Plateformes & équipes associées adhérentes de l'IFB

Infrastructure de recherche fédérée

La valeur ajoutée d'une infrastructure de recherche nationale. L'IFB a un rôle fondamental dans la mutualisation des ressources physiques, logistiques et humaines pour répondre aux besoins des utilisateurs, pour promouvoir les développements technologiques, pour assurer la veille technologique et scientifique au niveau national et européen (via ELIXIR), pour mettre en place des formations en ligne avec l'évolution constante du domaine, et pour fournir un support aux utilisateurs. 

Le plan de travail de l'IFB est organisé autour d'une task force mutualisée regroupant différents experts des plateformes de l'IFB afin d'optimiser le partage des connaissances et des compétences, la conception de solutions robustes et innovantes et le déploiement des services de l'IFB. Cette fédération synergique de plateformes régionales de bioinformatique est une valeur ajoutée importante de l'infrastructure de l'IFB par rapport à la somme des plateformes individuelles (le résultat est plus que la somme des parties).

Plateformes membres & associées

 

Les plateformes régionales fournissent des services et un soutien technique aux projets scientifiques de leur communauté locale des sciences de la vie. Elles proposent également des formations, développent des codes pour la communauté des sciences de la vie et partagent une partie de leur infrastructure informatique. Les plateformes régionales sont intégrées dans des laboratoires de recherche bioinformatique et sont donc en mesure de préserver un lien essentiel entre les prestations de services et les activités de recherche.

PLATEFORMES MEMBRES

  • ABiMS (Analysis and Bioinformatic for Marine Science).
    Direction: Erwan Corre

 

La mission de la plateforme ABiMS est d'aider les chercheurs de la communauté marine et, plus largement, des sciences de la vie, dans l'analyse bio-informatique de leurs données ainsi que dans le développement de logiciels et de bases de données. Elle est également connectée à l'infrastructure EMBRC, fait partie du réseau IBiSA via le projet régional BioGenOuest et est certifiée ISO 9001 : 2015. Grâce à ses nombreuses interactions avec les unités de recherche, l'ABiMS est impliquée dans plusieurs projets, dont les impacts nationaux et européens concernent les activités de bioanalyse, les logiciels et le développement d'infrastructures électroniques. 

 

  • ARTbio
  • ATGC
    Direction : Vincent Lefort, Eric Rivals, Stéphane Guindon

 

La plateforme bio-informatique de l'ATGC fournit des services de génomique évolutive, comparative et fonctionnelle. Elle met en avant les développements méthodologiques réalisés par l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) du LIRMM. Ces développements sont diffusés à la communauté scientifique sous forme de services en libre accès sur le site web de la plateforme. La plupart des outils peuvent être utilisés directement en ligne, via une interface web dédiée à partir de laquelle chaque utilisateur peut charger ses propres données. Ces interfaces ont été conçues pour faciliter la présentation des outils, l'analyse et l'interprétation des résultats. 

 

  • AuBi (Auvergne Bioinformatique)
    Direction: Antoine Mahul, Pierre Peyret

 

AuBi est la plateforme bio-informatique de Clermont pour les sciences du vivant (biologie fondamentale, microbiologie, agronomie, environnement, santé et épidémiologie). AuBi s'appuie sur le Mésocentre de l'UCA pour promouvoir l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. 

  • BIGEST-BISTRO (Bioinformatique de Strasbourg)
    Direction: Valérie Cognat, Julie Thompson

 

La plateforme BISTRO regroupe les équipes et services bio-informatiques du site de Strasbourg : GMGM, IBMS, IBMP, ICube, IGBMC, IPHC et LGM. La plateforme offre une expertise, des outils et des ressources bio-informatiques, ainsi que des algorithmes de data mining, axés sur les analyses évolutives et fonctionnelles dans divers domaines d'application, notamment les études biomédicales, végétales, levuriennes et bactériennes.

 

  • bilille
    Direction: Hélène Touzet, Guillemette Marot

 

Bilille est la plateforme bio-informatique de Lille, qui a été créée en 2016 sous l'impulsion conjointe de l'Université de Lille, du CNRS, de l'INSERM, de l'Institut Pasteur de Lille, du CHU Lille et de l'Inria. Elle dispose d'une expertise en bio-informatique, biostatistique et bioanalyse et offre un service complet aux laboratoires de recherche lillois en biologie et santé. Cela comprend : le soutien aux projets scientifiques, les ressources HPC, la formation, etc. Les domaines d'application couvrent les analyses de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, ...), l'annotation et l'évolution du génome, la biologie intégrative, la cytométrie, le criblage phénotypique, la glycobiologie. 

