PRABI-Doua

Adresse postale
43 boulevard du 11 Novembre 1918
Université Claude Bernard – Lyon 1 69622 Villeurbanne
Structure(s) :
CNRS
Unité :
LBBE, UMR 5558
Pôle regional :
Prabi, Rhône-Alpes
Website
PRABI-Doua
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Responsable opérationnel
Non renseigné
Certificat(s)
Non renseigné
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
515.00 To
Ferme de calcul
1 032 cores
Collection de données
10
Heure de CPU
3 850 000 H / an
Outils bioinformatiques
120
Nombre d'utilisateurs
150
Description des serveurs

L’infrastructure informatique de la composante PRABI-Doua est commune avec celle de la composante PRABI-AMSB et elle comprend:

  • Un serveur NFS.
  • Un serveur postgreSQL,
  • Trois serveurs Web (service général, ProDom et BiBI).
  • Un serveur de soumission de tâches sur le cluster.

Cette i'infrastructure comprend également un cluster de calcul hébergé dans une salle machine séparée. Les caractéristiques de ce cluster sont les suivantes :

  • 26 nœuds de calcul (dont deux avec 1 To de RAM).
  • 96 processeurs
  • 1032 cœurs/threads.
  • 7 To RAM totale.
  • 215 To utile de stockage haute performance (4 tiroirs Panasas PAS11).
  • 300 To utiles de de stockage «froid» (baie Dell MD3060e + 1 PowerEdge R730.

Les services proposés comprennent l'accès aux banques de données de séquences «généralistes» (GenBank, EMBL, Ensembl, RefSeq, UniProt), à des banques de données spécialisées développées localement (ProDom, HOGENOM) ainsi qu'a un très large panel de programmes utilisés en bioinformatique.


Condition d'accès

Collaboration scientifique avec le PRABI-Doua ou le PRABI-AMSB. Dans ce cas l'accès aux cluster de calcul et aux moyens de stockage est gratuit.

Visites annuelles :
160 000 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
800
Dernière mise à jour :
01-12-2015

ProDom

Description

Base de données de domaines protéiques construite à partir des séquences d'UniProt

Conditions d'accès

Accès libre en ligne

Visites annuelles :
11 869 888 an
Visites uniques :
22 180 an
Citations :
231
Dernière mise à jour :
25-03-2013

HOGENOM

Description

Banque de données de familles de gènes homologues

Conditions d'accès

Accès libre en ligne.

Visites annuelles :
109 556 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
148
Dernière mise à jour :
04-03-2015

PRIAM

Description

Enzyme-specific profiles for metabolic metabolic pathway prediction.

Conditions d'accès

Accès en ligne gratuit.

Visites annuelles :
154 145 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
94
Téléchargements :
Non renseigné

leBiBI

Description

Online system (associated with various sequence databases) devoted to bacterial taxonomic identification.

Conditions d'accès

Free online access.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
3 066
Téléchargements :
21 450

SeaView

Description

SeaView is a multiplatform, graphical user interface for multiple sequence alignment and molecular phylogeny. Full description available from the software home page.

Conditions d'accès

Freely downloadable software licensed under the GNU General Public Licence.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

seqinR

Description

R library for sequence analysis. Full description available from the software home page.

Conditions d'accès

Freely available for download from any CRAN (Comprehensive R Archive Network) mirror.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1 350
Téléchargements :
Non renseigné

ACNUC

Description

Sequence retrieval system for the nucleotide (GenBank, EMBL) and protein (UniProt) sequence databases and for many other systems following the same formats. Full description available froim the software home page.

Conditions d'accès

Freely downloadable software licensed under the GNU General Public License (http://doua.prabi.fr/databases/acnuc) or on-line access through a web interafce (http://doua.prabi.fr/search/query_fam).

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1 993
Téléchargements :
Non renseigné

ADE-4

Description

R library for multivariate analysis and graphical display. Full description available from the software home page.

Conditions d'accès

Freely available for download from any CRAN mirror.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biologie
Description des expertises

Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:

  • Phylogénie et évolution moléculaire.
  • Génomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).
  • Eléments transposables.
  • Intreractions hôtes-parasites.
  • Statistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.
  • Analyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.
Mots clés:
  • Analyse de séquences
  • Algorithmique des séquences
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Inférence et analyse des réseaux biologiques
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Cloud
  • Ecologie
  • Génétique des populations
  • Biodiversité
  • Ecologie microbienne
  • Modélisation en écologie
  • Evolution moléculaire
  • Gènes et génomes
  • Datation des spéciations
  • Phylogénomique
  • Arbre de la vie
  • Super-arbres et réconciliations
  • Détection de sélection
  • Génomique comparative
  • Comparaison des génomes

Formation professionnelle

Personnes formées :
8 personnes / an
Temps de formation :
4 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Introduction to molecular phylogeny

Description

Training organized by CNRS Entreprises

Conditions d'accès

Some knowledge in mathematics and statistics.

Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
0 %
Régionaux
15 %
Locaux
85%
Description de la répartition :

Les seuls services proposés par la composante PRABI-Doua correspondent aux service en ligne (accès aux banques de données, recherche de similarités, identification taxonomique, téléchargement de logiciels, etc.) ce qui explique le caractère international de l’accès.

Projets propres de la plateforme

Une vingtaine de logiciels développés et maintenus

Collaborations
Projets d'ANR

En moyenne 4 par an.

Projets européens et internationaux

Un ERC.

Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Organisation de plusieurs séminaires ou workshop chaque année.

Publications internes
Publications externes
 

 

 

 

 

 

 

 

 
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Berthoumieux, S., Brilli, M., Kahn, D., de Jong, H. and Cinquemani, E. (2013) On the identifiability of metabolic network models. J. Math. Biol., 67, 1795-1832.

Bernard, E., Jacob, L., Mairal, J. and Vert, J.P. (2014) Efficient RNA isoform identification and quantification from RNA-Seq data with network flows. Bioinformatics, 30, 2447-2455.

Frenkel-Morgenstern, M., Gorohovski, A., Lacroix, V., Rogers, M., Ibanez, K., Boullosa, C., Andres Leon, E., Ben-Hur, A. and Valencia, A. (2013) ChiTaRS: a database of human mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data. Nucleic Acids Res., 41, D142-151.

Kim, S.Y., Jacob, L. and Speed, T.P. (2014) Combining calls from multiple somatic mutation-callers. BMC Bioinformatics, 15, 154.

Rajaraman, A., Tannier, E. and Chauve, C. (2013) FPSAC: fast phylogenetic scaffolding of ancient contigs. Bioinformatics, 29, 2987-2994.

Mirarab, S., Bayzid, M.S., Boussau, B. and Warnow, T. (2014) Statistical binning enables an accurate coalescent-based estimation of the avian tree. Science, 346, 1250463.

Uricaru, R., Rizk, G., Lacroix, V., Quillery, E., Plantard, O., Chikhi, R., Lemaitre, C. and Peterlongo, P. (2014) Reference-free detection of isolated SNPs. Nucleic Acids Res., 43, e11.

Sjostrand, J., Tofigh, A., Daubin, V., Arvestad, L., Sennblad, B. and Lagergren, J. (2014) A Bayesian method for analyzing lateral gene transfer. Syst. Biol., 63, 409-420.

Flandrois, J.P., Perrière, G. and Gouy, M. (2015) leBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences. BMC Bioinformatics, 16, 251.


Anselmetti, Y., Berry, V., Chauve, C., Chateau, A., Tannier, E. and Berard, S. (2015) Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding. BMC genomics, 16(Suppl. 10), S11.


Baudet, C., Donati, B., Sinaimeri, B., Crescenzi, P., Gautier, C., Matias, C. and Sagot, M.F. (2015) Cophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation. Syst. Biol., 64, 416-431.


Biller, P., Guéguen, L. and Tannier, E. (2015) Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join. BMC Bioinformatics, 16(Suppl. 14), S7.


Semeria, M., Tannier, E. and Guéguen, L. (2015) Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies. BMC Bioinformatics, 16(Suppl. 14), S5.


Szöllosi, G.J., Tannier, E., Daubin, V. and Boussau, B. (2015) The inference of gene trees with species trees. Syst. Biol., 64, e42-62.


Donati, B., Baudet, C., Sinaimeri, B., Crescenzi, P. and Sagot, M.F. (2015) EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator. Algo. Mol. Biol., 10, 3.


Bosi, E., Donati, B., Galardini, M., Brunetti, S., Sagot, M.F., Lio, P., Crescenzi, P., Fani, R. and Fondi, M. (2015) MEDUSA: a multi-draft based scaffolder. Bioinformatics, 31, 2443-2451.


Dray, S. and Josse, J. (2015) Principal component analysis with missing values: a comparative survey of methods. Plant Ecol., 216, 657-667.


Dray, S., Pavoine, S. and Aguirre de Carcer, D. (2015) Considering external information to improve the phylogenetic comparison of microbial communities: a new approach based on constrained Double Principal Coordinates Analysis (cDPCoA). Mol. Ecol. Resour., 15, 242-249.

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