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Programme EBA-V6 2017 du 12-11-2017 au 17-11-2017

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Dimanche 25/11

20:45 22:00 Présentation de l'école, des participants et intervenants Thierry Grange, Jacques van Helden, Matthias Zytnicki, Erwan Corre  

Lundi 26/11

8:30 9:15 Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Thierry Grange NGS_Roscoff_2018_Grange.pdf
9:15 10:15 Intro Linux Denis Puthier, Gildas Le Corguillé Gslides (pour copier-coller): 
https://tinyurl.com/ebai18-unix

pdf: presentation_linux_quick_2018.pdf

Correctif MobaXterm (Backspace Bug) : mobaHELP

10:30 12:45 Arborescence Linux
14:30 16:00 Qualité des lectures Denis Puthier, Gildas Le Corguillé Gslides: https://tinyurl.com/ebai18-mapping
16:30 17:45 Read mapping
17:45 19:00 Visualisation avec IGV Elodie Girard, Rachel Legendre IGV_cours.zip

Mardi 27/11

8:30 10:15 Introduction à R Hugo Varet, Olivier Kirsh & Jacques van Helden Gslides: https://tinyurl.com/ebai18-r-intro

pdf: Intro_R_2018.pdf

17:45 19:00 Exposé d'ouverture: long reads Claude Thermes long_reads.pdf

Atelier ChIP-seq

Mardi 27/11

10:45 12:45 ChIP-Seq: Design expérimental, qualité, mapping Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Swann Floc'hlay, Matthieu Defrance Info: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-0
Diapos: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-1
14:30 16:00 ChIP-Seq: Normalisation, peak-calling
16:30 17:45 ChIP-Seq: Annotation des pics

Mercredi 28/11

8:30 10:15 ChIP-Seq: Annotation des pics Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Swann Floc'hlay, Matthieu Defrance Diapos: https://tinyurl.com/ebai18-chip-seq-1
10:45 12:45 ChIP-Seq: Analyse des motifs
14:30 16:00

Atelier RNA-seq

Mardi 27/11

10:45 12:45 RNA-Seq: Bioinformatics Rachel Legendre, Hugo Varet 1 - RNAseq-EBAI2018.pdf
14:30 16:00 RNA-Seq: General statistics 2 - slides_stats_RNASeq_gene_2018.pdf
16:30 17:45 RNA-Seq: General statistics 3 - slides_stats_RNASeq_isoforms_2018.pdf

Mercredi 28/11

8:30 10:15 RNA-Seq: Practice SARTools Rachel Legendre, Hugo Varet  
10:45 12:45 RNA-Seq: GSA (& Isoforms) Rachel Legendre, Hugo Varet 4 - FGSA_Roscoff.pdf
14:30 16:00 RNA-Seq: De novo assembly Erwan Corre 5 - RNASeq_denovo_ITMO2018_red.pdf

Atelier Variants

Mardi 27/11

10:45 12:45 Variants : Introduction et Processing Post-Alignement Maria Bernard, Olivier Rué, Elodie Girard 1 - Introduction Atelier Variant.pdf

GSlides 1

2 - Processing Post-Alignement.pdf

GSlides 2

14:30 16:00 Variants : Variant Calling Guillaume Robert-Siegwald 3 - Variant calling.pdf

GSlides

16:30 17:45 Variants : Filtrage et Annotation Olivier Rué, Élodie Girard 4 - Filtrage & Annotation.pdf

GSlides

Mercredi 28/11

8:30 10:15 Variants : Variants structuraux Guillaume Robert-Siegwald 5 - Variants Structuraux.pdf

Gslides

10:45 12:45 Variants : Altération du nombre de copies Bastien Job 6 - Variation du nombre de copies.pdf

Gslides

14:30 16:00 Variants : Workflow et Conclusion Maria Bernard 7 - Workflow & Conclusion.pdf

Gslides

 

Mercredi 28/11

16:45 18:00 Exposé d'ouverture: single cell Marc Deloger Intro_Single-Cell_20181127.pdf

Jeudi 29/11

8:30 12:45 Intégration de données Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez slide_mixOmics_2018.pdf

scriptsR.zip

14:30 15:15 Intro Clusters Gildas Le Corguillé formation_cluster_v5.5_light_slurm.pdf

Programme EBA-V6 2017 du 12-11-2017 au 17-11-2017

  • SOS debug à utiliser en cas de problème.
  • formats récapitulatif des formats rencontrés.

