538)

Conditions d'accès

Accès libre web ou téléchargement.

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Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
01-06-2013

GxDB

Description

Base de données rassemblant des données transcriptomiques, avec des traitements standardisés et automatisés. Poidevin et al. 2014 Manuscript in preparation.

Conditions d'accès

Accès libre après identification.

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Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
Non renseignée

MousePat

Description

Analyse de l’expression des récepteurs nucléaires dans le cerveau de la souris adulte. Collection de résultats de qPCR et d’hybridation in situ. Gofflot et al. Cell, 2007 131, 405-41.

Conditions d'accès

Accès libre Web

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
01-11-2015

MouseCre

Description

Base de données des lignées CreERT2 de l’ICS-Phenomin présentant leur caractérisation dans différents tissus et organes.

Conditions d'accès

Accès libre Web

Visites annuelles :
10 000 an
Visites uniques :
8 000 an
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
Non renseignée

ICS Mouse Zoo

Description

Database des lignées de souris génétiquement modifiées générées par l’ICS. Base de données standardisées des modèles souris compatibles avec les standards internationaux comprenant aussi des paramètres phénotypiques et des metadata. Ces données sont échangées avec les centres de références dans le domaine et nous développons des analyses statistiques en adéquation avec la capture de nos données.

Conditions d'accès

Accès libre Web :

www.ics-mci.fr/en/resources-and-technologies/eucomm-lines/

www.ics-mci.fr/en/resources-and-technologies/nuclear-receptor-zoo

www.ics-mci.fr/en/resources-and-technologies/phenomin-lines

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Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
Non renseignée

dbSTAR

Description

Base de données de référence des variations structurales humaines obtenues par données de séquençage.

Conditions d'accès

Téléchargement libre. http://dbstar.lbgi.fr/dbstar/

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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
21
Téléchargements :
Non renseigné

Assemble2

Description

Assemble2 permet de concevoir votre structure ARN 2D interactivement et créer et assembler les modules ARN 3D correspondants directement dans UCSF Chimera. Les services disponibles incluent la prédiction 2D, une base de données de motifs structurels 3D, l'alignement de séquences de ARN et l’annotation de structures 3D. Jossinet et al. Bioinformatics. 2010 26:2057-9.

Conditions d'accès

Accès libre web.

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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
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GETEC

Description

Détermination des solutions analytiques évolutives de motifs génétiques basées sur la substitution, insertion et délétion en fonction du temps ou de la longueur de la séquence, ainsi que dans la direction temps direct (passé-présent) ou dans la direction temps inverse (présent-passé) Bernard et al. 2014 (soumis)

Conditions d'accès
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Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
21
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Macsims

Description

MACSIMS est un système de gestion des informations liées à l'alignement multiple qui combine les connaissances structurales et fonctionnelles des protéines avec des prédictions ab initio. Thompson et al. BMC Bioinformatics. 2006 318.

Conditions d'accès

Accès libre web.

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Visites uniques :
1 584 an
Citations :
6
Téléchargements :
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MSDA

Description

Une suite de logiciels et de bases de données pour l’interprétation de données d’analyses protéomiques par spectrométrie de masse (outils de recherche dans les bases de données, pipeline de séquençage de novo, extraction d’annotations fonctionnelles des protéines, extraction de spectres selon des critères de qualité spectrale, ...) Carapito et al. Proteomics. 2014 14:1014-1019.

Conditions d'accès

Accès libre web.

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Citations :
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Téléchargements :
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NGS-QC Generator

Description

Système de contrôle de qualité universel pour ChIP-seq et des données NGS ‘enrichment-based’. La base de données de NGS-QC héberge des descripteurs de QC pour 6066 ensembles de données accessibles au public. Mendoza-Parra et al. A quality control system for profiles obtained by ChIP sequencing Nucleic Acids Res. 2013 41:e196. Evolution : mise à jour de contenu continue pour maintenir une couverture de tous les ensembles de données publics.

Conditions d'accès

Accès libre Web pour la communauté académique. Un accès premium est également disponible sur demande

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Non renseignées
Visites uniques :
280 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
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GalaxEast

Description

L’objectif de GalaxEast est de proposer une instance publique fiable de Galaxy qui garantisse sa disponibilité et son accessibilité. GalaxEast offre un catalogue d’une centaine d’outils essentiellement pour la manipulation de données de séquençage haut débit (ChIP-seq, RNA-seq et DNAseq). L’ajout d’outils d’analyses de données de protéomiques et de spectroscopie est prévu pour l’année 2014. Les outils proviennent à la fois du toolshed officiel de Galaxy mais également des développements des bioinformaticiens de la communauté locale. Les nouveaux outils seront mis à disposition dans le toolshed de la plateforme. La plateforme dispose d’un wiki permettant aux utilisateurs de trouver de la documentation et de demander l’ajout de nouveaux outils et génomes.

