Programme EBA-V8 2019 du 03-11-2019 au 08-11-2019

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Lundi 4/11
8:30	9:15	Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications	Thierry Grange	Diaporama
9:15	10:15	Intro Linux	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche	Correctif MobaXterm (bug "backspace") Présentation Linux Pre-processessing & mapping
10:30	12:45	Arborescence Linux
14:30	16:00	Qualité des lectures
16:30	17:45	Read mapping
17:45	19:00	Exposé d'ouverture: single cell	Morgane Thomas-Chollier, Bastien Job	Diaporama
Mardi 5/11
8:30	10:15	Introduction à R	Hugo Varet, Olivier Kirsh	Diaporama Script expression.txt annotation.csv
17:45	19:00	Exposé d'ouverture: long reads	Claude Thermes	Diaporama
Atelier ChIP-seq
Mardi 5/11
10:45	12:45	Design expérimental, qualité, mapping	Stéphanie Le Gras, Morgane Thomas-Chollier, Swann Floc'hlay	Introduction Diaporama Article
14:30	16:00	Normalisation, peak-calling
16:30	17:45	Annotation des pics
Mercredi 6/11
8:30	10:15	Annotation des pics	Stéphanie Le Gras, Morgane Thomas-Chollier, Swann Floc'hlay
10:45	12:45	Analyse des motifs
14:30	16:00	Analyse des motifs
Atelier RNA-seq
Mardi 5/11
10:45	12:45	Bioinformatique	Rachel Legendre	Diapoarama Workflow
14:30	16:00	Statistiques	Hugo Varet	Diaporama
16:30	17:45	Statistiques	Hugo Varet	Diaporama
Mercredi 6/11
8:30	10:15	SARTools	Rachel Legendre, Hugo Varet	Données
10:45	12:45	Enrichissement de gènes	Thibault Dayris	Diaporama TP
14:30	16:00	Assemblage de novo	Erwan Corre	Diaporama
Atelier Variants
Mardi 5/11
10:45	12:45	Introduction et Processing Post-Alignement	Olivier Rué, Elodie Girard	Cheat sheet Introduction Processing post-alignement
14:30	16:00	Variant Calling	Nadia Bessoltane	Diaporama
16:30	17:45	Filtrage et Annotation	Olivier Rué, Élodie Girard	Diaporama Workflow
Mercredi 6/11
8:30	10:15	Variants structuraux	Mathieu Charles	Diaporama
10:45	12:45	Altération du nombre de copies	Bastien Job	Diaporama
14:30	16:00	Workflow et Conclusion	Elodie Girard	Diaporama
Mercredi 6/11
16:45	18:00	Exposé d'ouverture: croisement de données	Matthias Zytnicki	Diaporama Solution
Jeudi 7/11
8:30	12:45	Intégration de données	Laura Cantini, Lucie Khamvongsa-Charbonnier	Diaporama TP Rmd TP html
14:30	15:15	Intro Clusters	Gildas Le Corguillé	Diaporama

