Basé sur l'environnement logiciel et le système de gestion des données développés dans le cadre de MUDIS4LS, le projet ABRomics-PF vise à développer une plateforme en ligne intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques et la communauté de recherche au sens large.

 La plateforme répondra à deux objectifs principaux :

• Établir un dépôt de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés, qui peuvent être utilisés pour répondre à des questions de recherche spécifiques liées à l'ABR.
• Établir une plateforme partagée pour faciliter la surveillance des ABR en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d'agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables pour les autorités de santé publique. Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives.

Le développement des trois principaux composants techniques de la plateforme (infrastructure informatique, bases de données microbiologiques multi-omiques intégrées et outils mathématiques et bioinformatiques) sera guidé par des cas d'utilisation spécifiques.

Le projet ABRomics-PF est dirigé par l'IFB et l'Institut Pasteur et est constitué d'un consortium de 45 équipes appartenant aux principaux organismes de recherche français. Ces équipes réunissent toutes les compétences nécessaires à la construction de cette plateforme (diversité de la recherche sur les ABR dans les domaines cliniques et fondamentaux, méthodes de modélisation mathématique et l'ensemble des compétences en informatique, bioinformatique, base de données et architecture informatique).  ABRomics-PF est financé à hauteur de 2 M€ pour 4 ans et débutera en septembre 2021.