 

  • BiRD
    Direction: Richard Redon, Jérémie Bourdon, Audrey Bihouée.

 

Le BiRD est cogéré par l'ITX et le LS2N, et emploie six biologistes computationnels. Grâce aux compétences de ce personnel dévoué et hautement qualifié, BiRD conseille, propose et développe des services bio-informatiques basés sur des données de séquençage à haut débit. Le BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des flux de travail bio-informatiques dédiés qui normalisent le traitement des données brutes jusqu'à leur importance biologique. Sur la base de ces expertises, nous proposons à nos utilisateurs des formations sur l'analyse des données ou les langages de programmation. Ces services sont soutenus par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée, accessible à distance via plusieurs services et ouverte à tous les scientifiques, quelle que soit leur institution d'accueil. 

 

  • CBiB (Bordeaux Bioinformatics Center)
    Direction: Alexis Groppi, Macha Nikolski

 

Le CBiB est une installation bio-informatique de base qui donne accès à des ressources informatiques de haute performance, à l'analyse de données biologiques et à une expertise en programmation. Ces ressources permettent aux scientifiques et aux laboratoires privés de répondre aux besoins en bio-informatique de leurs recherches de manière efficace et rentable. Nous offrons des technologies de pointe pour travailler avec des données cliniques, translationnelles et de sciences fondamentales, de l'acquisition et du stockage à l'analyse et au partage. Nos ressources sont sécurisées et conformes aux normes. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de bio-informatique fournit des services complets d'analyse et d'intégration d'ADN, d'ARN, de métabolomique, de protéomique et de données d'images. 

 

  • C3BI (Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie intégrative)
    Direction: Olivier Gascuel, Christophe Malabat, Marie Agnès Dillies

 

Créé en 2015, le C3BI comprend cinq unités de recherche en biologie computationnelle et le Hub de bio-informatique et biostatistique. La mission du centre est de développer la recherche méthodologique en bio-informatique et biostatistique, de donner une visibilité internationale à l'Institut Pasteur dans ce domaine, d'offrir un soutien aux unités de recherche expérimentale, et de développer les compétences informatiques et analytiques du campus. Les activités de la plateforme comprennent la participation à des projets de recherche et d'analyse, des missions sur le terrain au sein des unités et des plateformes du campus, des sessions de formation et d'enseignement ouvertes à nos partenaires, et fournissent un certain nombre de ressources à la communauté nationale et internationale. 

 

  • eBIO
    Direction: Claire Toffano Nioche, Daniel Gautheret

 

La plateforme eBIO Bioinformatique, créée en décembre 2009, est au cœur du système bio-informatique de l'Université Paris-Sud. eBIO est certifiée par IBISA/Réseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l'Alliance des Plateformes Bioinformatiques d'Ile de France (APLIBIO). 

 

  • GenotoulBioinfo
    Direction: Christophe Klopp, Claire Hoede, Christine Gaspin

 

La plate-forme, située à Toulouse, a pour objectif de réunir des ressources matérielles et des compétences humaines qui offrent aux programmes de recherche en sciences de la vie un accès à un savoir-faire de pointe et à des technologies de haut niveau. Au cours des dernières années, l'équipe a développé une expertise dans diverses applications de l'analyse séquentielle. Ces connaissances ont été utilisées dans le développement de logiciels et de pipelines ainsi que dans des projets d'analyse de données, y compris l'assemblage de génomes (lectures courtes/longues), l'annotation (codage/non-codage), l'analyse de données et de variantes de (s)RNA-seq, de methyl-seq, la métagénomique (métabarcodage/génome entier) et, plus récemment, l'intégration de données. Les communautés soutenues sont l'agriculture, l'alimentation, la santé humaine, l'écologie et la bio-informatique. 