 

Dimanche 12/11

20:30 22:00 Présentation des participants et intervenants

Lundi 13/11

8:45 9:20 Introduction au séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Thierry Grange NGS_Roscoff_2017_Grange.pdf
9:20 10:00 Claude Thermes NGS_Roscoff_2017_Thermes.pdf
10:30 12:45 Arborescence Linux Denis Puthier Presentation_linux_quick_2017.pdf

Diaporama ouvert à vos commentaires

unix-cmd-ref-092.pdf

14:30 16:00 Qualité des lectures Denis Puthier & Gildas Le Corguillé pre_processessing_and_mapping.pdf

Diaporama R ouvert à vos commentaires

 

16:45 18:00 Read mapping
18:00 19:15 Visualisation Elodie Girard IGV_documentation.pdf

IGV_Practical.pdf

Mardi 14/11

8:30 10:15 Introduction à R Hugo Varet slides_intro_R_roscoff_2017.pdf

 

Tuto verbeux (pdf) 

Tuto verbeux (html) (source Rmd)

Script du tuto (R)

Solution de l'exercice fichier GTF (R) 

Tutos complémentaires

10:45 12:45 MinION Delphine Naquin MinION_slides_Delphine_v5_rac.pdf

 MinION_TP_v7.pdf

14:30 15:30
15:30 16:00 PacBio : théorie Marc Deloger PacBio_20171112.pdf

Diapos format Gsheet

Script bash pour tout reproduire

16:45 18:00 PacBio : TP Iso-Seq
18:00 19:15

Mercredi 15/11

8:30 10:15 ChIP-Seq Design expérimental, qualité, mapping Stephanie Legras 2013_Myers_PLoS Genet

Intro

Atelier

Conclusion

8:30 10:15 RNA-Seq: de novo, mapping avec STAR Erwann Corre, Rachel Legendre Denovo

Mapping STAR

run_star.sh_.zip

8:30 10:15 Variants: introduction, qualité et alignement, R Stat/Graph 1 Maria Bernard, Manuel Lebeurrier, Elodie Girard Introduction

Atelier version pdf, html, zip

Quality and alignment

10:45 12:45 ChIP-Seq normalisation, peak-calling Stephanie Legras  
10:45 12:45 RNA-Seq: Statistiques : plans d'expériences, graphiques de diagnostics, exploration,... Hugo Varet Stats
10:45 12:45 Variants : GATK preprocessing, GATK calling, R Stat/Graph 2 Guillaume Robert, Elodie Girard presentation SNP calling
14:30 16:00 ChIP-Seq Annotation des pics Violaine Saint-André, Stephanie Legras  
14:30 16:00 RNA-Seq: Salmon, pratique statistiques générales Claire Toffano-Nioche, Hugo Varet Quantification

Script R

14:30 16:00 Variants: filtre et annotation de variants Kenza Bazi-Kabbaj Filtration Variants

Annotation Variants

16:45 18:00 ChIP-Seq Annotation des pics Violaine Saint-André, Stephanie Legras  
16:45 18:00 RNA-Seq : pratique statistique gène : DESeq2 Hugo Varet Stats gene
16:45 18:00 Variants : R Stat / Graph 3, variations structurales Elodie Girard, Maria Bernard Structural variant detection
18:00 19:15 ChIP-Seq Analyse des motifs Morgane Thomas-Chollier workflow
18:00 19:15 RNA-Seq : pratique statistique isoforme : sleuth Thibault Dayris Differential Transcript Expression Analysis
18:00 19:15 Variants : R Stat / Graph 3, workflow et bilan Maria Conclusion

Jeudi 16/11

8:30 10:15 Intégration de données Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez mixOmics

scripts_R

10:45 12:45 Intégration de données Sébastien Déjean, Ignacio Gonzalez  

Vendredi 17/11

 

