7ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Du 25-11-2018 au 30-11-2018 à Station biologique de Roscoff
Date limite d'inscription: 31-05-2018

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Note : La formation n'accepte maintenant plus de demandes de candidatures. Nous avons reçu plus de 110 demandes de candidatures, pour 40 places, la liste d'attente est donc elle-même pleine.

 

Objectifs

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données,  ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies lectures longues (Nanopore, PacBio).

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

Durée

La formation se tiendra du 25 novembre au 30 novembre 2018.

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Programme de la semaine

Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Environnement de travail

L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R.

Prérequis

Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.

Modalités d’inscription

Date limite de pré-inscription : 31 mai 2018 (sélection des participants : mi-juin 2018). Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

Renseignements

ecole-bioinfo@aviesan.fr

Informations

http://www.france-bioinformatique.fr/ebai2018

Compte twitter

https://twitter.com/EBAI_Roscoff

Frais d’inscription

600€ HT pour les académiques; 2000€ HT pour les industriels. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique

Christophe Caron (INRA), Jacques van Helden  (IFB + AMU), Matthias Zytnicki  (INRA).

Formateurs et tuteurs

Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Université Paul Sabatier (Toulouse). Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d'AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).

Plateformes

ABiMS (CNRS/Sorbonne Université, Roscoff), BIOGER (INRA Grignon), C3BI (Institut Pasteur, Paris), eBIO (Univ. Paris Sud), IFB core (Orsay), IGBMC (Strasbourg), Institut Curie - U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), I2BC (Gif-sur-Yvette), Genotoul (Toulouse), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (INRA Toulouse), TAGC (Marseille).

Gestion

Aviesan ITMO génétique génomique et Bioinformatique.


Le contenu de cette rubrique sera alimenté prochainement.


Les demandes d'inscription sont maintenant closes.


Informations pratiques 

 

Adresses

Cours

Les cours auront lieu à l’Hôtel de France :

Hôtels

Plans


Foire aux questions

Comment transférer ses données sur les plateforme partenaires avant l'école?

Afin d'assurer un déroulement le plus optimal possible pour l'analyse des données tutorées, nous demandons aux tuteurs de suivre ce protocole pour l'insertion des données des stagiaires sur les 3 plateformes de référence (Roscoff-RNA-seq / Strasbourg-ChIP-seq / Toulouse-Variant).

 Tout d'abord, chaque tuteur prend en charge le suivi du chargement des données avant l'école.

Le tuteur : 

  1. doit demander un compte sur la plateforme de référence (cf. informations ci-dessous)
  2. récupère directement les données auprès de son stagiaire par les moyens les plus adaptés
  3. pre-traite éventuellement par les moyens qui lui semblent les plus adaptés (e.g. RNA-seq)
  4. charge par lui-même les données pré-traitée dans son compte galaxy personnel sur sa plate-forme de référence :
  5. exporte cet historique afin d'en faire une copie sous la forme d'un .tar.gz (nous sommes en train d'évaluer la faisabilité d'un dépôt central pour ces exports)
  6. partagera ensuite cet historique le premier jour du tutorat (mardià avec son stagiaire qui dispose aussi d’un compte sur la plate-forme de référence.

Le tuteur peut bien sûr bénéficier du support de la plateforme de référence si nécessaire.

Demande comptes et support :

 Strasbourg :
    eba@galaxeast.fr
 Roscoff :
    support.abims@sb-roscoff.fr
    http://abims.sb-roscoff.fr/account
 Toulouse :
    sigenae-support@listes.inra.fr
    http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=141

 

 

Comment trouver l'adresse réseau physique d'un portable ?

Sous Windows XP

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Cliquez sur Exécuter;
  3. Dans la console taper "cmd" ensuite cliquez sur "ok";
  4. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  5. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous Windows 7

  1. Allez dans le menu Démarrer;
  2. Dans le champ "Rechercher les programmes et fichiers" entrez "cmd" ensuite appuyer sur la touche "Entrée" (raccourcit Windows + R);
  3. Dans la nouvelle fenêtre tapez "ipconfig /all";
  4. L'adresse mac correspond à l'adresse physique de la carte "connexion au réseau local".

Sous MAC OS X

  1. Cliquer sur Spotlight (loupe en haut à droite)
  2. Taper "terminal" et ouvrir l'application
  3. Dans l'application, taper "ifconfig" et donner le résultat de la ligne en0 > éther

 


Archives des versions précédentes de l'école AVIESAN-IFB

 

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