Conditions d'accès

Accès ouvert à la communauté académique française.

Accès facilité via les connexions rapides (ex : Osiris, Renater)

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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
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PipeAlign

Description

Outil pour l'analyse des familles de protéines.

Conditions d'accès

Accès web.

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Citations :
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Téléchargements :
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OrthoInspector

Description

Outil pour la détections des relations orthologues et inparalogues.

Conditions d'accès

Téléchargeable.

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Visites annuelles :
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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

GETEC

Description

Genome Evolution by Transformation, Expansion and Contraction.

Conditions d'accès

Models available at http://icube-bioinfo.u-strasbg.fr/webMathematica/GETEC/Accueil.jsp

Visites annuelles :
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Visites uniques :
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Citations :
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Téléchargements :
Non renseigné

VaRank

Description

Workflow pour l'analyse et l'ordonnancement des SNVs et indels issus de données de séquençage haut débit.

Conditions d'accès

Téléchargeable via le site Web

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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

EASEA Cloud

Description

EASEA (EAsy Specification of Evolutionary Algorithms) est une plateforme d'évolution artificiellepour implémenter des algorithmes d'évolution.

Conditions d'accès

Téléchargeable sur le site Web d'EASEA

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biotechnologie
  • Biologie
Description des expertises
• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …)
• Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …)
• Génomique structurale, fonctionnelle, comparative
• Protéomique haut-débit et Protéomique structurale
• Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques
• ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans la pathogénicité
• L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes
• Recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine

 

La plateforme BISTRO regroupe plusieurs plateformes/services bioinformatiques dans différents Instituts de recherche à Strasbourg :

 

Génétique Moléculaire, Génomique Microbiologie (GMGM)

L'étude des micro-organismes adaptés à des conditions environnementales extrêmes peuvent révéler des capacités microbiennes insoupçonnées. Leur compréhension, y compris les fonctions métaboliques et la formation de biofilm impliqués dans l'adaptation à des conditions particulières est un objectif majeur de la microbiologie environnementale. Nous étudions ces mécanismes d'adaptation microbienne dans les écosystèmes contaminés par des éléments toxiques à 3 niveaux : (i) l'isolement de nouvelles souches et la caractérisation de leurs propriétés métaboliques, (ii) l'étude de la réponse adaptative aux métaux toxiques dans des conditions de laboratoire, (iii) l'étude d'environnements contaminés pour comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes in situ.

 

Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)

L’équipe « évolution des ARN non-codants chez les levures » s'intéresse au rôle et à l'évolution des ARNnc dans les mécanismes biologiques. De tels ARN étaient connus depuis longtemps, mais on pensait alors qu’ils n’étaient que des "composants infrastructuraux" de la machinerie traductionnelle, des reliquats d’un monde ancestral "tout ARN" : les ARN ribosomiques, les ARN de transferts, les introns ainsi que les petits ARN nucléolaires. Au moyen d'approches bioinformatiques et expérimentales, nous nous intéressons particulièrement : (i) à l'étude des relations structure-fonction dans certaines familles d'ARNnc (ribosomes, riboswitches,...), (ii) à l'identification et à l'étude de nouveaux ARNnc impliqués dans les mécanismes de pathogénicité chez certaines espèces de levures.

 

Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)

L’activité de recherche est dédiée à l’étude des mécanismes fondamentaux de la vie des plantes dont les applications trouvent notamment leur place dans les domaines des biotechnologies ou de la recherche médicale. Les domaines étudiés sont très variés : (i) la biosynthèse de molécules bioactives (impliquées dans l’élaboration de matériaux, de cosmétiques, d’arômes ou de médicaments) et de leur régulation, (ii) virus végétaux, (iii) des grandes voies de régulation permettant le développement et la reproduction des plantes ainsi que l’adaptation à leur environnement, (iv) la biogenèse des organites, chloroplastes et mitochondries, indispensables à la production d’énergie des cellules et dont les dysfonctionnements peuvent engendrer des effets fortement délétères quant à la vie cellulaire. http://ibmp.u-strasbg.fr/