Programme EBA-V5 2016 du 20-11-2016 au 25-11-2016

Les programmes suivants sont au format PDF :

Information sur les intervenants

Présentation_intervenants.pdf

Supports de cours

Dimanche 20/11
Lundi 21/11
8:45 Introduction sur le séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Thierry Grange I01_NGS_Roscoff_2016_Grange.pdf
9:20 Introduction sur le séquençage: technologies disponibles, types de librairies, applications Claude Thermes I02_Thermes_ROSCOFF5.pdf
10:30 Les instances Galaxy pour les tutorats et cours Christophe Caron I03-intro-galaxy-instances-eba2016.pdf
10:40 Galaxy 0: Cloud IFB présentation et lancement de l'instance Sandrine Perrin G01_EBA_presentation_cloud_ifb_v2.pdf
11:45 Galaxy I: Initation à Galaxy Maria Bernard G02_Cours_GALAXY_Initiation_Roscoff2016.pdf
14:30 Méthodes d'alignement Matthias Zytnicki G03_Algorithmes de mapping.pdf
15:15 Galaxy II: common tools, contrôle de qualité; alignement; gestion des données Gildas Le Corguillé G045_16-11-21-galaxy-tp-initiation-II-0.3.pdf
16:45 Galaxy II: common tools, contrôle de qualité; alignement; gestion des données Gildas Le Corguillé G045_16-11-21-galaxy-tp-initiation-II-0.3.pdf
18:0 Galaxy III: Visualisation Elodie Girard G06_TP_IGV_2016.pdf
Mardi 22/11
8:30 ChIP-seq: qualité, normalisation, peak-calling Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance C01_ChIP_SEQ_EBA_2016-11-22.pdf
8:30 Variants: alignement et pré-traitement; GATK Elodie Girard

V01_ITMO_2016_EG_from_fastq_to_mapping.pdf

V02_Variant_Calling_GATK_TP.pdf

10:45 ChIP-seq: qualité, normalisation, peak-calling Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance cf session ChIP-seq précédente
10:45 Variants: alignement et pré-traitement; GATK Elodie Girard cf session Variants précédente
14:30 ChIP-seq: annotation des pics Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance cf session ChIP-seq précédente
14:30 Détection de variants Yannick Boursin

V03a_Variant-Calling_Yannick-Boursin.pdf

V03b_Variant-Calling_Yannick-Boursin_TP.pdf

16:45 ChIP-seq: analyse des motifs Stéphanie Legras / Denis Puthier / Tao Ye / Céline Hernandez / Matthieu Defrance / Jacques van Helden cf session ChIP-seqprécédente
16:45 Filtrage Nicolas Lapalu

V04_FiltrageVariantNLapaluRoscoff2016.pdf

V04b_FiltrageVariantNLapaluRoscoff2016TP.pdf

18:00 RNA-seq: expression différentielle niveau gène Rachel Legendre

R01_EBA206_RNAseq_ref.pdf

R01b_EBA2016_TP_RNA-seq.pdf

18:0 Workflow-visualisation Maria Bernard  
Mercredi 23/11
8:30 RNA-seq: fin expression différentielle niveau gène + début statistiques Rachel Legendre + Hugo Varet R02-R03_slidesRoscoff_stats_HVaret.pdf
8:30 Annotation de variants Vivien Deshaies V06_variants_annotation.pdf
10:45 RNA-seq: fin statistiques + début isoformes Hugo Varet / Thibault Dayris + Claire Toffano-Nioche  
10:45 Detection CNV Elodie Girard V07_ITMO_2016_EG_CNV.pdf
14:30 RNA-seq: fin isoformes Thibault Dayris + Claire Toffano-Nioche R04_EBA2016_RNAseq_Isoforms.pdf
14:30 Introduction au RAD-Seq Yvan Le Bras V08_Yvan Le Bras - Training RADSeq.pdf
16:45 Ligne de commande Denis Puthier

x2go_to_IFB-VM.pdf

presentation_linux_dputhier_eba_2016_latest.pdf

16:45 RNA-Seq de novo Erwan Corre, Xi Liu

A01_Galaxy_RNASeq_denovo_ITMO2016.pdf

A01b_Galaxy_RNASeq_denovo_ITMO2016_TP_v2red.pdf

18:00 Introduction aux stats avec R Jacques van Helden http://jvanheld.github.io/stats_avec_RStudio_EBA/
18:00 Petits ARN Matthias Zytnicki sRNA-Seq.pdf
Jeudi 24/11
8:30 Introduction aux stats avec R Jacques van Helden  
8:30 Petits ARN Matthias Zytnicki  
10:45 Ligne de commande Denis Puthier  
10:45 RNA-Seq de novo Erwan Corre, Xi Liu  
Vendredi 25/11

