TAGC-BCF

Adresse postale
Parc Scientifique de Luminy case 928
163 avenue de Luminy 13288 Marseille
Structure(s) :
INSERM
Unité :
TAGC, UMR1090
Pôle regional :
IFB Grand Sud
Website
TAGC
Responsable Scientifique
Nguyen Catherine
Responsable opérationnel
Habermann Bianca
Certificat(s)
  • ISO 9001
  • NF X50-900
Type d'infrastructure
Propriétaire

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
Non renseignée

MoonDB

Description

"MoonDB" est une base de données publique hébergée par le TAGC. Cette base de données donne accès à un ensemble de protéines humaines dites "Moonlighting". Ces protéines ont été soit extraites de la litterature soit prédites par les analyses au sein du TAGC (décrite dans Chapple et al., en révision à Nature Communication).

"MoonDB" rassemble toutes les informations extraites de base de données externes (Uniprot, Gene Ontology, OMIM, HPO) ou des analyses sys-mentionnées.

Conditions d'accès

Accès web libre sans identification sur http://tagc.univ-mrs.fr/MoonDB

Visites annuelles :
17 570 an
Visites uniques :
5 246 an
Citations :
25
Dernière mise à jour :
Non renseignée

ReMap

Description

ReMap est une analyse intégrative de toutes les données ChIP-seq de facteur de transcription, données publiques (GEO, ArrayExpress) et non-ENCODE. A cela, et pour complémenter notre catalogue, nous avons ajouté les données d'ENCODE.

Nous obtenons un catalogue d'environ 9 millions de sites de fixation au travers de 234 facteurs de transcription. Toutes ces données sont disponibles sur le site ReMap.

Conditions d'accès

Libre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap

Visites annuelles :
180 000 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
2 819
Téléchargements :
Non renseigné

Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT)

Description

Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT), a software suite dedicated to the detection of cis-regulatory elements in genomic sequences.

Conditions d'accès

Accès libre sous cinq modalités:

  • Interface Web RSAT (http://www.rsat.eu) et NeAt (htpp://neat.rsat.eu)
  • En ligne de commandes (suite téléchargeable localement)
  • Services Web (SOAP/WSDL)
  • Machines virtuelles accessibles à partir du cloud IFB (Web + ligne de commande + web service)
  • En développement interface Galaxy pour certains outils spécialisés dans l'analyse des données ChIP-Seq
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
79
Téléchargements :
Non renseigné

OCG

Description

OCG est un algorithme d'analyse de graphes qui identifie des classes chevauchantes de sommets par optimisation de la modularité de l'ensemble des classes.

Conditions d'accès

Téléchargement du code source à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/research/network-bioinformatics/c...

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
28
Téléchargements :
1 284

Clust&See

Description

Clust&See est un plug-in Cytoscape dans lequel plusieurs algorithmes de partitionnement de graphes et OCG sont implémentés. Il permet d'identifier, de visualier et d'analyser les classes de sommets obtenus. La partition obtenue est visualisée sour la forme d'un graphe quotient. Cet outil permet d'étudier en détail les liens entre sommets, arêtes, classes et partitions.

Conditions d'accès

Libre sur http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/clustnsee et sur l'App store de Cytoscape http://apps.cytoscape.org/apps/clustnsee.

Visites annuelles :
17 570 an
Visites uniques :
5 246 an
Citations :
25
Téléchargements :
Non renseigné

ReMap

Description

ReMap est une analyse intégrative de toutes les données ChIP-Seq de facteur de transcription, données publiques (GEO, ArrayExpress) et non-ENCODE. A cela, et pour complémenter notre catalogue, nous avons ajouté les données d'ENCODE.

Nous obtenons un catalogue d'environ 9 millions de sites de fixation au travers de 234 facteurs de transcription. Toutes ces données sont disponibles sur le site ReMap.