 

Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube)

L'équipe Complex systems and Translational Bioinformatics (CSTB) couvre un large spectre de recherches en informatique : la bioinformatique et génomique intégratives, la bioinformatique théorique, la fouille de données, l'ingénierie des connaissances et l'optimisation stochastique. Dans le domaine de la bioinformatique, nous nous focalisons essentiellement sur le domaine de la santé et plus particulièrement à l’étude des maladies génétiques rares et à la compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans ces maladies. Ces mécanismes ont souvent un intérêt potentiel pour la compréhension des processus biologiques altérés dans des maladies plus communes, telles que l’obésité, les diabètes ou les cancers.

 

Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC)

L'objectif de l'institut est de développer la recherche transdisciplinaire à l'interface de la biologie, la biochimie, la physique et la médecine. Nous explorons des thématiques très diverses, alliant recherche fondamentale et appliquée dans le domaine de la santé. Les travaux concernent des sujets très variés, allant de l'analyse structurale des protéines à la génétique humaine, en passant par les cellules souches, la biophysique ou l'épigénétique. Les résultats scientifiques ont déjà permis d'importantes avancées, notamment pour la compréhension de nombreuses pathologies humaines comme certains cancers ou maladies génétiques rares.

 

Institut clinique de la souris (ICS - IGBMC)

Le service informatique ICS possède une expertise informatique forte dans la mise en place de la chaine de traitement des données issues des souris génétiquement modifiés : développement d’outils de capture des données de phénotypage, des traitements statistiques appropriés, des procédures d’interfaçage avec des ressources externes. Il développe également l’analyse intégrative de ces données en les croisant avec les ressources publiques disponibles (MGI, EMMA…).

 

Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique (LSMBO) de l’IPHC se concentre sur le développement de méthodes analytiques pour la détermination structurale de macromolécules, principalement des protéines, sans aucune ambiguïté structurale, jusqu’au dernier atome. Des méthodes d’analyse protéomique à haut débit sont développées pour la quantification de protéomes complexes ou la découverte de biomarqueurs de pathologies. Nous développons également la MS supramoléculaire pour décrire des complexes non-covalents, des approches de protéomique structurale, de protéogénomique et de complexomique. L’équipe de bioinformatique du laboratoire développe les outils logiciels nécessaires à l’interprétation de l’ensemble des données générées, outils qui sont accessibles sur MSDA (Mass Spectrometry Data Analysis, https://msda.unistra.fr/)

 

Laboratoire de Génétique Médicale (LGM)

Le leitmotiv du LGM est d’avoir comme point de départ l’observation clinique de patients atteints de maladies rares d’origine génétique; d’identifier les causes génétique(s) de leur affection(s) et d’en étudier les mécanismes physiopathogéniques au niveau cellulaire et au niveau d’organismes modèles pour aboutir à des hypothèses thérapeutiques ouvrant la voie vers des projets de thérapies précliniques pour in fine retourner vers le patient. La motivation profonde, qui anime l’équipe constituée aussi bien de médecins que de scientifiques, est basée sur sa volonté de développer une recherche véritablement translationnelle. La recherche sur les maladies rares génétiques sont à l’origine de découverte de nouvelles voies biologiques et peuvent avoir un impact fort sur les maladies communes. Ce laboratoire a permis de développer de nouveaux axes de recherché très compétitifs dans le domaine de la génétique humaine et de la physiopathologie intégrée de divers processus pathologiques à l’origine de maladies génétiques et/ou communes. http://www.u1112.inserm.fr/

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Apprentissage automatique
  • Curation de collections de données
  • Génomique : Puces
  • Protéomique

Formation professionnelle

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Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Clinique de la souris

Description

Formation professionnelle CNRS : participation à une session générale de formation sur le modèle souris sous forme de 2 modules d’une heure : Les banques de données et outils actuels en phénotypage ; Aspects d’analyses statistiques de phénotypage.

Conditions d'accès
Non renseigné
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Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Workshop, introduction to JalView editor

Description

en collaboration avec le développer de Jalview

Conditions d'accès

Accès ouvert avec inscription

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Personnes formées :
15 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : packages and workflow deploiement.

