PRABI-G

Adresse postale
17 avenue des Martyrs 38054 GRENOBLE Cedex 9
Structure(s) :
CEA, CNRS, INRIA, INSERM
Unité :
Laboratoire BGE (INSERM/CEA/UGA)
Pôle regional :
Prabi, Rhône-Alpes
Website
Prabig
Responsable Scientifique
Vandenbrouck Yves
Responsable opérationnel
Coissac Eric
Certificat(s)
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
25 920 an
Visites uniques :
36 961 an
Citations :
40
Dernière mise à jour :
01-01-2014

UNIPATHWAY

Description

UniPathway is a manually curated resource of enzyme-catalyzed and spontaneous chemical reactions. It provides a hierarchical representation of metabolic pathways and a controlled vocabulary for pathway annotation in UniProtKB. UniPathway data are cross-linked to existing metabolic resources such as ChEBI/Rhea, KEGG and MetaCyc. The Unipathway project is a joint collaboration between INRIA (Rhône-alpes) and SIB (Swiss Insitute of Bioinformatics, Geneva)

Conditions d'accès

http://www.grenoble.prabi.fr/obiwarehouse/unipathway

Visites annuelles :
2 247 an
Visites uniques :
1 725 an
Citations :
238
Dernière mise à jour :
01-01-2015

Arabidopsis chloroplast database (AT_CHLORO)

Description

The AT_CHLORO database stores sub-plastidial (envelope, stroma, thylakoids) and sub-thylakoidal (Grana, stroma-lamellae) localization of Arabidopsis thaliana chloroplast proteins obtained from MS-based quantitative proteomics experiments as well as curated function and localization of proteins. Furthermore, the AT_CHLORO database links to other public web sites (TAIR, PPDB, AtProteome, SUBA, POGs, Aramemnon)

Conditions d'accès

http://at-chloro.prabi.fr/at_chloro/

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
14 657 an
Visites uniques :
9 827 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Metabarcoding

Description
Conditions d'accès

http://metabarcoding.org

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Environnement
  • Biotechnologie
  • Biologie
Description des expertises

Computational biology for MS-based proteomics (basic science and biomedical research) and metagenomics (environment, ecology and evolution)

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Analyse de séquences
  • Curation de collections de données
  • Ecologie
  • Génétique des populations
  • Biodiversité
  • Protéomique
Répartition des utilisateurs
Internationaux
90 %
Nationaux
10 %
Régionaux
0 %
Locaux
0%
Description de la répartition :

Calculé sur l'utilisation d'Unipathway à partir du nombre de hits par noms de domaine (pour ceux qui sont identifiables). L'origine est essentiellement US (40%) puis Europe (Suisse, Allemagne, France).

Projets propres de la plateforme

Aucun (ou non renseigné)

Collaborations
Projets d'ANR
Non renseigné
Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Christophe Bruley et Yves Vandenbrouck sont partenaires du projet « Prospectom » (Coordinateur G. Bisson, Laboratoire LIG, Grenoble). Ce programme d’animation scientifique en « bioinformatique pour l’analyse protéomique » bénéficie du soutien de la Mission Interdisciplinarité CNRS « MASTODONS Grandes masses de données scientifiques» (2011-2015). 2 Séminaires organisés (29-30/11/2012 et 19-21/11/2014, Grenoble, http://prospectom.liglab.fr/).

Publications internes

Morgat A, Coissac E, Coudert E, Axelsen KB, Keller G, Bairoch A, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I, Viari A. UniPathway: a resource for the exploration and annotation of metabolic pathways. Nucleic Acids Res. 2012;40 (Database issue):D761-9. PMID: 22102589.

