Missions

Développement d'une méthode méta-pangénomique permettant de déterminer l’abondance de souches d’espèces bactériennes d'intérêt ainsi que la présence d'éléments génétiques mobiles portant des gènes d’antibiorésistance.

Activités

• Développer une méthode méta-pangénomique qui comprendra une étape d’alignement des lectures de séquençage sur des graphes de pangénome et de déconvolution pour quantifier les souches et identifier leurs régions génomiques variables
• Valider la méthode sur des jeux de données simulés et de référence
• Appliquer la méthode sur plusieurs projets métagénomiques pour étudier la dissémination de l’antibiorésistance
• Assurer une veille technologique et scientifique
• Publication de la méthode et participation à son intégration dans la plateforme ABRomics

Compétences

• Expérience
  - Doctorat en bioinformatique avec une composante développement méthodologique pour l’analyse de données massives
• Connaissances
  - Sur les algorithmes de graphes et méthodes de classification non supervisées
  - En (méta)génomique et dans les analyses bioinformatiques associées
  - En microbiologie (souhaitées)
• Compétences opérationnelles
  - Maîtrise de plusieurs langages de programmation dont Python
  - Gestion de projets logiciels
  - Utilisation de clusters de calcul sous l’environnement Linux
• Compétences comportementales
  - Capacité à travailler en équipe en présentiel et à distance
  - Bonne capacité de communication orale et écrite en anglais
  - Autonomie, rigueur, intégrité
  - Être force de proposition

Contexte de travail

Le projet ABRomics (financement PPR antibiorésistance) vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotiques. Ce projet est porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) et l’Institut Pasteur (IP ; www.pasteur.fr) et repose sur un réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniciens, des bioinformaticiens, des mathématiciens et la communauté de recherche au sens large. ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données dont le développement est assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

Le développement de la plateforme ABRomics repose sur plusieurs cas d’usage (use case). Dans le cadre du Use Case 3 qui a pour objectif de proposer de nouvelles stratégies de suivi de l’antibiorésistance à partir d’échantillons environnementaux ou cliniques (i.e. principalement du microbiote intestinal), nous proposons de développer une méthode d’analyse qui utilisera comme référence des graphes de pangénomes reconstruits par le logiciel PPanGGOLiN (github.com/labgem/ppanggolin). Cette méthode méta-pangénomique permettra de quantifier, à partir de données de séquençage (i.e. lectures métagénomiques courtes et longues), l’abondance de souches d’espèces bactériennes d'intérêt (i.e. ESKAPEE) ainsi que la présence d'éléments génétiques mobiles (MGE, e.g. plasmides, éléments intégratifs et conjugatifs) portant des gènes d’antibiorésistance.

l'IFB recrute un post-doctorant chargé du développement de cette nouvelle méthode, de sa validation et de son application sur plusieurs jeux de données pour étudier la dissémination de l’antibiorésistance. La personne sera recrutée au sein de l’équipe LABGeM et travaillera en étroite collaboration avec un ingénieur chargé de la constitution de la ressource de pangénomes de référence ainsi qu’avec les parties prenantes de la plateforme ABRomics impliquées dans le Use Case 3. Pour davantage d’information voir ce lien : https://www.abromics.fr/use-case/meta-pan-genomics-for-tracking-amr/

La personne sera recrutée au sein de l’équipe LABGeM (Genoscope UMR8030, Evry) et sera en interaction avec des chercheurs INRAE (unités MetaGenopolis et MaIAGE, Jouy-en-Josas) spécialisés en métagénomique et pangénomique. Il/elle participera, sur site et en visioconférence, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et/ou à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.