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
8 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Infrastructure informatique distribuée de France Grilles: Grilles et Cloud

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
5 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Spectrométrie de masse, analyse protéomique et interprétation des données

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné

Formation universitaire

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Personnes formées :
65 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Analyse protéomique à haut débit, interprétation des données, ESBS / TPS, Strasbourg Illkirch

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
0 %
Régionaux
0 %
Locaux
0%
Description de la répartition :

La répartition exacte des utilisateurs des divers services proposés par les partenaires de la plate-forme est difficile a estimée à ce jour. Cependant, on peut distinguer trois catégories de services :

  • mis à disposition uniquement aux utilisateurs locaux, tels que la puissance de calcul des serveurs et les outils bioinformatiques associes, ainsi que l'hébergement de projets et l'accompagnement en terme de traitement de données ou de développement de logiciels.
  • mis à disposition uniquement à la communauté académique française. Il s’agit notamment de proposer une instance locale de Galaxy (GalaxEast), offrant un catalogue d’une centaine d’outils pour la manipulation de données de séquençage haut débit (ChIP-seq, RNA-seq et DNAseq). et de données de protéomiques et de spectroscopie.
  • mis à disposition uniquement à la communauté académique internationale.

La majorité des bases de données et logiciels sont disponibles gratuitement en ligne, via des sites webs répertoriés sur bioinfo-bistro.fr.

Projets propres de la plateforme

BioImage
- Participation in TerpFactory project (LabCom programme): data analysis on the BioImage computing server. Installation of tools and analysis protocols. Project with PAT private company, Nancy.

Collaborations
Projets d'ANR

BioImage
- Participation in French ANRs

Projets européens et internationaux

Clinique de la souris Le service a participé à de nombreux projets européens axés sur la génération et le phénotypage de modèles souris : EUMORPHIA (2002-2006), EUMODIC (2007-2012), EUCOMM (2006-2010), CASIMIR (2007-2010), EMMA (2009 /), IMPC (2011 /). Le service y a joué un rôle actif dans différents workpackages : conseil sur les architectures à mettre en place, analyses statistiques, export de données.

Projets avec des industriels

Clinique de la souris Le service collabore depuis 2003 aux échanges de données et aux spécifications de la banque de données de phénotypage interne de MERCK.

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

• Organisation de réunions bioinformaticiens de Strasbourg : 2 fois par an.
• Organisation de séminaires « bioinformatique » : 3 / an.
• Organisation d’un groupe de travail autour de GalaxEast (Galaxy), dont l’objectif est de partager les outils développés par les bioinformaticiens strasbourgeois avec la communauté scientifique
• Participation aux journées "Fédération microbiologie strasbourgeoise", 1/ an
• Participation à l’organisation de la conférence ECCB 2014 à Strasbourg

Publications internes

Thompson, JD. Statistics for Bioinformatics: Methods for Multiple Sequence Alignment. ISTE Press 2016

Publications externes
Cébron A, Arsène-Ploetze F, Bauda P, Bertin PN, Billard P, Carapito C, Devin S, Goulhen-Chollet F, Poirel J, Leyval C. Rapid impact of phenanthrene and arsenic on bacterial community structure and activities in sand batches. Microb Ecol. 2014 67:129-44.

Erbs E, Faget L, Scherrer G, Matifas A, Filliol D, Vonesch JL, Koch M, Kessler P, Hentsch D, Birling MC, Koutsourakis M, Vasseur L, Veinante P, Kieffer BL, Massotte D. A mu-delta opioid receptor brain atlas reveals neuronal co-occurrence in subcortical networks. Brain Struct Funct. 2014 Mar 13.

Fève M, Saliou JM, Zeniou M, Lennon S, Carapito C, Dong J, Van Dorsselaer A, Junier MP, Chneiweiss H, Cianférani S, Haiech J, Kilhoffer MC. Comparative Expression Study of the Endo-G Protein Coupled Receptor (GPCR) Repertoire in Human Glioblastoma Cancer Stem-like Cells, U87-MG Cells and Non Malignant Cells of Neural Origin Unveils New Potential Therapeutic Targets. PLoS One. 2014 9:e91519

Juste C, Kreil DP, Beauvallet C, Guillot A, Vaca S, Carapito C, Mondot S, Sykacek P, Sokol H, Blon F, Lepercq P, Levenez F, Valot B, Carré W, Loux V, Pons N, David O, Schaeffer B, Lepage P, Martin P, Monnet V, Seksik P, Beaugerie L, Ehrlich SD, Gibrat JF, Van Dorsselaer A, Doré J. Bacterial protein signals are associated with Crohn's disease. Gut. 2014

Rejón JD, Delalande F, Schaeffer-Reiss C, Carapito C, Zienkiewicz K, de Dios Alché J, Isabel Rodríguez-García M, Van Dorsselaer A, Castro AJ. The plant stigma exudate: A biochemically active extracellular environment for pollen germination? Plant Signal Behav. 2014;9. pii: e28274.