Bruley C, Dupierris V, Salvi D, Rolland N and Ferro M. AT_CHLORO - A chloroplast database dedicated to sub-plastidial localization. Frontiers in Plant Science, 2012, 3: 205. PMID: 22973284

Publications externes
Tomizioli M, Lazar C, Brugiere S, Burger T, Salvi D, Gatto L, Moyet L, Breckels LM, Hesse AM, Lilley KS, Seigneurin-Berny D, Finazzi G, Rolland N*, Ferro M*. Deciphering thylakoid sub-compartments using a mass spectrometry-based approach. Mol Cell Proteomics. 2014. 13(8): 2147-2167. PMID: 24872594.

Casabona MG, Vandenbrouck Y, Attree I, Couté Y. Proteomic characterization of Pseudomonas aeruginosa PAO1 inner membrane. Proteomics, 2013, 13(16): 2419-2423. PMID: 23744604

Bruley C, Dupierris V, Salvi D, Rolland N and Ferro M. AT_CHLORO - A chloroplast database dedicated to sub-plastidial localization. Frontiers in Plant Science, 2012, 3: 205. PMID: 22973284

Journet A, Klein G, Brugiere S, Vandenbrouck Y, Chapel A, Kieffer S, Bruley C, Masselon C and Aubry L. Investigating the macropinocytic proteome of Dictyostelium amoebae by high-resolution mass spectrometry. Proteomics, 2012, 12(2): 241-245. PMID: 22120990

Ferro M, Brugiere S, Salvi D, Seigneurin-Berny D, Court M, Moyet L, Ramus C, Miras S, Mellal M, Le Gall S, Kieffer-Jaquinod S, Bruley C, Garin J, Joyard J, Masselon C and Rolland N. AT_CHLORO: A comprehensive chloroplast proteome database with subplastidiallocalization and curated information on envelope proteins. Molecular and Cellular Proteomics, 2010, 9(1): 1063-1084.

Després L, Stalinski R, Faucon F, Navratil V, Viari A, Paris M, Tetreau G, Poupardin R, Riaz MA, Bonin A, Reynaud S, David JP. Chemical and biological insecticides select distinct gene expression patterns in Aedes aegypti mosquito. Biol Lett. 2014 Dec;10(12):20140716. doi: 10.1098/rsbl.2014.0716. PMID: 25540155

Smith AA, Belda E, Viari A, Medigue C, Vallenet D. The CanOE strategy: integrating genomic and metabolic contexts across multiple prokaryote genomes to find candidate genes for orphan enzymes. PLoS Comput Biol. 2012 May;8(5):e1002540. doi: 10.1371/journal.pcbi.1002540. Epub 2012 May 31. PMID: 22693442

Sorn S, Sok T, Ly S, Rith S, Tung N, Viari A, Gavotte L, Holl D, Seng H, Asgari N, Richner B, Laurent D, Chea N, Duong V, Toyoda T, Yasuda CY, Kitsutani P, Zhou P, Bing S, Deubel V, Donis R, Frutos R, Buchy P. Dynamic of H5N1 virus in Cambodia and emergence of a novel endemic sub-clade. Infect Genet Evol. 2013 Apr;15:87-94. doi: 10.1016/j.meegid.2012.05.013. Epub 2012 Jun 7. PMID: 22683363

Duong V, Henn MR, Simmons C, Ngan C, Y B, Gavotte L, Viari A, Ong S, Huy R, Lennon NJ, Ly S, Vong S, Birren BW, Farrar JJ, Deubel V, Frutos R, Buchy P.  Complex dynamic of dengue virus serotypes 2 and 3 in Cambodia following series of climate disasters. Infect Genet Evol. 2013 Apr;15:77-86. doi: 10.1016/j.meegid.2012.05.012. Epub 2012 Jun 5. PMID: 22677620
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Wieczorek S, Combes F, Lazar C, Giai Gianetto Q, Gatto L, Dorffer A, Hesse AM, Couté Y, Ferro M, Bruley C, Burger T. DAPAR & ProStaR: software to perform statistical analyses in quantitative discovery proteomics. Bioinformatics. 2017; 33(1):135-136.PMID: 27605098.
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