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Bioinformaticien.ne en gestion de données sur l'antibiorésistance 

Informations générales

Lieu de travail : Faculté de médecine Bichat, 16 rue Henri Huchard, 75018 Paris  
Type de contrat : 
CDD Technique/Administratif
Emploi type : A1A41 - Ingénieur biologiste en analyse de données

Durée du contrat : 12 mois (renouvelable 2 fois)
Date d'embauche prévue :  janvier/ février 2022
Quotité de travail : 
Temps complet
Rémunération : 
2400 euros bruts mensuels
Niveau d'études souhaité : 
Thèse d'Université

Postuler

 

Missions

La mission du poste sera conduite dans le cadre du projet ABRomics financé par le Plan Prioritaire de Recherche « Antibiorésistance » du Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Le projet ABRomics vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large. La plateforme répondra à deux objectifs principaux : - Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, d'origine humaine, animale et environnementale, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés permettant de répondre à des questions de recherche liées à l’antibiorésistance qui ne pourraient pas être abordées sans une telle plateforme. - Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l’antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d'agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables par les autorités de santé publique. Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives. La combinaison de ces deux objectifs est unique à ABRomics: en reliant l'investigation de terrain dans de multiples secteurs à la recherche fondamentale, nous pourrons aborder les problèmes cliniques et environnementaux les plus urgents en utilisant un arsenal actualisé d'outils mathématiques et bioinformatiques. Conformément à ces deux objectifs, ABRomics fournira un outil unique de stockage et d'analyse des données aux diverses communautés qui s'attaquent au problème de la résistance aux antibiotiques. La mission globale du poste est en lien direct avec la conception et le développement du Data Warehouse de la plateforme ABRomics qui sera hébergée sur l’infrastructure numérique de l’Institut Français de Bioinformatique (www.france-bioinformatique.fr), co-porteur du projet ABRomics. Le développement de cette plateforme numérique sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

 

Activités

Activités principales

  • Collecte et gestion de données de sources variées et hétérogènes sur l’antibiorésistance, assurer la qualité et l’intégrité des données cliniques et -omiques (utilisation des principes FAIR)

  • Garantir la bonne organisation des données du projet pour leur usage et leur traitement, leur exploitation optimale par des outils de visualisation, et leur stockage (flux des données)

Activités associées

Plus spécifiquement, les tâches du poste seront de :

  • Identifier les bases de données les plus pertinentes relatives à la résistance aux antibiotiques, à la virulence, à la détection des plasmides et autres éléments mobiles, à la prédiction du sérotype et du typage moléculaire et aux mutations associées à la Institut national de la santé et de la recherche médicale 2 résistance aux antibiotiques avec le support des experts de l’antibiorésistance d’ABRomics,
  • Collecter les génomes et métadonnées des souches bactériennes pathogènes disponibles dans les banques ou/et bases de données publiques, correspondant aux génomes de référence pour ABRomics.
  • Améliorer et conserver les connaissances sur les gènes de résistance sur la base des travaux antérieurs et des compétences du consortium.
  • Définir des processus pour les mises à jour automatique du contenu de l'entrepôt de données en fonction des mises à jour des bases de données collectées
  • Mettre en place les processus pour l'interopérabilité d’ABRomics avec les ressources d’intérêt qui ne seront pas intégrées à l’entrepôt de données.


Connaissances

  • Systèmes d’information et conception de bases de données relationnelles
  • Outils ETL (Extract, Tranform, Load) et langages de requêtes SQL & NoSQL
  • Biologie : connaissance en microbiologie (idéalement sur la résistance aux antibiotiques)
  • Langue anglaise : B2 à C1


Savoir-faire

  • Boinformatique: utilisation des méthodes d’analyse de génomes, du logiciel R pour les analyses statistiques et la génération de graphiques, etc.
  • Programmation : pratique de langages de programmation (par exemple Python)
  • Rédiger des documents scientifiques : rapports, revue de la littérature dans le domaine de la microbiologie
  • Présenter des résultats en Français et en Anglais


Aptitudes

  • Compréhension des architectures et environnements techniques sous Linux
  • Sens de l'organisation : intégration au sein d'une unité de recherche
  • Sens relationnel : travail en articulation avec différentes équipes de recherche et les différents profils de postes impliqués dans le projet ABROmics
  • Autonomie, sens de l’initiative



Formation:
Thèse d'Université,



Expérience :

  • Expérience dans la conception et la gestion de bases de données
  • Analyse de données de génomique microbienne
  • Rédaction de documents (rapports, articles scientifiques) en Anglais

 

Contexte de travail

 

Horaires pouvant varier selon la tenue de réunions. Des missions sont à prévoir avec les partenaires du consortium ABRomics pour maintenir la cohérence des développements de la plateforme qui sont réalisés sur différents sites, et assurer un encadrement optimal du candidat

 

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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