Programme EBA-V7 2018 du 25-11-2018 au 29-11-2018

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Dimanche 25/11
20:45	22:00	Présentation de l'école, des participants et intervenants	Thierry Grange, Jacques van Helden, Matthias Zytnicki, Erwan Corre
Lundi 26/11
8:30	9:15	Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications	Thierry Grange	NGS_Roscoff_2018_Grange.pdf
9:15	10:15	Intro Linux	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé	Gslides (pour copier-coller): https://tinyurl.com/ebai18-unix pdf: presentation_linux_quick_2018.pdf Correctif MobaXterm (Backspace Bug) : mobaHELP
10:30	12:45	Arborescence Linux	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé
14:30	16:00	Qualité des lectures	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé	Gslides: https://tinyurl.com/ebai18-mapping pdf: pre_processessing_and_mapping_2018.pdf
16:30	17:45	Read mapping	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé
17:45	19:00	Visualisation avec IGV	Elodie Girard, Rachel Legendre	IGV_cours.zip
Mardi 27/11
8:30	10:15	Introduction à R	Hugo Varet, Olivier Kirsh & Jacques van Helden	Gslides: https://tinyurl.com/ebai18-r-intro pdf: Intro_R_2018.pdf
17:45	19:00	Exposé d'ouverture: long reads	Claude Thermes	long_reads.pdf
Atelier ChIP-seq
Mardi 27/11
10:45	12:45	ChIP-Seq: Design expérimental, qualité, mapping	Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Swann Floc'hlay, Matthieu Defrance	Info: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-0 Diapos: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-1
14:30	16:00	ChIP-Seq: Normalisation, peak-calling
16:30	17:45	ChIP-Seq: Annotation des pics
Mercredi 28/11
8:30	10:15	ChIP-Seq: Annotation des pics	Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Swann Floc'hlay, Matthieu Defrance	Diapos: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-1
10:45	12:45	ChIP-Seq: Analyse des motifs
14:30	16:00	ChIP-Seq: Analyse des motifs
Atelier RNA-seq
Mardi 27/11
10:45	12:45	RNA-Seq: Bioinformatics	Rachel Legendre, Hugo Varet	1 - RNAseq-EBAI2018.pdf
14:30	16:00	RNA-Seq: General statistics		2 - slides_stats_RNASeq_gene_2018.pdf
16:30	17:45	RNA-Seq: General statistics		3 - slides_stats_RNASeq_isoforms_2018.pdf
Mercredi 28/11
8:30	10:15	RNA-Seq: Practice SARTools	Rachel Legendre, Hugo Varet
10:45	12:45	RNA-Seq: GSA (& Isoforms)	Rachel Legendre, Hugo Varet	4 - FGSA_Roscoff.pdf
14:30	16:00	RNA-Seq: De novo assembly	Erwan Corre	5 - RNASeq_denovo_ITMO2018_red.pdf
Atelier Variants
Mardi 27/11
10:45	12:45	Variants : Introduction et Processing Post-Alignement	Maria Bernard, Olivier Rué, Elodie Girard	1 - Introduction Atelier Variant.pdf GSlides 1 2 - Processing Post-Alignement.pdf GSlides 2
14:30	16:00	Variants : Variant Calling	Guillaume Robert-Siegwald	3 - Variant calling.pdf GSlides
16:30	17:45	Variants : Filtrage et Annotation	Olivier Rué, Élodie Girard	4 - Filtrage & Annotation.pdf GSlides
Mercredi 28/11
8:30	10:15	Variants : Variants structuraux	Guillaume Robert-Siegwald	5 - Variants Structuraux.pdf Gslides
10:45	12:45	Variants : Altération du nombre de copies	Bastien Job	6 - Variation du nombre de copies.pdf Gslides
14:30	16:00	Variants : Workflow et Conclusion	Maria Bernard	7 - Workflow & Conclusion.pdf Gslides
Mercredi 28/11
16:45	18:00	Exposé d'ouverture: single cell	Marc Deloger	Intro_Single-Cell_20181127.pdf
Jeudi 29/11
8:30	12:45	Intégration de données	Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez	slide_mixOmics_2018.pdf scriptsR.zip
14:30	15:15	Intro Clusters	Gildas Le Corguillé	formation_cluster_v5.5_light_slurm.pdf

Programme EBA-V6 2017 du 12-11-2017 au 17-11-2017

SOS debug à utiliser en cas de problème.
formats récapitulatif des formats rencontrés.

