Analyse fonctionnelle et interprétation de données de protéomique avec ProteoRE
Mis en oeuvre des outils de la plate-forme web ProteoRE pour l'annotation des protéomes
Du 14-03-2019 au 15-03-2019 à Institut des Systèmes Complexes (ISC-PIF), 113 rue Nationale 75013 Paris
Date limite d'inscription: 25-02-2019

 

         

 

Formation proteore

Contexte 

Avec la production accrue de données de protéomique, l’un des enjeux majeurs réside dans notre capacité à annoter et explorer ces longues listes de protéines en vue de leur interprétation biologique. ProteoRE (Proteomics Research Environment) est une infrastructure centralisée disponible en ligne (http://www.proteore.org) qui permet aux utilisateurs biologistes/cliniciens sans expérience de programmation, de manipuler et interpréter leurs données de protéomique de façon interactive, reproductible et collaborative. Bénéficiant des fonctionnalités de l’environnement Galaxy, ProteoRE permet d’exécuter des outils d’annotation, d'analyse fonctionnelle et de visualisation graphique, de construire et de partager des chaînes complètes d’analyse via des interfaces utilisateurs documentées. Dans sa version actuelle, ProteoRE permet d’analyser des données de protéomique d’échantillons humains, de souris et de rat.

 

Objectifs 

les participants apprendront à utiliser les fonctionnalités de ProteoRE pour interpréter et manipuler des données de protéomique sur la base de deux études de cas réels: i. annotation du protéome d’un échantillon biologique humain ou murin; ii. mise en œuvre d’une stratégie de sélection de candidats biomarqueurs. Cette formation inclut également des présentations sur les sources de données publiques et les stratégies d’analyse fonctionnelle. A l’issue de cette formation, les participants seront capables de :

  • manipuler leur données (filtrage, comparaison croisée, conversion d’identifiants),
  • annoter les listes de protéines,
  • réaliser des analyses fonctionnelles (tests d’enrichissement, exploration réseaux biologiques),
  • construire une chaîne de traitement ("workflow") à des fins de réexécution et d'automatisation
  • gérer, partager leurs résultats sous Galaxy dans un contexte collaboratif et à des fins de publication (textes, graphiques, workflow et historique).

 


Programme

Journée 1 (9h-18h):

Matin :

  • Accueil et tour de table – présentation de la formation
  • Présentation de l’environnement Galaxy (principes et fonctionnalités génériques) - 1h
  • Mise en pratique Galaxy (création et gestion de compte, chargement, export et partage de données, exécution d’outil…) - 2h

Après-midi :

  • Présentation de l’infrastructure ProteoRE (principes, stratégies d’annotation et outils, support) – 1h
  • Cas pratique 1 : analyse fonctionnelle du protéome d’un échantillon (humain ou murin) analysé par spectrométrie de masse (LC-MS/MS) - 3h

Journée 2 (9h-17h):

Matin :

  • Cas Pratique 2 : construction d’un « workflow » de sélection de biomarqueurs d’intérêt diagnostic (Nguyen et al., 2019) - 3h

Après-midi :

  • Table ronde : retour et partage d’expérience, stratégie d’analyse de jeux de données personnel, suggestions d’améliorations - 3h
  • Questionnaire de satisfaction et conclusion – 1h

Intervenants: Florence Combes (CEA), David Christiany (CNRS), Valentin Loux (INRA) & Yves Vandenbrouck (CEA)


les prérequis:

Cette formation est destinée aux biologistes/cliniciens (chercheurs, ingénieurs, doctorants, post-doc…) et personnels des plates-formes, ayant en projet ou en cours des expériences de protéomique.

Pas de pré-requis particulier.


les infos pratiques:

La formation se déroulera sur 2 jours complets à l’ISC-PIF (Institut des Systèmes Complexes Paris Ile de France), 113 rue Nationale 75013 Paris

Les supports pédagogiques sont en langue anglaise et les interventions en langue française


les modalités d'inscription 

  •  Pas de frais d’inscription (soutien IFB et PROFI).
  • Le nombre de place limitée à 14 participants

Fiche d’inscription à remplir impérativement

quel type d’analyse protéomique, nature de données MS traitées, domaine d’application, projet protéomique en cours ou envisagé…
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