Dimanche 25/11
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20:45 |
22:00 |
Présentation de l'école, des participants et intervenants |
Thierry Grange, Jacques van Helden, Matthias Zytnicki, Erwan Corre |
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Lundi 26/11
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8:30 |
9:15 |
Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications |
Thierry Grange |
NGS_Roscoff_2018_Grange.pdf |
9:15 |
10:15 |
Intro Linux |
Denis Puthier, Gildas Le Corguillé |
Gslides (pour copier-coller): https://tinyurl.com/ebai18-unix
pdf: presentation_linux_quick_2018.pdf
Correctif MobaXterm (Backspace Bug) : mobaHELP
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10:30 |
12:45 |
Arborescence Linux |
14:30 |
16:00 |
Qualité des lectures |
Denis Puthier, Gildas Le Corguillé |
Gslides: https://tinyurl.com/ebai18-mapping
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16:30 |
17:45 |
Read mapping |
17:45 |
19:00 |
Visualisation avec IGV |
Elodie Girard, Rachel Legendre |
IGV_cours.zip |
Mardi 27/11
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8:30 |
10:15 |
Introduction à R |
Hugo Varet, Olivier Kirsh & Jacques van Helden |
Gslides: https://tinyurl.com/ebai18-r-intro
pdf: Intro_R_2018.pdf
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17:45 |
19:00 |
Exposé d'ouverture: long reads |
Claude Thermes |
long_reads.pdf |
Atelier ChIP-seq
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Mardi 27/11
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10:45 |
12:45 |
ChIP-Seq: Design expérimental, qualité, mapping |
Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Swann Floc'hlay, Matthieu Defrance |
Info: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-0
Diapos: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-1 |
14:30 |
16:00 |
ChIP-Seq: Normalisation, peak-calling |
16:30 |
17:45 |
ChIP-Seq: Annotation des pics |
Mercredi 28/11
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8:30 |
10:15 |
ChIP-Seq: Annotation des pics |
Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Swann Floc'hlay, Matthieu Defrance |
Diapos: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-1 |
10:45 |
12:45 |
ChIP-Seq: Analyse des motifs |
14:30 |
16:00 |
Atelier RNA-seq
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Mardi 27/11
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10:45 |
12:45 |
RNA-Seq: Bioinformatics |
Rachel Legendre, Hugo Varet |
1 - RNAseq-EBAI2018.pdf
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14:30 |
16:00 |
RNA-Seq: General statistics |
2 - slides_stats_RNASeq_gene_2018.pdf
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16:30 |
17:45 |
RNA-Seq: General statistics |
3 - slides_stats_RNASeq_isoforms_2018.pdf
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Mercredi 28/11
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8:30 |
10:15 |
RNA-Seq: Practice SARTools |
Rachel Legendre, Hugo Varet |
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10:45 |
12:45 |
RNA-Seq: GSA (& Isoforms) |
Rachel Legendre, Hugo Varet |
4 - FGSA_Roscoff.pdf
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14:30 |
16:00 |
RNA-Seq: De novo assembly |
Erwan Corre |
5 - RNASeq_denovo_ITMO2018_red.pdf
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Atelier Variants
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Mardi 27/11
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10:45 |
12:45 |
Variants : Introduction et Processing Post-Alignement |
Maria Bernard, Olivier Rué, Elodie Girard |
1 - Introduction Atelier Variant.pdf
GSlides 1
2 - Processing Post-Alignement.pdf
GSlides 2
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14:30 |
16:00 |
Variants : Variant Calling |
Guillaume Robert-Siegwald |
3 - Variant calling.pdf
GSlides
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16:30 |
17:45 |
Variants : Filtrage et Annotation |
Olivier Rué, Élodie Girard |
4 - Filtrage & Annotation.pdf
GSlides
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Mercredi 28/11
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8:30 |
10:15 |
Variants : Variants structuraux |
Guillaume Robert-Siegwald |
5 - Variants Structuraux.pdf
Gslides
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10:45 |
12:45 |
Variants : Altération du nombre de copies |
Bastien Job |
6 - Variation du nombre de copies.pdf
Gslides
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14:30 |
16:00 |
Variants : Workflow et Conclusion |
Maria Bernard |
7 - Workflow & Conclusion.pdf
Gslides
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Mercredi 28/11
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16:45 |
18:00 |
Exposé d'ouverture: single cell |
Marc Deloger |
Intro_Single-Cell_20181127.pdf |
Jeudi 29/11
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8:30 |
12:45 |
Intégration de données |
Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez |
slide_mixOmics_2018.pdf
scriptsR.zip
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14:30 |
15:15 |
Intro Clusters |
Gildas Le Corguillé |
formation_cluster_v5.5_light_slurm.pdf |