Dimanche 12/11
20:30	22:00	Présentation des participants et intervenants
Lundi 13/11
8:45	9:20	Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications	Thierry Grange	NGS_Roscoff_2017_Grange.pdf
9:20	10:00		Claude Thermes	NGS_Roscoff_2017_Thermes.pdf
10:30	12:45	Arborescence Linux	Denis Puthier	Presentation_linux_quick_2017.pdf - Diaporama ouvert à vos commentaires unix-cmd-ref-092.pdf
14:30	16:00	Qualité des lectures	Denis Puthier & Gildas Le Corguillé	pre_processessing_and_mapping.pdf Diaporama R ouvert à vos commentaires
16:45	18:00	Read mapping	Denis Puthier & Gildas Le Corguillé
18:00	19:15	Visualisation	Elodie Girard	IGV_documentation.pdf IGV_Practical.pdf
Mardi 14/11
8:30	10:15	Introduction à R	Hugo Varet	slides_intro_R_roscoff_2017.pdf Tuto verbeux (pdf) Tuto verbeux (html) (source Rmd) Script du tuto (R) Solution de l'exercice fichier GTF (R) Tutos complémentaires
10:45	12:45	MinION	Delphine Naquin	MinION_slides_Delphine_v5_rac.pdf MinION_TP_v7.pdf
14:30	15:30	MinION	Delphine Naquin	MinION_slides_Delphine_v5_rac.pdf MinION_TP_v7.pdf
15:30	16:00	PacBio : théorie	Marc Deloger	PacBio_20171112.pdf Diapos format Gsheet Script bash pour tout reproduire
16:45	18:00	PacBio : TP Iso-Seq
18:00	19:15	PacBio : TP Iso-Seq
Mercredi 15/11
8:30	10:15	ChIP-Seq Design expérimental, qualité, mapping	Stephanie Legras	2013_Myers_PLoS Genet Intro Atelier Conclusion
8:30	10:15	RNA-Seq: de novo, mapping avec STAR	Erwann Corre, Rachel Legendre	Denovo Mapping STAR run_star.sh_.zip
8:30	10:15	Variants: introduction, qualité et alignement, R Stat/Graph 1	Maria Bernard, Manuel Lebeurrier, Elodie Girard	Introduction Atelier version pdf, html, zip Quality and alignment
10:45	12:45	ChIP-Seq normalisation, peak-calling	Stephanie Legras
10:45	12:45	RNA-Seq: Statistiques : plans d'expériences, graphiques de diagnostics, exploration,...	Hugo Varet	Stats
10:45	12:45	Variants : GATK preprocessing, GATK calling, R Stat/Graph 2	Guillaume Robert, Elodie Girard	presentation SNP calling
14:30	16:00	ChIP-Seq Annotation des pics	Violaine Saint-André, Stephanie Legras
14:30	16:00	RNA-Seq: Salmon, pratique statistiques générales	Claire Toffano-Nioche, Hugo Varet	Quantification Script R
14:30	16:00	Variants: filtre et annotation de variants	Kenza Bazi-Kabbaj	Filtration Variants Annotation Variants
16:45	18:00	ChIP-Seq Annotation des pics	Violaine Saint-André, Stephanie Legras
16:45	18:00	RNA-Seq : pratique statistique gène : DESeq2	Hugo Varet	Stats gene
16:45	18:00	Variants : R Stat / Graph 3, variations structurales	Elodie Girard, Maria Bernard	Structural variant detection
18:00	19:15	ChIP-Seq Analyse des motifs	Morgane Thomas-Chollier	workflow
18:00	19:15	RNA-Seq : pratique statistique isoforme : sleuth	Thibault Dayris	Differential Transcript Expression Analysis
18:00	19:15	Variants : R Stat / Graph 3, workflow et bilan	Maria	Conclusion
Jeudi 16/11
8:30	10:15	Intégration de données	Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez	mixOmics scripts_R
10:45	12:45	Intégration de données	Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez
Vendredi 17/11

Programme EBA-V5 2016 du 20-11-2016 au 25-11-2016

Les programmes suivants sont au format PDF :