 

  • GenOuest
    Direction: Olivier Collin, Jacques Nicolas

 

Hébergé à l'INRIA-IRISA, le centre GenOuest offre un environnement bio-informatique complet avec une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des logiciels et des flux de travail, le tout avec le soutien associé. Le portefeuille technologique s'appuie sur plusieurs ressources informatiques (cluster, cloud, docker, portail de galaxie), des solutions de gestion de données (BioMAJ). Au cours des années, GenOuest a investi dans le développement d'outils centrés sur les données. Grâce au projet CeSGO, GenOuest propose un ensemble d'outils collaboratifs pour gérer au mieux les projets et les données scientifiques. GenOuest développe des applications bio-informatiques ainsi que la formation et le transfert technologique de nouveaux outils développés par les équipes de recherche de l'Institut. 

 

  • iCONICS (Institut du Cerveau et de la Moelle épinière)
    Direction: Stanley Durrleman, Ivan Moszer

 

La plateforme iCONICS développe et met à disposition des solutions logicielles et une expertise méthodologique pour répondre à trois besoins importants de la recherche biomédicale : conservation des données, normalisation, annotation, structuration, intégration et visualisation (gestionnaires de données, ingénieurs logiciels), traitement de données omiques à haut débit, y compris les données NGS telles que l’exome entier, RNA-seq (bio-informaticiens), analyse statistique de base et avancée, en particulier l’intégration de données multimodales et de haute dimension (biostaticiens). La plateforme soutient ainsi les équipes scientifiques et cliniques à chaque étape de leurs projets de recherche : de la conception de l’étude à la gestion des données, en passant par le traitement, l’analyse et l’interprétation, en tenant compte d’une grande variété d’approches d’acquisition de données (cliniques, imagerie, génomique, etc.).

 

  • IFB-core
  • IGR
    Direction: Guillaume Meurice, Daniel Gautheret

 

La plateforme est organisée autour de 3 grands domaines : la gestion des données (structuration des données provenant des robots), le développement d'outils (applications web, bases de données, pipelines) et le soutien aux projets de recherche dans un contexte oncogénomique. Nous disposons maintenant d'un ensemble de pipelines conventionnels pour analyser les données WES, WGS, ChIP-Seq, RNA-Seq, TGS, microarray oncoscan/cytoscan.

 

 

L'expertise de la plate-forme est polyvalente sur de nombreux aspects de la gestion, du traitement, de l'intégration et de l'analyse statistique et fonctionnelle des données à haut débit en biologie et dans les cliniques. Nous couvrons la recherche fondamentale, translationnelle et clinique, y compris les essais cliniques. Dans tous ces domaines, la plateforme développe également des méthodes appropriées, met en œuvre des outils et des pipelines automatiques, et conditionne et diffuse les données à la communauté. L'optimisation des logiciels pour le calcul haute performance fait également partie de notre savoir-faire. Enfin, la plateforme a développé une expérience dans la formation de biologistes, de cliniciens et de bio-informaticiens dans tous les domaines mentionnés ci-dessus. 

 

  • MBI Nancy
    Direction: Dave Ritchie, Marie Dominique Devignes

 

La plateforme MBI signifie "Modélisation des biomolécules et de leurs interactions". Il s'agit essentiellement d'une plateforme de recherche offrant des services dans le cadre de projets scientifiques collaboratifs. Les principales activités de la plateforme concernent la modélisation 3D de protéines en interaction avec des ligands, des protéines, de l'ARN ou de l'ADN ss, ainsi que l'annotation fonctionnelle de biomolécules. Les programmes disponibles comprennent la simulation dynamique moléculaire (logiciel NAMD), l'arrimage rigide très rapide et les programmes de comparaison de formes, qui sont exécutés sur des grappes hybrides de CPU et de GPU. L'expertise en science des données, y compris l'exploration de données symboliques, l'apprentissage machine, l'analyse de graphes complexes, est également disponible pour la bio-informatique et les applications biomédicales. 

 

  • MICROSCOPE
    Direction: Mathieu Dubois, Claudine Médigue, David Vallenet

 

L'équipe LABGeM du CEA/Genoscope a développé MicroScope, une plateforme web pour l'analyse des génomes procaryotes et l'annotation fonctionnelle experte. MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques. 

