Genotoul-bioinfo

Adresse postale
24 Chemin de Borde Rouge 31326 Castanet Tolosan
Structure(s) :
Non renseignée
Unité :
MIAT 0875
Pôle regional :
IFB Sud Ouest
Responsable Scientifique
Gaspin Christine
Responsable opérationnel
Non renseigné
Certificat(s)
  • CATI / CTAI
  • CNOC (INRA)
  • France-Génomique
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
  • NF X50-900
  • PF stratégique nationale INRA
Type d'infrastructure
Hébergée
Capacité de stockage
2 290.00 To
Ferme de calcul
3 176 cores
Heure de CPU
20 000 000 H / an
Outils bioinformatiques
717
Nombre d'utilisateurs
1 012
Description des serveurs

La plate-­forme dispose d'une vingtaine de serveurs physiques complétés par soixante-quinze serveurs virtuels qui assurent les services de login, développement, entrées/sorties, bases de données relationnelles, banques de données génomiques, administration, supervision, web, virtualisation, sauvegarde, hébergement de projets, logiciels en bioinformatique. Le serveur principal, servant d'accès aux utilisateurs s'appelle "genotoul".
Quelques exemples (liste non exhaustive) de services web hébergés par la plateforme : ng6, galaxy, rnaspace, peroxibase, phyleasprog, multalin, FrameD, MetExplore, Iccare, blast, emboss, biomaj...
Par ailleurs nous hébergeons (formalisation par convention) les données, sites web ou systèmes d'information d'autres plateformes ou d'autres équipes de recherche de la région : get-­‐plage, biopuce, anexplo, toxalim, hsern, sigenae : gbf, lrsv, genphyse

Quelques détails :
● Cluster de calcul
→ environ 3000 coeurs
→ 20 millions d'heure de calcul annuel
→ 34 Tera Octets de mémoire RAM
→ Interconnexion Infiniband (QDR)
● Stockage HPC
→ Spectrum-Scale-4.2 (GPFS)
→ Espace disque 800To utile (disques rapides et capacitifs), politique de placement et de migration des données
→ 12Go/s de bande passante
● Stockage NAS
→ 2 clusters ISILON (512To plus réplicat 512To)
→ 2 clusters COMPELLENT (160To plus réplicat 160To)
● Virtualisation de serveurs
→ ferme Vmware de 4 serveurs
→ baie disques DELL-MD (mode SAN) 60To
→ 96 machines virtuelles hébergées (fin 2016)


Condition d'accès
Accès libre et gratuit pour les académiques, payant pour les entreprises privées.

Quotas (sauvegardé, non sauvegardé) mis en place pour le stockage et le nombre d'heures de calcul pour les académiques (respectivement 250 Go; 1To et 100 000h) et le privé (sur le calcul -­‐ 500 h -­‐ pour tester l’infrastructure).

Pour le stockage, possibilité de « louer » de l'espace disque  à partir de 1 To pour le public.

Visites annuelles :
4 720 an
Visites uniques :
2 250 an
Citations :
11
Téléchargements :
1 982

RNAbrowse nouvelle version

Description

55 instances including 18 Sigenae.
Transcriptome analysis based on a de novo assembly of next generation RNA sequences is now performed routinely in many laboratories. The generated results, including contig sequences, quantification figures, functional annotations and variation discovery outputs are usually bulky and quiet diverse. RNAbrowse is an user oriented storage and visualisation environment permitting to explore the data in a top-down manner, going from general graphical views to all possible details. The software package is based on biomart, easy to install and populate with local data.

Conditions d'accès

The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.
Available on web sites for users.

Visites annuelles :
12 170 an
Visites uniques :
6 888 an
Citations :
18
Téléchargements :
Non renseigné

RNAspace

Description

RNAspace is a platform which aims at providing an integrated environment for non-coding RNA annotation.
The increasing number of ncRNA discovered since 2000 and the lack of user friendly tools for finding and annotating them, have made necessary to propose to biologists an in silico environment allowing structural and functional annotations of these molecules with regard to available protein genes annotation environments.
RNAspace makes available a variety of ncRNA gene finders and ncRNA databases as well as user-friendly tools to explore computed results including comparison, visualization and edition of putative RNAs. RNAspace also allows to export putative RNAs in various formats.