Information sur les intervenants

Présentation_intervenants.pdf

Supports de cours

Dimanche 20/11
Lundi 21/11
8:45	Introduction sur le séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications	Thierry Grange	I01_NGS_Roscoff_2016_Grange.pdf
9:20	Introduction sur le séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications	Claude Thermes	I02_Thermes_ROSCOFF5.pdf
10:30	Les instances Galaxy pour les tutorats et cours	Christophe Caron	I03-intro-galaxy-instances-eba2016.pdf
10:40	Galaxy 0: Cloud IFB présentation et lancement de l'instance	Sandrine Perrin	G01_EBA_presentation_cloud_ifb_v2.pdf
11:45	Galaxy I: Initation à Galaxy	Maria Bernard	G02_Cours_GALAXY_Initiation_Roscoff2016.pdf
14:30	Méthodes d'alignement	Matthias Zytnicki	G03_Algorithmes de mapping.pdf
15:15	Galaxy II: common tools, contrôle de qualité; alignement; gestion des données	Gildas Le Corguillé	G045_16-11-21-galaxy-tp-initiation-II-0.3.pdf
16:45	Galaxy II: common tools, contrôle de qualité; alignement; gestion des données	Gildas Le Corguillé	G045_16-11-21-galaxy-tp-initiation-II-0.3.pdf
18:0	Galaxy III: Visualisation	Elodie Girard	G06_TP_IGV_2016.pdf
Mardi 22/11
8:30	ChIP-seq: qualité, normalisation, peak-calling	Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance	C01_ChIP_SEQ_EBA_2016-11-22.pdf
8:30	Variants: alignement et pré-traitement; GATK	Elodie Girard	V01_ITMO_2016_EG_from_fastq_to_mapping.pdf V02_Variant_Calling_GATK_TP.pdf
10:45	ChIP-seq: qualité, normalisation, peak-calling	Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance	cf session ChIP-seq précédente
10:45	Variants: alignement et pré-traitement; GATK	Elodie Girard	cf session Variants précédente
14:30	ChIP-seq: annotation des pics	Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance	cf session ChIP-seq précédente
14:30	Détection de variants	Yannick Boursin	V03a_Variant-Calling_Yannick-Boursin.pdf V03b_Variant-Calling_Yannick-Boursin_TP.pdf
16:45	ChIP-seq: analyse des motifs	Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance / Jacques van Helden	cf session ChIP-seqprécédente
16:45	Filtrage	Nicolas Lapalu	V04_FiltrageVariantNLapaluRoscoff2016.pdf V04b_FiltrageVariantNLapaluRoscoff2016TP.pdf
18:00	RNA-seq: expression différentielle niveau gène	Rachel Legendre	R01_EBA206_RNAseq_ref.pdf R01b_EBA2016_TP_RNA-seq.pdf
18:0	Workflow-visualisation	Maria Bernard
Mercredi 23/11
8:30	RNA-seq: fin expression différentielle niveau gène + début statistiques	Rachel Legendre + Hugo Varet	R02-R03_slidesRoscoff_stats_HVaret.pdf
8:30	Annotation de variants	Vivien Deshaies	V06_variants_annotation.pdf
10:45	RNA-seq: fin statistiques + début isoformes	Hugo Varet / Thibault Dayris + Claire Toffano-Nioche
10:45	Detection CNV	Elodie Girard	V07_ITMO_2016_EG_CNV.pdf
14:30	RNA-seq: fin isoformes	Thibault Dayris + Claire Toffano-Nioche	R04_EBA2016_RNAseq_Isoforms.pdf
14:30	Introduction au RAD-Seq	Yvan Le Bras	V08_Yvan Le Bras - Training RADSeq.pdf
16:45	Ligne de commande	Denis Puthier	x2go_to_IFB-VM.pdf presentation_linux_dputhier_eba_2016_latest.pdf
16:45	RNA-Seq de novo	Erwan Corre, Xi Liu	A01_Galaxy_RNASeq_denovo_ITMO2016.pdf A01b_Galaxy_RNASeq_denovo_ITMO2016_TP_v2red.pdf
18:00	Introduction aux stats avec R	Jacques van Helden	http://jvanheld.github.io/stats_avec_RStudio_EBA/
18:00	Petits ARN	Matthias Zytnicki	sRNA-Seq.pdf
Jeudi 24/11
8:30	Introduction aux stats avec R	Jacques van Helden
8:30	Petits ARN	Matthias Zytnicki
10:45	Ligne de commande	Denis Puthier
10:45	RNA-Seq de novo	Erwan Corre, Xi Liu
Vendredi 25/11

Autres ressources

formats.pdf

Programme EBA-V4 2015 du 27 septembre au 02 octobre 2015

Programme détaillé (pdf)

Programme synthétique (pdf)

Cours généraux

Sujet	Intervenant(s)	PDF
NGS: the basics	T. Grange	Download
Introduction to next-generation sequencing	C. Thermes	Download
Le cloud IFB et son instance Galaxy	C. Blanchet	Download
Vos traitements bioinformatiques avec Galaxy	S. Maman, M. Bernard	Download
Galaxy initiation	A. Lermine	Download
Visualization of Next Generation Sequencing Data using the Integrative Genomics Viewer (IGV)	A. Lermine	Download
Algorithmes de mapping	M. Zytnicki	Download

Variants

Sujet	Intervenant(s)	PDF
DNA-seq analysis : From raw reads to processed alignments	E. Girard	Download
Variant Filtering	N. Lapalu	Download
TP - Filtrage de Variants	N. Lapalu	Download
Variant Calling GATK	S. Marthey	Download
Pipeline d'annotation des variants	M. Bernard, R. Legendre, S. Rodriguez	Download
TP - Pipeline d'annotation des variants	M. Bernard, R. Legendre, S. Rodriguez	Download
Genomic Copy-Number Analysis	B. Job	Download
Copy Number Variations Detection - TD	B. Job	Download