 

  • MIGALE
    Direction: Valentin Loux, Sophie Schbath

 

La plateforme bio-informatique Migale est une équipe de l'unité de recherche INRA MaIAGE (Mathématiques appliquées et informatique, du génome à l'environnement). Depuis 2003, elle fournit quatre types de services à la communauté des sciences de la vie : une infrastructure ouverte dédiée à l'analyse des données des sciences de la vie (500 Tb, 1000 CPU équivalents),  la diffusion de l'expertise en bio-informatique (session annuelle de formation "Bio-informatique par la pratique"),  la conception et le développement d'applications bio-informatiques (navigateur de génome, bases de données) et  l'analyse de données en génomique, métagénomique et métatranscriptomique. 

 

  • MMG-GBIT (Marseille Medical Genetics and Bioinformatics Team)
    Direction: David Salgado, Christophe Béroud

La plateforme MMG-GBIT IFB est liée à l'équipe de recherche Bio-informatique & Génétique de l'Inserm U1251. Elle bénéficie de cette forte interaction et met à la disposition des utilisateurs l'expertise de l'équipe en génétique humaine, maladies rares et oncogénétique ainsi que l'analyse des données NGS. Il fournit des systèmes de référence internationaux pour collecter, annoter, filtrer et interpréter les données de génétique humaine en relation avec les maladies. Ces outils, bases de données, registres et observatoires ont déjà reçu des millions de requêtes dans le monde entier. En outre, nous proposons des formations et pouvons aider les chercheurs pour tout projet bio-informatique ou développement d'outils liés à la génétique humaine, de la conception à l'analyse. 

 

  • ORPHANET
    Direction: Ana Rath, Marc Hanauer

 

Orphanet est une base de connaissances sur les maladies rares et les médicaments orphelins. Elle vise à répertorier et à générer des données sur les maladies rares afin d'améliorer le diagnostic, les soins et le traitement des patients. Le site web Orphanet vise à fournir des informations de qualité sur les maladies rares et à garantir l'égalité d'accès à la base de connaissances pour les chercheurs et dans l'ontologie des maladies rares d'Orphanet. Orphanet tient également à jour la nomenclature des maladies rares d'Orphanet (numéro ORPHA), essentielle pour améliorer la visibilité des maladies rares dans les systèmes d'information sur la santé et la recherche, en agissant comme vecteur d'interopérabilité. 

 

  • INCA-SLC (Synergie Lyon Cancer)
    Direction: Alain Viari

 

Le Synergie-Lyon-Cancer (SLC) a été lancée en 2009 par le Pr. Gilles Thomas pour promouvoir l'exploitation de quantités massives de données générées par des projets de génomique à grande échelle dans le domaine de la recherche sur le cancer. Elle est hébergée au Centre Léon Bérard à Lyon. Le personnel comprend actuellement dix personnes sous la supervision d'Alain Viari. L'installation a concentré ses efforts sur la gestion et l'analyse de grands volumes de données NGS, principalement le séquençage du génome entier (WGS). Elle a également développé une forte expertise dans l'analyse transcriptomique en utilisant diverses techniques NGS. 

 

  • PACA-BIOINFO
    Direction: Sébastien Santini, Jean Michel Claverie

 

Les services de PACA Bioinfo se concentrent sur la génomique microbienne, la métagénomique, la génomique comparative et la phylogénie moléculaire. Il met à la disposition de la communauté divers outils en ligne en accès libre proposés sans inscription préalable. La plateforme collabore également à des projets de génomique ou de métagénomique pour lesquels elle constitue le principal support bioinformatique, notamment pour les équipes de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie de Marseille. Des progrès importants ont été réalisés grâce aux analyses génomiques de virus géants, de deux éponges et de métagénomes provenant d'anciens sols gelés (permafrost). La plate-forme fournit également des outils statistiques génériques pour comparer de grands ensembles de données de comptage (outils ACD) tels qu'ils sont rencontrés dans les études écologiques classiques ou basées sur les métagénomes. 

 

  • Pasteur Hub
  • PRABI-AMSB (Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique & Analyse et modélisation des systèmes biologiques)
    Direction: Vincent Navratil, Guy Perrière

 

La plateforme PRABI-AMSB propose des services bio-informatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : Données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines). 

