BiRD

Adresse postale
IRS UN, 8 Quai Moncousu 44000 Nantes
Structure(s) :
INSERM
Unité :
UMR INSERM 1087
Pôle regional :
IFB Grand Ouest
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • ISO 9001
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
150.00 To
Ferme de calcul
320 cores
Collection de données
8
Heure de CPU
79 863 H / an
Outils bioinformatiques
23
Nombre d'utilisateurs
92
Description des serveurs
  • cluster de calcul ouvert à la communauté (hébergé dans le datacenter de l'université de Nantes) :
    • 5 lames pour un total de 320 coeurs et 1.3 To de RAM
    • une baie de stockage de 150To utiles (RAID 5) associée 
  • cluster de calcul dédié à l'analyse des projets NGS et au développement des pipelines :
    • 8 lames pour un total de 512 coeurs et 2.1 To de RAM.
    • une baie de stockage de 80To utiles (RAID 5) associée
    • Stockage haute performance : système de fichiers parallèle (BeeGFS)
  • Deux serveurs Galaxy (production et développement) :

http://galaxy-bird.univ-nantes.fr (necessite la création d'un compte sur le cluster)

  • Trois autres serveurs (web, fichiers et développement)

Condition d'accès

Pour toute demandes de comptes (cluster ou Galaxy) contacter pf-bird@univ-nantes.fr

La charte d'utilisation est disponible à cette adresse : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy-LD

Description

Galaxy-LD is a tool dedicated to the generation of provenance graphs (RDF, PROV-O ontology) based on Galaxy user histories. The tool is currently available through a command line interface. A web-based user interface is under active development.

Conditions d'accès
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

SHARP-prov-toolbox

Description

SHARP-prov-toolbox is a tool aimed at harmonizing heterogeneous provenance graphs based on reasoning (PROV inferences). PROV Constraints inferences rules have been implemented through the JENA forward chaining inference engine.

Conditions d'accès
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
26 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy@BiRD

Description

Le portail Galaxy de BiRD propose des outils pour l'analyse de données de :

  • séquençage NGS : analyse de variants et transcriptomique
  • puces à ADN
  • puces à protéines

 

 

Conditions d'accès

L'accès à Galaxy nécessite la création d'un compte sur le cluster : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/07074276/0/fiche___pagelibre/&RH=14425...

 

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
  • Informatique
Description des expertises
La plate-forme BiRD a d'abord construit son expertise dans le domaine de l'analyse de données de transcriptome issues des puces à ADN. Depuis 2012, elle complète son expertise avec le développement et la mise à disposition de méthodes et de solutions adaptées pour l'analyse et l'exploitation de données issues des séquenceurs Haut Débit (NGS).

Plusieurs applications sont prises en charge par la plate-forme comme l’analyse du transcriptome (RNASeq) ou des données de séquençage d’ADN (génome entier, exome, séquençage ciblé). Le développement des pipelines d’analyse NGS est basé sur l'outil "make" utilisé dans un environnement de gestion de tâches distribuées (SGE), permettant la parallélisation des calculs.

Ce développement permet à la plateforme BiRD, en lien étroit avec la Plateforme Génomique de Nantes (Biogenouest Génomique), d’être prestataire de service pour la Fondation Maladies Rares sur des projets de génétique humaine basés sur le séquençage d’exomes complets. Sept projets ont été pris en charge depuis mi-2013, soient 86 exomes analysés.

La plate-forme s'appuie d'une part, sur des équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l’unité INSERM U1087, à laquelle elle est adossée. L’un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en œuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies.

D’autre part, les travaux de recherche et développements de la plateforme BiRD sont menés en collaboration avec l’équipe ComBi du LINA (Laboratoire d’Informatique de Nantes Atlantique) dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes.

Ensemble, les généticiens de l'institut du thorax et les informaticiens du LINA, définissent les orientations stratégiques et scientifiques de BiRD, et coordonnent les ressources humaines et matérielles.

