Type of contract: 
CDD
Starting date: 
01/06/2019
Duration: 
16 mois
Town: 
Marseille
Contact name: 
Pierre Milpied
Contact email: 
milpied@ciml.univ-mrs.fr
Plateform: 
Job description: 

L’équipe de Pierre Milpied est spécialisée dans les approches
intégratives « single-cell » pour l’étude des processus de
différenciation et de maturation des lymphocytes B dans le contexte des
réponses immunitaires et des cancers. Le candidat sera chargé d’analyser
les données obtenues par plusieurs méthodologies single-cell RNAseq sur des
lymphocytes B issus de plusieurs modèles d’études, humains et murins. Il
travaillera au sein d’un groupe de bioinformaticiens experts dans la
conception et le développement de pipelines d’analyses de données «
single-cell ». Il devra prendre en main certains pipelines déjà conçus,
les adapter aux besoins des projets à venir et produire des rapports de
résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projet. Il devra
être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de
nouvelles méthodes issues de la littérature.

Requirements: 

1. Excellente maîtrise de la programmation en R, PYTHON.
2. Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données génomiques
(STAR, Trinity, picard, samtools, DEseq, EdgeR, CellRanger),
immunogénomiques (IgBlast, IMGT), et single-cell (Seurat, Monocle,
Velocyto).
3. Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
4. Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de
données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudotime, apprentissage
statistique, etc.); Expérience des données « single-cell » souhaitée.
5. Bases solides en biologie et immunologie.
Spécificité(s):
Profil recherché :
1. Doctorat en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées,
ou équivalent (grande école d’ingénieur).
2. Expérience réussie en bioinformatique et modélisation mathématique
appliquée aux données biologiques, idéalement à l’échelle single-cell.
3. Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats
scientifiques.
4. Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les
questions biologiques.

Desirable: 

Salaire en fonction du diplôme et de l’expérience (2476 € bruts
mensuels pour niveau PhD avec < 3 ans d’expérience post-thèse).
Contacter milpied@ciml.univ-mrs.fr avec CV, lettre de candidature, et
coordonnées d’au moins deux référents.

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