Autres ressources

Programme EBA-V4 2015 du 27 septembre au 02 octobre 2015

 

Cours généraux

Sujet Intervenant(s) PDF
NGS: the basics  T. Grange Download
Introduction to next-generation sequencing C. Thermes Download
Le cloud IFB et son instance Galaxy C. Blanchet Download
Vos traitements bioinformatiques avec Galaxy S. Maman, M. Bernard Download
Galaxy initiation A. Lermine Download
Visualization of Next Generation Sequencing Data using the Integrative Genomics Viewer (IGV) A. Lermine Download
Algorithmes de mapping M. Zytnicki Download

 

Variants

Sujet Intervenant(s) PDF
DNA-seq analysis : From raw reads to processed alignments E. Girard Download
Variant Filtering N. Lapalu Download
TP - Filtrage de Variants N. Lapalu Download
Variant Calling GATK S. Marthey Download
Pipeline d'annotation des variants M. Bernard, R. Legendre, S. Rodriguez Download
TP - Pipeline d'annotation des variants M. Bernard, R. Legendre, S. Rodriguez Download
Genomic Copy-Number Analysis B. Job Download
Copy Number Variations Detection - TD B. Job Download

 

RNA-seq

Sujet Intervenant(s) PDF
Analyse différentielle de données RNA-Seq : planification, description, exploration et modélisation H. Varet Download
TP RNA-seq : Differential expression analysis C. Billerey Download
Isoform detection and quantification from RNA-Seq data T. Dayris, C. Toffano-Nioche Download

 

ChIP-seq

Sujet Intervenant(s) PDF
Tutorials: ChIP-seq data analysis D. Puthier Link
ChIP-seq analysis M. Defrance, C. Herrmann, S. Le Gras, D. Puthier, M. Thomas.Chollier Download
ChIP-seq Annotation and Visualization - How to add biological meaning to peaks M. Defrance, C. Herrmann, D. Puthier, M. Thomas-Chollier, S. Le Gras, J. van Helden Download
Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) J. van Helden Link
ChIP-seq: Discovering motifs in peak sequences J. van Helden Download

 

Cours généraux

Sujet Intervenant(s) PDF
Statistiques NGS avec R, un premier contact intuitif NGS statistics with R: an intuitive primer J. van Helden Link
Assemblage de-novo de transcriptome - Trinity E. Corre Download
RNA‐seq de novo E. Corre Download
Eukaryotic small RNA - Small RNAseq data analysis for miRNA identification P. Bardou, C. Gaspin, J. Mariette, O. Rué, M. Zytnicki Download
Commandes Unix : pour les débutants D. Puthier, M. Defrance, S. Le Gras, C. Blanchet Download
Link

Programme EBA-V4 d'octobre 2014

Plaquette au format PDF ou DOCX
Programme au format PDF

Cours généraux

Sujet Intervenant(s) Slides
Introduction to NGS C. Thermes PDF
NGS : the basics T. Grange PDF
Mapping Algorithms M. Zytnicki PDF - Notes
Visualization with the Integrative Genomics Viewer (IGV) - TP É. Girard PDF
A short Introduction to UCSC Genome Browser N. Servant PDF
Advanced workflow management M. Zytnicki PDF
Initiation aux libraires Galaxy G. Le Corguille PDF
Statistical challenges in data analysis J. Aubert PDF

 