Enfin, la plateforme collabore régulièrement avec les utilisateurs pour le développement de méthodes d’analyse NGS dédiées. Par exemple, la plateforme a contribué au développement d’outils de détection de site d’intégration virale dans les génomes de cellules musculaires, dans le cadre de projets de thérapie génique (cf. Cogné et al, Nat Med. 2014 Jun;20(6):577-8).
Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Intégration de données hétérogènes
  • Représentation des connaissances
  • Ontologies
  • Web sémantique
  • Biologie des systèmes
  • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
  • Génie métabolique
  • Analyse et modélisation multi-échelle
  • Modélisation des réseaux métaboliques
  • Modélisation des réseaux de régulation
  • Modélisation des systèmes
  • Systèmes dynamiques
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Inférence et analyse des réseaux biologiques
  • Statistique génétique
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Cloud
  • Ecologie
  • Biodiversité
  • Ecologie microbienne
  • Modélisation en écologie
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • Génotypage
  • CGH
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

initiation to the R language

Description

OBJECTIFS :
* Acquérir les bases d’utilisation du langage R
* Expérimenter les principales fonctionnalités de R
* Etre autonome dans la manipulation de données
* Réaliser des analyses statistiques simples, construire des graphiques
* Apprendre à créer des fonctions

Conditions d'accès

Cette formation est accessible par la formation continue de l'INSERM.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Gene expression data analysis with Galaxy (microarray)

Description
Objectifs :
* d'approfondir de manière théorique les concepts et méthodes liés à l’analyse du transcriptome
par puces à ADN
* savoir analyser des données de transcriptome (puces à ADN) sous l’environnement Galaxy
* s’initier à l’interprétation biologique des résultats obtenus

Les parties théoriques permettront d’introduire les notions mises en pratique sous forme de TP,
à partir de jeux de données publiques Affymetrix et Agilent.

Théorie : 30% / Pratique : 70%
Un poste de travail par stagiaire.
Les participants qui le désirent pourront, le dernier jour, analyser leur propre jeu de données.

Conditions d'accès

Cette formation est accessible par la formation continue de l'INSERM.

Répartition des utilisateurs
Internationaux
3 %
Nationaux
17 %
Régionaux
27 %
Locaux
53%
Description de la répartition :

La plate-forme BiRD fait partie du réseau des plates-formes de Biogenouest (régions Bretagne et Pays de Loire). De ce fait, elle entretient un rapport privilégié avec les laboratoires membres de Biogenouest mais est ouverte plus largement à toute autre structure académique ou privée.

Projets propres de la plateforme

Développement de pipelines d'analyse de données génomiques.

Collaborations
Projets d'ANR
- Projet INCa : «Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie»

- ANR CavsGen (Blanc - SVSE 6) : Variation génétique, transcriptome et épigénome du rétrécissement aortique calcifié

Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
- P’tits dej de la bioinfo : rendez-vous qui réunissent des acteurs de la bioinformatique de la région nantaise pour discuter autour d’un thème d’actualité bioinformatique, dans un cadre informel et amical, autour d’un croissant et un café.
- Journée animation des plateformes de l’axe Bioinformatique Biogenouest. Dernière édition en Décembre 2015  sur le thème : "les nouvelles technologies de séquençage et leurs applications en Santé et en Environnement"

 

Publications internes

Alban Gaignard, Hala Skaf-Molli , Audrey Bihouée
From scientific workflow patterns to 5-star linked open data
TaPP'16 Proceedings of the 8th USENIX Conference on Theory and Practice of Provenance

Publications externes
Picarda E, Bézie S, Boucault L, Autrusseau E, Kilens S, Meistermann D, Martinet B, Daguin V, Donnart A, Charpentier E, David L, Anegon I, Guillonneau C.
Transient antibody targeting of CD45RC induces transplant tolerance and potent antigen-specific regulatory T cells
JCI Insight. 2017 Feb 9;2(3):e90088. doi: 10.1172/jci.insight.90088.
 

Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil , Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet.
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
Future Generation Computer Systems · January 2017


Isidor B, Küry S, Rosenfeld JA, Besnard T, Schmitt S, Joss S, Davies SJ, Lebel RR, Henderson A, Schaaf CP, Streff HE, Yang Y, Jain V, Chida N, Latypova X, Caignec CL, Cogné B, Mercier S, Vincent M, Colin E, Bonneau D, Denommé AS, Parent P, Gilbert-Dussardier B, Odent S, Toutain A, Piton A, Dina C, Donnart A, Lindenbaum P, Charpentier E, Redon R, Iemura K, Ikeda M, Tanaka K, Bézieau S.
De Novo Truncating Mutations in the kinetochore-microtubules attachment gene CHAMP1 Cause Syndromic Intellectual Disability
Hum Mutat. 2016 Jan 11. doi: 10.1002/humu.22952

Lecomte E, Tournaire B, Cogné B, Dupont JB, Lindenbaum P, Martin-Fontaine M, Broucque F, Robin C, Hebben M, Merten OW, Blouin V, François A, Redon R, Moullier P, Léger A.
Advanced Characterization of DNA Molecules in rAAV Vector Preparations by Single-stranded Virus Next-generation Sequencing.
Mol Ther Nucleic Acids. 2015 Oct 27


Shy D, Gillet L, Ogrodnik J, Albesa M, Verkerk AO, Wolswinkel R, Rougier JS, Barc J, Essers MC, Syam N, Marsman RF, van Mil AM, Rotman S, Redon R, Bezzina CR, Remme CA, Abriel H.
PDZ domain-binding motif regulates cardiomyocyte compartment-specific NaV1.5 channel expression and function.
Circulation. 2014 Jul 8;130(2):147-60


Cogné B, Snyder R, Lindenbaum P, Dupont JB, Redon R, Moullier P, Leger A.
Artefactual integration sites of AAV vectors generated by NGS library preparation.
Nat Med. 2014 Jun;20(6):577-8


Mercier S, Küry S, Shaboodien G, Houniet DT, Khumalo NP, Bou-Hanna C, Bodak N, Cormier-Daire V, David A, Faivre L, Figarella-Branger D, Gherardi RK, Glen E, Hamel A, Laboisse C, Le Caignec C, Lindenbaum P, Magot A, Munnich A, Mussini JM, Pillay K, Rahman T, Redon R, Salort-Campana E, Santibanez-Koref M, Thauvin C, Barbarot S, Keavney B, Bézieau S, Mayosi BM.
Mutations in FAM111B Cause Hereditary Fibrosing Poikiloderma with Tendon Contracture, Myopathy, and Pulmonary Fibrosis.
Am J Hum Genet. 2013 Dec 5;93(6):1100-7. doi:10.1016/j.ajhg.2013.10.013. Epub 2013 Nov 21.


Colman H, Le Berre-Scoul C, Hernandez C, Pierredon S, Bihouée A, Houlgatte R, Vagner S, Rosenberg AR, Féray C.
Genome-wide analysis of host mRNA translation during hepatitis C virus infection.
J Virol. 2013 Apr 3.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Sanchez-Castro M, Eldjouzi H, Charpentier E, Busson PF, Hauet Q, Lindenbaum P, Delasalle-Guyomarch B, Baudry A, Pichon O, Pascal C, Lefort B, Bajolle F, Pezard P, Schott JJ, Dina C, Redon R, Gournay V, Bonnet D, Le Caignec C.
Search for Rare Copy-Number Variants in Congenital Heart Defects Identifies Novel Candidate Genes and a Potential Role for FOXC1 in Patients With Coarctation of the Aorta.
Circ Cardiovasc Genet. 2016 Feb;9(1):86-94. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.115.001213. Epub 2015 Dec 7.

Rimbert A, Pichelin M, Lecointe S, Marrec M, Le Scouarnec S, Barrak E, Croyal M, Krempf M, Le Marec H, Redon R, Schott JJ, Magré J, Cariou B.
Identification of novel APOB mutations by targeted next-generation sequencing for the molecular diagnosis of familial hypobetalipoproteinemia.
Atherosclerosis, 2016


Daumy X, Amarouch MY, Lindenbaum P, Bonnaud S, Charpentier E, Bianchi B, Nafzger S, Baron E, Fouchard S, Thollet A, Kyndt F, Barc J, Le Scouarnec S, Makita N, Le Marec H, Dina C, Gourraud JB, Probst V, Abriel H, Redon R, Schott JJ
Targeted resequencing identifies TRPM4 as a major gene predisposing to progressive familial heart block type I.
International Journal of Cardiology (2016), doi:10.1016/j.ijcard.2016.01.052


