Type of contract: 
CDI
Starting date: 
Dés que possibe
Duration: 
CDI
Town: 
VILLEJUIF- 94800
Contact name: 
Karthiga KANAGASABAI
Contact email: 
Karthiga.KANAGASABAI@gustaveroussy.fr
Plateform: 
Job description: 

Gustave Roussy, Premier Centre de Lutte Européen contre le Cancer recrute, au sein de la plateforme Imagerie et Cytométrie (PFIC), un(e) Bioinformaticien (ne), Biostatisticien(ne).

L’ouverture de ce poste s’inscrit dans le cadre du développement d'une nouvelle activité de cytométrie de Masse et dans le plan de développement de nouvelles stratégies d'analyse d’images multidimensionnelles de la plate-forme d'Imagerie et Cytométrie (PFIC) de l'Institut

- Effectuer des recherches bibliographiques sur les données disponibles,
- Concevoir les plans d’analyse statistique,
- Développer des programmes spécifiques pour prendre en compte les particularités d’une étude,
- Choisir et appliquer les méthodes statistiques les plus pertinentes sur les données existantes,
- Participer à la réflexion pour la création de protocoles d'analyse statistiques standardisés sur des études types,
- Effectuer l'analyse des données obtenues et accompagner les chercheurs dans leurs analyses,
- Assurer le transfert des outils et des compétences en bio-informatiques développées spécifiquement pour la cytométrie et l'imagerie photonique vers les groupes et les plateformes de recherche,
- Rédiger la partie statistique des rapports d’études,
- Assurer le conseil et l'aide aux ingénieurs de la Plateforme Imagerie et Cytométrie(PFIC), aux chercheurs du site et aux collaborateurs, pour l'extraction et l'analyse des données (analyse et intégration de données volumineuses, réduction des dimensions, apprentissage non supervisé/supervisé, statistiques, etc.),
- Organiser et animer des formations à l’analyse des données pour la communauté scientifique de l'institut Gustave Roussy travaillant sur des projets de cytométrie et d'imagerie photonique: doctorants, chercheurs, médecins,
- Effectuer la surveillance de l'infrastructure matérielle locale PFIC nécessaire au bon fonctionnement de l'activité de bioinformatique/biostatistique en relation avec le référent informatique recherche, la DSI de Gustave Roussy et les fournisseurs de matériel:
serveurs, espace disque, processeurs, bases de données.

Requirements: 

- Très bonne compréhension théorique des algorithmes utilisés pour l'analyse des données.
- Maitrise des méthodes de traitement statistiques.
- Connaissance indispensable de l'analyse de données biologiques à grande échelle, supervisée ou non.
- Très bonne connaissance des langages de programmation courants Python, Java, JavaScript, C / C ++, et maîtrise de la programmation sous Matlab et R (création à la demande de nouveaux programmes d'analyse automatisés) et en analyse statistique sous R.
- Connaissances approfondies et expérience de l'analyse de données biologiques issues de technologies à haut débit, en particulier en cytométrie de masse, cytométrie en flux, imagerie photonique, et de l’intégration de ces données.

Formation et expérience :
Master, ingénieur, ou doctorat en bioinformatique/biostatistiques ou en science des données (université, Institut / Ecole de la statistique, école d’ingénieur), avec une solide expérience (au moins 5 ans avec une maîtrise et diplôme d'ingénieur et au moins trois ans avec un diplôme doctorat) en soutien à la recherche biologique et en recherche en bioinformatique/biostatistique ou en analyse de données biologiques.
- Une première expérience dans le cadre d'une activité de service, ainsi que de formations en bioinformatique/biostatistique aux biologistes serait un plus.
- La connaissances d'un éventail de logiciels, open source ou non, pour l'analyse de données de cytométrie et en particulier un ou des logiciels suivant: Cytobank, Infinicyt, FlowJo, Kaluza, serait également un plus
- Communication en anglais scientifique oral et écrit – niveau C1

Desirable: 

Merci d’adresser lettre de motivation en précisant vos prétentions salariales et CV sous la référence AE 2019-01 BS PFIC, CDIC

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