Galaxy

Sujet Intervenant(s) Slides
Infrastucture Galaxy C. Caron PDF
Vos traitements bioinformatiques avec GALAXY M. Bernard PDF
GALAXY INITIATION - TP A. Lermine PDF
Pipeline d’annotation des variants génétiques S. Rodriguez et M. Bernard PDF
Pipeline d’annotation des variants génétiques sous Galaxy - TP S. Rodriguez et M. Bernard PDF
Advanced workflow management M. Zytnicki PDF
Initiation aux libraires Galaxy G. Le Corguille PDF

 

Variants

Sujet Intervenant Slides
DNA-seq analysis, From raw reads to processed alignments É. Girard PDF
Variant Filtering N. Lapalu PDF
Atelier Détection de Variants - TP Filtrage de Variants N. Lapalu PDF
Détection de varians (Variant calling) O. Sand PDF
Variant Calling avec GATK - TP O. Sand PDF
Statistics (and Algorithms) for Change-Point Detection in Genomics: Detection of CNV and others S. Robin PDF

 

RNA-Seq

Sujet Intervenant Slides
RNA-seq with reference genome : What kind of information can be extracted from it ? M. Deloger PDF
Differential expression analysis - TP M. Deloger PDF
RNA-seq with reference genome : What about transcripts reconstruction ? M. Deloger PDF
Splicing variants analysis M. Deloger PDF
Assemblage de-novo de transcriptome E. Corre PDF
Assemblage de-novo de transcriptome - TP E. Corre PDF

 

ChIP-Seq

Sujet Intervenant(s) Slides
ChIP-seq Analysis C. Herrmann PDF
ChIP-seq Annotation and Visualization: How to add biological meaning to peaks M. Defrance, M. Thomas-Chollier, C. Herrmann et D. Puthier PDF
Détection de motifs dans les pics ChIP-seq M. Thomas-Chollier, M. Defrance, C Herrmann et D. Puthier PDF

 

Cloud IFB

Sujet Intervenant Slides
Institut Français de Bioinformatique, Un cloud au service du vivant C. Blanchet PDF
Utilisation du cloud IFB C. Blanchet PDF

 

Exposés d'ouverture

Sujet Intervenant(s) Slides
Séquencage RAD tags, mise en oeuvre et applications E. Pante PDF
Introduction to non coding RNA C. Gaspin PDF

Programme EBA-V2 de Novembre 2013

Programme au format PDF ou DOCX
Plaquette au format PDF ou DOCX

General Talks

Sujet Intervenant Slides
The station biologique de Roscoff: a brieve introduction B. Kloareg PDF
Bioinformatique sur cloud: cas d'usage avec le portail Galaxy C. Blanchet PDF
Old generation statistics for next generation sequencing J. Van Helden PDF
Mapping Algorithms M. Zytinicki PDF
Introduction to NGS C. Thermes PDF
NGS: the basics T. Grange PDF
Statistical challenges in RNA-Seq data analysis J. Aubert PDF
Introductions aux formats de fichiers A. Lermine, O. Inizan PDF

 

Galaxy

Sujet Intervenant(s) Slides
Introduction à Galaxy A. Lermine, O. Inizan PDF
Initiation to Galaxy: Variant detection into chromosome 4 of the human genome A. Lermine PDF
 

Variants

Sujet Intervenant Slides
Pipeline d'annotation des variants génétiques S. Rodriguez, M. Bernard PDF
Mapping Exome-seq data E. Girard PDF
Le contrôle de la qualité sur les données fastq O. Inizan PDF
Variant calling in Exome-seq data using Varscan E. Girard PDF
Atelier détection des variants: filtrage des variants S. Gallina PDF
Atelier détection des variants: filtrage des variants - TP S. Gallina PDF
Development of a workflow for SNP detection: MAPHIT N. Choisne PDF
MAPHIT Tutorial - TP N. Choisne PDF
Genome Analysis Toolkit S. Marthey, O. Rué PDF
Variant calling in RNA-seq data using Varscan E. Girard PDF
Pipeline d'annotation des variants génétiques S. Rodriguez, M. Bernard PDF
Pipeline d'annotation des variants génétiques sous Galaxy - TP S. Rodriguez, M. Bernard PDF
Preprocessing et Variant Calling avec GATK - TP S. Marthey PDF
Complete Genome Analysis: structural variation detection A. Lermine PDF
Statistics for Change-Point Detection in Genomics: Detection of CNV and others R. Lebarbier PDF
Identify structural variants with SVDetect ?? PDF
Complete Genome Analysis: Detection of copy number alterations and loss of heterozygosity A. Lermine PDF
Identifying copy number alterations and genotype with Control-FREEC A. Lermine PDF