Conditions d'accès

RNAspace is an open source project. It is developed in Python. It is copyrighted with the GNU General Public License, and is free (in the GNU sense) for all to use, and is in constant development. RNAspace is hosted at Sourceforge. It is also available as a web server at rnaspace.org

Visites annuelles :
33 094 an
Visites uniques :
18 359 an
Citations :
31
Téléchargements :
1 543

NG6

Description

The platform works in tight collaboration with the GeT sequencing platform for the management and the analysis of data produced by their Roche 454 and Illumina HiSeq sequencers.
NG6 is an extensible sequencing provider oriented LIMS. It includes read quality control and first level analysis processes which ease the data validation made jointly by the sequencing facility staff ant the end-users. It provides a secured user-friendly interface to visualize and download the raw sequences files and the analysis results.

Conditions d'accès

The NG6 code is freely available on the mulcyber forge. To ease the installation, the package and all its dependencies are also available as a virtual machine. Installing and maintaining the system would require expertise in Linux system administration.
Available by the web site for users

Visites annuelles :
6 851 an
Visites uniques :
1 704 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy (piloté par Sigenae)

Description

Galaxy is a workbench available for biologists from Sigenae Platform. Galaxy objectives are:

  • Make bioinfo Linux tools accessible to biogists.
  • Hide the complexity of the infrastructure.
  • Allow creation, execution and sharing of workflows.
Conditions d'accès

Available on a web site with login and password.

Visites annuelles :
325 an
Visites uniques :
194 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Interface web blast

Description
Conditions d'accès

Available on the web site.

Visites annuelles :
14 274 an
Visites uniques :
10 059 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Interface web Emboss

Description

emboss tools interface.

Conditions d'accès

Site web

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
1 357

JFlow

Description

Workflow management system in JS using Makeflow/Weaver

Conditions d'accès

The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
1 124

Jvenn

Description

A javascript plugin for venn diagrams.

A demo is available here: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/example.html

Conditions d'accès

The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biotechnologie
  • Biologie
Description des expertises

Les domaines d’expertise de la plateforme GenoToul bioinfo sont :

  • le traitement des données issues du séquençage haut débit : assemblage, annotation, analyse d’expression (RNAseq, RNAseq de novo, sRNAseq), métagénomique, analyse de variants, méthylSeq.
  • l’analyse bioinformatique des ARNnc : annotation, prédiction, recherche de cibles, chez les archae, les bactéries, les plantes et les animaux.
Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Génomique (DNA-seq)
  • Analyse de génomes
  • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Petits et longs ARN non-codants
  • Profils de méthylation
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Analyse de séquences
  • Alignement (multiple) de séquences
  • Annotation de séquences
  • Recherche de motifs
  • Prédiction d'homologie/orthologie
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Interopérabilité
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Cluster
  • Evolution et phylogénie
  • Evolution moléculaire
  • Phylogénomique
  • Détection de sélection
  • Génomique comparative
  • Comparaison des génomes

Formation professionnelle

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Prochaine session :
06-03-2017

Linux/Unix

Description

Cette formation présente les points suivants : comment   accéder   à   la   plate­‐forme,   comment   utiliser   un environnement Unix, comment créer et manipuler et transférer des fichiers en ligne de commande de votre ordinateur à notre cluster et réciproquement. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur le site), s’inscrire (via le site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Prochaine session :
07-03-2017

Cluster

Description

Cette formation explique comment on se sert du cluster et des banques de données installées sur la plate-forme. Vous apprendre comment   lancer   des   jobs   sur   le  cluster en parrallèle et comment suivre leur exécution. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur le site), s’inscrire (via le site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Prochaine session :
08-03-2017