RNA-seq

Sujet	Intervenant(s)	PDF
Analyse différentielle de données RNA-Seq : planification, description, exploration et modélisation	H. Varet	Download
TP RNA-seq : Differential expression analysis	C. Billerey	Download
Isoform detection and quantification from RNA-Seq data	T. Dayris, C. Toffano-Nioche	Download

ChIP-seq

Sujet	Intervenant(s)	PDF
Tutorials: ChIP-seq data analysis	D. Puthier	Link
ChIP-seq analysis	M. Defrance, C. Herrmann, S. Le Gras, D. Puthier, M. Thomas.Chollier	Download
ChIP-seq Annotation and Visualization - How to add biological meaning to peaks	M. Defrance, C. Herrmann, D. Puthier, M. Thomas-Chollier, S. Le Gras, J. van Helden	Download
Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT)	J. van Helden	Link
ChIP-seq: Discovering motifs in peak sequences	J. van Helden	Download

Cours généraux

Sujet	Intervenant(s)	PDF
Statistiques NGS avec R, un premier contact intuitif NGS statistics with R: an intuitive primer	J. van Helden	Link
Assemblage de-novo de transcriptome - Trinity	E. Corre	Download
RNA‐seq de novo	E. Corre	Download
Eukaryotic small RNA - Small RNAseq data analysis for miRNA identification	P. Bardou, C. Gaspin, J. Mariette, O. Rué, M. Zytnicki	Download
Commandes Unix : pour les débutants	D. Puthier, M. Defrance, S. Le Gras, C. Blanchet	Download Link

Programme EBA-V4 d'octobre 2014

Plaquette au format PDF ou DOCX
Programme au format PDF

Cours généraux

Sujet	Intervenant(s)	Slides
Introduction to NGS	C. Thermes	PDF
NGS : the basics	T. Grange	PDF
Mapping Algorithms	M. Zytnicki	PDF - Notes
Visualization with the Integrative Genomics Viewer (IGV) - TP	É. Girard	PDF
A short Introduction to UCSC Genome Browser	N. Servant	PDF
Advanced workflow management	M. Zytnicki	PDF
Initiation aux libraires Galaxy	G. Le Corguille	PDF
Statistical challenges in data analysis	J. Aubert	PDF

Galaxy

Sujet	Intervenant(s)	Slides
Infrastucture Galaxy	C. Caron	PDF
Vos traitements bioinformatiques avec GALAXY	M. Bernard	PDF
GALAXY INITIATION - TP	A. Lermine	PDF
Pipeline d’annotation des variants génétiques	S. Rodriguez et M. Bernard	PDF
Pipeline d’annotation des variants génétiques sous Galaxy - TP	S. Rodriguez et M. Bernard	PDF
Advanced workflow management	M. Zytnicki	PDF
Initiation aux libraires Galaxy	G. Le Corguille	PDF

Variants

Sujet	Intervenant	Slides
DNA-seq analysis, From raw reads to processed alignments	É. Girard	PDF
Variant Filtering	N. Lapalu	PDF
Atelier Détection de Variants - TP Filtrage de Variants	N. Lapalu	PDF
Détection de varians (Variant calling)	O. Sand	PDF
Variant Calling avec GATK - TP	O. Sand	PDF
Statistics (and Algorithms) for Change-Point Detection in Genomics: Detection of CNV and others	S. Robin	PDF

RNA-Seq

Sujet	Intervenant	Slides
RNA-seq with reference genome : What kind of information can be extracted from it ?	M. Deloger	PDF
Differential expression analysis - TP	M. Deloger	PDF
RNA-seq with reference genome : What about transcripts reconstruction ?	M. Deloger	PDF
Splicing variants analysis	M. Deloger	PDF
Assemblage de-novo de transcriptome	E. Corre	PDF
Assemblage de-novo de transcriptome - TP	E. Corre	PDF

ChIP-Seq

Sujet	Intervenant(s)	Slides
ChIP-seq Analysis	C. Herrmann	PDF
ChIP-seq Annotation and Visualization: How to add biological meaning to peaks	M. Defrance, M. Thomas-Chollier, C. Herrmann et D. Puthier	PDF
Détection de motifs dans les pics ChIP-seq	M. Thomas-Chollier, M. Defrance, C Herrmann et D. Puthier	PDF