 

Le PRABI-Lyon-Grenoble est un consortium de huit équipes de recherche impliquées dans la bio-informatique à Lyon et à Grenoble. Ainsi, l'expertise disponible au PRABI-Lyon-Grenoble couvre un large éventail de domaines : la phylogénie et l'évolution moléculaires, réseau métabolique, biostatistiques pour la médecine, statistiques multivariées en écologie, génétique des populations végétales, données d'expression, statistiques à grande échelle, protéomique, génomique comparative, éléments transposables et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).Le PRABI-Lyon-Grenoble étant un consortium d'équipes de recherche, il est impliqué dans de nombreuses activités de formation et d'enseignement (des étudiants de première année aux professionnels).

 

  • RPBS
    Direction: Julien Rey, Pierre Tufféry

 

RPBS est une plateforme dédiée à la bio-informatique structurelle. Elle propose : le développement de méthodes/protocoles de bio-informatique structurelle, l'hébergement de services et le déploiement en ligne de services du domaine, la formation et conseil dans le domaine et l’hébergement de calculs via PAAS.

 

  • South Green
    Direction: Ndomassi Tando, Bertrand Pitollat, Mathieu Rouard, Manuel Ruiz, Christine Tranchant

 

South Green est une plateforme bio-informatique dédiée à la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes et des pathogènes associés. Elle fédère des bio-informaticiens de différentes unités et instituts de Montpellier (Bioversity, CIRAD, INRA et IRD) ayant une expertise multidisciplinaire en intégration de données, développement de logiciels, analyse de données de séquençage et calcul haute performance. South Green assure le développement de systèmes d'information originaux tels que GreenPhyl, SNiPlay, Gigwa ou AgroLD, et propose des pipelines bio-informatiques via les gestionnaires de flux de travail Galaxy et TOGGLe. La plateforme a acquis une forte expertise dans le développement de Genome Hubs, des systèmes d'information intégrés, déployés sur plusieurs plantes et en cours d'extension aux pathogènes. 

 

  • TAGC-BCF (Theories and approaches of genomic complexity)
    Direction: Pascal Rihet, Bianca Haberman, Christine Brun

 

TAGC est une unité mixte de recherche et de services de l'Inserm spécialisée dans le développement et l'application des approches omiques à divers systèmes biologiques. Le laboratoire comprend une installation de séquençage (TGML, membre de France Génomique) et une solide équipe de bio-informaticiens qui développent et donnent accès au public à des ressources bio-informatiques (outils logiciels et bases de données) dans des domaines allant de l'analyse de protéines individuelles et de séquences d'ADN à l'analyse à grande échelle et à l'intégration de données omiques, avec un accent particulier sur les variations du génome, la régulation génétique et épigénétique, et l'analyse de réseaux. 

 

  • URGI PLATFORM
    Direction: Joelle Amselem, Anne Françoise Adam Blondon

 

Les principales missions de la plateforme sont de contribuer à une gestion des données patrimoniales produites par l'INRA et ses partenaires, compatible avec la science ouverte, et de proposer aux chercheurs des outils et des environnements adaptés (y compris des formations) pour l'analyse des données.Les principales activités de la plate-forme au cours des cinq dernières années ont été l’intégration des données sur les plantes et les champignons dans le système d'information GnpIS, donner accès aux ressources informatiques et aux outils d'analyse, soutien à l'analyse et la formation des utilisateurs (utilisation du GnpIS, annotation, appel SNP...)

 

 

ISfinder est une base de données publique et un centre de référence international pour les EE procaryotes, ainsi qu'un outil de recherche. Le projet est divisé en deux grands types d'activités, intimement liées à la base de données ISfinder. Le premier concerne l'embellissement d'ISfinder lui-même et le développement des outils nécessaires à l'exploitation des informations contenues dans la base de données. Le second découle directement de cette activité et implique une analyse détaillée des informations stockées. L'activité d'ISfinder a consisté à analyser la base de données, à faciliter la classification des IS, à identifier de nouvelles familles et à fournir des informations concernant leur impact génomique (par exemple, les effets liés au choix du site cible). 

PLATEFORMES ASSOCIÉES

  • IGR
  • MBI
  • MMG-GBIT
  • P3M
  • PACA-Bioinfo
  • PRABI-HCL
  • PRABI-Lyon-Gerland
  • Prabi-SLC / INCa-SLC
  • TAGC
IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
magnifiercross linkedin facebook pinterest youtube rss twitter instagram facebook-blank rss-blank linkedin-blank pinterest youtube twitter instagram