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DevOps pour la surveillance génomique COVID-19

Type de poste: CDD Technique/Administratif
Date de début: 15/06/2021
Durée: 24 mois
Ville: Roscoff ou Strasbourg ou Marseille ou Nantes ou Toulouse ou Jouy-en-Josas (plusieurs sites possibles)
Nom des contacts: Gildas Le Corguillé & Julien Seiler 
Mail du contact: lecorguille@sb-roscoff.fr seilerj@igbmc.fr
Plateforme: IFB-core
 
 
 
 
Missions
 
Dans le cadre du projet national EMERGEN, l'IFB est chargé de déployer un environnement numérique pour la surveillance génomique et la recherche concernant les maladies infectieuses émergentes. Pendant les deux premières années, le projet sera consacré au traitement des données COVID-19, mais l'environnement numérique couvrira à plus long terme l'ensemble des maladies infectieuses émergentes. Le développement de cette plateforme numérique sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

 

L'ingénieur, DevOps aura en charge l'évolution technique et l'automatisation du déploiement de l'ensemble des composants du NNCR-cluster en lien avec l'équipe-projet chargée de l'élaboration de cet environnement. L'évolution des composants se traduira par des contributions aux développements des principales solutions open-sources actuellement mises en œuvre, notamment les projets Galaxy (usegalaxy.fr), Jupyter, Slurm et RStudio. L'automatisation des déploiements devra s'effectuer dans une démarche d'intégration continue afin de garantir la très haute disponibilité de cette infrastructure nationale. L'ingénieur prendra notamment en charge l'automatisation des processus de mise en production, d'encapsulation (conteneurs), d'installation d'outils, de déploiement automatique d'environnements. Il/Elle devra aussi disposer de compétences en administration système sous Linux. Il/Elle sera intégré à une équipe composée de trois ingénieurs sous contrat et de plusieurs ingénieurs statutaires provenant de différents instituts et localisés sur l'ensemble du territoire.



 

Activités 

  •  Développer des recettes ou formules de déploiement pour différents composants de l'infrastructure NNCR.
  • Développer des outils logiciels pour l'administration du système.
  • Développer des composants ou des extensions pour les solutions open source Galaxy ou Jupyter.
  • Déployer ou développer des composants Web pour la gestion du système et/ou à destination des utilisateurs.
  • Adapter des applications web à l'utilisation d'une infrastructure cluster.
  • Porter des outils et environnements sous des FrameWork WEB.
  • Participer à l'administration d'une infrastructure de calcul de 4300 cœurs et 2 Po de stockage.
  • Contribuer aux installations des outils du domaine et des processus automatiques des banques de données.
  • Référencer et documenter les développements.
  • Assurer une veille technologique.

Activités associées :

  •  Présenter ses activités : webinar, réunions de travail...
  • Participer à l'assistance et au support utilisateur

 

 

Compétences 

Formation : Formation en informatique, niveau BAC + 3 minimum



Connaissances : 

  • Bonne connaissance des solutions de conteneurs et de gestion d'infrastructures pour applications conteneurisées.
  • Connaissance des méthodes d'authentification et des annuaires (LDAP…).
  • Bonne connaissance des environnements Linux (CentOS…) et techniques de virtualisation.
  • Bonne connaissance des cycles de développement en intégration continue

 

Savoir-faire : 

  • Maîtrise d'au moins un langage de scripting (Python…).
  • Maîtrise du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns).
  • Maîtrise des outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.).
  • Maîtrise d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt, ...).
  • Maîtrise de l'outil de versionning git.
  • Notions générales en architecture système et réseau
  • Compréhension de l'anglais oral et écrit.
  • Être capable de documenter, notamment sur des systèmes de type WiKi.
  • Maîtrise de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure (django/python)
  • Déploiement de containers via docker compose
  • Maîtrise de l'outil de versionning Git et des environnement web d'intégration continue associés (github, gitlab)
  • Compétences appréciées
  • Maîtrise des méthodes d'authentification et des annuaires (openLDAP, OpenID connect, Keycloak)
  • Maîtrise d'un gestionnaire de configuration pour le déploiement logiciel (i.e., Ansible)

 

Savoir-être : 

  • Capacité à travailler en mode projet et en équipe.

  • Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.

  • Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.

  • Esprit d'équipe et sens de la collaboration.

  • Capacité d'écoute et sens du contact.

  • Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence)..

 

 

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions : (1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ; (3) d'anticiper les futurs développements du domaine ; (4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ; (5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ; (6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel; (7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.

 



► /! Conditions de travail /!

Attention, pour des raisons administratives le poste est affiché sur Evry, mais la personne sera recrutée sur l'un des sites d'implantation de l'IFB impliqués dans le projet EMERGEN. Ceci inclut notamment les plateformes suivantes : ABIMS (Roscoff), BigEst (Strasbourg), MMG-GBIT (Marseille), BIRD (Nantes), GenoToul (Toulouse), MIGALE (Jouy-en-Josas). La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des événements scientifiques.

 

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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