 

RNA-Seq

Sujet Intervenant Slides
Analysis of RNA-seq Data C. Chen PDF
Protocol for RNA-seq session C. Chen PDF
A New pipeline for differential expression Y. Luo PDF
Analysis of RNA-seq data D. Naquin, C. Chen PDF
What can you do with S-MART to analyze your RNA-Seq data M. Zytnicki PDF
RNA-Seq Analysis: de novo assembly E. Corre PDF
RNA-Seq Analysis: de novo assembly - TP E. Corre PDF
Assemblage de novo de transcriptomes E. Corre PDF
RNA-Seq de novo - TP E. Corre PDF
small RNA-seq data analysis: miRNA detection P. Bardou, W. Carré, C. Gaspin, S. Maman, J. Mariette, O. Rué PDF
Formation sRNA-Seq: Analysis des miRNAs sous Galaxy P. Bardou, I. Nabihoudine, C. Gaspin, O. Rué, S. Maman PDF
Hands-on session: smallRNA-seq N. Servant PDF

 

ChIP-seq

Sujet Intervenant Slides
Motif based analysis of ChIP-seq peaks or Did we loose the genetic switch? J. Van Helden PDF
Practical: motif analysis on ChIP-seq peaks J. Van Helden PDF
Protocol: annotation of ChIP-seq peaks ?? PDF
Protocol: peak-calling for ChIP-seq data / segmentation analysis for histone modification data J. Van Helden PDF
Integrated analysis of sequencing data: how to combine *-seq data M. Defrance PDF
Nebula - A web-server for advanced ChIP-seq data analysis V. Boeva PDF
ChIP-seq Analysis J. Van Helden, M. Defrance, C. Herrmann, D. Puthier, N. Servant, M. Thomas-Chollier, O.Sand PDF
Functional annotation of ChIP-peaks ?? PDF
Interpretation of ChIP-seq and ChIP-exo data M. Thomas-Chollier PDF
Evaluation de la qualité des pics sur base de la densité de reads M. Thomas-Chollier PDF
ChIP-seq Analysis ?? PDF

 

Programme EBA-V1 de janvier 2013

  • Plaquette au format PDF
  • Programme au format PDF ou Docx

General talks

Sujet Intervenant Téléchargement(s)
Accueil Christine Lemaitre PDF ou PPT
NGS: the basics Thierry Grange PDF ou PPT
Algorithmes de mapping Matthias Zytnicki PDF
Introduction to NGS Claude Thermes PDF
Statistical challenges in RNA-seq data analysis Julie Aubert PDF

 

Galaxy

Sujet Intervenant(s) Téléchargement
Introduction à Galaxy Alban Lermine et Olivier Inizan PDF
TP Initiation à galaxy: "Variant detection of the chromosome 4 of the human genome" Alban Lermine PDF

 

CNV

Sujet Intervenant Téléchargement
TP Detection des CNV - Description  ?? PDF
TP Detection des CNV - Protocole  ?? PDF
TP Detection des CNV - Topo Bastien Job PDF
Statistic for Change-Point Dectection in Genomics Stéphane Robin PDF
Pipeline d'annotation des variants génétiques Sabrina Rodriguez et Maria Bernard PDF
SVDetect: a tool to identify genomics structural variations Bruno Zeitouni PDF
SVDetect TP Bruno Zeitouni PDF

 

RNA-Seq

Sujet Intervenant Téléchargement
RNASeq Analysis: de novo assembly Erwan Corre PDF
Protocol to identify the genes differentially expressed in 2 human cell lines Delphine Naquin PDF
What can you do with S-MART to analyze your RNA-seq data Mathias Zytnicki PDF

 

ChIP-Seq

Sujet Intervenant Téléchargement
Chip-Seq Analysis J. Van Helden PDF

 

Liste des intervenants

Photo de groupe

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