Cloud IFB

Sujet	Intervenant	Slides
Institut Français de Bioinformatique, Un cloud au service du vivant	C. Blanchet	PDF
Utilisation du cloud IFB	C. Blanchet	PDF

Exposés d'ouverture

Sujet	Intervenant(s)	Slides
Séquencage RAD tags, mise en oeuvre et applications	E. Pante	PDF
Introduction to non coding RNA	C. Gaspin	PDF

Programme EBA-V2 de Novembre 2013

Programme au format PDF ou DOCX
Plaquette au format PDF ou DOCX

General Talks

Sujet	Intervenant	Slides
The station biologique de Roscoff: a brieve introduction	B. Kloareg	PDF
Bioinformatique sur cloud: cas d'usage avec le portail Galaxy	C. Blanchet	PDF
Old generation statistics for next generation sequencing	J. Van Helden	PDF
Mapping Algorithms	M. Zytinicki	PDF
Introduction to NGS	C. Thermes	PDF
NGS: the basics	T. Grange	PDF
Statistical challenges in RNA-Seq data analysis	J. Aubert	PDF
Introductions aux formats de fichiers	A. Lermine, O. Inizan	PDF

Galaxy

Sujet	Intervenant(s)	Slides
Introduction à Galaxy	A. Lermine, O. Inizan	PDF
Initiation to Galaxy: Variant detection into chromosome 4 of the human genome	A. Lermine	PDF

Variants

Sujet	Intervenant	Slides
Pipeline d'annotation des variants génétiques	S. Rodriguez, M. Bernard	PDF
Mapping Exome-seq data	E. Girard	PDF
Le contrôle de la qualité sur les données fastq	O. Inizan	PDF
Variant calling in Exome-seq data using Varscan	E. Girard	PDF
Atelier détection des variants: filtrage des variants	S. Gallina	PDF
Atelier détection des variants: filtrage des variants - TP	S. Gallina	PDF
Development of a workflow for SNP detection: MAPHIT	N. Choisne	PDF
MAPHIT Tutorial - TP	N. Choisne	PDF
Genome Analysis Toolkit	S. Marthey, O. Rué	PDF
Variant calling in RNA-seq data using Varscan	E. Girard	PDF
Pipeline d'annotation des variants génétiques	S. Rodriguez, M. Bernard	PDF
Pipeline d'annotation des variants génétiques sous Galaxy - TP	S. Rodriguez, M. Bernard	PDF
Preprocessing et Variant Calling avec GATK - TP	S. Marthey	PDF
Complete Genome Analysis: structural variation detection	A. Lermine	PDF
Statistics for Change-Point Detection in Genomics: Detection of CNV and others	R. Lebarbier	PDF
Identify structural variants with SVDetect	??	PDF
Complete Genome Analysis: Detection of copy number alterations and loss of heterozygosity	A. Lermine	PDF
Identifying copy number alterations and genotype with Control-FREEC	A. Lermine	PDF

RNA-Seq

Sujet	Intervenant	Slides
Analysis of RNA-seq Data	C. Chen	PDF
Protocol for RNA-seq session	C. Chen	PDF
A New pipeline for differential expression	Y. Luo	PDF
Analysis of RNA-seq data	D. Naquin, C. Chen	PDF
What can you do with S-MART to analyze your RNA-Seq data	M. Zytnicki	PDF
RNA-Seq Analysis: de novo assembly	E. Corre	PDF
RNA-Seq Analysis: de novo assembly - TP	E. Corre	PDF
Assemblage de novo de transcriptomes	E. Corre	PDF
RNA-Seq de novo - TP	E. Corre	PDF
small RNA-seq data analysis: miRNA detection	P. Bardou, W. Carré, C. Gaspin, S. Maman, J. Mariette, O. Rué	PDF
Formation sRNA-Seq: Analysis des miRNAs sous Galaxy	P. Bardou, I. Nabihoudine, C. Gaspin, O. Rué, S. Maman	PDF
Hands-on session: smallRNA-seq	N. Servant	PDF