Conditions d'accès

Libre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
10 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

GeVarA (Genome Variant Analyser)

Description

Ce logiciel, écrit en Java, est un outil graphique dédié à la visualisation et à l'analyse des résultats produits par le pipeline de recherche de variants mis en oeuvre sur la PF. GeVarA est basé sur la notion de projet regroupant un ensemble d'échantillons. Au sein d'un projet, l'utilisateur peut sélectionner les variants sur la base de leur absence ou de leur présence dans les échantillons, à l'état homo ou hétérozygote. Les variants obtenus sont ensuite filtrés en fonction de divers critères tels que la couverture, l'hétérozygosité, la présence dans dbSNP ou le déséquilibre de brin. Les alignements correspondant aux variants sélectionnés peuvent ensuite être visualisés, grâce à l'intégration du logiciel IGV dans GeVarA, afin de juger de leur qualité. Enfin, des liens vers dbSNP, Ensembl et UCSC Génome Browser sont proposés pour documenter les variants et les gènes impactés.

Conditions d'accès

Tout client de la PF, dans le cadre d'une prestation de recherche de variants, peut utiliser GeVarA. Le logiciel est fourni, avec les données de séquençage, sur un support externe (clef ou disque dur USB).

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
1 600 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
42
Téléchargements :
Non renseigné

TBrower (TranscriptomeBrowser)

Description

Ce logiciel, écrit en Java, est un outil graphique dédié à la fouille de données biopuces. Il permet de rechercher les contextes biologiques dans lesquels un ensemble de gène est co-régulé. La recherche s'appuie sur une base de données contenant des signatures transcriptionnelles (environ 31000) isolées par l'algorithme DBF-MCL dans environ 3000 jeux de données de biopuces. TBrowser dispose d'un moteur de recherche évolué permettant d'effectuer des recherches booléennes complexes avec en entrée un ensemble d'identifiants de gènes (symbole, Entrez ID, sondes affymetrix, ...) ou de termes d'annotation (GO, KEGG, ...).

TBrowser est un outil extensible via une architecture de plugins. L'un des pluings, InteractomeBrowser, permet de contextualiser un ensemble de gènes en générant une treemap reflétant l'arborescence de l'ontologie GO 'cellular components'. Il permet par ailleurs de recherche des intéractions prédites ou validées expérimentalement dans une base de données contenant plus de 1,5*106 intéractions.
 

Conditions d'accès

Logiciel libre d'accès sur http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
Description des expertises

Les domaines d'expertise du TAGC et du TGML s'articulent autour de la génomique et la bioinformatique appliquées à l'étude des pathologies. Notre approche est multidisciplinaire et s'appuie sur la biologie des systèmes.

Nos domaines d'expertise sont notamment:

  • l'analyse de données de séquencage haut débit:
    • recherche et analyse de régions régulatrices
    • recherche de variants génétiques et régulateurs
    • analyse du transcriptome
    • épigénétique
  • analyse et modélisation de réseaux d'intéractions
  • analyse statistique de données génomiques
  • intégration de données publiques
  • fouille de données
  • génétique humaine
  • génétique des organismes modèles eucaryotes
Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Méthodologie
  • Assemblage de génomes et transcriptomes
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Génomique (DNA-seq)
  • Analyse de génomes
  • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
  • Chip-seq
  • Petits et longs ARN non-codants
  • Profils de méthylation
  • Accessibilité de la chromatine
  • Analyse de séquences
  • Algorithmique des séquences
  • Alignement (multiple) de séquences
  • Annotation de séquences
  • Recherche de motifs
  • Apprentissage automatique
  • Intégration de données hétérogènes
  • Ontologies
  • Bioinformatique structurale
  • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
  • Prédictions des propriétés structurales
  • Modélisation comparative et de novo de structures
  • Modifications post-traductionnelles
  • Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
  • Biologie des systèmes
  • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
  • Analyse et modélisation multi-échelle
  • Modélisation des réseaux métaboliques
  • Modélisation des réseaux de régulation
  • Systèmes dynamiques
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Inférence et analyse des réseaux biologiques
  • Statistique génétique
  • Cartographie
  • Clonage positionnel
  • Localisation de QTL
  • Curation de collections de données
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Cloud
  • GPU
  • Parallélisation
  • Ecologie
  • Génétique des populations
  • E-learning
  • Evolution moléculaire
  • Gènes et génomes
  • Datation des spéciations
  • Détection de sélection
  • Génomique comparative
  • Comparaison des génomes
  • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • Génotypage
  • Biopuces ARN
  • Expression
  • Métabolomique et fluxomique
  • Analyse des réseaux métaboliques
  • Protéomique
  • Data identity and mapping (database search engine, spectral library search, de novo sequencing)
  • Analyse différentielle statistique
  • Analyse de second niveau

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Licence en siences de la vie, Aix-Marseille (AMU)

Description

Licence 2 bioinformatique appliquée (Van Helden J)

Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique

Description

Analyse statistique des données génomiques.