Scheidecker S, Etard C, Pierce NW, Geoffroy V, Schaefer E, Muller J, Chennen K, Flori E, Pelletier V, Poch O, Marion V, Stoetzel C, Strähle U, Nachury MV, Dollfus H. Exome sequencing of Bardet-Biedl syndrome patient identifies a null mutation in the BBSome subunit BBIP1 (BBS18). J Med Genet. 2014 51(2):132-6.

Schwenzer H, Scheper GC, Zorn N, Moulinier L, Gaudry A, Leize E, Martin F, Florentz C, Poch O, Sissler M. Released selective pressure on a structural domain gives new insights on the functional relaxation of mitochondrial aspartyl-tRNA synthetase. Biochimie. 2014 100:18-26

Bruneaux M, Mary J, Verheye M, Lecompte O, Poch O, Jollivet D, Tanguy A. Detection and characterisation of mutations responsible for allele-specific protein thermostabilities at the Mn-superoxide dismutase gene in the deep-sea hydrothermal vent polychaete Alvinella pompejana. J Mol Evol. 2013 76:295-310

Levasseur A, Paganini J, Dainat J, Thompson JD, Poch O, Pontarotti P, Gouret P. . The chordate proteome history database. Evol Bioinform Online. 2012 437-47

Hashem Y, des Georges A, Fu J, Buss SN, Jossinet F, Jobe A, Zhang Q, Liao HY, Grassucci RA, Bajaj C, Westhof E, Madison-Antenucci S, Frank J. High-resolution cryo-electron microscopy structure of the Trypanosoma brucei ribosome. Nature. 2013 494:385-9

Mendoza-Parra MA, Van Gool W, Mohamed Saleem MA, Ceschin DG, Gronemeyer H. A quality control system for profiles obtained by ChIP sequencing Nucleic Acids Res. 2013; 41: e196

Miguet L, Lennon S, Baseggio L, Traverse-Glehen A, Berger F, Perrusson N, Chenard MP, Galoisy AC, Eischen A, Mayeur-Rousse C, Maar A, Fornecker L, Herbrecht R, Felman P, Van Dorsselaer A, Carapito C, Cianférani S, Mauvieux L. Cell-surface expression of the TLR homolog CD180 in circulating cells from splenic and nodal marginal zone lymphomas. Leukemia. 2013 27:1748-50

Plumel MI, Wasselin T, Plot V, Strub JM, Van Dorsselaer A, Carapito C, Georges JY, Bertile F. Mass spectrometry-based sequencing and SRM-based quantitation of two novel vitellogenin isoforms in the leatherback sea turtle (Dermochelys coriacea). J Proteome Res. 2013 12:4122-35

Rejón JD, Delalande F, Schaeffer-Reiss C, Carapito C, Zienkiewicz K, de Dios Alché J, Rodríguez-García MI, Van Dorsselaer A, Castro AJ. Proteomics profiling reveals novel proteins and functions of the plant stigma exudate. J Exp Bot. 2013 64:5695-705.

Ayadi A, Birling MC, Bottomley J, Bussell J, Fuchs H, Fray M, Gailus-Durner V, Greenaway S, Houghton R, Karp N, Leblanc S, Lengger C, Maier H, Mallon AM, Marschall S, Melvin D, Morgan H, Pavlovic G, Ryder E, Skarnes WC, Selloum M, Ramirez-Solis R, Sorg T, Teboul L, Vasseur L, Walling A, Weaver T, Wells S, White JK, Bradley A, Adams DJ, Steel KP, Hrabě de Angelis M, Brown SD, Herault Y. Mouse large-scale phenotyping initiatives: overview of the European Mouse Disease Clinic (EUMODIC) and of the Wellcome Trust Sanger Institute Mouse Genetics Project. Mamm Genome. 2012 23(9-10):600-10.

