BIMEPS

Adresse postale
47-83 Boulevard de l'Hôpital 75013 Paris
Structure(s) :
INSERM
Unité :
UPMC/INSERM UMR_S1166
Pôle regional :
ApliBio, Ile-de-France
Website
BIMEPS
Responsable Scientifique
Tregouët David Alexandre
Responsable opérationnel
Moszer Ivan
Certificat(s)
Non renseigné
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Visites annuelles :
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Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
Non renseignée

MARTHA H450K dataset

Description

L’ADN issu du sang périphérique de 350 patients atteints de maladie thrombo-embolique veineuse a été épi-typé avec la puce Illumina Methylation Human450K mesurant les niveaux de méthylation d’environ 450 000 sites CpGs couvrant l’ensemble du génome.

Conditions d'accès

    Les données sont disponibles en ligne sur le site « Array Express » d’EBI sous l’accession number E-MTAB-3127.

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Citations :
10
Dernière mise à jour :
Non renseignée

Cardiogenics expression dataset

Description

Dans le cadre du projet Européen Cardiogenics, une étude transcriptomique par puces à ARN a été réalisée pour mesurer les niveaux d’expression génique des monocytes et des macrophages chez environ 700 individus.

Conditions d'accès

Les données sont disponibles en ligne sur la plateforme EGA sous l’accession number EGAS00001000411.

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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
3
Téléchargements :
Non renseigné

ComaSoft/ComaWeb

Description

Logiciel de traitement IRM multimodale pour la caractérisation des lésions chez les patients dans le coma et l’aide au diagnostic ; application web associée.

Conditions d'accès

Demande d’ouverture de compte et conditions sur le site web.

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Citations :
7
Téléchargements :
Non renseigné

GESEE

Description

GESEE (Genetic Epidemiology Software based on Estimating Equations) est un ensemble de programmes statistiques basés sur la théorie des équations d’estimation permettant de réaliser des analyses de régression et de corrélation sur des traits phénotypiques mesurés au sein de structures familiales complexes. Les méthodologies statistiques sous-jacentes ont été décrites dans les articles Am J Hum Genet. 1997;61(1):189-99 et Genet Epidemiol. 1999;16(1):69-83.

Conditions d'accès

GESEE est accessible sur demande par email à david.tregouet@upmc.fr

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Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
3 708

RGCCA/SGCCA

Description

RGCCA (Regularized Generalized Canonical Correlation Analysis – Psychometrika 2011, 76(2):257–284) et son extension parcimonieuse (SGCCA – Biostatistics 2014, 15(3):569–83) sont des méthodes multivariées reposant sur la modélisation des relations entre blocs de variables ou groupes d’individus, et permettant l’analyse intégrative de données hétérogènes et de grandes dimensions.

Conditions d'accès

RGCCA est disponible dans le dépôt CRAN (Comprehensive R Archive Network).

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Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

THESIAS

Description

THESIAS (Testing Haplotype Effects In Association Studies – Bioinformatics 2007;23(8):1038-9) est un logiciel statistique permettant de tester l’association entre un phénotype d’intérêt et des haplotypes inférés à partir de données génotypiques, dans le cadre d’études populationnelles.

Conditions d'accès

Jusqu’à très récemment, THESIAS était disponible via la plateforme PLUME. Il peut désormais être téléchargé à partir de ce lien.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biotechnologie
  • Biologie
Description des expertises

BIMEPS regroupe deux entités bio-informatiques rattachées à l’Université Pierre et Marie Curie et localisées sur le site hospitalier de la Pitié-Salpêtrière :

  • UMR_S 1166, Équipe « Génomique et Physiopathologie des Maladies Cardiovasculaires » affiliée  à l’Institut Hospitalo-Universitaire de Cardiométabolisme et Nutrition (IHU-ICAN)
  • Plate-forme iCONICS de l’Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris (IHU-A-ICM), affilié à l’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM)

Cette association de ressources permet de proposer et de développer des expertises dans les domaines suivants : génétique et génomique humaine, épidémiologie, épigénétique, biostatistique intégrative, gestion de données.

Avec ses deux Instituts Hospitalo-Universitaires (IHU-ICAN, IHU-A-ICM), le site de l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière constitue un pôle de recherche biomédicale très important qui a su développer notamment une expertise majeure dans le domaine de l’analyse bio-informatique et biostatistique des données dites « omiques » et d’imagerie. Cette expertise va de la structuration informatique des informations à la mise à disposition d’outils facilitant l’analyse et la visualisation des données à haut-débit, jusqu’à l’analyse fine de ces données.

L’expertise des membres de BIMEPS couvre les méthodologies omiques suivantes :

  • analyse de puces à ADN (« GWAS » pour « Genome-Wide Association Study »)
  • analyse de puces à ARN (communément appelé « puces transcriptomiques »)
  • analyse de puces de méthylation de l’ADN (e.g. Illumina H450K)
  • analyse de séquençage haut-débit de l’ADN (incluant « Whole Exome », « Whole Genome », re-séquençage de gènes cibles)
  • analyse de séquençage haut-débit des ARNs, codants ou non codants (« RNA-seq », « miR-seq »)
  • analyse de séquençage haut-débit de la chromatine (« ATAC-seq »)
  • analyse de séquençage haut-débit de marques de méthylation (« Methyl-seq »)
  • analyse de données métabolomiques et lipidomiques

En aval de ces analyses de données omiques, un accent particulier est mis sur le développement et l’application de diverses méthodologies dédiées à l’analyse intégrative de données multimodales et de grandes dimensions (typiquement données génétiques, transcriptomiques, épigénomiques, cliniques et neuro-imagerie). Une activité de soutien générique en biostatistique pour tout type de données biomédicales est également proposée.

Au-delà des pathologies d’intérêt des deux IHU – maladies du système nerveux central pour l’IHU-A-ICM et maladies cardiométaboliques pour l’IHU-ICAN –, BIMEPS propose son soutien à tout projet de recherche biomédicale visant à mieux comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents aux pathologies humaines.

Enfin, des activités de développement en bases de données (structuration, sécurisation, datawarehouses), optimisation et mise à disposition de calculs (distribution, mémoire, cloud computing) et interfaces graphiques sont menées en liaison avec les différentes thématiques décrites ci-dessus.

 

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
  • Petits et longs ARN non-codants
  • Profils de méthylation
  • Accessibilité de la chromatine
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Intégration de données hétérogènes
  • Imagerie médicale
  • IRM
  • TEP et imagerie moléculaire
  • TDM
  • Analyse et modélisation multi-échelle
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • Phylogénétiques
  • Génotypage
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

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Personnes formées :
18 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Biostatistique avec R

Description

Apprendre à se servir du logiciel R dans le contexte de l’analyse de données biologiques tout en consolidant ses connaissances de base en biostatistique

Conditions d'accès

Personnel IHU-A-ICM, gratuit

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Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Initiation à la programmation en R

Description

Se familiariser avec R dans le but d’utiliser ce logiciel pour faire des modèles linéaires

Conditions d'accès

Personnel IHU-A-ICM, gratuit

Répartition des utilisateurs
Internationaux
1 %
Nationaux
19 %
Régionaux
10 %
Locaux
70%
Description de la répartition :

Les collaborations établies par BIMEPS l’ont été principalement avec des partenaires locaux du site de la Pitié-Salpêtrière. Cependant, les membres de BIMEPS collaborent régulièrement avec différents laboratoires au niveau national (Marseip

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