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Ingénieur d'études bioinformaticien pour la diffusion internationale des données génomiques COVID-19 (courtage de données) H/F

Informations générales

Référence : UMS3601-VALSAI-050
Lieu de travail : Paris ou Marseille
Date de publication : 
jeudi 28 octobre 2021
Type de contrat : 
CDD Technique/Administratif
BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : 
Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Durée du contrat : 12 mois (renouvelable)
Date d'embauche prévue : 1 décembre 2021
Quotité de travail : 
Temps complet
Rémunération : 
A partir de 2172,74 brut selon experience
Niveau d'études souhaité : 
Bac+5
Expérience souhaitée : 
Indifférent

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Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; https://france-bioinformatique.fr/) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions :
(1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ;
(3) d'anticiper les futurs développements du domaine ;
(4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
(5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;
(6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel;
(7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.

Dans le contexte de la crise sanitaire COVID-19, l'IFB est chargé de déployer une plateforme bioinformatique pour la collecte, le traitement et l'organisation des données du projet de surveillance génomique EMERGEN, et d'assurer la soumission de ces données dans les dépôts internationaux. Le financement initial de 2 ans a été réservé aux données COVID-19, mais le projet a pour vocation de développer une infrastructure durable permettant de répondre rapidement à d'autres maladies infectieuses émergentes. Le projet EMERGEN s'articule avec les initiatives similaires des autres pays, dans le cadre du réseau ELIXIR et de l'ECDC.

L'IFB recrute un•e ingénieur•e d'études afin d'assurer le courtage des données du projet EMERGEN. Ceci consistera à assurer le lien entre les producteurs de données et les dépôts internationaux, afin de diffuser les données et d'assurer un contrôle de la qualité des données et des métadonnées.
La personne recrutée sera affectée à l'UMS CNRS 3601 IFB-core. Elle pourra être accueillie sur l'un des sites d'implantation de l'IFB associés au le projet EMERGEN, à Paris ou à Marseille. Son travail s'articulera avec les autres membres de l'équipe IFB-EMERGEN, qui inclut également des personnes chargées de la gestion des processus système (DevOps), du développement de la base de données (WebDev), de l'analyse des données (workflows).

Le candidat sélectionné sera localisé sur l'un des sites d'implantation de l'IFB localisés à Paris ou à Marseille.

La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.

- Accompagner les biologistes et bioinformaticiens des laboratoires séquenceurs pour le transfert de leurs données dans la base de données nationale de surveillance génomique EMERGEN-DB.
- Évaluer la qualité des métadonnées soumises à EMERGEN-DB.
- Évaluer la qualité des donnés de séquences produites par les laboratoires séquenceurs.
- Assurer la soumission des données aux bases de données internationales GISAID et EBI-ENA.
- Définir les procédures pour le suivi des soumissions aux dépôts internationaux (GISAID, EBI-ENA).

- Mettre en production le service de diffusion internationale des données génomiques COVID-19 (courtage de données) dans les ressources internationales GISAID et ENA en lien avec la ressource nationale EMERGEN-DB.
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données.
- Prendre en charge les analyses de contrôle qualité des données et métadonnées déposées dans EMERGEN-DB en lien avec leur diffusion dans les ressources internationales.
- Assurer le support technique et opérationnel aux équipes EMERGEN lors de la soumission de leurs données génomiques COVID-19
- Participer aux réunions de coordination concernant le volet bioinformatique du projet EMERGEN.
- Participer aux réunions européennes organisées par l'EBI et ELIXIR concernant le courtage des données.
- Organiser des sessions d'information et de formation pour les biologistes en coordination avec les personnes en charge de la coordination technique du/des projet(s)
- préparer les “guidelines” permettant aux biologistes de comprendre la démarche et la marche à suivre pour effectuer les dépôts sur les databases de référence
- aider à la mise en place d'un centre d'appui de type “helpdesk” pour les biologistes
- Développer un système automatisé pour produire des bilans de qualité des données et des métadonnées.
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études.
- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité.
- Participer aux réunions techniques avec les partenaires nationaux et internationaux en accord avec l'ingénieur responsable des projets

Compétences

Formation
- Master ou diplôme d'ingénieur en biologie et bioinformatique
- Formation ou expérience professionnelle en production et analyse des données omiques

Compétences techniques requises
- Bonne connaissance de la biologie en général et de la génomique en particulier
- Compétences en bioinformatique et gestion/analyse de données génomiques
- Connaissance des Systèmes d'Information et de gestion des données
- Connaissances de la “Science des données” et des principes “FAIR”, en particulier dans le domaine de la gestion et de l'analyse des données “omiques”.
- Connaissance d'un langage d'analyse de données (R ou Python)
- Connaissance des techniques de mise en place et de consommation d'API (Application Programming Interface)

Compétences techniques appréciées
- Une connaissance de Django n'est pas nécessaire mais constitue un atout pour le poste
- Une expérience en génomique virale est un atout supplémentaire.
- Une expérience préalable dans le développement d'une application interoperable via API serait un plus

Langues
- Bonne connaissance du français oral et écrit.
- Maîtrise de l'anglais écrit et parlé (projet européen, réunions fréquentes avec les autres partenaires)

Savoir-faire
- Travail à distance (équipe multi-site)
- Bonnes capacités de communication

Savoir-être
- Travail en équipe
- Qualités relationnelles

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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