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Développeur*euse web pour la surveillance génomique COVID-19 H/F

Type de poste: CDD Technique/Administratif
Date de début: 01/09/2021
Durée: 24 mois
Ville: Roscoff ou Strasbourg ou Marseille ou Nantes ou Toulouse ou Jouy-en-Josas (plusieurs sites possibles)
Nom du contact: Jacques van Helden  
Mail du contact: jacques.van-helden@france-bioinformatique.fr
Plateforme: IFB-core
 
 
 
 
Missions
 
Dans le cadre du projet national EMERGEN, l'IFB est chargé de déployer un environnement numérique pour la surveillance génomique et la recherche concernant les maladies infectieuses émergentes. Pendant les deux premières années, le projet sera consacré au traitement des données COVID-19, mais l'environnement numérique couvrira à plus long terme l'ensemble des maladies infectieuses émergentes. Le développement de cette plateforme numérique sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

Le développeur web / bases de données sera chargé de:

=> Poursuivre le développement de la base de données EMERGEN-DB (emergen-db.france-bioinformatique.fr),
=> Équiper cette bases de données d'interfaces conviviales et programmatiques,
=> Assurer son déploiement sur les serveurs de l'IFB,
=> Assurer l'intégration et la mise à jour des données.

Il s'intégrera dans la task force mutualisée de l'IFB, dont il bénéficiera de l'appui et contribuera au développement du réseau national de ressources de calcul et stockage de l'IFB (National Network of Computing Resources).

 

Activités 

- Conception et développement de bases de données,
- Conception et développement d'interfaces utilisateurs (GUI) et d'interfaces programmatiques (API),
- Participation à des réunions avec les partenaires du projet EMERGEN pour assurer l'adéquation de la base de données avec les besoins des usagers,
- Rédaction de documentations pour les usagers, les administrateurs et les développeurs,
- Assurer une veille technologique,
- Participer à l'assistance et au support utilisateur.

 

Compétences 

Formation : Minimum Bac+3 (Licence professionnelle) à Bac+5 (Master)

=> Compétences techniques requises:

- Maîtrise du framework de développement Django,
- Bonne connaissance de Java script et des technologies web,
- Bonne connaissance des librairies graphiques, par exemple: plotly, chartJS, ...,
- Bonne connaissance du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns),
- Bonne connaissance des outils de test (unitaire) et des bonnes pratiques en qualité logicielle,
-Bonne connaissance de l'outil de versioning Git et des outils associés: Github, Gitlab Bonne connaissance de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure (django/python),
- Bonne connaissance Conception et requêtage de bases de données SQL,
- Connaissance de solutions de virtualisation (docker, singularity).

=> Compétences techniques appréciées:

- Bonne connaissance des cycles de développement en intégration continue,
- Connaissance des méthodes d'authentification et des annuaires (openLDAP, OpenID connect, Keycloak),
- Connaissance des outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.),
- Connaissance d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt, ...),
- Connaissance des environnements Linux,
- Culture du Logiciel Libre et Open Data.

=> Langues:

- Bonne connaissance du français oral et écrit,
- Compréhension de l'anglais oral et écrit.

=> Savoir-être :

- Capacité à travailler en mode projet et en équipe,
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur,
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités,
- Esprit d'équipe et sens de la collaboration,
- Capacité d'écoute et sens du contact,
- Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).

 

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions : (1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ; (3) d'anticiper les futurs développements du domaine ; (4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ; (5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ; (6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel; (7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.


► /! Conditions de travail /!

Attention, pour des raisons administratives le poste est affiché sur Evry, mais la personne sera recrutée sur l'un des sites d'implantation de l'IFB impliqués dans le projet EMERGEN. Ceci inclut notamment les plateformes suivantes : ABIMS (Roscoff), BigEst (Strasbourg), MMG-GBIT (Marseille), BIRD (Nantes), GenoToul (Toulouse), MIGALE (Jouy-en-Josas). La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des événements scientifiques.

 

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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