Carapito C, Aebersold R. Targeted proteomics. Proteomics. 2012 12:1073

Chen CJ, Servant N, Toedling J, Sarazin A, Marchais A, Duvernois-Berthet E, Cognat V, Colot V, Voinnet O, Heard E, Ciaudo C, Barillot E. ncPRO-seq: a tool for annotation and profiling of ncRNAs in sRNA-seq data. Bioinformatics. 2012 28:3147-9.

De Craene JO, Ripp R, Lecompte O, Thompson JD, Poch O, Friant S. Evolutionary analysis of the ENTH/ANTH/VHS protein superfamily reveals a coevolution between membrane trafficking and metabolism. BMC Genomics. 2012 13:297.

Halter D, Goulhen-Chollet F, Gallien S, Casiot C, Hamelin J, Gilard F, Heintz D, Schaeffer C, Carapito C, Van Dorsselaer A, Tcherkez G, Arsène-Ploetze F, Bertin PN. In situ proteo-metabolomics reveals metabolite secretion by the acid mine drainage bio-indicator, Euglena mutabilis. ISME J. 2012 6:1391-402

Hüttenhain R, Soste M, Selevsek N, Röst H, Sethi A, Carapito C, Farrah T, Deutsch EW, Kusebauch U, Moritz RL, Niméus-Malmström E, Rinner O, Aebersold R. Reproducible quantification of cancer-associated proteins in body fluids using targeted proteomics. Sci Transl Med. 2012 4:142ra94.

Huck O, Al-Hashemi J, Poidevin L, Poch O, Davideau J-L , Tenenbaum H, Amar S. Identification and Characterization of miRNA differentially expressed in macrophages exposed to Porphyromonas gingivalis infection. Infection and Immunity (in press)


Schartner V, Romero NB, Donkervoort S, Treves S, Munot P, Pierson TM, Dabaj I, Malfatti E, Zaharieva I, Zorzato F, Neto OA, Brochier G, Lornage X, Eymard B, Taratuto AL, Böhm J, Gonorazky H, Ramos-Platt L, Feng L, Phadke R, Bharucha-Goebel D, Sumner CJ, Bui MT, Lacene E, Beuvin M, Labasse C, Dondaine N, Schneider R, Thompson J, Boland A, Deleuze JF, Matthews E, Pakleza AN, Sewry CA, Biancalana V, Quijano-Roy S, Muntoni F, Fardeau M, Bönnemann CG, Laporte J. Dihydropyridine receptor (DHPR) congenital myopathy. Acta Neuropathologica, Springer Verlag (Germany) (in press)


Kole K, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack D, Sahel J, Poch O, Léveillard T. Identification of an alternative splicing product of the Otx2 gene expressed in the neural retina and retinal pigmented epithelial cells, PLoS ONE 2016 11: e0150758


Krupina K, Kleiss C, Metzger T, Fournane S, Schmucker S, Hofmann K, Fischer B, Paul N, Porter I, Raffelsberger W, Poch O, Swedlow J, Brino L, Sumara I. Ubiquitin Receptor Protein UBASH3B Drives Aurora B Recruitment to Mitotic Microtubules, Developmental Cell 2016, 36:63-78

Publications avec le laboratoire d'hébergement
Linard B, Allot A, Schneider R, Morel C, Ripp R, Bigler M, Thompson JD, Poch O, Lecompte O. OrthoInspector 2.0: Software and database updates. Bioinformatics. 2015 31(3):447-8.

Benard E, Lèbre S, Michel CJ, GETEC: Genome Evolution by Transformation, Expansion and Contraction. 2014 (submitted).

Bermejo-Das-Neves C, Nguyen HN, Poch O, Thompson JD. A comprehensive study of small non-frameshift insertions/deletions in proteins and prediction of their phenotypic effects by a machine learning method (KD4i). BMC Bioinformatics. 2014 15:111

Carapito C, Burel A, Guterl P, Walter A, Varrier F, Bertile F, Van Dorsselaer A. MSDA, a proteomics software suite for in-depth Mass Spectrometry Data Analysis using grid computing. Proteomics. 2014 14:1014-9

Bedez F, Linard B, Brochet X, Ripp R, Thompson JD, Moras D, Lecompte O, Poch O. Functional insights into the core-TFIIH from a comparative survey. Genomics. 2013 101:178-86

Bleykasten-Grosshans C, Friedrich A, Schacherer J. Genome-wide analysis of intraspecific transposon diversity in yeast. BMC Genomics. 2013 14:399