Méthodes bioinformatiques pour la cis-régulation.

Méthodes bioinformatiques pour la génomique et la protéomique.

Projet informatique lié à la biologie

Ecole doctorale des sciences de la vie et de la santé, AMU

Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Ecole d'ingénieurs polytech, filière génie biologique-biotechnologique, AMU

Description

Bioinformatique: bases de données et programmation

Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
43 %
Régionaux
0 %
Locaux
57%
Description de la répartition :

Le transfert des données en réseau est un facteur limitant pour des collaborations lointaines. Les porjets étant accompagnés, il est nécessaire de rencontrer les clients au moins en début et en fin de projet, ce qui explique l'importance des projets locaux et nationaux.

Projets propres de la plateforme

Aucun (ou non renseigné)

Collaborations
Projets d'ANR
  1. Plan Cancer Hsp27BioSys (2012-2015): TAGC et Institut de Mathématiques de Marseille ainsi que le centre de recherche en cancérologie de Marseille.
  2. FRM: "male gem cell epigenetics". TAGC + Institut Labert Bonniot
  3. AND ORICHOICE (2014-2018) "Replication of origins in the control of genomics stability and cell identify" TAGC + IGMM + IGH
  4. A*MIDEX "Identification and functional characterization of LincRNAs expressed during T-cell differentiation and leukemia".
Projets européens et internationaux
  1. SEQAHEAD (2011-2014). COST action funded bu EU FP7: Next Generation Sequencing Data Analysis Network
  2. A*MIDEX RAINET (2015-2017). TAGC + Centre de Régulation Génomique de Barcelone
Projets avec des industriels

Partenariat avec Illumina en ce qui concerne le NextSeq tm Sequencing System.

Ce partenariat consiste à:

  1. être référant local pour cet équipement et son utilisation
  2. nous engager pour deux formations par an avec un nombre de personnes inférieur ou égal a 6 par formation
  3. présenter les tavaux réalisés avec l'équipement et cette technologie dans des meetings nationaux et internationaux, au moins une fois par an
  4. être positionné comme service provider d'Illumina pour des travaux qui peuvent être effectués sur cet équipement.
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Non renseigné
Publications internes
Publications externes

Bond J, bergon A, Durand A, Tigaud I, Thomas X, Asnafi V, Spicuglia S, Macintyre E

"Cryptic XPO1-MLLT10 translocation is associated with HOXA locus deregulation in T-cells"

(2014) ALL. Blood 124(19):3023-5

PMID: 25377562


Katsogiannou M, Andrieu C, Baylot V, Baudot A, Dusetti NJ, Gayet O, Finetti P, Garrido C, Birnbaum D, Bertucci F, Brun C, Rocchi P

"The functional landscape of Hsp27 reveals new cellular processes such as DNA repair and alternative splicing and proposes novel anticancer targets"

(2014) Mol Cell Proteomics

PMID: 25277244


Ballester B, Medina-Rivera A, Schmidt D, Gonzàlez-Porta M, Carlucci M, Chen X, Chessman K, Faure AJ, Funnell AP, Goncalves A, Kutter C, Lukk M, Menon S, McLaren WM, Stefflova K, Watt S, Weirauch MT, Crossley M, marioni KC, Odom DT, Flicek P, Wilson MD

"Multi-species, multi-transcription factor binding highlights conserved control of tissue-specific biological pathways"

(2014) Elife 3

PMID: 25279814


Amrani A, Bergon A, Holota H, Tamburini C, Garel M, Ollivier B, Imbert J, Dolla A, Pradel N

"Transcriptiomics reveal several gene expression patterns in the piezophile desulfovibrio hydrothermalis in response to hydrostatic pressure"