Read alignment and SNP calling

Description

Cette  formation permet de découvrir les formats de sortie des séquenceurs nouvelle génération, les nouveaux formats d’assemblage et les biais connus de ces technologies. Au cours de cette formation, les apprenants génère un alignement sur un génome de référence, détecte le polymorphisme (avec GATK) et visualise l’alignement. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur le site), s’inscrire (via le site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

RNASeq alignment and transcripts assemblies

Description

Nous faisons, au cours de cette formation, un rappel sur les formats de  sortie  de  séquenceurs   nouvelle   génération   et  les  biais connus de ces technologies. Les apprenants génèrent ensuite un alignement épissé, découvre de nouveaux gènes et transcripts et en quantifie leur expression. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

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Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

sRNASeq

Description

Lors de cette formation, après une présentation des  formats, nous abordons le nettoyage des séquences, l’alignement sur un génome de référence, la détection et l’annotation des miRNA connus et non encore répertoriés et la quantification de leur expression. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

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Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
0 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

RNAseq de novo assembly

Description

Cette  formation  présente les méthodes et les outils d’assemblage de données RNASeq (lectures courtes) sans génome de référence. Les apprenants effectue  le  pré-­‐traitement,   utilise  un  assembleur  et   testent différentes  stratégies  d’assemblage.  Nous  présentons  ensuite différents   indicateurs   de   qualité   de   l’assemblage   afin   de pouvoir choisir le meilleur. Organisée en collaboration avec la plateforme Sigenae.

Conditions d'accès

Avoir un compte sur la plate-‐forme (demande via un formulaire web sur notre site), s’inscrire (via notre site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Sequences alignment and phylogeny

Description

Il  s’agit  d’une initiation à l’étude de l’évolution des séquences. Cette formation ne nécessite pas de connaître la ligne de commande. Les apprenants, au cours de cette journée, constituent leur set de données, effectuent l’alignement, le vérifient et le corrigent. Cette première étape conditionne l'obtention d'un arbre de bonne qualité. Organisée par le CATI Bios4Biol.

Conditions d'accès

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Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Methods for phylogenetics trees construction

Description

Au cours de cette formation, nous présentons les différents modèles d’évolution de séquences et comment choisir celui qui convient le mieux. Nous présentons aussi les différentes méthodes d’inférence phylogénétique ainsi que les tests de robustesse de l’arbre. Organisée par le CATI Bios4Biol.

Conditions d'accès

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Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Phylogenomy and selection pressure

Description
il s’agit de deux demi-­journées  séparées.  Une  demie-‐journée   sur  les  aspects phylogénomiques   et  une  demi-­journée   sur  la   détection   de pression  de sélection.  Sur les aspects  phylogénomiques  nous traiterons des problèmes liés à  l’échantillonnage  des gènes et des espèces et nous mettrons  en oeuvre différentes méthodes d’inférence  phylogénomiques  basées  sur les séquences.  Nous discuterons des méthodes basées sur d’autres caractéristiques génomiques. Organisée par le CATI Bios4Biol.

La  partie  consacrée  à  la  détection  de  sélection dans un alignement de séquences se fera avec le logiciel PAML4.

Conditions d'accès

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Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : Reads alignment and SNP calling

Description

idem formation ligne de commande mais avec galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

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Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : RNASeq alignment and transcripts assemblies

Description

idem formation ligne de commande mais avec galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur le site), s’inscrire (via le site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : sRNAseq

Description

idem formation ligne de commandes mais avec Galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

Avoir un compte sur la plateforme Bioinfo Genotoul (demande via un formulaire web sur le site), s’inscrire (via le site web) et payer 150 euros la journée pour un académique et 500 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
8 jour(s) / an
Prochaine session :
03-07-2017

Galaxy: metagenomic: sequence analysis of amplicons from MiSeq and 454 sequencing with FROGS with Galaxy first step and statistics

Description

This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae, NED (GenPhySE) and TWB, is designed to help you to deal with NGS data of 16S, 18S ... DNA produced with MiSeq from Illumina and Roche 454 technologies in the Galaxy workbench.