Cognat V, Pawlak G, Duchêne AM, Daujat M, Gigant A, Salinas T, Michaud M, Gutmann B, Giegé P, Gobert A, Maréchal-Drouard L. PlantRNA, a database for tRNAs of photosynthetic eukaryotes. Nucleic Acids Res. 2013 41:D273-9

Lehmann J, Jossinet F, Gautheret D. A universal RNA structural motif docking the elbow of tRNA in the ribosome, RNAse P and T-box leaders. Nucleic Acids Res. 2013 41:5494-502

Mendoza-Parra MA, Van Gool W, Ceschin DG, Gronemeyer H. A quality control system for profiles obtained by massive parallel sequencing; Nucleic Acid Research 2013 41(21):e196. (patented)

Mendoza-Parra MA, Nowicka M, Van Gool W, Gronemeyer H. Characterising ChIP-seq binding patterns by model-based peak shape deconvolution; BMC Genomics 2013 26; 14: 834

Nguyen H, Luu TD, Poch O, Thompson JD. Knowledge discovery in variant databases using inductive logic programming Bioinform Biol Insights. 2013 7:119-31

Bertaccini D, Vaca S, Carapito C, Arsène-Ploetze F, Van Dorsselaer A, Schaeffer-Reiss C. An improved stable isotope N-terminal labeling approach with light/heavy TMPP to automate proteogenomics data validation: dN-TOP. J Proteome Res. 2013 12:3063-70.

De Luis A, Markmann K, Cognat V, Holt DB, Charpentier M, Parniske M, Stougaard J, Voinnet O. Two microRNAs linked to nodule infection and nitrogen-fixing ability in the legume Lotus japonicus. Plant Physiol. 2012 160:2137-54

Friedrich A, Jung PP, Hou J, Neuvéglise C, Schacherer J. Comparative mitochondrial genomics within and among yeast species of the Lachancea genus. PLoS One. 2012 7:e47834

Linard B, Nguyen NH, Prosdocimi F, Poch O, Thompson JD. EvoluCode: Evolutionary Barcodes as a Unifying Framework for Multilevel Evolutionary Data. Evol Bioinform Online. 2012 8:61-77

Jung PP, Friedrich A, Reisser C, Hou J, Schacherer J. Mitochondrial genome evolution in a single protoploid yeast species. G3 (Bethesda). 2012 Sep;2(9):1103-11.

Jung PP, Friedrich A, Reisser C, Hou J, Schacherer J. Mitochondrial genome evolution in a single protoploid yeast species. G3 (Bethesda). 2012 Sep;2(9):1103-11.

Luu TD, Rusu AM, Walter V, Ripp R, Moulinier L, Muller J, Toursel T, Thompson JD, Poch O, Nguyen H. MSV3d: database of human MisSense Variants mapped to 3D protein structure. Database (Oxford). 2012 bas018

Prosdocimi F, Linard B, Pontarotti P, Poch O, Thompson JD. Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control. BMC Genomics. 2012 13:5

E. Benard, S. Lèbre, C. J. Michel, Genome Evolution by Transformation, Expansion and Contraction (GETEC) Biosystems, 2015
Geoffroy V, Pizot C, Redin C, Piton A, Vasli N, Stoetzel C, Blavier A, Laporte J, Muller J. VaRank: a simple and powerful tool for ranking genetic variants. PeerJ. 2015
 


Khenoussi W, Vanhoutrève R, Poch O, Thompson JD. SIBIS: a Bayesian model for inconsistent protein sequence estimation. Bioinformatics. 2014


Allot A, Anno YN, Poidevin L, Ripp R, Poch O, Lecompte O. PARSEC: PAtteRn SEarch and Contextualization. Bioinformatics. 2013 29:2643-4.


Romand R, Ripp R, Poidevin L, Boeglin M, Geffers L, Dollé P, Poch O. Integrated annotation and analysis of in situ hybridization images using the ImAnno system: application to the ear and sensory organs of the fetal mouse. PLoS One. 10:e0118024.


Arsène-Ploetze, F., Bertin, P.N., and Carapito, C. Proteomic tools to decipher microbial community structure and functioning., Environ Sci Pollut Res Int. 2015 22(18), 13599-612.


Vaca Jacome, A.-S., Rabilloud, T., Schaeffer-Reiss, C., Rompais, M., Ayoub, D., Lane, L., Bairoch, A., Van Dorsselaer, A., and Carapito, C. N-terminome analysis of the human mitochondrial proteome., Proteomics. 2015 15(14), 2519-2524.