Le Scouarnec S, Karakachoff M, Gourraud JB, Lindenbaum P, Bonnaud S, Portero V, Duboscq-Bidot L, Daumy X, Simonet F, Teusan R, Baron E, Violleau J, Persyn E, Bellanger L, Barc J, Chatel S, Martins R, Mabo P, Sacher F, Haïssaguerre M, Kyndt F, Schmitt S, Bézieau S, Le Marec H, Dina C, Schott JJ, Probst V, Redon R.
Testing the burden of rare variation in arrhythmia-susceptibility genes provides new insights into molecular diagnosis for Brugada syndrome.
Hum Mol Genet. 2015 May 15;24(10):2757-63. doi: 10.1093/hmg/ddv036. Epub 2015 Feb 3.


Karakachoff M, Duforet-Frebourg N, Simonet F, Le Scouarnec S, Pellen N, Lecointe S, Charpentier E, Gros F, Cauchi S, Froguel P, Copin N; D.E.S.I.R. Study Group, Le Tourneau T, Probst V, Le Marec H, Molinaro S, Balkau B, Redon R, Schott JJ, Blum MG, Dina C; D E S I R Study Group.
Fine-scale human genetic structure in Western France.
Eur J Hum Genet. 2015 Jun;23(6):831-6. doi: 10.1038/ejhg.2014.175. Epub 2014 Sep 3.


Béziau DM, Barc J, O'Hara T, Le Gloan L, Amarouch MY, Solnon A, Pavin D, Lecointe S, Bouillet P, Gourraud JB, Guicheney P, Denjoy I, Redon R, Mabo P, le Marec H, Loussouarn G, Kyndt F, Schott JJ, Probst V, Baró I.
Complex Brugada syndrome inheritance in a family harbouring compound SCN5A and CACNA1C mutations.
Basic Res Cardiol. 2014 Nov;109(6):446.


Lindenbaum P. and Redon R.
mod_bio: Apache modules for Next-Generation sequencing data
Bioinformatics. 2014 Sept 4. doi: 10.1093/bioinformatics/btu547

Bezzina CR, Barc J, Mizusawa Y, Remme CA, Gourraud JB, Simonet F, Verkerk AO, Schwartz PJ, Crotti L, Dagradi F, Guicheney P, Fressart V, Leenhardt A, Antzelevitch C, Bartkowiak S, Schulze-Bahr E, Zumhagen S, Behr ER, Bastiaenen R, Tfelt-Hansen J, Olesen MS, Kääb S, Beckmann BM, Weeke P, Watanabe H, Endo N, Minamino T, Horie M, Ohno S, Hasegawa K, Makita N, Nogami A, Shimizu W, Aiba T, Froguel P, Balkau B, Lantieri O, Torchio M, Wiese C, Weber D, Wolswinkel R, Coronel R, Boukens BJ, Bézieau S, Charpentier E, Chatel S, Despres A, Gros F, Kyndt F, Lecointe S, Lindenbaum P, Portero V, Violleau J, Gessler M, Tan HL, Roden DM, Christoffels VM, Le Marec H, Wilde AA, Probst V, Schott JJ, Dina C, Redon R.
Common variants at SCN5A-SCN10A and HEY2 are associated with Brugada syndrome, a rare disease with high risk of sudden cardiac death.
Nat Genet. 2013 Aug 28;45(9):1044-9. doi: 10.1038/ng.2712.
Remerciements

Riou R, Bressollette-Bodin C, Boutoille D, Gagne K, Rodallec A, Lefebvre M, Raffi F, Senitzer D, Imbert-Marcille BM, Retière C
Severe symptomatic primary HCMV infection despite effective innate and adaptive immune responses.
J Virol. 2016 Dec 28. pii: JVI.02245-16. doi: 10.1128/JVI.02245-16.

 

Leroy, T., Roux, C., Villate, L., Bodénès, C., Romiguier, J., Paiva, J. A., Kremer, A. .
Extensive recent secondary contacts between four European white oak species.
New Phytologist (2017).
 
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