You will discover how to use our Galaxy instance, clean reads, clusterize them, do the taxonomic affiliation and perform statistics to interpret your results.

Prerequisites: knowledge of R or in another programming language

Conditions d'accès

S'inscrire via http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10, payer 165 euros par jour si vous provenez du monde académique, 550 euros par jours autrement.

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
6 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Master Bioinfo Toulouse

Description

Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
1 %
Nationaux
52 %
Régionaux
10 %
Locaux
37%
Description de la répartition :
Non renseigné
Projets propres de la plateforme
(9)

2 actifs et 7 en maintenance.

Collaborations
Projets d'ANR
(6)

5 se sont terminés en 2016. + 1 projet INCA. En 2016, 1 ANR acceptée et 1 projet LABEX accepté.

Projets européens et internationaux
(1)

SalhostTrop accepté en 2016.

Projets avec des industriels
(1)

1 PIA. 4 achats de CPU

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
(35)
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
(0)
Non renseigné
Animations

⁃  Journée régionale bioinfo / biostat (1/an depuis 2009 sauf en 2013)
⁃  JOBIM ’13 (Participation de l’ensemble de l’équipe à l’organisation de cette manifestation)
⁃  Workshop « Bioinformatique des ARNnc »

Publications internes
Nous  ne  mentionnons  ici  que  les  publications  en  lien  direct  avec  la  PF.  Voir  par exemple   aussi   les   publications   de   l’équipe   Sigenae,   qui   s’appuie   sur   les équipements  de  la  PF  pour  l’hébergement  de  son  SI  et  la  réalisation  de  ses traitements : http://www.sigenae.org/index.php?id=156

Mariette J, Noirot C, Nabihoudine I, Bardou P, Hoede C, Djari A, Cabau C, Klopp C. (2014) RNAbrowse: RNA-Seq De Novo Assembly Results Browser. PLoS ONE 9(5): e96821. doi: 10.1371/journal.pone.0096821.

Philippe Bardou, Jérôme Mariette, Frédéric Escudié, Christophe Djemiel and Christophe Klopp. jvenn: an interactive Venn diagram viewer. BMC Bioinformatics 2014, 15:293 doi:10.1186/1471-2105-15-293.

Jérôme Mariette, Frédéric Escudié, Philippe Bardou, Ibouniyamine Nabihoudine, Céline Noirot, Marie-Stéphane Trotard, Christine Gaspin and Christophe Klopp. Jflow: a workflow management system for web applications. Bioinformatics. 2015. doi 10.1093/bioinformatics/btv589

Publications externes
Berthelot C, Brunet F, Chalopin D, Juanchich A, Bernard M, Noel B, Bento P, Da Silva C, Labadie K, Albertii A, Aury JM, Louis A, Dehais P, Bardou P, Montfort J, Klopp C, Cabau C, Gaspin C, Thorgaard GH, Boussaha M, Quillet A, Guyomard R, galiana D, Bobe J, Volff JN, gene C, Wincker P, Jaillon O, Roest Crollius H, Guigen Y. The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication invertebrates. NATURE COMMUNICATIONS, 5:3657, DOI: 10.103.

Etienne Liais, Guillaume Croville, Jérôme Mariette, Maxence Delverdier, Marie-Noelle Lucas, Christophe Klopp, Jérôme Lluch, Cécile Donnadieu, James S. Guy, Léni Corrand, Mariette F. Ducatez, and Jean-Luc Guérin. Novel Avian Coronavirus and Fulminating Disease in Guinea Fowl, France. Emerg Infect Dis.