Ethuin, P., Marlard, S., Delosiere, M., Carapito, C., Delalande, F., Van Dorsselaer, A., Dehaut, A., Lencel, V., Duflos, G., and Grard, T. Differentiation between fresh and frozen–thawed sea bass (Dicentrarchus labrax) fillets using two-dimensional gel electrophoresis, Food Chemistry 2015 176:294-301.


Schnell, G., Boeuf, A., Westermann, B., Jaulhac, B., Lipsker, D., Carapito, C., Boulanger, N., and Ehret-Sabatier, L. Discovery and targeted proteomics on cutaneous biopsies infected by borrelia to investigate lyme disease., Mol Cell Proteomics 2015 14(5), 1254-64.


Wasselin, T., Zahn, S., Le Maho, Y., Van Dorsselaer, A., Raclot, T., and Bertile, F. Exacerbated oxidative stress in the fasting liver according to fuel partitioning, Proteomics 2014 14(16), 1905-1921.


Plumel, M.I., Stier, A., Thiersé, D., Van Dorsselaer, A., Criscuolo, F., and Bertile, F. Litter size manipulation in laboratory mice: an example of how proteomic analysis can uncover new mechanisms underlying the cost of reproduction, Frontiers in Zoology 2014 11(41).


Stoetzel, C., S. Bar, J.O. De Craene, S. Scheidecker, C. Etard, J. Chicher, J.R. Reck, I. Perrault, V. Geoffroy, K. Chennen, U. Strahle, P. Hammann, S. Friant, and H. Dollfus, A mutation in VPS15 (PIK3R4) causes a ciliopathy and affects IFT20 release from the cis-Golgi. Nat Commun, 2016. 7: p. 13586.


Prasad, M.K., V. Geoffroy, S. Vicaire, B. Jost, M. Dumas, S. Le Gras, M. Switala, B. Gasse, V. Laugel-Haushalter, M. Paschaki, B. Leheup, D. Droz, A. Dalstein, A. Loing, B. Grollemund, M. Muller-Bolla, S. Lopez-Cazaux, M. Minoux, S. Jung, F. Obry, V. Vogt, J.L. Davideau, T. Davit-Beal, A.S. Kaiser, U. Moog, B. Richard, J.J. Morrier, J.P. Duprez, S. Odent, I. Bailleul-Forestier, M.M. Rousset, L. Merametdijan, A. Toutain, C. Joseph, F. Giuliano, J.C. Dahlet, A. Courval, M. El Alloussi, S. Laouina, S. Soskin, N. Guffon, A. Dieux, B. Doray, S. Feierabend, E. Ginglinger, B. Fournier, M. de la Dure Molla, Y. Alembik, C. Tardieu, F. Clauss, A. Berdal, C. Stoetzel, M.C. Maniere, H. Dollfus, and A. Bloch-Zupan, A targeted next-generation sequencing assay for the molecular diagnosis of genetic disorders with orodental involvement. J Med Genet, 2016. 53(2): p. 98-110.


Scheidecker, S., C. Etard, L. Haren, C. Stoetzel, S. Hull, G. Arno, V. Plagnol, S. Drunat, S. Passemard, A. Toutain, C. Obringer, M. Koob, V. Geoffroy, V. Marion, U. Strahle, P. Ostergaard, A. Verloes, A. Merdes, A.T. Moore, and H. Dollfus, Mutations in TUBGCP4 alter microtubule organization via the gamma-tubulin ring complex in autosomal-recessive microcephaly with chorioretinopathy. Am J Hum Genet, 2015. 96(4): p. 666-74.


Vanhoutreve R, Kress A, Legrand B, Gass H, Poch O, Thompson JD. LEON-BIS: multiple alignment evaluation of sequence neighbours using a Bayesian inference system. BMC Bioinformatics. 2016;17:271.


Aouled El Haj S, Elloumi M, Thompson JD. Discovery of motifs in biological sequences, in Pattern Recognition, S. Ramakrishnan (Eds.), Ramakrishnan, 2016

Développement

A patent application has been filed (EP123406478.4) describing the use of the NGS-QC system and the software has been registered at the APP (Paris). In addition, the NGS-QC generator system is currently supported by SATT-Conectus Alsace in the framework of a maturation process that aims to transform this concept into a start-up specialized in the certification of antibodies dedicated to NGS applications.

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