(2014) PLoS One 9(9):e106831

PMID: 25215865


Alpern D, Langer D, Ballester B, Le Gras S, Romier C, Mengus G, Davidson I

"TAF4, a subunit of transcription factor II D, directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differenciation"

(2014) Elife

PMID: 25209997


Erkosa Combe B, Defaye A, Bozonnet N, Pythier D, Royet J, Leulier F

"Drosophilia microbiota modulates host metabolic gene expression via IMD/NFK-B signaling"

(2014) PLoS One 9(4):e94729

PMID: 24733183


Souiai O, Guerfali F, Ben Miled S, Brun C, Benkahla A

"In silico prediction of proetein-protein interactions in human macrophage"

(2014) BMC Res Notes 7(1):157

PMID: 24636261


Collares CV, Evangelista AF, Xavier DJ, Rassi DM, Arns T, Foss-Freitas MC, Foss MC, Puthier D, Sakamoto-Hojo ET, Passos GA, Donadi EA

"Identifying common and specific microRNAs expressed in peripheral blodd mononuclear cell of type 1, type 2 and gestational diabetes mellitus patients"

(2013) BMC Res Notes 6:491

PMID: 24279768


Montellier E, Broussouar F, Rousseaux S, Zhang K, Buchou T, Fenaille F, Shiota H, Debernardi A, Hery P, Curtet S, Jamshidikia M, Barral S, Holota H, Bergon A, Lopez F, Guardiola P, Pernet K, Imbert J, Petocsa C, Tan M, Zhao Y, Gerard M, Khochbins S

"Chromatin-to-nucleoprotamine transition is controlled by the histone H2B bariant TH2B"

(2013) Genes Dev

PMID: 23884607


Spicuglia S, Maqbool MA, Puthier D, Andrau JC

"An update on recent methods applied for deciphering the diversity of the noncoding RNA genome structure and function"

(2013) Methods

DOI: S1046-2023(13)00107-2.10.1016/j.ymeth.2013.04.003

PMID: 23597756


Funnell AP, Wilson MD, Ballester B, Mak KS, Burdach J, Magnan N, Pearson RC, Lemaigre FP, Stowell KM, Odom DT, Flicek P, Crossley M

"A CpG mutational hotspot in a ONECUT binding site accounts for the prevalent variant of hemophilia B Leyden"

(2013) AM J Hum Genet 92(3):460-7

PMID: 23472758


Sawan C, Hernandez-Vargas H, Murr R, Lopez F, Vaissiere F, Ghantous AY, Cuenin C, Imbert J, Want ZQ, Ren B, Herceg Z

"HAT cofactor Trrap maintains self-renewal and restricts differenciation of embryonic stem cells"

(2013) Stem Cells

PMID: 23362228

Publications avec le laboratoire d'hébergement

Via A, Uyar B, Crun C, Zanzoni A

"How pathogens use linear lotifs to perturb host cell networks"

(2014) Trends Biochem Sci

PMID: 24575989


Griffon A, Barbier Q, Dalino J, Van Helden J, Spicuglia S, Ballester B

"Integrative analysis of public ChIP-Seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape"

(2014) Nucleic Acid Res

PMID: 25477382


Lepoivre C, Belhocine M, bergon A, Griffon A, Tammine M, Vanhille L, Zacarias-Cabeza J, Caribal MA, Koch F, maqbool MA, Fenouil R, Loriod B, Holota H, Gut M, Gut I, Imbert J, Andrau JC, Puthier D, Spicuglia S

"Divergent transciption is associated with promoters of transcriptional regulators"

(2013) BMC Genomics 14(1):914

PMID: 24365181


Spinelli L, Gambette P, Chapple CE, Robisson B, Baudot A, Garrete H, Tichit L, Guénocher A, Brun C

"Clust&see: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network cluster"

(2013) Biosystems 113(2):91-95

PMID: 23743336


Darbo E, Herrmann C, Lecuit T, Thieffry D, Van Helden J

"Transcriptional and epigenetic signatures of zygotic genome activation during early drosophilia embryogenesis"

(2013) BMC Genomics 14(1):226

PMID: 23560912

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