ChIP-seq

Sujet	Intervenant	Slides
Motif based analysis of ChIP-seq peaks or Did we loose the genetic switch?	J. Van Helden	PDF
Practical: motif analysis on ChIP-seq peaks	J. Van Helden	PDF
Protocol: annotation of ChIP-seq peaks	??	PDF
Protocol: peak-calling for ChIP-seq data / segmentation analysis for histone modification data	J. Van Helden	PDF
Integrated analysis of sequencing data: how to combine *-seq data	M. Defrance	PDF
Nebula - A web-server for advanced ChIP-seq data analysis	V. Boeva	PDF
ChIP-seq Analysis	J. Van Helden, M. Defrance, C. Herrmann, D. Puthier, N. Servant, M. Thomas-Chollier, O.Sand	PDF
Functional annotation of ChIP-peaks	??	PDF
Interpretation of ChIP-seq and ChIP-exo data	M. Thomas-Chollier	PDF
Evaluation de la qualité des pics sur base de la densité de reads	M. Thomas-Chollier	PDF
ChIP-seq Analysis	??	PDF

Programme EBA-V1 de janvier 2013

Plaquette au format PDF
Programme au format PDF ou Docx

General talks

Sujet	Intervenant	Téléchargement(s)
Accueil	Christine Lemaitre	PDF ou PPT
NGS: the basics	Thierry Grange	PDF ou PPT
Algorithmes de mapping	Matthias Zytnicki	PDF
Introduction to NGS	Claude Thermes	PDF
Statistical challenges in RNA-seq data analysis	Julie Aubert	PDF

Galaxy

Sujet	Intervenant(s)	Téléchargement
Introduction à Galaxy	Alban Lermine et Olivier Inizan	PDF
TP Initiation à galaxy: "Variant detection of the chromosome 4 of the human genome"	Alban Lermine	PDF

CNV

Sujet	Intervenant	Téléchargement
TP Detection des CNV - Description	??	PDF
TP Detection des CNV - Protocole	??	PDF
TP Detection des CNV - Topo	Bastien Job	PDF
Statistic for Change-Point Dectection in Genomics	Stéphane Robin	PDF
Pipeline d'annotation des variants génétiques	Sabrina Rodriguez et Maria Bernard	PDF
SVDetect: a tool to identify genomics structural variations	Bruno Zeitouni	PDF
SVDetect TP	Bruno Zeitouni	PDF

RNA-Seq

Sujet	Intervenant	Téléchargement
RNASeq Analysis: de novo assembly	Erwan Corre	PDF
Protocol to identify the genes differentially expressed in 2 human cell lines	Delphine Naquin	PDF
What can you do with S-MART to analyze your RNA-seq data	Mathias Zytnicki	PDF

ChIP-Seq

Sujet	Intervenant	Téléchargement
Chip-Seq Analysis	J. Van Helden	PDF

Liste des intervenants

Photo de groupe

Programme EBA-V8 2019 du 03-11-2019 au 08-11-2019

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Lundi 4/11

Mardi 5/11

Atelier ChIP-seq

Mardi 5/11

Mercredi 6/11

Atelier RNA-seq

Mardi 5/11

Mercredi 6/11

Atelier Variants

Mardi 5/11

Mercredi 6/11

Mercredi 6/11

Jeudi 7/11

Programme EBA-V7 2018 du 25-11-2018 au 29-11-2018

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Dimanche 25/11

Lundi 26/11

Mardi 27/11

Atelier ChIP-seq

Mardi 27/11

Mercredi 28/11

Atelier RNA-seq

Mardi 27/11

Mercredi 28/11

Atelier Variants

Mardi 27/11

Mercredi 28/11

Mercredi 28/11

Jeudi 29/11

Programme EBA-V6 2017 du 12-11-2017 au 17-11-2017

Dimanche 12/11

Lundi 13/11

Mardi 14/11

Mercredi 15/11

Jeudi 16/11

Vendredi 17/11

Programme EBA-V5 2016 du 20-11-2016 au 25-11-2016

Information sur les intervenants

Supports de cours

Autres ressources

Programme EBA-V4 2015 du 27 septembre au 02 octobre 2015

Cours généraux

Variants

RNA-seq

ChIP-seq

Cours généraux

Programme EBA-V4 d'octobre 2014

Cours généraux

Galaxy

Variants

RNA-Seq

ChIP-Seq

Cloud IFB

Exposés d'ouverture

Programme EBA-V2 de Novembre 2013

General Talks

Galaxy

Variants

RNA-Seq

ChIP-seq

Programme EBA-V1 de janvier 2013

General talks

Galaxy

CNV

RNA-Seq

ChIP-Seq