Canales J, Bautista R, Label P, Gómez-Maldonado J, Lesur I, Fernández-Pozo N, Rueda-López M, Guerrero-Fernández D, Castro-Rodríguez V, Benzekri H, Cañas RA, Guevara MA, Rodrigues A, Seoane P, Teyssier C, Morel A, Ehrenmann F, Le Provost G, Lalanne C, Noirot C, Klopp C, Reymond I, García-Gutiérrez A, Trontin JF, Lelu-Walter MA, Miguel C, Cervera MT, Cantón FR, Plomion C, Harvengt L, Avila C, Gonzalo Claros M, Cánovas FM.De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology. Plant Biotechnol J. 2013 Nov 21. doi: 10.1111/pbi.12136

Bastien G, Arnal G, Bozonnet S, Laguerre S, Ferreira F, Fauré R, henrissat B, Lefèvre F, Robe P, Bouchez O, Noirot C, Dumon C, O'Donohue M. Mining for hemicellulases in the fungus-growing termite Pseudacanthotermes militaris using functional metagenomics. Biotechnology for Biofuels. 2013, 6:78. doi: 10.1186/1754-6834-6-78.

V Bourret, G Croville, J Mariette, C Klopp, O Bouchez, L Tiley, JL Guérin. Whole-genome, deep pyrosequencing analysis of a duck influenza A virus evolution in swine cells. Infection, Genetics and Evolution. 2013 May.

Chancerel E, Lamy JB, Lesur I, Noirot C, Klopp C, Ehrenmann F, Boury C, Le Provost G, Label P, Lalanne C, Léger V, Salin F, Gion JM, Plomion C. High- density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination. BMC Biol. 2013 Apr 18;11(1):50.

Bouzid W, Klopp C, Verdenaud M, Ducancel F, Vétillard A. Profiling the venom gland transcriptome of Tetramorium bicarinatum (Hymenoptera: Formicidae): The first transcriptome analysis of an ant species. Toxicon. 2013 Apr 11. doi:pii: S0041-0101(13)00105-0. 10.1016/j.toxicon.2013.03.010.

Ueno S, Klopp C, Leplé JC, Derory J, Noirot C, Léger V, Prince E, Kremer A, Plomion C, Le Provost G. Transcriptional profiling of bud dormancy induction and release in oak by next-generation sequencing. BMC Genomics. 2013 Apr 10;14:236. doi: 10.1186/1471-2164-14-236.

Hinaux H, Poulain J, Da Silva C, Noirot C, Jeffery WR, Casane D, Rétaux S. De Novo Sequencing of Astyanax mexicanus Surface Fish and Pachón Cavefish Transcriptomes Reveals Enrichment of Mutations in Cavefish Putative Eye Genes. PLoS One. 2013;8(1):e53553. doi: 10.1371/journal.pone.0053553. Epub 2013 Jan 9.

Quelen C, Eloit Y, Noirot C, Bousquet M, Brousset P. RNA editing in acute myeloid leukaemia with normal karyotype. Br J Haematol. 2015 Aug 7. doi:10.1111/bjh.13631. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 26251186


Esquerré T, Moisan A, Chiapello H, Arike L, Vilu R, Gaspin C, Cocaign-Bousquet M, Girbal L. Genome-wide investigation of mRNA lifetime determinants in Escherichia coli cells cultured at different growth rates. BMC Genomics. 2015 Apr 9;16:275. doi: 10.1186/s12864-015-1482-8. PubMed PMID: 25887031


Higashi S, Fournier C, Gautier C, Gaspin C, Sagot MF. Mirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data. BMC Bioinformatics. 2015 May 29;16:179. doi: 10.1186/s12859-015-0594-0. PubMed PMID: 26022464


Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Boudet N, Boury C, Canaguier A, Couloux A, Da Silva C, Duplessis S, Ehrenmann F, Estrada-Mairey B, Fouteau S, Francillonne N, Gaspin C, Guichard C, Klopp C, Labadie K, Lalanne C, Le Clainche I, Leplé JC, Le Provost G, Leroy T, Lesur I, Martin F, Mercier J, Michotey C, Murat F, Salin F, Steinbach D, Faivre-Rampant P, Wincker P, Salse J, Quesneville H, Kremer A. Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Mol Ecol Resour. 2015 May 6. doi: 10.1111/1755-0998.12425


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